2013年10月15日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 2.13,包含749个软件包,包179实验数据,超过690的最新注解包。

有84个新的软件包,许多更新和改进现有的包;与R 3.0.2 Bioconductor 2.13兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS x这个版本包括一个更新Bioconductor Amazon Machine Image。

访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 2.13
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 2.13

更新或安装Bioconductor 2.13:

1. 安装R 3.0.2。Bioconductor 2.13设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在2021年欧洲杯比分预测

新的软件包

有84个新的Bioconductor包在这个版本。

AllelicImbalance:提供了一个框架为等位基因的特定表达式使用RNA-seq数据调查

ampliQueso:包提供了工具和报告分析的扩增子测序面板,如AmpliSeq

基因型和拷贝数ArrayTV:波校正阵列

资产:R包subset-based异构特征和亚型分析

巴德:RNA序列统计数据,巴德符合贝叶斯层次模型。算法返回的后验概率微分表达式为每个基因A和b两组之间的联合后验分布模型中的变量可以返回后样品的形式,可用于加进一步分析如基因集富集。

袋:R包提供函数来执行geneset意义分析/ 2和5之间简单的横断面数据感兴趣的表型。

BiGGR:这个包提供了一个接口来模拟代谢从节目数据库重建(http://bigg.ucsd.edu/)和其他代谢重建数据库。包帮助执行通量平衡分析(FBA)。代谢网络和估计通量可以使用超图可视化。

bioassayR: bioassayR提供小分子生物活性数据的统计分析工具

BiocParallel:这个包提供修改版本和新颖的实现函数并行评估,根据使用Bioconductor对象。

BiocStyle:提供标准格式风格Bioconductor文档。插曲说明了使用和功能。

BiRewire:快速功能由两部分构成的网络重新通过N个连续切换步骤(参见参考资料)和计算的最小数量的转换步骤执行为了最大化不同对原始网络。包括函数引入了随机性的分析在开关和其他几个例程来分析产生的网络和自然的预测。无向网络延伸(不是由两部分构成的)。

CexoR:链具体peak-pair调用ChIP-exo复制。累计Skellam分布函数(包Skellam)是用于检测重大标准化数差异的反对迹象在每个DNA链(peak-pairs)。不能再现的发现率重叠peak-pairs跨生物复制使用包印尼盾的估计。

冠军:包包括质量控制指标,选择归一化方法和新方法来识别差异甲基化区域和突出拷贝数畸变。

ChemmineOB: ChemmineOB R提供了一个接口的一个子集cheminformatics功能实现的OpelBabel c++项目。OpenBabel是一个开源cheminformatics工具箱,包括公用事业结构格式互变现象,描述符计算,复合相似性搜索和铁道部。ChemineOB旨在提供这些实用程序的一个子集在r .对于非开发人员来说,从ChemmineR ChemineOB主要是为了使用一个插件包,而不是直接使用。2021欧洲杯体育投注开户

chipenrich: ChIP-Enrich执行基因集富集使用山峰叫ChIP-seq实验测试。等混杂因素的实证方法纠正基因的长度,和周围的序列mappability基因。

cleanUpdTSeq:这个包使用朴素贝叶斯分类器(从e1071)分配概率值假定的聚腺苷酸化网站(pA)网站从斑马鱼基于训练数据。这将允许用户独立真的,生物相关的爸爸从虚假网站,oligodT pA网站。

切肉刀:In-silico乳沟的多肽序列。乳沟规则来自:http://web.expasy.org/peptide_cutter/peptidecutter_enzymes.html

clonotypeR:高通量分析T细胞抗原受体基因编码序列的T细胞受体是由体细胞重组,产生巨大的V, (D)和J段。额外的流程重组过程中创建额外的序列多样性之间的V J段。总的来说,这hyper-variable地区称为CDR3上循环。

这个包的目的是处理和定量分析数百万V-CDR3-J组合,称为clonotypes,来自多个序列库。

CNVrd2: CNVrd2使用新一代测序数据来衡量人类基因拷贝数对多个样本,识别snp标记的拷贝数变异和检测拷贝数多态基因区域。

cobindR:发现和共现分析主题组织的转录因子结合位点的基因

CSSP:功率计算ChIP-Seq为当地的泊松统计数据基于贝叶斯估计的过程。

customProDB:从RNA-Seq蛋白质组学的数据生成定制的蛋白质序列数据库搜索

dagLogo:可视化重要守恒的氨基酸序列模式组织基于概率理论

数字基因组dna: Strand-specific足迹DNase-seq数据。累计Skellam分布函数(包Skellam)是用于检测重大标准化数差异的反对签署在每个DNA链。这样做是为了确定此种足迹。预处理的映射读取建议在运行dna之前(例如,质量检查和删除sequence-specific偏见)。

EBSeq:微分表达式分析基因和同种型水平使用RNA-seq数据

epivizr:这个包提供了Websocket沟通epiviz web应用程序(http://epiviz.cbcb.umd.edu)的基因组数据的交互式可视化。R / bioc交互式会话中的对象可以显示在基因组浏览器追踪或情节被导航探索基因组区域。支持基本Bioconductor数据结构(例如,GenomicRanges和SummarizedExperiment对象),同时提供一个简单的机制来支持其他数据结构。可视化(使用d3.js)可以很容易地添加到web应用程序。

exomePeak:包开发的分析affinity-based epitranscriptome shortgun测序数据从MeRIP-seq (maA-seq)。它的基础是建立在exomePeak MATLAB软件包(孟、贾、et al。”Exome-based RNA表观基因组测序数据的分析。“生物信息学29.12(2013):1565 - 1567。)与新函数微分分析两种实验条件推出的动态转录后调控RNA methylome。的exomePeak R-package接受和统计支持多个生物复制,内部去除PCR工件和multi-mapping读、输出exome-based结合位点(RNA甲基化网站)和检测微分RNA转录后修饰网站两个实验条件之间的比例,而绝对数量。包仍在积极发展,我们欢迎所有生物学和计算科学家各种各样的协作和沟通。贾孟博士请随时联系jia.meng@hotmail.com如果你有任何问题。

FGNet:构建和可视化功能基因网络集群的浓缩在多个注释空间分析。包包括一个接口来执行分析通过大卫和GeneTerm链接器。

啪嗒啪嗒地响:触发器发现亚型的基因表达在一个给定的样本连同他们的丰度,基于RNA-Seq读取数据。

flowBeads:这个包flowCore扩展到提供特定于珠数据功能。这个计划的目标之一是珠数据的自动化分析为目的的正常化。

flowFit:这个包估计细胞的增殖人口cell-tracking染料的研究。包使用R Levenberg-Marquardt算法的实现(minpack.lm)适合的山峰(对应于不同的一代又一代的细胞)在proliferation-tracking染料分布在流式细胞仪实验。

flowMap:这个包提供一个算法来比较和匹配细胞群跨多个流式细胞仪样本。该方法是基于Friedman-Rafsky测试,非参数多变量统计测试,两个细胞分布匹配,如果他们占领一个类似的功能空间。算法允许用户指定一个参考样本进行比较或构造样本数据的引用。算法的输出是一组细胞群标签的文本文件取代人口metaset标签,产生的匹配过程。

GOSim:这个包实现了几个函数用于计算相似性和基因产品基于他们的注释。而且它允许计算富集分析

h5vc:这个包包含函数从门店实验与统计数据存储在HDF5文件。细节看网页http://www.ebi.ac.uk/ ~所有/ h5vc。

intansv:这个包提供了有效的工具来阅读和集成结构变化预测的流行软件。注释和visulation结构变化也在包中实现。

interactiveDisplay: interactiveDisplay包包含所需的方法产生互动的基础Bioconductor对象的显示方法。

maPredictDSC:这个包实现了分类管道最好的整个团队(Team221)改进剂诊断签名的挑战。添加额外的功能比较的27个组合数据预处理、特征选择和分类器类型。

metaSeq:概率由片面NOISeq结合费雪的方法或史都华牌的方法

methylMnM:给到底假定值和核反应能量MeDIP-seq MRE-seq不同样本数据的对比。

mitoODE:包包含细胞计数方法来适应细胞循环模型数据和代码复制结果摘要所示“动态造型的表型全基因组RNAi live-cell成像试验”(提交)。

msmsEDA:探索性数据分析来评估质量的一系列质/ MS实验,和想象的影响因素。

msmsTests:统计测试label-free质/ MS数据的光谱,发现两个生物条件之间的差异表达蛋白质。三个测试是可用的:漠视泊松回归,quasi-likelihood GLM回归的负二项磨边机包。这三个模型承认nuissance阻塞因素控制变量。保证良好的再现性测试后过滤器是可用的,我们可以设置最小影响大小考虑biologicaly有关,和最低表达最丰富的条件。

MSstats:一组工具,用于蛋白质的意义分析label-free或质SRM和DIA实验。

mzID:解析器mzIdentML文件使用XML实现方案。解析器试图成为将军,能够处理所有类型的mzIdentML文件的缺点有“漂亮”输出低于供应商特定的解析器。请联系任何问题的维护者和供给一个mzIdentML文件可以快速修复的问题。

neaGUI: neaGUI是一个易于使用R包开发执行网络富集分析(NEA)提出的Alexeyenko et al。(2012)。NEA方法扩展了重叠统计GSEA网络基因之间的联系,在实验设置和功能类别利用生物信息的基因相互作用网络。neaGUI需要以下R包:tcltk KEGG。db,走了。db, reactome。db, org.Hs.eg。db, AnnotationDbi hwriter。

NetSAM: NetSAM(网络系列化和模块化)包需要的edge-list表示网络作为输入,执行网络系列化和模块化分析,并生成文件作为输入,可以用于一维网络可视化工具NetGestalt (http://www.netgestalt.org)或其他网络分析。

omicade4:多个co-inertia组学数据集的分析

OmicCircos: OmicCircos R是一个应用程序和包生成高质量的圆形使数据的地图

openCyto:这个包的目的是便于自动化控制方法以连续的方式模拟手动控制策略。

paircompviz:这个包提供了可视化的结果多个pairwise.t等(即成对)对比测试。测试,pairwise.prop。测试或pairwise.wilcox.test。两组相比较在哈斯图可视化为节点。等方法使非常清晰和生动的描述哪一组显著大于其他,特别是比较大量的组。

pathifier: pathifier是一个算法,推断途径放松管制分数为每个肿瘤样本的基础上表达数据。确定这一点,上下文相关的方式,对于每一个特定的数据集和类型的癌症,正在调查中。算法将能够信息转换成pathway-level信息,生成一个紧凑和生物相关的每个样本的代表性。

plethy:这个包提供了基础设施和工具导入、查询和执行整个身体体积描记法和新陈代谢的基本分析数据。目前支持是有限的数据来源于Buxco呼吸运动计量法FinePointe导出的软件工具。

ProCoNA:蛋白质co-expression网络建设使用肽水平数据,与statisical分析。(临床生物信息学杂志2013年3:11 doi: 10.1186 / 2043-9113-3-11)

prot2D:这个包的目的是分析(例如正常化并选择重要的点)数据发布从二维凝胶实验

PSICQUIC: PSICQUIC国际蛋白质组学中一个项目标准倡议(HUPO-PSI)。分子间相互作用数据库标准化编程访问。

qcmetrics:包提供了一个通用的数据质量控制的框架。它允许创建、管理和想象个人或组质量控制指标,在各种格式生成质量控制报告。

qusage:这个包是一组实现定量分析基因表达(qusage)方法中描述(Yaari g . et al诊断酸Res, 2013)。这是一种新型的基因集浓缩型测试,其目的是提供一个更快,更准确,更容易理解测试基因表达研究。qusage占inter-gene相关性使用方差膨胀因子技术提出的吴et al。(核酸Res, 2012)。此外,而不是简单地评估偏离零假设和一个数字(P值),qusage量化基因集活动与一个完整的概率密度函数(PDF)。从这个PDF, P值和置信区间可以很容易地提取出来。保存PDF还允许因果分析(例如,成对比较基因集活动),同时保持统计可追溯性。最后,虽然qusage兼容个人基因数据从现有的方法(例如,LIMMA) Welch-based方法实现显示提高特异性。问题,接触(cbolen1@gmail.com)或克里斯·保伦史蒂文Kleinstein (steven.kleinstein@yale.edu)

Rchemcpp: Rchemcpp包实现了边缘图内核和扩展,Tanimoto内核,图形内核,药效团和3 d测量内核建议相似的分子。

RDAVIDWebService:注释工具,用于从数据库中检索数据,可视化和发现(大卫)使用Web服务集成到R对象。这个包提供了大卫的网站的主要功能包括:1)用户友好连接上传基因/背景列表/ s,改变基因/背景位置,选择当前的形式/ s,选择注释,等等(二)提交的报告基因列表,注释类别汇总,基因/术语集群、功能注释图、功能注释表

rfPred:基于外部大量数据文件rfPred分数预计算在所有人类基因组位置的外显子组,包给错义rfPred分数变异染色体,发现的位置(hg19版),参照和替代nucleotids和uniprot标识符的蛋白质。注意,使用的包,用户必须连接在互联网上或下载TabixFile和索引(大约3.3去)。

Roleswitch:推断概率MiRNA-mRNA互动的签名(承诺)使用成对的表达数据从一个样本。Roleswitch运行在两个阶段的概率推断mRNA (microrna)的目标(“目标”)的microrna (mRNA),考虑到所有的mRNA的表达(microrna)由于其潜在的竞争同样的microrna (mRNA)。由于在细胞内动态microrna的镇压,Roleswitch假定总mRNA转录水平高于观察(平衡)mRNA水平和迭代更新每个信使rna的转录总目标基于上述推理。

RRHO:包的目的是推理的协议在两个排序的列表使用Rank-Rank超几何重叠测试。

研制:这个包提供了类和方法对于转录网络推理和分析。调节器转录因子活性的评估条件互信息,和主监管机构被映射到表型使用不同的策略,例如,基因集富集,阴影和协同分析。

rTRM: rTRM识别转录监管模块(trm)从蛋白质相互作用网络。

rTRMui:这个包提供了一个web接口来计算转录监管与rTRM模块。

seqCNA:拷贝数快速癌症高通量测序数据的分析与总结,广泛筛选和改进的归一化

SeqVarTools:一个接口快速访问存储格式SeqArray VCF提供的数据,与常见的操作和分析的工具。

rTANDEM shinyTANDEM:这个包提供了一个GUI界面。GUI设计主要是可视化rTANDEM结果对象或xml文件。但它也提供了一个接口用于创建参数对象,启动搜索或R对象和xml之间进行转换文件。

SigFuge:算法测试集群RNA-seq数据的重要性。

SimBindProfiles: SimBindProfiles识别常见的和独特的基因组花砖阵列数据绑定的地区。这个包不依赖于峰值的召唤,但直接对比绑定配置文件处理在同一阵列平台。它实现了一个简单的阈值的方法,从而使一般检索和不同地区之间的数据集以及补偿和增加绑定的事件。

SpacePAC:确定集群的体细胞突变蛋白通过仿真方法虽然考虑到蛋白质的三级结构。

可变剪接的连接工具:一个R包分类从RNA-seq数据和预测潜在的编码。

spliceSites:从RNA-seq数据缺口位置对齐

sRAP:这个包提供一个管道用于基因表达分析(主要是RNA-Seq数据)。正常化是RNA-Seq分析特定的函数,但所有其他功能(质量控制数据,微分和可视化表达,和功能性浓缩通过BD-Func)将与任何类型的基因表达数据。

sSeq:这个包的目的是发现两个条件之间的差异表达的基因RNA-seq实验。基因表达以项记录和建模与负二项分布(NB)使用收缩分散估计方法。矩量法(MM)分散估计正朝着估计目标,缩小,减少收缩估计的平均平方区别和最初的估计。注下的每个基因概率计算模型,并用来测试的假设预期的一个基因的表达在两个条件相同NB分布。

STRINGdb: STRINGdb包提供了一个用户友好的界面到字符串蛋白质相互作用数据库(http://www.string-db.org)。

supraHex: supra-hexagonal地图是一个巨大的六边形无缝地在一个二维网格组成的较小的六边形。它应该是火车、分析和可视化高维组学数据。supraHex能够carray基因/ meta-gene集群和样本相关性,加上直观可视化促进探索性分析。独特的包,用户可以同时理解自己的组学数据sample-specific时尚但没有大的基因信息的损失。

SwimR: SwimR R-based套件,计算,分析,和情节的频率秀丽隐杆线虫游泳行为随着时间的推移。它特别强调识别瘫痪和量化的动力元素瘫痪在游泳。从自定义构建程序数据输入SwipR适合5点的形态学脊柱的视频单蠕虫游泳在一个叫做蠕虫跟踪缓冲区。

TargetScore:推断microRNA目标的后验分布概率模型的可能性microRNA-overexpression fold-changes和基于分数。Variaitonal贝叶斯高斯混合模型(VB-GMM)应用于日志fold-changes和序列的分数获得潜变量的后验microrna的目标。最后计算targetScore sigmoid-transformed叠化加权平均后验的目标组件的所有功能。

移行细胞癌:这个包提供了一系列的功能执行微分表达式分析从RNA-seq计数数据使用健壮的标准化策略(称为度)。德格的基本思想是,潜在的差异表达基因或转录(DEGs)相比,样品应该删除数据规范化获得well-ranked基因列表之前真正的DEGs顶级和non-DEGs底部排名。可以通过执行多步标准化策略(称为德格度消除策略)。移行细胞癌的一个重要特点是提供的标准化方法的几种统计数据(双官能团有或没有复制,多群/多因素,等等)的组合函数的使用在其他复杂的包(特别是磨边机、DESeq和baySeq)。

TFBSTools: TFBS的软件包。

tRanslatome:差异表达基因的检测(度)的比较两个生物条件(治疗与不治疗,病变与正常,突变体与野生型)在不同的基因表达水平(转录组、tRanslatome蛋白质组),使用几种统计方法:等级产品,t检验,山姆,Limma, ANOTA, DESeq,磨边机。可能画出结果与散点图、直方图马情节,标准偏差(SD)的情节,变异系数(CV)的阴谋。检测大大丰富了转录后调控因素(RBPs, microrna等)和基因本体术语列表的先前确定度两个表达水平。比较的方面丰富只在一个水平或在两种。计算语义相似度得分之间丰富的列表项来自两个表达水平。丰富的视觉检查和比较接受的热图,雷达情节和barplots。

三:测试单核苷酸多态性和SNP的交互与基因型的TDT。这个包此外包含函数计算成对值LD措施和确定LD街区,以及功能设置匹配情况下pseudo-control基因型数据case-parent三人小组为了运行三个逻辑回归,在三人小组将缺失的基因型,为模拟case-parent三人小组与疾病风险依赖SNP交互,对权力和样本量计算三个数据。

vtpnet: variant-transcription factor-phenotype网络,灵感来自Maurano et al .,科学(2012),PMID 22955828

XVector:内存高效S4类存储序列“外部”(R背后外部指针,或在磁盘上)。

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

ADaCGH2

的变化版本2.1.6 (2013-09-23):

• 开始测试对Rβ3.0.2。固定进口和依赖。

• chromData:使用“短”,而不是“ushort”,吸引更多的用户错误。

• pSegmentGLAD:使用自定义daglad最小化不必要的电话,专门排序,可以非常昂贵。

• 添加“certain_noNA”分割方法。

• 开始测试对R-devel(成为R-3.1.0)。

2.1.5版本的变化(2013-09-16):

• 固定的拼写错误。

• 最小化使用“::”,安萨里删除未使用的功能,一些assignemts不再有意义(所有包现在有名称空间)。

• 减少“取决于”和使用“建议”和“进口”描述“importFrom”名称空间。

• 不再使用我们自己的mergeLevels,因为相同的aCGH包。

• 很高兴现在使用推荐的最快的选项(smoothfunc = haarseg)。

2.1.4版本的变化(2013-07-01):

• 固定失踪进入龙头的装饰图案。

2.1.3版本的变化(2013-06-20):

• 默认合并pSegmentDNAcopy改为“疯狂”,以反映我们的使用。

• 增加了更多的装饰图案,基准测试结果和建议和固定一些拼写错误。

2.1.2版本的变化(2013-06-17):

• cutFile尝试更多的变化,让它运行在Mac。

• 固定名称长例子中导致错误地报告结果不同。

• 增加了新的基准测试结果。

更改版本2.1.1 (2013-06-16):

• 许多小的变化和适应在装饰图案和帮助让它工作和赢得和Mac。

• cutFile变化,试图让它运行在Mac。

版本2.1.0的变化(2013-05-30):

• 这是一个重大的大多数代码重写,新功能,主要变化在现有功能,新的小插曲,等等。

• 我们不再使用降雪。

• 重大变化在并行化,使用分支。

• 读取的数据:更多选择,并行阅读。

affxparser

版本变化1.34.0 (2012-10-14):

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前Bioc v2.13 R (> = 3.0.0)。

版本变化1.33.4 (2013-09-23):

• 加速/清理:包现在使用它()而不是whichVector R.utils的()。在R(< 2.11.0)()曾经是10倍低于whichVector(),但现在快3倍。

版本变化1.33.3 (2013-06-29):

• 在释放v1.32.3更新一样。

版本变化1.33.2 (2013-05-25):

• 在释放v1.32.2更新一样。

版本变化1.33.1 (2013-05-20):

• 在释放v1.32.1更新一样。

版本变化1.33.0 (2013-04-03):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

• 没有更新。

版本变化1.32.3 (2013-06-29):

• 错误修正:由于affxparser v1.30.2/1.31.2 (r72352;2013-01-08),writeCdf()将错误编码单元类型,敌我识别输入提供的参数指定为整数,例如是由writeCdf()在aroma.affymetrix AffyGenePDInfo。更具体地说,单位类型指数将会由一个,例如“表达式”单元(1)将作为一个“未知的”单元编码(0)等等。另一方面,如果他们被指定单位式名称(例如“表达式”)的编码应该仍然是正确的,例如,如果输入是由readCdf affxparser ()。由于Guido Hooiveld瓦赫宁根UR(荷兰)报告。

• 错误修复:相似,writeCdf()“总是”,至少affxparser v1.7.4以来(r21888;2007-01-09),编码单元方向和质量控制单元类型不正确,敌我识别他们指定为整数。

版本变化1.32.2 (2013-05-25):

• 加速:删除所有剩余gc()调用。

• 加速:取代所有rm()调用与零作业。

版本变化1.32.1 (2013-05-20):

• 凹口政策:现在所有Rd \使用{}行最多90个字符长。

annmap

这次1.2.1版本的变化:

• BUG annmap - 112 transcriptCoordsToGenome和proteinCoordsToGenome失败时返回一个农庄对象链作为一个数值,而不是整数。

AnnotationHub

的变化版本1.2.0:

新功能

• 支持TabixFile VCF文件

错误修复

• 不正确的选项卡完成不重置完成线

aroma.light

版本变化1.32.0 (2012-10-14):

• 版本号是撞Bioconductor发布版本,目前是Bioc v2.13 R (> = 3.0.0)。

版本变化1.31.10 (2013-10-08):

• 添加averageQuantile(矩阵)除了列表。

• 加速:现在normalizeQuantileSpline (…sortTarget = TRUE)排序向量的目标只有一次列表就像做矩阵。

• 文档:合并的文档normalizeQuantileSpline()的所有数据类型到一个帮助页面。相同plotXYCurve ()。

• 错误修复:论点的lwd plotXYCurve (X,…)如果“X”被忽略是一个矩阵。

• 撞包的依赖关系。

版本变化1.31.9 (2013-10-07):

• 现在图书馆(香气。光,悄然默默地= TRUE)高度的包完全没有任何消息。

• 现在的香气。光的包对象也可以当包只加载(但不是附加)。

• 文档:合并的文档normalizeQuantileRank数值向量()和列表。

• 文档:现在documention S3方法下相应的通用函数。

版本变化1.31.8 (2013-10-02):

• 文档:更通用的功能现在“别名”下相关对应的方法。

版本变化1.31.7 (2013-09-27):

• 加速:现在所有包功能利用“matrixStats”功能在可能的情况下,例如anyMissing (), colMins(),和rowWeightedMedians ()。

• 撞包的依赖关系。

版本变化1.31.6 (2013-09-25):

• 清理:包不再使用后备附件的R。oo的包在附件。

版本变化1.31.5 (2013-09-23):

• 鲁棒性:现在正确地在名称空间中声明所有S3方法文件。

• 加速/清理:normalizeTumorBoost()现在使用它()而不是whichVector R.utils的()。在R(< 2.11.0)()曾经是10倍低于whichVector(),但现在快3倍。

• 清理:现在只使用“Authors@R”描述,这是可能的,因为R (> = 2.14.0)。因此,新需求版本的R。

• 撞包的依赖关系。

版本的变化应用于(2013-09-10):

• 清理:现在包显式地从matrixStats进口它所需要的。

• 撞包的依赖关系。

版本变化1.31.3 (2013-05-25):

• 加速:删除所有剩余的gc()调用,在normalizeQuantileSpline ()。

• 加速:取代所有rm()调用与零作业。

• 更新包的依赖关系。

版本变化1.31.2 (2013-05-20):

• 在v1.30.2更新一样。

版本变化1.31.1 (2011-04-18):

• 在v1.30.1更新一样。

版本变化1.31.0 (2013-04-03):

• 版本号是撞Bioc猛击版本。

版本变化1.30.5 (2013-09-25):

• 从v1.31.5补丁:在名称空间中声明所有S3方法。

• 从v1.31.5补丁:normalizeTumorBoost()现在使用它(),也消除了一个依赖“R.utils”。

版本变化1.30.4 (2013-09-25):

• 从v1.31.4补丁:现在包显式地从matrixStats进口它所需要的。

版本变化1.30.3 (2013-09-25):

• 从v1.31.3补丁:删除所有gc()调用和删除变量现在更快。

• 删除一个流浪str()调试输出robustSmoothSpline ()。

版本变化1.30.2 (2013-05-20):

• 凹口政策:现在所有Rd \使用{}行最多90个字符长。

版本变化1.30.1 (2013-04-18):

• 现在backtransformPrincipalCurve()保存维度名称。

• 错误修复:backtransformPrincipalCurve()给一个错误如果主曲线会使用数据拟合与缺失值。

• 错误修复:fitPrincipalCurve()不会保护维度名称如果含有缺失值的数据。

资产

1.0版本的变化:

用户可见的变化

• 最初版本的资产包。

错误修复

• 一个也没有。

计划

• 下一个版本将会有新的功能,为h。特征和h.types。

袋

2.1版本的变化:

• 考虑时间序列数据的函数。

BaseSpaceR

1.1版本的变化:

新功能

• 新的高水平performOAuth()函数使得应用程序的身份验证变得更加容易。

• 现在initializeAuth()启动一个浏览器窗口并启动OAuth v2的过程。用户可以使用“useBrowser”参数来控制这种行为。

用户可见的明显变化

• requestAccessToken()返回一个整数给请求的状态:* 1如果请求是成功和一个access_token收到* 1如果AppAuth处理已经包含一个可行的访问令牌*整数比如果请求失败。还有一个新的详细的参数控制的信息显示给用户。默认情况下“verbose = TRUE”

错误修复

• 行结束字符添加到一些消息。

• fileItem大小是美元现在存储为一个数值,从而允许对文件大于2 gb。

BiGGR

的变化版本0.99.3:

• 最初版本的Bioconductor BiGGR。包曾出现在凹口。

bigmemoryExtras

1.3.1:#星期四06-20-2013 - >

1.4.0:# 06-26-2013 - 19:56结婚

1.4.1:

bioassayR

更改版本1.0.0 (2013-10-15):

新功能

• 提供了一个预构建的数据库包含PubChem生物测定生物活性数据从成千上万的化验

新功能

• 特征识别目标化合物选择性

新功能

• 特征识别制药蛋白质的目标

新功能

• S4类和数据库结构对于大型生物活性数据

Biobase

2.21版本的变化:

用户可见的变化

• channelNames < -, NChannelSet *方法允许re-naming频道

用户可见的变化

• NChannelSet有效性要求所有assayDataElementNames()水平在varMetadata()美元通道。

BiocParallel

的变化版本0.99.0:

新功能

• mclapply (), pvec()只需要长度,(,(mclapply) [[。

• pvectorize()创建了一个并行版本的矢量化函数参数。

• MulticoreParam、SnowParam DoparParam (foreach-derived) SerialParam参数化后端。

• bplapply, bpvec并行评估模型。

• bpstart bpstop, bpisup后端管理。

• bpvec总有一个新的参数,函数来指定如何组合结果。

用户可见的明显变化

• BPPARM现在用作BiocParallelParam实例传递给函数的参数名称。

• bplapply bpvec现在只在X和BPPARAM调度。

BiocStyle

版本1.0.0的变化:

用户可见的变化

• 重命名\ Rpkg{}为\ CRANpkg{}来反映功能

错误修复

• 避免选择冲突\ usepackage{颜色}

biomvRCNS

1.1.9版本的变化:

错误修复

• NA bug模式失败时

错误修复

• 使用如果比maxk短段的长度

的变化版本1.1.8:

新功能

• 在biomvRhsmm添加错误捕捉

错误修复

• 更新包装饰图案

新功能

• 微调的内存使用量大的计数数据结构

错误修复

• 小bug修复

1.1.7版的变化:

新功能

• 添加支持Rle mcols大型稀疏数据统计的数据结构。

新功能

• 添加mclapply biomvRhsmm seqnames不同的并行处理

1.1.6版本的变化:

错误修复

• 教育管理信息系统修复nbinom estimateSegCommonDisp - > nbinomCLLDD

1.1.5版本的变化:

新功能

• 更新biomvRGviz专辑曲目时返回去整理= FALSE

错误修复

• 在函数参数错误修复

更改版本1.1.4:

新功能

• 更新biomvRGviz绘制多个样品,和更多的参数

• 阴谋方法现在默认为多个样本,sampleInOne = T

错误修复

• 解决国家排名当prior.m =集群

更改版本1.1.3:

新功能

• 返回对象的x槽biomvRhsmm现在还包含每个职位的相关状态的概率

新功能

• 返回对象的参数槽biomvRhsmm现在还包含更新的排放,并为每个seqname逗留参数和样本列

1.1.2版本的变化:

新功能

• 添加一个新的聚类排放之前估计的方法

• 添加一个新的例子DMR检测部分的装饰图案

错误修复

• 关掉几个数据检查警告,使用普通的猫()

变化的1.1.1版:

新功能

• 添加支持逗留的直接输入参数命名的列表。

错误修复

• 抑制警告时生成附加农庄对象输出

BitSeq

1.5.5版本的变化(2013-10-12):

错误修复

• 固定的问题处理Fasta读取

错误修复

• 固定问题处理混合比对经验估计

错误修复

• 使用适当的包括samtools

1.5.2版本的变化(2013-10-09):

错误修复

• 固定力选项estimateHyperPar(它在错误的方式)

• 固定问题,有效长度太小

新功能

• 添加estimateVBExpression函数,利用变分贝叶斯推理方法来估计表达的转录水平

3版本的变化(2013-07-08):

错误修复

• 固定getGeneExpression主要缺陷和getWithinGeneExpression导致错误结果对一些基因如果成绩单没有分组由基因

新功能

• 固定的错误在parseAlignment偶尔会导致有效长度计算下溢

错误修复

• 固定的平方根错列getExpression结果意味着美元的字段

新功能

• 更快parseAlignment计算

错误修复

• 在getGeneExpression和getWithinGeneExpression提高精度

新功能

• getWithinGeneExpression提供选项来保持记录在原始顺序即使他们不分组的基因

bsseq

0.9版本的变化:

• 固定的问题“宽度”的标题bsseq情节。

• 情节。BSseqTstat现在允许BSseqTstat对象没有校正计算。

• validObject (BSseq)也已扩展到检查sampleNames一致性。

• 固定的错误相关的有效性检查。

• 增加maxk调用locfit从10000年到50000年,允许拟合模型与unusally长染色体基因组(感谢布莱恩草本报告)。

• 类的类表示“BSseq”完全改变了。这个新类是建立在“SummarizedExperiment”GenomicRanges代替“hasGRanges”。使用“x < - updateObject (x)的更新对象序列化(保存)。

• 修复一个问题orderBSseq与染色体的名字。

• 允许用户指定maxk BSmooth默认为10000。

• 修正了许多必要的新类表示。

• 更好的论点在BSmooth.tstat检查。

• 几无证现在记录功能。

• 重写orderBSseq

bumphunter

1.1版本的变化:

• 添加新闻文件。

• 固定一个bug相关数字> =。

• 添加使用高斯平滑内核,通过函数locfitByCluster locfit包中实现。

• 添加closeSockets清理doParallel在Windows。

• 更多的修正为windows;现在使用foreachCleanup ()。

• 添加了一个“疙瘩”类和印刷的方法。

• annotateNearest / regionMatch现在给NA注释查询没有最近的主题(也许是因为seqname失踪的主题)。此前这被错误的输入和一个硬件错误。

• 弗兰克-威廉姆斯的加速计算使用foreach。

• boundedClusterMaker补充道。

• bug修复内部函数.getModT(不用于主bumphunter功能)。现在正确的返回的t统计量。

相机

2012-06-12版本的变化:

• 在findIsotopes错误修复,清除“矢量”必须进行排序non-decreasingly错误

2012-06-11版本的变化:

• 版本1.13.4

• 添加ByteCompile:真

• 错误修复findIsotopes,清除下标绑定错误

2012-05-25版本的变化:

• 版本1.13.2

• 第一个变化改善同位素检测

2012-04-12版本的变化:

• 版本1.13.1

• 错误修复连续findIsotopes修复不是同位素标签像[M] + [M + 2] + [M + 1] +

2012-03-19版本的变化:

• 版本1.11.10

• 在groupCorr错误修复,函数将抛出一个错误论点xraw(如果不为空

• 版本1.11.9

• 在findAdducts错误修复,加合物注释过滤是严格的,如果ips分数高于1.5分

2012-02-29版本的变化:

• 版本1.11.8

• 在findAdducts并行模式错误修复,错误的存储在annoGrp psgrp指数

2012-02-17版本的变化:

• 版本1.11.7

• 在findAdducts错误修复,规则集不是保存在一个xsAnnotate对象与用户定义的规则

• 改变了一般groupCorr行为。如果没有以上相关边缘阈值,所有山峰pspecs大小1中分离

2012-02-15版本的变化:

• 版本1.11.6

• 修复错误groupCorr:如果样品被设置为1或NA以外的东西,它导致崩溃

2012-02-10版本的变化:

• 1.11.5版本

• 错误修复在groupCorr参数cor_eic_th并不影响相关样品

• 添加新的参数groupCorr cor_exp_th

2011-29-11版本的变化:

• 1.11.3版本

• combinexsAnnos添加新的功能。它允许检查和reannotation coressponding样本的样本相反的离子模式

2011-28-04版本的变化:

• getpspectra修复bug,同位素峰不正确的标签

2011-24-11版本的变化:

• 版本1.11.2

• annotateDiffreport错误修复:自1.7.7 peaklist从相机和diffreport函数的不匹配导致错误的命令peaktable

2011-24-05版本的变化:

• findIsotopes修复错误,可能导致崩溃,如果maxiso高于3

2011-23-09版本的变化:

• 版本1.9.7

• 在calcIsotopes错误修复,导致groupCorr与calcIso崩溃(rbind误差(resMat…)

• 错误修复与给定xcmsRaw groupCorr

2011-22-08版本的变化:

• 版本1.9.6

• 错误修复plotEICs (pks误差[1]:不正确的尺寸)

2011-20-25版本的变化:

• 版本1.9.9

• 添加了一些“滴= FALSE”修复”错误isomatrix[1]:不正确的数量的维度”的错误

2011-20-10版本的变化:

• 版本1.9.8

• 表extended_adducts_pos正确的规则。csv(质子的质量错误)

2011-12-12版本的变化:

• 版本1.11.4

• 失踪的Rd combinexsAnnos添加页面

2011-12-05版本的变化:

• plotPsSpectrum现在接受额外的参数

2011-10-11版本的变化:

• 1.11.1版本

• 增加的可能性与getIsotopeCluster从不同样本中提取多个同位素强度

2011-04-04版本的变化:

• 在findAdducts修复bug,如果pseudospectrum质量只有NA值列表

2011-02-08版本的变化:

• 版本1.9.5

• 错误修复findIsotopes如果ppm很高可能出现一个峰值是指定为两个或两个以上的同位素峰

• 版本1.9.4

• 添加参数极性xsAnnotate构造函数

• getPeaklist现在getpspectra返回正确的注释负带电离子[M]

• 添加雪作为并行处理的更多的可能

• 添加函数cleanParallel清理了奴隶的过程

2010-29-09版本的变化:

• 添加函数findNeutralLoss和findNeutralLossSpecs

2010-23-11版本的变化:

• 在findAdducts修复bug。函数失败,如果在并行模式下运行。

2010-20-09版本的变化:

• 添加函数getIsotopeCluster同位素集群的检索

2010-11-10版本的变化:

• 重写装饰图案

2010-11-06版本的变化:

• 加快在findAdducts

• 修复单元测试

2010-08-11版本的变化:

• 添加groupFWHM intval中参数和findIsotopes

• 改变getPeaklist S4的方法。

• 添加getPeaklist参数intval中,可以选择强度值

• 附加为findIsotopes错误修复。可能会出现1.7.1上,所有同位素将被删除。

2010-05-03版本的变化:

• findIsotopes修复bug,坠毁在昏暗的错误

2010-04-20版本的变化:

• 修复bug在注释功能

2010-04-19版本的变化:

• 最后改变未来BioC释放

• 重写的装饰图案

2010-03-17版本的变化:

• 休相机使用多个样本的变化

• 添加检查约束groupCorr同位素和主要的加合物

2010-01-11版本的变化:

• 在findIsotopes修复bug。如果第一个同位素峰发生,可以从两个不同的单一同位素的山峰被分配。

• 略有减少的数量发现同位素

2009-11-24版本的变化:

• 添加实验与MPI并行模式

2009-11-20版本的变化:

• 在设定ruletable修复缺陷

2009-08-26版本的变化:

• 添加nSlaves参数findAdducts(与MPI并行注释)

2009-08-24版本的变化:

• 小的修正getPeaklist

• 添加中性规则集的损失

2009-08-12版本的变化:

• 固定plotEICs 1峰组

2009-08-04版本的变化:

• 添加ips annoGrp得分

2009-06-03版本的变化:

• 加合物的标签添加到plotPeaks ()

• 加合物的标签添加到plotEICs ()

2009-05-22版本的变化:

• 添加第一个可视化函数plotEICs()和plotPeaks ()

2009-05-06版本的变化:

• 撞猛击2.5

2009-03-30版本的变化:

• 添加combine_xsanno

• 小的重构

• 得分的变化模式

2009-03-18版本的变化:

• groupCorr每一个峰值后现在是一个组的成员

• 错误修复:删除xM-xH克隆

• 删除依赖Hmisc

2009-03-10版本的变化:

• 加速的findAdducts

2009-02-24版本的变化:

• 重构findAdducts

• 添加方法对pos /否定极性比较

2009-02-20版本的变化:

• 取代na。省略与naOmit

2009-02-18版本的变化:

• 添加中性损失转化为规则集

• 其他的修正

2009-01-19版本的变化:

• 改变同位素提名

• 添加列表片段,离子和中性的损失

2008-10-15版本的变化:

• 很多的修正,加快相关的

2008-10-13版本的变化:

• 0.1.1首次构建版本

2007-10-12版本的变化:

• 初发布和收集的东西

categoryCompare

1.5.1:

CellNOptR

版本变化1.8.0 (2013-08-28):

• 错误修复

  • readMIDAS: DV、DA和TR现在可以在specy名称

  • prep4sim可以阅读自我循环

  • plotOptimResultsPan:解决特殊情况与一个或没有抑制剂/刺激

  • 修复bug cutNONC: notMat并不密集

  • readSIF:可以读取和盖茨在大帽以及小的编码

  • writeMIDAS:管理缺乏抑制剂

• 变化

  • CNOlist:分区参数被移除。子域自动发现的头

  • expandAndGates并不仅限于4输入了

  • normaliseCNOlist: EC50默认设置为1

• 新功能

  • readSBMLQual:一个函数之前阅读SBMLqual格式的知识网络。! !这是一个原型。使用时要小心。

  • 随着时间的推移cutCNOlist函数可以减少MIDAS文件

ChemmineOB

版本1.0.0的变化:

新功能

• 函数OpenBabel支持的任意两种格式之间进行转换

新功能

• 描述符计算

新功能

• 指纹计算

嵌合体

的变化版本1.3.15:

新功能

• 裂隙填充物Nadalin et al BMC生物信息学是实现为新创验证工具融合断点。

的变化版本1.3.12:

新功能

• picardInstallation Picard-tools chimara文件夹中可以下载。

新功能

• 包装器函数validateSamFile使用皮卡德工具来验证山姆/ BAM文件。

新功能

• 包装器函数filterSamReads允许山姆和BAM过滤。

更改版本就开始:

新功能

• Rsubread对准器是用来代替大礼帽。

v1.3.3变化:

新功能

• 星融合导入功能:importFusionData

新功能

• 恒星运行功能:starInstallation

新功能

• 明星安装功能:starRun

新功能

• BiocParallel支持功能:明星进口fusionName supportingReads filterList

chipenrich

1.0版本的变化:

包裹的特性

• chipenrich执行基因集富集检测山峰叫ChIP-seq实验

包裹的特性

• chipenrich经验等混杂因素纠正基因的长度和mappability周围的基因序列

包裹的特性

• 使用多个基因的定义“轨迹”在测试进行浓缩,或者提供你自己的定义

包裹的特性

• 测试使用chipenrich浓缩或确切概率法(应该只用于数据集接近tss山峰,见文档)

包裹的特性

• 测试多组genesets(基因本体,KEGG, Biocarta、人类等)。

包裹的特性

• 多个情节描述绑定距离和峰值的可能性作为基因长度的函数

包裹的特性

• 支持人类(hg19),鼠标(mm9)和大鼠(rn4)基因组

包裹的特性

• 许多便利,如看到山峰被分配到基因,他们的位置相对于这些基因和TSS,等等。

包裹的特性

• 看看有多少山峰被分配到每个基因的长度和mappability基因

的变化版本0.99.2:

用户可见的变化

• 更新各种函数运行的例子(不删除)

• 更新描述使用进口:而不是取决于:

• 更新执照GPL-3

• 更新新闻文件bioconductor指南

错误修复

• 添加了一个修正的情况小基因集有一个峰值在每一个基因。这使数量很少的测试的结果稍微保守,在实际上的好处能够返回一个假定值。

的变化版本0.99.1:

用户可见的变化

• 小为Bioconductor更新文档

的变化版本0.99.0:

新功能

• 初始提交Bioconductor

的变化版本0.9.6:

新功能

• 每个基因添加山峰为返回的对象/输出文件

的变化版本0.9.5:

错误修复

• 更新处理bioconductor / IRange distanceToNearest和距离的新“功能”

用户可见的变化

• 改变排序的结果将丰富条款第一(按假定值排序),然后耗尽(也按假定值排序)

的变化版本0.9.4:

用户可见的变化

• 微小的变化,装饰图案和文档

的变化版本0.9.3:

新功能

• 老鼠的基因组

错误修复

• chipenrich()将正确地打开两个轮回,轮回。现在广州的文件

的变化版本0.9.2:

新功能

• 增加了对用户输入自己的轨迹的能力定义文件(通过文件的完整路径locusdef论点)

• 结果添加了一个数据帧对象,给出了参数/值传递给chipenrich, * _opts.tab也写入文件

• 场效应晶体管和chipenrich方法、结果变量可以被记录为> = 1的高峰,2个高峰,使用num_peak_threshold 3峰等参数

• 添加一个参数集基因集,应该测试的最大大小(默认值为2000)

用户可见的变化

• 以前只有中点有峰-峰值>基因作业文件,现在原来的峰值开始/结束

• 更新帮助/人新的参数和结果的更多信息

错误修复

• 固定一个问题状态在结果没有丰富如果比值比无限,和枯竭如果比值比零

的变化版本0.9.1:

新功能

• 添加了一个QC情节为预期的山峰和实际# #峰与基因轨迹长度。这将是自动创建如果qc_plots是真的,或者情节可以使用plot_expected_peaks函数创建。

新功能

• 现在距离TSS签约上游(-)和下游TSS的(+)

新功能

• 列添加到显示geneset是否丰富或枯竭

0.9版本的变化:

新功能

• 本地文件添加支持阅读床

错误修复

• 修复无效的chipenrich geneset中()没有正确地检测到

0.8版本的变化:

错误修复

• 固定崩溃当mappability包含一个NA(从DB在未来的版本将被删除)

0.7版本的变化:

用户可见的变化

• 更新二项测试和基因轨迹长度得到基因组长度和删除基因没有出现在组基因被测试

• 更新花键配合情节考虑mappability如果请求(日志可用图表示的轨迹长度绘制而不是简单地记录轨迹长度)

• 删除SAMPLEABLE_GENOME *常量,因为他们不再需要

• 帮助文件的更新以反映更改plot_spline_length和chipenrich功能

错误修复

• 修复结果中多个基因集合类型(例如,一起做BioCarta和KEGG)没有按假定值排序

0.6版本的变化:

错误修复

• 修复1 kb / 5 kb locusdefs中可能会失败,如果不是所有的山峰被分配到一个基因

0.5版本的变化:

用户可见的变化

• 有助于解释新的mappability模型更新

用户可见的变化

• 改变了mappability处理——现在mappability繁殖基因轨迹的长度,而不是调整样条术语

ChIPpeakAnno

2.9.6版本的变化:

错误修复

• 改变增强剂。基因间的消音器。在assignChromosomeRegion地区。

2.9.5版本的变化:

错误修复

• 修正错误消极的宽度是不允许当findOverlappingPeaks打电话。

cisPath

1.1.6版本的变化:

• 修正一个错误

1.1.5版本的变化:

• 文档的改进

更改版本1.1.4:

• 修正一个错误

更改版本1.1.3:

• 文档的改进

1.1.2版本的变化:

• 修正一个错误

变化的1.1.1版:

• 几种方法已经被添加到从碧娜和字符串格式PPI数据下载数据库

切肉刀

版本变化0.99.5 (2013-07-24):

• 装饰图案:

• 删除重复sessionInfo条目。

版本变化0.99.4 (2013-07-23):

• 装饰图案:

• 使用BiocStyle。

• 添加sessionInfo()和TOC。

版本变化0.99.3 (2013-07-08):

• 装饰图案:添加第二个大脑参考。

版本变化0.99.2 (2013-06-17):

• 取代自己的构造函数AAStringSetList Biostrings:: AAStringSetList。

• 人/ cleaver-package。理查德·道金斯:删除静态日期。

• 装饰图案:添加动态日期和不加载Biostrings手动了。

• 名称空间:不要从Biostrings进口和IRanges。

版本变化0.99.1 (2013-05-30):

• 为角色添加S4-methods, AAString AAStringSet。

• 人/ cleave-methods。理查德·道金斯:分割表乳沟规则减少表的宽度。

• (添加大脑和UniProt扩展一幕。基于ws的例子)。

版本变化0.99.0 (2013-04-27):

• 最初的版本。

clonotypeR

2013-10-07版本的变化:

• 通过对0.99.6 Bioconductor。

• 添加单元测试yassai_identifier ()。

2013-08-01版本的变化:

• 统一的语法common_clonotypes unique_clonotypes。

2013-05-07版本的变化:

• 重新提交0.99.5 Bioconductor。

• 从example_data分发一份clonotypes提取。

• 执行所有例子的装饰图案。

2013-05-01版本的变化:

• 重新提交0.99.4,Bioconductor

• 把减价/小品文的装饰图案。

• 装饰图案添加可执行示例和测试数据。

2013-04-26版本的变化:

• 重新提交0.99.3,Bioconductor

• 额外的数据转移到“本月/ extdata”。

• 把减价本月/小品文的装饰图案。

2013-04-15版本的变化:

• 纠正后重新提交yassai_identifier()和其他警告。

2013-01-08版本的变化:

• 精简Bioconductor包,没有wiki文档。2012 -……查尔斯·普莱西plessy@riken.jp

• 许多条目失踪。

2012-10-10版本的变化:

• 纠正法国式英语“improductive”与“非生产性”。这可以破坏向后兼容性。

2012-09-06版本的变化:

• 最初版本

clusterProfiler

的变化版本1.9.4:

• readGff固定的缺陷),添加默认参数填= TRUE阅读。表函数< 2013-07-09,我的>

1.9.3版本的变化:

• 延长enrichGO支持20种< 2013-07-09,我的>

• 更新小插曲。< 2013-07-09,我的>

1.9.1版本的变化:

• enrichGO和enrichKEGG支持鼠有机体< 2013-05-20,我的>

• 改变一些代码根据剂量< 2013-03-27,结婚>

• 根据变化修改enrichGO和enrichKEGG enrich.internal,删除qvalueCutoff参数,添加pAdjustMethod、添加宇宙paramter为用户指定的背景。< 2013-05-29,结婚>

• 添加函数viewKEGG可视化KEGG通路和更新装饰图案。< 2013-06-14,星期五>

CNAnorm

1.7.1上:

CNORfuzzy

更改版本1.4.0:

• cSimulator处理ihibitors非整数的值和刺激

• gaDiscreteT1。接待员:当只有一个模型解决的问题是公差内返回

• reduceFuzzy。R修复bug引起凹陷应该(模型没有正确)

• defaultParametersFuzzy。接待员:添加nTF特遣部队的数量设置为任意值(未测试)

• CNORwrapFuzzy。R:固定pMutation论点并不密集

• gaDiscrete函数返回dataframe最好的分数。

• 返回的输出字段的名字gaDiscrete现在使用骆驼小写plotFit CellNoptR可用

• 添加C模拟器

codelink

的变化版本1.30.0:

• 最明显的变化是,CodelinkSet界面采用了官方的支持系统。文档的主题已得到改进,和一个新的小插图描述CodelinkSet系统(Codelink_Introduction)。文档的旧Codelink类有搬到Codelink_Legacy装饰图案。

• 之前,readCodelink()将分配NA值点标记为M (MSR现货),我(不规则)和C(污染)。这可能导致在大型数据集,很多地方都至少有一个与NA随机样本,大幅减少的数量事实上的斑点/探测器中使用规范化。许多感谢Emmanuelle Dantony发现这个问题,后续反馈。因为这个和其他问题的实现和适当的方法来解决这一问题,不执行自动指定NA的价值观了。唯一的例外是M标记点,-9999年强度值,因此并不代表任何强度的测量。另外,背景和归一化方法应用limma包中调用相应的函数。支持类型,flag-based权重已经包括,和重量自动创建readCodelinkSet ()。权重可以用来调节一些探针正常化的贡献和在线性建模更有效率。例子关于如何使用这些方法Codelink_Introduction记录的一幕。

• 添加泛型方法规范化Codelink和CodelinkSet类()。

飞镖

1.7.1上版本的变化:

• 依赖从igraph0 igraph(> = 0.6.0)由于igraph0存档。在文件PruneNet。R,集群的使用()输出从zero-index修改相应的一个索引。

deepSNV

版本变化1.99.3 (2013-07-25):

更新

• 一些变化海鸥装饰图案

• 重命名参数π。基因和π。backgr makePrior ()

修正

• 固定错误bf2Vcf()当没有变异

版本变化1.99.2 (2013-07-11):

更新

• 更新的引用

• 添加详细的选项bam2R抑制输出

• 改变模式()“整数”loadAllData值()

修正

• 固定的错误当只有一个变体叫做bf2Vcf ()

版本变化1.99.1 (2013-06-25):

更新

• 使用knitr漂亮的小插曲

修正

• 包括海鸥装饰图案

更新

• 删除固定问题bf2Vcf ()

修正

• makePrior()添加背景在所有网站

版本变化1.99.0 (2013-04-30):

更新

• 海鸥新算法

更新

• 通过总结包括VCF输出(deepSNV、价值=“VCF”)

1.7.4版本的变化(2013-09-28):

更新

• 只使用控制的狄利克雷之前

更新

• 改变从1.99版本号。1.7 x。2.0 x(不是:)

deltaGseg

更改版本1.1.3:

• 纠正错误生成在denoiseSegments段太小了

• 精制策划与数据有许多亚种群(> 10)

• 更健壮的参数选择功能

DESeq2

的变化版本1.1.32:

• 默认情况下,使用QR分解设计矩阵x这个稳定的漠视,配件。可以关掉的useQR论点nbinomWaldTest()和nbinomLRT ()。

• 允许“冻结”正常化的新样品使用先前的估计参数功能:estimateSizeFactors (), varianceStabilizingTransformation(),和rlogTransformation ()。有关详细信息,请参阅手册页和例子。

的变化版本1.1.31:

• 假定值的调整和使用库克的距离搬到离群值检测结果()函数,而不是nbinomWaldTest (), nbinomLRT(),或DESeq ()。这允许用户改变参数设置,而无需改装模型。

的变化版本1.1.24:

• 结果()函数允许用户指定一个不同的系数,要么使用因素和水平的名称,或使用一个数值对比向量。只能在瓦尔德测试对比差异分析。

的变化版本1.1.23:

• 自动执行独立的过滤结果()函数使用genefilter包和优化的意思是规范化。

的变化版本1.1.21:

• 正规化日志转换使用地图的安装分散而不是分散体系。防止大,如此日志褶皱变化从缓和由于大量分散估计盲目的设计公式。这种行为也更加符合方差稳定转换。

DEXSeq

2013-09-12版本的变化:

• 主要装饰图案变化提供一个端到端的工作流程的描述。

• 重大变化,函数名现在让泰爱泰党而不是BM默认;改变装饰图案反映了这一点。

• 添加apepndix解释泰爱泰党装饰图案。

2013-02-27版本的变化:

• python脚本添加了一个参数- r,允许用户要么忽略其实箱子分别属于多个基因和治疗基因,或合并成一个总基因的基因。相当于R python脚本的实现终于补充道。

2012-11-28版本的变化:

• 泰爱泰党方法实现,对于大数量的样品没有完成或速度问题

2012-06-26版本的变化:

• 现在任何函数依赖的顺序的因素的水平。

2012-05-21版本的变化:

• 更多选项和来说,添加到“estimatelog2FoldChanges”

2011-10-03版本的变化:

• 改变文档和装饰图案。添加新功能和更多的支持exonids基因名称和奇怪。

2011-07-12版本的变化:

• 并行化可能添加到代码中,以其描述的装饰图案和单外显子基因正常忽略。

2011-07-01版本的变化:

• 函数还说‘estimateSizeFactors’和‘estimatedispersions S4方法,没有更多的问题当加载DESeq和DEXSeq R在同一个会话

DiffBind

版本1.8.0的变化:

• 添加支持DESeq2:

  • 新:添加DBA_DESEQ2 DBA_ALL_METHODS和DBA_ALL_BLOCK常量方法

  • 改变:dba。使用DESeq2分析可以分析

  • 变化:所有报告和绘图功能支持DESeq2结果

  • 变化:装饰图案包括磨边机的比较,DESeq, DESeq2

• 改变使用dba.count计数:

  • 变化:优化内置计算代码使用更少的内存,运行得更快

  • 变化:反对bLowMem, bUseSummarizeOverlaps所取代

  • 新:添加readFormat参数指定阅读文件类型(而不是使用文件后缀)

• :新一代的基于结果使用DBA DBA对象。报告(使它容易使用不同的绑定peaksets)

• 更改默认值:

  • 变化:默认分数现在DBA_SCORE_TMM_MINUS_FULL代替DBA_SCORE_TMM_MINUS_EFFECTIVE dba.count

  • 变化:默认值dba.analyze bFullLibrarySize现在是正确的

  • 新:bCorPlot选项添加到DBA配置默认关闭CorPlot美元

• 各种修正、改进的警告,更新文档

剂量

的变化版本1.99.6:

• 虫子在EXTID2NAME固定。< 2013-09-28,坐>

的变化版本1.99.5:

• 固定在计算M时只有一个categroy,对象是矩阵本月的列表。< 2013-09-16,我的>

的变化版本1.99.4:

• 出口gsea函数< 2013-07-10,结婚>

的变化版本1.99.3:

• 延长EXTID2NAME支持20种< 2013-07-09,星期二>

• 更新装饰图案。< 2013-07-09,星期二>

的变化版本1.99.1:

• 装饰图案文件转换为knitr Sweave。< 2013-06-24,我的>

的变化版本1.99.0:

• 程度ggplot支持enrichResult通过实现增强方法。< 2013-05-22,结婚>

• 重新实现barplot.enrichResult。< 2013-05-23,清华>

• 宇宙enrich.internal支持用户特定的背景参数。< 2013-05-24,星期五>

• 实现基因集富集分析算法。< 2013-05-29,结婚>

• 改变setReadable groupGO clusterProfiler的支持。< 2013-05-29,结婚>

• 固定mclapply不支持Windows平台的问题。< 2013-05-30,星期五>

• 重命名foldChange logFC参数。< 2013-06-13,清华>

1.7.1上版本的变化:

• 使用geom_bar(统计=“身份”),而不是geom_bar()在barplot y值显式映射。< 2013-05-08,结婚>

• 臭虫固定当qvalue无法计算。< 2013-05-02,清华>

• enrich.internal bug修复,减少这些基因,如果没有注释在计算样本基因数量。< 2013-05-02,清华>

• 改变一些代码来满足ReactomePA < 2013-03-27,结婚>

DSS

的变化版本1.7.0:

• 增加了对多因素实验设计的功能。目前磨边机功能用于glm配件和假设检验。DSS分散估计只提供函数。

的变化版本1.6.0:

• 实现方法检测不同甲基化位点(DML)。

EBImage

的变化版本4.4.0:

新功能

• 面具的新的colorLabels函数使用标签的对象随机排列(Bernd Fisher)

• 附加参数inputRange正常化允许预设定输入强度范围有限

• 额外的参数厚paintObjects控制边界轮廓的厚度

用户可见的明显变化

• 从BiocGenerics正常化和结合使用泛型

• 把结合论证

• “s.radius的重新计算。sd”(平均半径的标准差)在细胞功能

错误修复

• getFrame: XY尺寸等于1是下降了

刨边机

3.3.8版本的变化:

• predFC()与设计= NULL现在使用标准化因素正确。然而这个用predFC()来计算计数每百万被淘汰的cpm ()。

3.3.5版本的变化:

• 细化cutWithMinN()使本数字更平等的在最坏的情况下。

• estimateDisp()现在正确地创建设计矩阵当作为参数,给出的设计矩阵不是只有一个组。以前这种情况下给了一个错误。

• 小编辑的漠视。h的代码。

3.3.4版本的变化:

• plotMDS。DGEList现在提供了一个友好的错误消息当有少于3数据列。

3.3.3版本的变化:

• DGEList()接受NULL作为集团,一个可能值lib.size和规范。参数的因素。它以同样的方式被看作是一个失踪的论点。

3.3.2版本的变化:

• 更新cutWithMinN(),以便它不失败,即使有许多重复的x值。

• 在dispBinTrend细化为nbins计算。现在用的基因数量变化更平稳。跟踪参数是退休了。

• 修复与方法calcNormFactors = " TMM ",考虑lib.size refCol如果这些是预设。

• 更新数据类的帮助页面。

3.3.1版本的变化:

• 更新DGEList()和DGEList-class文档。参数lib.size,集团和规范。因素现在设置为默认值的函数定义,而不是设置为NULL。

eiR

的变化版本1.2.0:

新功能

• 速度提升

新功能

• ieInit现在接受一个雪集群并行插入

新功能

• 允许化合物就地更新的名字

新功能

• eiQuery现在可以返回相似度值,而不是距离

fabia。

2.6.1的变化:

新功能

• 重新调节的lapla

新功能

• extractPlot不阴谋排序矩阵

FGNet

版本1.0.0的变化:

新功能

• 包发布

flowType

变化在2.0.0版本:

新功能

• 新的flowType使用一个增强的动态规划算法在c++中实现,允许搜索空间只有一个子集的表型(做出非常高维数据如CyTOF和单细胞rt - pcr可行),并允许设置多层次的表达式。

新功能

• 注意:这个版本带来一些小但必要的改变的方式flowType函数被调用时,这对一些用户可能会破坏向后兼容性。还要注意,返回值从flowType不再兼容版本1。x RchyOptimyx;用户希望使用RchyOptimyx flowType 2。x应该使用新的和改进的版本2。RchyOptimyx x,这实际上是更简单、更直观。

fmcsR

更改版本1.4.0:

新功能

• 包和fmcsR算法在生物信息学(2013年9月4日,Epub提前打印)

新功能

• fmcsR优于其他虚拟筛选(VP)方法

计

的变化版本14:

• 增加二次装饰图案,“RNA-Seq数据通路和基因片段的分析工作流”。

• kegg添加功能。gsets,最新KEGG通路为任何指定KEGG物种基因集。

gCMAP

1.5.4版本的变化:

• 新:bigmemory bigmemoryExtras包并不是可选的,使gCMAP在Windows上的使用

1.5.3:更正版本的变化

• 新:更新标题的小插曲

1.5.2版本的变化:

• 错误修复:更新mapNmerge eSet建设功能

1.5.1版本的变化:

• 错误修复:固定错误varMetaData .process_counts元素定义

gCMAPWeb

1.1.7版的变化:

• BUGFIXFixed内存泄漏和启用html_table函数来处理多字节字符串。

1.1.6版本的变化:

• UPDATEgCMAPWeb现在问题一个错误当javascript浏览器中不可用。

1.1.2版本的变化:

• 新:添加教程作为一个新的故事。

变化的1.1.1版:

• 错误修复:热图现在显示为定向查询的结果。

geNetClassifier

变化的1.1.1版:

错误修复

• plotDiscriminantPower现在接受特性名称开始的数量(即affy探针)

GeneticsPed

2007-09-12版本的变化:

• 添加修剪修剪函数/削减谱系。它没有血统,但假设data.frame定义的结构。适应需要。

• 我们依赖遗传包自gpLong2Wide和hwp假设基因型类的输入。

• 添加了两个实用函数(gpLong2Wide和hwp)工作与谷歌价格指数()。还有一个单独的帮助页面。

• 内部修复gpi -不再需要为Fortran语言调用转置输入——检查没有在gp和hwp NA值

2007-04-25版本的变化:

• 版本撞遵循BioC版本。# 0.1.4

2007-04-19版本的变化:

• 添加内部. get *函数检索位置值和使用它。

2007-04-18版本的变化:

• CMD检查现在应该失败当R错误(通常叫停止())发生在单元测试。

• 添加单元测试,例子帮助页面和澄清帮助页面。

2007-04-06版本的变化:

• 新Falconer5.1小数据集。

• 添加(),性< - (),ascendantSex()和ascendantSex < -()函数。

• 添加了一些更多的测试relationshipAdditive, inverseAdditive和近亲繁殖。# 0.1.2

2007-04-01版本的变化:

• 现在我们更严格的ascendantSex参数值的血统()。它必须协议性列中的值,如果那是当然了。

• 添加到质量取决于由于使用documnetation分数()在许多地方。

• 添加装饰图案定量基因(动物)模型和model.matrix.Pedigree()函数用于教育目的。

• 创建数据目录和添加血统Mrode2.1和Mrode3.1示例。

• 为遗传关系矩阵添加单元测试应该测试所有相关的功能,主要是针对Mrode的书——runit.genRelMatrix.R例子。

• 参数类型和名称添加到inverseAdditive (), relationshipAdditive()和近亲繁殖()。

• 改写为relationshipAdditive核心()成矢量化的形式。

• 添加geneFlowT (), geneFlowTinv (), geneFlowM()和mendelianSamplingD()函数。

更改版本2007 - 04:

• 实现按血统信息排序。# 0.1.3

2007-03-02版本的变化:

• 注册的本地例程- src / register.cc。

• 添加谷歌价格指数()函数。# 0.1.1

• 暂时删除未知函数,由于计划搬到BioC S4和改变。

• 完全取决于现在gdata - >删除ggmisc。

2006-03-29版本的变化:

• codeUnit获得主题和祖先的内部代码如果使用因素。

• nlevels处理未使用的水平。血统和总结。血统现在产生一个简单的总结

• 开始实施检查。血统和朋友

• 适当的因素处理

2006-03-16版本的变化:

• 和NA /未知的代表——很可能我搞砸了一些因素- >主题的变化。# 0.1版本

• 初始版本#新闻到此结束

GenomicFeatures

1.14版本的变化:

新功能

• 键方法现在有新的参数,以便更复杂的过滤。

• 增加基因()提取器

• makeTranscriptDbFromGFF()现在处理更多不同类型的人造石铺地面文件。

错误修复

• 更好的参数检查makeTranscriptDbFromGFF ()

• 关口参数和方法将列参数和方法

GenomicRanges

的变化版本1.14.0:

新功能

• 添加强制GenomicRangesList RangedDataList。

• 为GAlignmentsPairs对象添加“c”方法。

• 添加强制GAlignmentPairs GAlignmentsList。

• 添加的国米。特性”和“片段”参数summarizeOverlaps ()。

• 添加seqselect GAlignments-method。

• 添加雪茄公用事业:explodeCigarOps (), explodeCigarOpLengths () cigarRangesAlongReferenceSpace (), cigarRangesAlongQuerySpace () cigarRangesAlongPairwiseSpace (), extractAlignmentRangesOnReference () cigarWidthAlongReferenceSpace (), cigarWidthAlongQuerySpace () cigarWidthAlongPairwiseSpace ()。

• 添加seqlevels0()和restoreSeqlevels ()。

• 添加seqlevelsInUse () getter农庄,GRangesList GAlignments GAlignmentPairs, GAlignmentsList和SummarizedExperiment对象。

• 添加更新,GAlignments方法。

• 添加GIntervalTree类。

• 添加强制GAlignmentPairs GAlignments。

• 添加sortSeqlevels ()。

• 添加tileGenome ()。

• 添加makeGRangesFromDataFrame()和强迫data.frame或DataFrame农庄。

用户级的重大变化

• 重命名(别名从旧到新的名称):-类GappedAlignments - > GAlignments GappedAlignmentPairs - > GAlignmentPairs -功能GappedAlignments () - > GAlignments () GappedAlignmentPairs () - > GAlignmentPairs () readGappedAlignments () - > readGAlignments () readGappedAlignmentPairs () - > readGAlignmentPairs ()

• 删除“asProperPairs”参数readGAlignmentsList ()。

• 修改Seqinfo对象“展示”的方法来纪念showHeadLines和showTailLines全球选项。

• 50 x加速或多个当合并2 Seqinfo对象,1很小,很大。

• 新的XVector包添加依赖项。

• 增强seqlevels-utils.Rd重命名seqlevels的例子。

• 更有效的参考类构造函数的化验SummarizedExperiment对象的位置。

• 的colData槽SummarizedExperiment从调用summarizedOverlaps()现在拥有“读”的类类型和长度。

• 4 x加速cigarToRleList ()。

• 放松SummarizedExperiment类有效性。

• 重命名(别名从旧到新的名称):cigarToWidth () - > cigarWidthOnReferenceSpace(),和cigarToQWidth () - > cigarWidthOnQuerySpace ()。

• 改进summarizeOverlaps():——“联盟”模式:1.5 x 2 x加速模式“IntersectionNotEmpty”: 2 x 8 x加速+内存占用减少了~一半

• 改变默认“use.names”假readGAlignmentsList ()。

• 实现的类型=“=”findOverlaps, SummarizedExperiment方法。

• 修改summarizeOverlaps()例子使用“作为伴侣= TRUE”而不是“obeyQname = TRUE”。

• 删除不需要的“窗口”GenomicRanges对象的方法。

• 加快seqinfo () getter和setter SummarizedExperiment对象和衍生品(如已通过使用直接访问构成了rowData’的插槽。

• 报道,GenomicRanges现在使用.Ranges.coverage()方法在使用默认值“转变”和“宽度”。

• 删除元数据的限制在GRangesList列名必须是不同的和未上市的农庄。

• 已经重做,重命名为GenomicRangesHOWTOs GenomicRangesUseCases一幕

弃用,已经

• 已经全部“匹配”和“% %”方法在包与GenomicRanges除外,GenomicRanges签名。

• 反对GappedAlignment *: - GappedAlignments和GappedAlignmentPairs类GappedAlignments()和GappedAlignmentPairs()构造函数——readGappedAlignments()和readGappedAlignmentPairs()函数

• 反对雪茄实效功能:cigarToWidth (), cigarToQWidth (), cigarToIRanges () splitCigar (), cigarToIRanges (), cigarToIRangesListByAlignment () cigarToIRangesListByRName (), cigarToWidth (), cigarToQWidth () cigarToCigarTable (), summarizeCigarTable ()

• 反对seqselect ()。

错误修复

• 修复bug在c语言中,当对象GAlignments是匿名的。

• 修复bug在侧面,GenomicRanges(当的忽视。链= TRUE ' '开始'被设置为TRUE)。

• 修复错误的行为summarizeOverlaps()计数模式“IntersectionNotEmpty”当“inter.features = FALSE”。共享区域现在被删除前计数。

• 修复bug在cigarToIRangesListByAlignment()当“国旗”提供,表明一些读取地图上未标明的。

• 修复bug summarizeOverlaps(…,模式= IntersectionNotEmpty)当“特性”“-”和“+”要素和“ignore.strand = TRUE”。

• 比赛,现在GenomicRanges GenomicRanges方法正确处理对象seqlevels不在相同的顺序。

GGtools

4.10版本的变化:

• 大幅修订的装饰图案

4.9版本的变化:

• 所有人。独联体接受CisConfig实例定义参数的cis搜索

gmapR

更改版本1.4.0:

新功能

• 添加desired_read_group BamTallyParam;将限制计算特定阅读组(用于multi-amplicon排序,如Fluidigm)

• 添加variantSummary keep_ref_rows参数()保持行位置检测到没有alt (ref = = alt的行)。

• gsnap()现在将输出一个GsnapOutputList当有多个输入文件

• 支持“terminal_threshold”和“gmap_mode”GsnapParam参数,并使用不同的DNA和RNA的违约。这意味着一个巨大的进步在对齐质量DNA。

• 基因组GmapGenome现在接受直接路径作为其第一个参数

用户可见的变化

• 重命名summarizeVariants, variantSummary

• ','在GsnapParam RangesList GenomicRanges代替

• 重构bam_tally, bam_tally返回TallyIIT对象,然后通过summarizeVariants总结;这使得计算计算一次,总结它们以不同的方式(比如报道)。产生一个VRanges summarizeVariants函数。

错误修复

• 解决最小质量截止检查> =,而不是>

• 修复asBam, GsnapOutput当unique_only是正确的

• 包由makeGmapGenomePackage现在GmapGenome使用正确的名字

GOSemSim

的变化版本1.19.3:

• 添加getSupported_Org函数来访问所有支持生物体的名字< 2013-07-09,我的>

在version 1.19.2变化:

• 出口getDb和loadGOMap < 2013-07-09,我的>

• 更新小插曲< 2013-07-9,我的>

的变化版本1.19.1:

• 更新小插曲< 2013-06-13,清华>

GSEABase

1.23版本的变化:

用户可见的明显变化

• c7的广泛支持

用户可见的明显变化

• 警告或删除重复geneIds当格林尼治时间解析或广泛的XML

GWASTools

的变化版本1.7.8:

• 在ncdfSetMissingGenotypes gdsSetMissingGenotypes添加、更新参数名称。

• 改变colorscheme manhattanPlot.R。

• 错误修复ibdPlot -对角橙色酒吧回来了。

• Bug修复在plinkWrite写作只有一个样本。

• 在印刷pedigreeCheck Bug修复错误消息。

1.7.7版本的变化:

• 改变在assocTestRegression GxE交互变量的处理。

的变化版本1.7.6:

• 更新装饰图案为SNPRelate 0.9.16。

1.7.5版本的变化:

• gwasExactHW将运行在所有染色体除了(Y、M),而不是(常染色体X, XY)。

1.7.4版本的变化:

• 更多的信息在anomDetectBAF和anomDetectLOH错误消息。

1.7.3版本的变化:

• 改变标签IBD的情节从“商品”到“Deg2”和“俱乐部”“Deg3。”

• 错误修复pedigreePairwiseRelatedness -没有更多的警告传递给stringsAsFactor的多个值。

• pedigreeClean和pedigreeFindDuplicates现已倒闭。使用pedigreeCheck代替。

hapFabia

1.2.2版本的变化:

• 错误修复split_sparse_matrix

• 图函数与其他参数“…”

• 情节参数网格和对

• 新功能“plotLarger”(添加样品没有IBD和边框)

• vcftoFABIA与命令行选项- s (SNVs_)和o(输出文件)

• 在R vcftoFABIA输出文件的名字

HiTC

1.5.2版本的变化:

新功能

• 使用矩阵包有效记忆矩阵表示。大型稀疏矩阵的内存使用是提高了7倍。然而,一些操作是基于矩阵实现慢得多。因此,对于一些任务是绘制函数,基于矩阵转换标准矩阵的对象

• “展示”和“细节”HTClist对象的方法

• “c (x,…)”方法HTCexp和HTClist对象

用户可见的明显变化

• 选择的面具。数据mapC函数是弃用

• 更新一些函数的并行计算(进口、标准化)

错误修复

• 在导入错误的固执。为ChrM my5C

1.5.1版本的变化:

错误修复

• 修复bug在HTCexp contructor暗1的矩阵

错误修复

• 在导入修复bug。my5C暗1的矩阵

错误修复

• 修复错误的标题显示在HTCexp情节

错误修复

• 修复bug HiTClist情节由于染色体秩序

错误修复

• 纠正错误的手册页

hpar

1.3.1版本的变化:

• HPA版本更新11 < 2013-04-11 >星期四

1.3.0版本版本的变化:

• Bioc 2.13猛击版本肿块

HTSeqGenie

的变化版本3.11.10:

• 装饰图案在BioC dev更新

的变化版本3.11.9:

• TP53GenomicFeatures()现在使用相同的临时dir TP53Genome(),修复BioC服务器上构建的问题

的变化版本3.11.8:

• 通过配置选择VT过滤器配置

的变化版本3.11.7:

• mergeBams alignReads (…, = FALSE)。R:既然bams块已经排序,合并保存订单并没有使再分开应该是必要的

的变化版本3.11.6:

• 现在saveCoverage输出一个总结。报道总结文件

的变化版本3.11.5:

• 直接出口覆盖从Rle rtracklayer:出口(而不是做出memory-costly convertsion RangedData对象)

的变化版本3.11.4:

• 调用代码更新变体与VariantTools 1.3.6

• 包括Jens '最小长度= 1修改处理读取完全修剪

3.11.3版本的变化:

• 出口loginfo, logdebug, logwarn logerror

• 使用TallyVariantsParam (,“VRanges”)修复一个缺陷预防BioC编译

• 期间使用的线程数量processChunks除以2是由于一个错误的额外mcparallel sclapply / safeExecute(…)一步

• 在preprocessReads使用最多12芯

3.11.2版本的变化:

• 修剪最低质量尾读取根据Illumina公司手册。这种新的质量步骤之前常规过滤仍是这么做的。

3.11.1版本的变化:

• 允许使用更好的变体过滤器工具默认情况下,使用标准的过滤器(坏的),但如果重复蒙面跟踪和dbsnp给出配置使用。

的变化版本3.11.0:

• 开始新的开发分支

3.10.1版本的变化:

• 发布版本

htSeqTools

1.7.1上版本的变化:

• 添加findPeakHeight函数来估计最优minHeight值基于错误发现率enrichedPeaks使用

HTSFilter

版本1.0.1的变化:

• ——更新引用信息,小更新装饰图案,DESeq2 IRanges, GenomicRanges添加到进口字段,HTSFilter和DESeqDataSet HTSFilterBasic方法为对象写签名(从DESeq2管道)。例子说明使用HTSFilter也被添加到文档和小插曲。——DESeq和磨边机搬到进口领域(由于丹尼斯Laloe建议)——警告消息添加ID基因数据帧中包含的列(感谢Luc Jouneau建议)

hyperdraw

的变化版本1.13.1:

• 节点标签被忽略的cex节点数据值(由汉斯·Hettling报道)

• 添加“开始”和“两”选择“arrowLoc”图属性(画箭头两端的超边)

• 为将超图转换为graphBPH Bug修复,这样hyperedge名称用作边缘标签(由汉斯·Hettling报道)

• 更新的R版本检查drawEdge()正确应对重大版本大于2 (!)

illuminaio

的变化版本0.3.9:

• 添加装饰图案给的例子使用和展示与GenomeStudio输出

的变化版本0.3.8:

• Bug修复,重命名readIDAT_bin readIDAT_nonenc。

的变化版本0.3.6:

• 添加一个父函数readIDAT检查文件格式和分派到相关的子功能。

版本变化0.3.5 (2013-08-02):

• 清理内部代码的readBPM ()。

• 鲁棒性:为readBPM添加单元测试()。注意,这些只是运行如果环境变量R_CHECK_FULL的设置,即他们会不在Bioconductor服务器上执行。

imageHTS

的变化版本1.12.0:

新功能

• 附加参数highlightSegmentation控制颜色(col)和不透明度(opac)和细胞的细胞核轮廓,关闭边界(边界)的轮廓和highligting灰度图像是否应该做的颜色(toRGB)。

用户可见的明显变化

• 删除伸长的细胞核面具segmentATH图像边界

intansv

的变化版本0.99.3:

笔记

• 改善vigenette更全面。

笔记

• 删除无用的示例数据集。

iPAC

1.5.2版本的变化:

• 更新文件符合Bioconductor版本编号。固定一个罕见的错误,给了一个错误如果每个残基突变和位置数据之间保持一致。

IPPD

09-29-2010:

01-12-2011:

01-17-2012:

IRanges

的变化版本1.20.0:

新功能

• 添加IntervalForest类从赫克托耳Corrada布拉沃。

• 添加一个FilterMatrix类,对持有多个过滤器的结果。

• 添加selfmatch()作为一个快相当于“匹配(x, x)”。

• 添加“c”方法视图对象(只将对象与相同的主题)。

• 添加强制SimpleRangesList SimpleIRangesList。

• 添加一个% %外这是相反的% / %。

• 添加验证长度()和矢量对象的名字()。

• 添加“复制”和“表”为矢量对象的方法。

• 添加一些分离方法分派splitAsList()即使只有f是一个矢量。

用户可见的明显变化

• XVector对象相关的所有功能已经搬到新的XVector包。

• 完善isDisjoint如何()处理空范围。

• 删除“keepLength”“< -窗”论证方法。

• unlist (use.names = FALSE) CompressedSplitDataFrameList对象现在保存rownames列表的元素,这更符合unlist()在其他CompressedList对象。

• 分裂一个向量只产生一个列表,列表不是一个列表。

• rbind, DataFrame Rle方法现在处理情况和向量列需要结合(假定Rle和向量之间的等价)。结果DataFrame构建方式也改变了(避免不良的胁迫和应该会更快)。

• 现在as.data.frame.DataFrame传递”stringsAsFactors = FALSE”和“check.names = !可选的底层data.frame()调用。为(x,“DataFrame”)委托时设置“可选= TRUE”。大多数地方我们称为as.data.frame(),我们现在所称的”(x,“data.frame”)。

• (< - DataFrame方法现在强制列取代值的列的列已经存在。

• DataFrame()现在自动派生rownames(从第一个参数,有一些)。这是一个相当显著改变行为,但它可能更好地匹配用户行为。

• 确保SimpleList对象是强迫DataFrame与单个列。自动coecion方法创建的包正试图创建一个DataFrame每一列元素,因为DataFrame SimpleList延伸。

• 改变默认的压缩= TRUE RleList()构造函数。

• tapply()现在只处理情况指数是一个向量(例如一个Rle对象)。

• 加速报道()的“瓷砖”(即当“x”的瓷砖(1、宽度)间隔)。这使它更快的变成一个Rle覆盖加载从权贵,假发或者床上作为一个农庄组织对象。

• 从过滤规则允许逻辑Rle返回值。

• FilterRules不再需要它的元素。

• 现在选择、向量方法返回一个DataFrame即使单个列被选中。

• 移动is.unsorted BiocGenerics()一般。

弃用,已经

• 反对seqselect()和subsetByRanges ()。

• 反对“match.if。重叠的“匹配”方法的参数范围的对象。

• “匹配”和“% %”方法,操作视图,ViewsList, RangesList或RangedData对象(20方法总共)现在已经不复存在。

• 删除之前已经tofactor ()。

错误修复

• 向量的构造子集代码衍生品是实质性组织重构。因此,现在更清洁、更简单,并在向量衍生品[[行为更加一致。一些模糊的长期缺陷已经消除,在某些情况下可以稍快的代码。

• 修复bug在findOverlaps ();任意范围查询中不再产生点击率过(无论“maxgap”和“minoverlap”值)。

• 正确的免费分配的内存链表的结果编制findOverlap (select = "所有")。

• 各种修复AsIs和DataFrames。

• 允许zero-row替换值在[< DataFrame。

• 修复长段错误站在“(”Rle方法对象(当做Rle () [0])。

• “秀”方法现在显示它的最具体的类列或槽时一个S3对象的类()返回一个以上的类。

• “秀”方法现在正确显示细胞阵列。

• 修复(< -,DataFrame方法当DataFrame有矩阵列的值。

• 修复ifelse()当一个或多个参数是Rle对象。

• 修复胁迫从SimpleList CompressedList通过AtomicList构造函数。

• 使“秀”方法健壮“showHeadLines”和“showTailLines”全球选项设置为NA,正或非整数的值。

• 修复错误条件在eval, FilterRules方法。

• 纠正一个错误格式在eval, FilterRules,任何方法。

等压线

的变化版本1.7.6:

• 添加TMT 10丛(从弗洛伦特·格里克的贡献)

• 固定的错误与系统。文件未在R < 2.11(从弗洛伦特·格里克的贡献)

• 固定错误isobar-qc不工作没有正常化= TRUE

• 添加writeHscoreData与Hscorer使用。py (MM Savitski, 2010)

• shQuote命令正确,应该解决问题在Windows上运行报告生成

• 添加计算和XLS的多肽标签确定修改网站的定位

• 更新脚本用于创建多试样报告(create.meta.reports)

1.7.5版本的变化:

• 固定关键错误:Excel报告输出错误的命令,即比率没有对应元信息(1.7.3版本中引入)。

• 修复肽的名字:再出口的货物我在报告/ L肽

1.7.4版本的变化:

• 改善MSGF +搜索结果导入

• 报表属性:重构中定义的所有属性现在可以properties.R

• 速度和内存使用改进当创建宽XLS报告

• 比假定值调整现在每工作比较,而不是全球

1.7.3版本的变化:

• 固定宽XLS报告格式

• 小说情节的比例组合QC报告显示个人比例分布和重要的比率

版本是1.7.2变化:

• 添加TMT 6丛群众荧光粉出口脚本

• 固定的吉祥物解析器

• MzIdentML版本1.1.0支持实现(没有完全测试)

1.7.1上版本的变化:

• 固定进口从吉祥物和ProteomeDiscoverer MzIdentML文件

KEGGgraph

KEGGprofile

lmdme

1.3.1版本的变化:

错误修复

• NA操纵lmFit系数是考虑现在

1.3.0版本版本的变化:

微小的变化

• 撞x.y y版本。z在重击奇数

庄园

的变化版本2013-07-03 (2013-07-03):

• 取代电话‘退出’,‘流’,现在增加一个警告在检查。

• 迭代索引不再印刷“nem”(提高了编译时的错误小插图)。

的变化版本2011-03-18 (2011-03-18):

• 更新调用的高兴:::daglad装饰图案来修复一个错误引起的违约率的变化“daglad”。

的变化版本2010-10-01 (2010-10-01):

• 清洗的数据/旗帜。RData”包含的对象从一个老“globalenv”。

• 更新维护人员的电子邮件地址。

的变化版本2010-01-24 (2010-01-24):

• 还说(后)强度。旗帜”到“数据/旗帜。RData”(v 1.12.0以来一直被一个未知的原因)。

的变化版本2009-01-15 (2009-01-15):

• 错误的人/ spatial.Rd对齐选项卡。

的变化版本2009-01-13 (2009-01-13):

• 更新在.Rd文件的引用。

• 固定警告由于不正确使用.Rd \项目的文件。

的变化版本2009-01-06 (2009-01-06):

• “规范”和“排序”现在S3的方法

的变化版本2009-01-04 (2009-01-04):

• (几乎)R /文件/函数之一

• 删除空的部分人/ qscore.Rd \细节

• 添加一个名称空间

• 删除本月/ doc / Makefile(不再需要了,因为不需要html输出)

的变化版本2009-01-02 (2009-01-02):

• 删除另一个非标准的关键字

的变化版本2009-01-01 (2009-01-01):

• 每个\关键词入口只有一个字…

的变化版本2008-12-31 (2008-12-31):

• 现在使用标准的“关键词”

• 改变\链接代码{东西}}{\ \代码{\链接{东西}}

的变化版本2008-11-26 (2008-11-26):

• “关键字”部分填写.Rd文件。

• 删除空的部分从.Rd文件“例子”。

• 初始化一些变量在声明在R C代码,防止警告CMD检查。

的变化版本2008-09-23 (2008-09-23):

• de la函数修改简历倒retourner NA当所有向量杜拉的值是< e0 > NA

• 修改函数de la getChromosomeArm倒,cytoband不所以positionn < e9 > e < e0 > NULL

的变化版本2008-09-04 (2008-09-04):

• 添加了一个更新日志

• 在.bib文件更新过时的引用

• 改变了国旗”的定义代表。国旗”以避免造成的错误现在sd (NA na.rm = TRUE)

metagenomeSeq

变化在版本1.2 (2013-08-20):

• 我们的论文被接受,可用!

• 添加方法MRexperiment对象(colSums、colMeans rowSums, rowMeans,使用例如colSums (obj)或colSums (obj,规范= TRUE)) (09-25)

• 添加了两个新的功能,plotOrd plotRare -绘制函数PCA / MDS坐标和稀疏效应(09-04 09-18)

• 更新MRfisher presence-absence测试包括阈值(08-19)

• 最新评论(roxygen2)风格的所有函数使用Rd2roxygen包(07-13)

• 更新plotCorr和plotMRheatmap允许各种各样的颜色/不需要试验(07-13)

• 重写了装饰图案(和转向knitr)

变化在版本1.1 (2013-06-25):

• 重写load_meta和load_metaQ快/使用更少的内存

• 修改cumNormStat移除NA样本计算(例子是样品没有任何计数)

• 重新添加plotGenus的抖动

• 固定电话uniqueNames先生表

• 改变由于Kasper丹尼尔·汉森的建议如下:plotOTU和plotGenus都更好的自动生成轴MRtable, MRfulltable, MRcoefs按假定值排序选项现在MRtable, MRfulltable, MRcoefs现在有一个额外的选项包括独特的编号为OTU特征cumNorm(默认会自动添加他们之前)。R -现在返回的对象不仅仅是取代环境0仍然需要把fitZig输出S3,考虑构造子集函数地址假定值低

minfi

1.7版本的变化:

• 添加getMethSignal(),一个方便的函数编程。

• 改变的参数名称“类型”为“什么”getMethSignal ()。

• 添加类“RatioSet”,像“GenomicRatioSet”,但没有基因组信息。

• 修正“GenomicRatioSet()构造函数。

• 添加方法ratioConvert(),转换为“MethylSet”到“RatioSet”或“GenomicMethylSet”到“GenomicRatioSet”。

• 固定的问题GenomicMethylSet()和GenomicRatioSet()由最近的变化导致在GenomicRanges non-exported函数包(Gustavo费尔南德斯巴戎寺报道gbayon@gmail.com)。

• 添加fixMethOutliers阈值极端观察的(联合国)甲基化渠道。

• 添加getSex、addSex plotSex估计性的样品。

• 添加getQC、addQC plotQC对于一个非常简单的质量控制措施。

• 添加minfiQC一站式功能质量控制措施。

• 改变了一些详细= TRUE输出各功能。

• preprocessQuantile补充道。

• 添加bumphunter“GenomicRatioSet”的方法。

• 处理在minfi签署了零:::。在Windows上digestMatrix造成单元测试失败。

• addSex addQC导致sampleNames()被删除,因为一个可能错误cbind (DataFrame DataFrame)。变通办法实施。

• 重复测试数据生成器。

• 固定的一些决定和进口问题揭示了R CMD的新功能检查。

• 添加blockFinder和cpgCollapse。

• (内部)添加便利函数参数检查。

• 暴露和改写getAnnotation ()。

• 改变getLocations()从一个简单的函数的方法。参数已被移除(例如,现在函数总是滴non-mapping位点)。

• 实现getIslandStatus (), getProbeType (), getSnpInfo()和addSnpInfo ()。两年后函数检索预计算SNP重叠和新的注释对象包括SNP基于dbSNP 137年,135年和132年。

• 现在改变了IlluminaMethylatioAnnotation类包括genomeBuild信息以及违约。

• 增加了对反褶积的estimateCellCounts全血的细胞类型。由于安德鲁·贾菲和安德烈斯豪斯曼。

mitoODE

的变化版本0.99.6:

• mc.cores改为1,以避免Windows构建错误

的变化版本0.99.5:

• 改变由mc.cores mc.cores = 12 = detectCores ()

的变化版本0.99.2:

• 首次提交

motifStack

1.5.4版本的变化:

新功能

• 使用BiocStyle编写故事

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• 任何更改分类为“新特性”(包在积极开发)

错误修复

• 修复bug, motifStack不能图颜色正确radialPhylog布局motifStack ()。

1.5.2版本的变化:

新功能

• 对齐(ALLR)使用对数似然比

错误修复

• 任何更改分类为“修复”(包在积极开发)

1.5.1版本的变化:

新功能

• plotMotifStackWithRadialPhylog可以画云RadialPhylog风格主题。检查装饰图案的细节

错误修复

• 检查的pcm和烤瓷矩阵模式,这应该是数字

MSnbase

的变化版本1.9.12:

• 修复MSnSet - > ExpressionSet太阳< 2013-10-13 >

• MSnSet - > ExpressionSet单元测试太阳< 2013-10-13 >

的变化版本1.9.11:

• MIAPE MIAME转换< 2013-10-11 >星期五

• 适当的MIAME当MSnSet - > ExpressionSet < 2013-10-11 >星期五

的变化版本1.9.10:

• 快plotMzDelta < 2013-09-28 >坐

• 快plotMzDelta mzRramp实例太阳< 2013-09-29 >

• 色谱方法< 2013-10-04 >星期五

• plotMzDelta已经子集参数< 2013-10-04 >星期五

• xic方法< 2013-10-04 >星期五

• 建议msdata色谱示例< 2013-10-04 >星期五

• 重命名策划arg的重心。' < 2013-10-04 >星期五

的变化版本1.9.9:

• 错误在filterNA Rd < 2013-09-18 >结婚

• writeMgfData现在有一个进度条< 2013-09-24 >星期二

• 质心(MSnExp) < -真的现在允许< 2013-09-24 >星期二

的变化版本1.9.8:

• 使用new.env(父= emptyenv())摆脱封闭env当创建新的MSnExps < 2013-09-17 >星期二

• 新(私人)MSnExp。大小函数< 2013-09-17 >星期二

的变化版本1.9.7:

• 传递…阅读。表在MSnbase::: readIspy [Silac | 15 n]数据< 2013-09-16我>

• 质量控制biocView < 2013-09-16我>

的变化版本1.9.6:

• 新的as.data.frame.MSnSet方法< 2013-08-16 >星期五

• 新的ms2df函数< 2013-08-16 >星期五

• 新getEcols和grepEcols助手readMSnSet2 < 2013-08-16 >星期五

的变化版本1.9.5:

• 错误在作者[s] @R < 2013-05-15 >结婚

的变化版本1.9.4:

• 新的简单MSnSet构造函数< 2013-05-07 >星期二

1.9.3版本的变化:

• 使用knitr VignetteEngine < 2013-04-29我>

• 现在把LazyLoad从描述,这是默认的< 2013-04-29 >星期一

• knitr依赖> 1.1.0 VignetteBuilder < 2013-04-29我>

• 添加MSnSet创建部分io插曲< 2013-04-29我>

• 新的readMSnSet2函数< 2013-04-30 >星期二

1.9.2版本的变化:

• 干净现在所有参数(默认错误保留原始行为)删除所有0强度值< 2013-04-17 >结婚

• 使用BiocGenerics:: < 2013-04-25 >星期四正常化

1.9.1版本的变化:

• 新日志效用函数来更新一个MSnSet processingData(对象)美元处理< 2013-03-29 >星期五

• 适当的登录t。MSnSet < 2013-03-29 >星期五

的变化版本1.9.0:

• 新的Bioc 2.13猛击版本

MSstats

的变化版本1.99.1:

• 固定的几个音符,.Rbuildignore压实小插曲

• TODO:检查剩余的“不可见的绑定为全局变量的笔记

• 删除警告1

• 当返回MSnSet添加有效性检查

• 使用继承/。类测试

• TODO修复如果条件语法

的变化版本1.99.0:

• 提高效率的计算groupComparison和量化< 2012-12-21 >

• 添加.rnw < 2012-12-03 >

• 更新groupComparision label-free时间进程尝试单一特征和有或没有技术复制< 2013-04-08 >

• 添加选择储蓄QQ情节和残余情节为了签入的常态假设groupComparison函数。< 2013-04-08 >

• 使用ggplot2包块。< 2013-07-11 >

• 修复bug火山情节:不同的颜色标记< 2013-07-12 >

• 添加权力阴谋样本量计算图< 2013-07-12 >

• 增加干扰=真或假的样本量计算< 2013-07-15 >

• 添加的传奇。规模大小= 7“功能名称传说dataProcessPlots < 2013-07-23 >

• 添加的文本。角= 0“角的条件标签dataProcessPlots < 2013-07-23 >

• 修复bug量化:当有缺失值内生强度,但在参考强度值。< 2013-07-24 >

• 修复bug groupComparison:当有缺失值内生强度,但在参考强度值,.make.constast。基础或.free子功能改变。< 2013-07-25 >

• 两个函数之间的转换需要输入MSstats和MSnSet类< 2013-09-04 >

• 可视化的灵活性:保存为pdf文件或显示在窗口中选定的蛋白质或蛋白质。< 2013-09-04 >

• 处理不平等的方差的特性与featureVar groupComparison函数= TRUE < 2013-09-04 >

• 添加“失踪。行动”为转嫁缺失值组比较阶段。< 2013-09-20 >

mzID

的变化版本0.3.1:

• < 2013-07-05 >星期五评论未使用的功能

• 小错误在装饰图案< 2013-07-05 >星期五

的变化版本0.3.0:

新特性和功能

• 支持mzIdentML v1.0(感谢Laurent与)

的变化版本0.2.1:

新特性和功能

• 现在版本计数器BioConductor风格

新特性和功能

• 名称空间现在从文件中提取,而不是硬编码在构造函数中

新特性和功能

• 现在mzID构造函数解析之前检查mzIdentML版本(只有1.1.0支持atm)

变化在0.1版本1:

新特性和功能

• 添加函数平创建表格表示的结果

变化在0.0版本2:

新特性和功能

• 包现在是完全文档化

• 创建辅助功能:countChildren,attrExtract和attrExtractNameValuePair

• 添加消息文件

• 添加README。md文件

• 解析器现在国际上成功导入所有测试文件mzIdentML页面

性能

• 改善mzIDpsm构造函数使得它好几次~快根据文件大小(感谢countChildren,attrExtract和attrExtractNameValuePair)

变化在0.0版本1:

新特性和功能

• 首先构建的包

新特性和功能

• 介绍的类:mzID,mzIDdatabase,mzIDevidence,mzIDparameters,mzIDpeptides和mzIDpsm与相关的构造函数

mzR

1.7.4版本的变化:

• 版本撞Rcpp 0.10.5 < 2013-10-02 >结婚

1.7.3版本的变化:

• 修复一个叮当声- 3.3编译器编译错误

版本是1.7.2变化:

• 更新Rcpp数量< 2013-08-01 >星期四警告包括版本不匹配

1.7.1上版本的变化:

• 版本撞Rcpp 0.10.4

NOISeq

的变化版本2.2.0 (2013-10-14):

• 新功能来生成一个质量控制报告以PDF格式包括探索性的阴谋。

• 阴谋评估RNA成分偏差已经改变了。

• 一些错误已经被修正。

OSAT

1.8.1版本的变化:

错误修复

• “exlude arg gContainer建设现在可以使用当整个盘子被排除在外。

新功能

• “exlude <——“的定义是通用的,可以用来排除井从现有的容器对象。

pathview

1.1.7版的变化:

• Graphviz视图可以自动选择不同类型的传说,在节点、边或根据特定的通路。

• Vigette格式:“快速启动”部分补充道

1.1.6版本的变化:

• Pathview情节/集成/可以比较多个州/样品在相同的图。几个功能和数据对象被修改:包括pathview keggview。本机,keggview。图,render.kegg。在多个节点等新的部分状态数据与工作exampleshas被添加。

• :Vigette已被重新格式化数据集成部分分裂成多个小节。

1.1.5版本的变化:

• Pathview与物种在默认KEGG基因ID是不可以。几个功能和数据对象被修改:包括pathview节点。地图,sim.mol。数据,kegg.species。代码,korg。新节KEGG物种和基因ID使用工作exampleshas被添加。

更改版本1.1.3:

• Pathview论文发表在生物信息学

phyloseq

钢琴

的变化版本1.2.0:

新功能

• 添加参数ncpus runGSA ()。使部分并行运行这个函数,从而减少运行时。需要R包降雪。

• 添加runGSAhyper()函数执行组基因分析使用确切概率法,runGSA作为替代。

• 添加信息基因在每个区域的维恩图的输出diffExp ()。

• 作为可选的输出添加火山情节diffExp volcanoFC()和添加参数。

• 添加参数ncharLabel networkPlot()和consensusHeatmap()来控制标签的长度在情节和添加不截断他们的选项。

• 添加酵母代谢模型iTO977装满loadGSC(),使用基因检测记者代谢物组的分析。(参见小插图)。

• 添加支持运行networkPlot()返回的对象runGSAhyper ()。

用户可见的变化

• 小装饰图案的更新。

• 更新diffExp()手册页。

• 更新的主要情节的传奇consensusScores(),使它清晰。

• 更新错误消息在networkPlot ()。

• 固定的错误在PC方差图由runQC ()。

• Restructered这个消息文件。

错误修复

• 更新diffExp()来处理变化lmFit()和topTable limma ()。

• 删除suppressWarnings(),作为polarPlot暂时引入版本1.0.1,()的调用radial.plot()自plotrix警告现在固定在包。

的变化版本1.0.7:

用户可见的变化

• 更新consensusScores()手册页。

的变化版本1.0.6:

用户可见的变化

• 更新loadMAdata()手册页。

的变化版本1.0.5:

错误修复

• 更新diffExp()只使用文氏图()limma包的维恩图绘制为了纠正一个错误当策划超过三圈。还更新了相应的手册页。

用户可见的变化

• 更新的用部分loadGSC()手册页。

1.0.4版本的变化:

错误修复

• 固定错误loadMAdata所以这也压缩CEL-files (* .CEL.gz)可以被正确加载。

1.0.3版本的变化:

用户可见的变化

• 更新装饰图案中的引用。

更改版本1.0.2中:

用户可见的变化

• 更新引用信息。

版本1.0.1的变化:

用户可见的变化

• 更新引用信息。

• 固定在描述和piano-package.Rd拼写错误。

• 更新的人文件loadGSC ()。

• URL添加描述。

错误修复

• 固定错误loadGSC(),以便gmt-files现在正确地加载。

• polarPlot暂时添加suppressWarnings()()的调用radial.plot()自警告出现例如(“radial.plot”)在plotrix v3.4-6。

plethy

的变化版本0.99.4:

用户可见的明显变化

• BuxcoR的包现在0.99.3更名为“plethy”的版本。

新功能

• “get.labels.by补充道。”、“get.err示例。优惠”和“调整。唱片公司协助QA / QC的数据。

plgem

的变化版本1.33.1:

• 小修改:删除不必要的调用构造子集内“,”操作,以避免潜在的意想不到的后果由沃尔夫冈•休伯指出:https://stat.ethz.ch/pipermail/bioc-devel/2013-May/004353.html

ProCoNA

的变化版本0.99.2:

• 删除一个随机组件的单元测试可能会导致失败。

的变化版本0.99.1:

• 重大更新…搬到S4方法(getter、setter, setMethods等等)。

• 小样本数据集的快速运行手册页的例子。

• 与MSnbase集成方案。看到原始数据处理的装饰图案为例,准备网络建设。肽的主要buildProconaNetwork功能现在需要矩阵数据,或MSnSet对象包含的数据。

• 手册页有关主要proconaNet对象组合。

pRoloc

的变化版本1.1.8:

• semi-sup和一口比较部分毫升中收取< 2013-10-09 >结婚

1.1.7版的变化:

• getMarkers有名称参数< 2013-10-01 >星期二

1.1.6版本的变化:

• 新的异常值参数plot2D < 2013-09-23我>

• 引用addMarkers装饰图案的< 2013-09-26 >星期四

• 添加代码块在海报中收取< 2013-09-26 >星期四

1.1.5版本的变化:

• 添加biocViews < 2013-09-19 >星期四

• 添加中收取knitr引擎毫升< 2013-09-19 >星期四

• 进口依赖< 2013-09-20 >星期五

更改版本1.1.4:

• 建筑毫升装饰图案在Makefile < 2013-09-11 >结婚

更改版本1.1.3:

• 新的私人anyUnknown函数,用于phenoDisco,检查是否存在未标记的(未知的)数据< 2013-08-27 >星期二

• 添加了一个关于“未知”大会在装饰图案定义与未知蛋白质本地化< 2013-08-28 >结婚

• 添加国际海报2011 < 2013-09-09我>

1.1.2版本的变化:

• 固定作者[s] @R < 2013-05-16 >星期四

• na。rm = TRUE在f1Count太阳< 2013-05-19 >

• 添加引用文件< 2013-06-07 >星期五

• 新的testMarkers函数< 2013-06-29 >坐

• 错误消息getBestParams建议使用testMarkers < 2013-06-29 >坐

• nndist方法(见问题# 23)< 2013-07-01我>

• 删除不必要的。矩阵在plot2D cmdscale < 2013-07-19 >星期五

• 添加plot2D(…方法= MDS)示例< 2013-07-19 >星期五

• “欧式”改为“欧几里得”nndist_matrix < 2013-07-26 >星期五

• 固定在phenoDisco行排序,输入和输出rownames现在相同的< 2013-08-13 >星期二

• 使用filterNA phenoDisco < 2013-08-13 >星期二

变化的1.1.1版:

• 更新README。md反映稳定版本的可用性和biocLite安装太阳< 2013-04-07 >

• 新的MSe管道太阳< 2013-04-07 >

• perTurbo使用Rcpp < 2013-04-16 >星期二

• 初始聚类基础设施(而非出口)< 2013-04-17 >结婚

• 新的markerSet函数< 2013-04-24 >结婚

• plsaOptim ncomp现在2:6 < 2013-04-27 >坐

• 增加了丰华插曲< 2013-04-29 >星期一

• 现在默认k seq(2) 3, 15日在knnOptim < 2013-05-09 >星期四

1.1.0版本的变化:

• Bioc 2.13猛击版本肿块

PWMEnrich

如果是2.4.4版本的变化:

• 装饰图案的更新和修复命名列的主题浓缩报告

2.4.2版本的变化:

• 改善人类和小鼠基因组启动子选择(副本现在无视)

更改版本测试盒框:

• 重大更新更多的功能和小修正

• 添加sequenceReport()和groupReport()更容易报告生成

• 想象主题分数沿序列plotMotifScores ()

• 为主题创造经验CDFs的分数

• 几乎完全重写的装饰图案强调主要的用例

• documenation转化成roxygen2

2.3.2版本的变化:

• 从迭戈Diez构造子集功能背景

2.3.1版本的变化:

• 修复一个缺陷与plotTopMotifsSequence()调用一个未知函数

• 实现集团。只有对所有背景,不仅pval motifEnrichment ()

• 新的默认plotMultipleMotifs()所以利润更好

qcmetrics

的变化版本0.99.3:

• 固定模板- toc < 2013-10-01 >星期二开始文件后

• 更新装饰图案< 2013-10-01 >星期二

• re-reoxygenise rnadeg人< 2013-10-01 >星期二

的变化版本0.99.2:

• 实现Andrzej的建议< 2013-09-27 >星期五

的变化版本0.99.1:

• 更新github README文件< 2013-09-18 >结婚

• 添加Arnoud的建议中收取< 2013-09-21 >坐

• rnadeg包装器函数可用在包< 2013-09-21 >坐

• 新的QcMetadata类< 2013-09-21 >坐

• 元数据和mdata同义词< 2013-09-21 >坐

• 添加元数据部分knitr报告< 2013-09-21 >坐

• 有选择地导入老鸨::迎合。表修复警告荷安装< 2013-09-21 >坐

• 添加n15qc包装< 2013-09-21 >坐

的变化版本0.99.0:

• 提交Bioconductor < 2013-09-17 >星期二

qpgraph

1.18版本的变化:

用户可见的变化

• 更新了格式的小插曲坚持Bioconductor风格

• 函数qpRndHMGM()和qpSampleFromHMGM()弃用在以前的版本中,现在已经不复存在。

新功能

• qpCItest()现在也R / qtl交叉对象作为输入,即。,the user can test for conditional independence directly on R/qtl cross objects

• 添加函数addGenes (), addeQTL(),和addGeneAssociation()来逐步建立和模拟eQTL网络

错误修复

• 真实或整数离散变量的价值水平现在不是正整数时提示错误

• qpFunctionalCoherence()处理管理模块只有一个目标没有给出一个错误

• reQTLcross()现在可以模拟一个初始eQTL模型没有基因

• 固定的策划HMgmm对象

QuasR

的变化版本1.2.0:

新功能

• 新的miRNA-seq样本数据;装饰图案已经为ChIP-seq工作流、RNA-seq smRNA-seq / miRNA-seq Bis-seq和allele-specific分析

新功能

• qMeth可以为单个分子甲基化状态报告(reportLevel =“对齐”)

新功能

• qCount / qProfile增益参数忽略拼接读入计数

Rbowtie

变化的1.1.1版:

新功能

• 更新版本1.0.0领结

RchyOptimyx

2.0:

RDAVIDWebService

的变化版本0.99.1:

微小的变化

• dontrun标记了策划的例子(多亏了瓦莱丽Obenchain)。

的变化版本0.99.0:

文档

• 新闻文件是补充道。

ReactomePA

1.5.3:更正版本的变化

• 臭虫固定在TERMID2EXTID < 2013-09-18,结婚>

1.5.2版本的变化:

• 实现gseAnalyzer GSEA分析< 2013-07-10,结婚>

• 为可视化实现viewPathway路径< 2013-07-10,结婚>

1.5.1版本的变化:

• 延长enrichPathway支持老鼠,老鼠,celegans,斑马鱼,飞。< 2013-03-27,结婚>

• 根据变化修改enrichPathway enrich.internal、删除qvalueCutoff参数,添加pAdjustMethod、添加宇宙paramter为用户指定的背景。< 2013-05-29,结婚>

红色的

变化在2.0.0版本:

• 改进的图形属性设置和接口。

ReportingTools

2013-4-1版本的变化:

• 所代表的HTML报告现在HTMLReportRef referenceClass

• 通过.toHTML HTML输出现在完全可定制的,.toDF和.modifyDF参数公布(见小插图)

• 通过ReportHandlers出版机制抽象和可定制的类

• ReportingTools knitr内输出可以使用文档和闪亮的Web应用程序(参见片段knitr。限制型心肌病和shiny.Rnw)

• 的持久表示HTML报告创建存储和访问HTMLReportRef .reportDOM字段的对象

• [[和[[< -方法为HTMLReportRef创建对象,允许选择、更换和对象直接插入报告

• 发布通用现在接受一个“名字”的论点。

• 现有的报告可以通过readReport读取,修改(通过发布,[[< -,或直接操纵.reportDOM),和重写文件

• 路径一般现在返回列表/矢量的位置插槽的附加ReportHandlers值对象(s)。这些路径,连接,或其他报告目标的迹象。

• 链接提供的泛型函数构建表/集的HTML链接

• 添加支持出版ggbio和recordedplot对象

• CSS改变了Twitter的引导

• 修正时如何处理NAs过滤和排序的列

• 新方法来处理输出运行在刨边机或nbinomTest DESeq glmLRT考验

• 弃用:HTMLReport类由HTMLReportRef取代

• 弃用:出版HTMLReportRefs直接报告(为了使一个索引页)不再支持。使用链接功能。

• 弃用:HTMLReportRef对象的页面一般不是有意义的(并不是所有的系统都有一个相应的连接),弃用。使用路径。

Rgraphviz

2.5版本的变化:

• 暴露情节中的论点,Ragraph-method。

• 改变了EPL的许可证。

• 修正一些错误描述文件中的文本。

• 固定pieGylph地址的问题警告信息代表(NULL)(由克里斯托瓦尔弗雷斯诺罗德里格斯Cristobalfresno@gmail.com)。

• 更新进口,取决于,名称空间按R CMD检查要求。

• 解决问题与lt ~过时了。Graphviz m4文件;R CMD检查下一个警告。

• 小插曲从本月/ doc搬到小插图目录。

rhdf5

的变化版本2.6.0:

新功能

• 支持逻辑添加

• 支持阅读属性添加(用read.attributes = TRUE)

• enabeled压缩h5write data.frame

用户可见的变化

• 使用BiocStyles包装饰图案

Risa

1.3.3:1。固定assay.filenames.per的定义。样本和因素。2。固定regulession调查文件(i_)被认为是在字符串的开始。3所示。添加引用文件。

RNASeqPower

版本1.0.1的变化:

• 将一个引用添加到手册页面,添加引用文件

的方式

1.3.2版本的变化:

• 固定在isIdObsolete bug,报道了亚历克斯·托马斯< 2013-07-27 >坐

1.3.1版本的变化:

• 其他的例子在CVParam-class示例中,ψ本体不可用< 2013-05-02 >星期四

1.3.0版本版本的变化:

• Bioc 2.13猛击版本肿块

ROntoTools

的变化版本1.2.0:

• 添加分析基因的能力集(通路没有交互)使用唯一的代表

• bug修复:情节边界等。

rqubic

的变化版本1.8.1 (2011-08-02):

• 修复错误的文件

版本变化1.8.0 (2011-07-11):

• 提交Bioconductor

Rsamtools

的变化版本1.14.0:

新功能

• seqinfo (FaFile)返回可用的信息序列和Fa(索引fasta)文件的长度。

• 对任意的过滤filterBam接受FilterRules回味。

• 添加isIncomplete BamFile-method测试文件尾

• 添加count.mapped。读取summarizeOverlaps, *, BamFileList-method;设置为TRUE来收集阅读和核苷酸通过countBam计数。

• 添加summarizeOverlaps、*特征法计算简单的文件路径

• 添加sequenceLayer()和stackStringsFromBam ()

• 添加的。which_label的arg readGAlignmentsFromBam (), readGappedReadsFromBam (), readGAlignmentPairsFromBam(),和readGAlignmentsListFromBam ()

用户可见的明显变化

• 重命名:readBamGappedAlignments () - > readGAlignmentsFromBam () readBamGappedReads () - > readGappedReadsFromBam () readBamGappedAlignmentPairs () - > readGAlignmentPairsFromBam () readBamGAlignmentsList () - > readGAlignmentsListFromBam () makeGappedAlignmentPairs () - > makeGAlignmentPairs ()

• 加速findMateAlignment ()

弃用,已经

• 反对readBamGappedAlignments (), readBamGappedReads (), readBamGappedAlignmentPairs (), readBamGAlignmentsList(),和makeGappedAlignmentPairs ()

错误修复

• scanVcfHeader容忍记录没有ID字段,字段命名相似ID。

• 关闭razip文件只有一次。

• 报告tabix输入错误

rSFFreader

Rsubread

的变化版本1.12.0:

新功能

• 增加了大量的新功能featureCounts阅读总结功能,包括重新排序BAM读取的文件进行读取相同的两人是彼此相邻,支持染色体别名和输出的完整的注释数据计算结果总结meta-feature水平。

新功能

• 在更多的细节描述featureCounts项目总结如何读取用户指南。

新功能

• 提高短indel检测对于Subread(对齐功能)和Subjunc对准器。这是通过构建一个共识indel表并重新读取。发现indels报告输出中除了阅读映射的结果。

新功能

• 支持检测长indels(高达200个基点)在Subread补充道。当“indels”论点的指定值大于16,Subread将自动执行读取装配检测长插入和删除。

新功能

• Subread和Subjunc现在可以采取FASTQ / FASTA,山姆和BAM文件作为输入和输出映射结果山姆和BAM格式。

新功能

• Subjunc现在直接作用于原始读取数据(它之前把Subread输出作为输入),因此运行时间减少了近一半。

新功能

• 独特的映射读取Subjunc可以指示输出。汉明距离和映射质量分数可以用来打破关系当不止一个最好的位置被发现。

新功能

• 更多的选项被添加到exactSNP程序。它的文档也大大提高。

新功能

• 大量的bug修复。

rTANDEM

1.1.6版本的变化:

新功能

• rTANDEM现在基于x !串联版本13-09-01“大锤”

1.1.5版本的变化:

错误修复

• 固定在Cpp内存管理难题

新功能

• 支持多个参数。

更改版本1.1.4:

新功能

• rTANDEM现在基于x !串联版本13-06-15“手提钻”

错误修复

• 纠正一个错误,避免使用多线程

• 纠正一个错误,可能会影响结果,当多个fasta文件分配给相同的分类单元。

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

研制

版本1.0.0的变化:

• 1日Bioconductor释放研制[2013-10-15]。

rtracklayer

1.22版本的变化:

新功能

• 进口,BigWigFile收益一个asRle参数,返回数据作为RleList(假设瓷砖序列);速度远远超过导入一个农庄和调用报道()。

• 直接添加出口、RleList BigWigFile方法(而且更有效)的输出RleLists大佬文件(如保险)。

用户可见的明显变化

• 现在UCSCData延伸农庄组织而不是RangedData (Herve)感谢

错误修复

• 处理不同的set - cookie套管头字段;通常由于代理(由于Altuna Akalin)

• 尝试更多的优雅地处理UCSC的截断的大型数据下载

• 处理由于UCSC引导镜像(感谢马丁Morgan)

rTRM

1.0版本的变化:

• 在Bioconductor第一个版本。

• 集成与Bioconductor包:MotifDb PWMEnrich,图(有限)。

• 人类和小鼠BioGRID数据集更新到版本3.2.105(2013年10月)。

rTRMui

1.0版本的变化:

• 第一个Bioconductor释放。

• 提供了一个闪亮的界面rTRM。

• 中所有可用选项从rTRMui rTRM可以访问。

• 几个实用程序控制网络外观(节点,边缘和标签大小,等等)。

• 下载PDF和文本格式。

SBMLR

的变化版本1.57.1:

新功能

• 添加新函数S4toS3 () S4用rsbml模型转化为S3 SBMLR模型。

• 包括代码从Vishak Venkateswaran分支的SBMLR github(2011年7月)。这是可能会允许它在http://www.ebi.ac.uk/biomodels-main/阅读更多模型我说可能因为我不完全理解他所有的代码,但无论如何添加它。

• libsbml允许多个参数问题解决了乘法运算符使用刺激()。同样对于sum ()。请注意,“*”()是严格意义上的二元运算符。

用户级的重大变化

• 叫我的模型对象叫SBMLR现在让用指rsbml用对象。同样我的模拟()现在rsbml sim()来保持清晰的模拟()。

• SBMLR模型文件不再需要设置了可逆的标志。默认是假的,这是2级的反面:我所有的反应速率法一直是积极的,我喜欢和一个设计目标是保持SBMLR模型文件尽可能瘦(受约束,他们是有效的R代码)。

• 模拟处理lsoda dataframes()事件,看到模拟的帮助。

• curtoNatural。R(参见图7 2004年BMC生物信息学,5:190)现在在模型文件夹。

• JTB 238的草皮模型Kowald et al,(2006) 828 - 840是现在还在这个文件夹中。

• 两个pdf文件的出版物免费被包轻。

• 同样,只有手册。医生是:其冗余pdf现在。

笔记

• SBMLR对象需要的可逆标志设置文件,但是在R SBMLR对象。

SCAN.UPC

2.2.8版本的变化:

新功能

• 下载直接从基因表达微阵列数据综合能力和规范化的文件在一个单一的命令。

• 备用功能(SCANfast和UPCfast)进行扫描和UPC正常化,使用更少的探测,因而在~ 60%更少的时间执行。

• 能够并行执行多个.CEL文件正常化跨多个核心在一台计算机或跨多个计算机集群上。

• 能够生成RNA-Seq注释文件使用UPC_RNASeq函数从GTF / FASTA源文件。

• 下载并安装能力BrainArray包通过R的函数。

• 改进支持Affymetrix外显子数组。

• 改进支持Affymetrix HT_HG-U133A早期访问外显子数组。

其他

• 各种改进和说明文档。

SeqArray

1.1.5版本的变化:

• 在asVCF小bug修复

• SeqVarGDSClass-class更新手册页”。路”,新方法

• 在描述,BiocGenerics列在“建议”而不是“进口”所显示R CMD检查

• 在seqDelete bug修复

• 修改函数的seqTranspose根据更新gdsfmt (v1.0.0)

更改版本1.1.4:

• 添加一个新参数“行动”“seqSetFilter”功能

• 添加一个新函数的seqInfoNewVar允许添加新的变量信息字段

更改版本1.1.3:

• 小bug修复,避免“seqGetData”崩溃当没有返回值从一个变长变量

• 更新文件

1.1.2版本的变化:

• 添加方法‘战’,‘filt’,‘asVCF’

• “农庄”方法使用参考基因集的长度宽度

变化的1.1.1版:

• 修改参数的var。指数”在函数“seqApply”

• “农庄”和“DNAStringSetList”的基本支持

SeqGSEA

1.1.5版本的变化(2013-09-01):

• 添加了一个总runSeqGSEA()函数进行一步分析

• 修改genpermuteMat()调用set.seed(再现性)

• 装饰图案更新

改变版本1.1.4 (2013-08-10):

• 更新功能允许DE-only GSEA分析。

• 固定的几个错误。

• 装饰图案更新。

的变化版本1.1.3 (2013-06-13):

• 解决一个错误由于biomaRt更新(感谢马丁Morgan)。

更改版本1.1.2 (2013-05-01):

• 更新后的装饰图案。

1.1.1版的变化(2013-04-23):

• SeqGSEA包的方法论论文发表在BMC生物信息学(2013,14 (5):S16)。

• 添加一个函数writeScores生成DE / DS和基因得分输出。

shinyTANDEM

的变化版本0.99.1:

新功能

• 现在可以使用rTResult对象从R会话shinyTANDEM函数作为一个参数。

的变化版本0.99.0:

• 第一次提交shinyTANDEM Bioconductor

ShortRead

1.19版本的变化:

用户可见的明显变化

• qa(…,类型=“fastq”)使用一个示例(n = 1000000默认读取,而不是整个文件;使用示例= FALSE来恢复到以前的行为。

新功能

• FastqQuality和编码,编码SFastqQuality之间提供一个方便的地图信编码及其对应的整数质量值。

• filterFastq转换一个fastq文件到另一个,删除读取或核苷酸通过一个指定的函数。trimEnds特征法&朋友使用这一个简单的方法来消除低质量的基础。

错误修复

• writeFastq成功写零长度fastq文件。

• FastqStreamer / FastqSampler警告不完整(腐败)文件

SpacePAC

的变化版本0.99.0:

• 第一个版本的SpacePAC包。

• 两个三维聚类方法:使用仿真方法和使用泊松的方法。

• 允许一个基本的绘图函数可视化最重要的集群。目前只有一个球可以绘制。

连接工具

版本1.0.0的变化:

• 最初的版本。

supraHex

版本1.0.0的变化:

新功能

• 纯粹的R实现自组织学习算法应用于对称拓扑的supra-hexagonal地图

新功能

• 几十个函数后处理训练地图有多个目的,包括:(i)的可视化地图索引,点击和模式;(2)分区映射到连续的集群(即基因meta-clusters),因为他们是不同的从单个基因簇映射节点;和(iii)重新排序sample-specific地图组件(即样本相关性)

新功能

• 几组学数据集用来说明supraHex的功能支持

synapter

1.3.4版本的变化:

• estimateMasterFdr现在支持向量列表pepfiles < 2013-09-27 >星期五

• 进口(MSnbase) < 2013-09-27 >星期五

v1.3.3变化:

• 更新引用。< 2013-07-05 >星期五

1.3.2版本的变化:

• 固定的错误当使用findEMRTs = "复制" < 2013-05-30 >星期四

1.3.1版本的变化:

• 报告dbUniquePeptideSet肽的总数。# 41修复问题。< 2013-05-13 >星期一

• 新的findEMRTs mergedEMRTs参数。关闭问题# 38。< 2013-05-13 >星期一

• 固定synapterTiny QuantPep3DData美元,第一列的rownames synapterTiny QuantPep3DData X美元。由于新发现mergedEMRTs参数。< 2013-05-13 >星期一

• mergedEMRTs参数添加到把< 2013-05-22 >结婚

• Synapter检查一个文件每个列表元素通过< 2013-05-28 >星期二

• 小错误/修复< 2013-05-28 >星期二

• 新idSource列匹配EMRTs < 2013-05-29 >结婚

• 新的performance2方法显示识别源和NA值列联表< 2013-05-29 >结婚

• 新的filterPeptideLength方法< 2013-05-29 >结婚

• 把peplen参数添加到过滤肽长度< 2013-05-29 >结婚

1.3.0版本版本的变化:

• Bioc 2.13猛击版本肿块

TargetSearch

的变化版本1.18.0:

新功能

• 新的选择函数的ProfileCleanUp允许微调的建议代谢物的冗余。这个问题发生在参考库包含两个或两个以上的代谢物在相同保留时间窗口。

新功能

• 函数的编写。结果可以创建一个基于量化矩阵的一个量化质量。这个质量可以选择自动或由用户指定。

新功能

• 以上选项也被纳入GUI。

移行细胞癌

的变化版本1.2.0:

新功能

• 这个包被释放Bioconductor包(之前凹口)。

• 叠的方法识别度是补充道。

• ROKU组织基因识别方法是补充道。

• “增量”的论点“calcNormFactor”功能是补充道。

用户可见的明显变化

• 太极拳课“复制”的删除。

更改版本1.1.3:

用户可见的明显变化

• “generateSimulationData”功能被命名为“simulateReadCount”。

用户可见的明显变化

• “名称”字段的太极拳课改为“gene_id”。

用户可见的明显变化

• “hypoData”降低到一个更小的数据集。

用户可见的明显变化

• “hypoData_mg”了。这是模拟数据集由1000个基因和9样品。

版本1.0.0的变化:

用户可见的明显变化

• “太极拳”类作为R5参考实现类。包装器函数与函数式编程语义proviede。

TEQC

3.0.0版本的变化:

• 新功能“multiTEQCreport”从“TEQCreport”收集的结果来自多个样本的输出并创建一个组合质量报告

2.9.2版本的变化:

• 错误修复的报道。目标”:当从BAM获取读取数据文件,输出平均覆盖率值的目标是错的(错误的顺序)

tigre

的变化版本1.14.1:

错误修复

• 各种修复non-cascade ODE模型(即模型不使用TF mRNA数据)(感谢Andrea Ocone报告)

TransView

更改版本1.5.9之后:

错误修复

• 使用mcols赞成值在农庄组织元数据对象的访问

的变化版本1.5.8:

错误修复

• 小错误修正农庄在最近annotatePeaks适应变化

1.5.7版本的变化:

错误修复

• 在annotatePeaks小bug修复

1.5.6版本的变化:

错误修复

• 小错误修正

1.5.5版本的变化:

错误修复

• 速度提高和改进annotatePeaks的准确性

1.5.4版本的变化:

新功能

• plotTV现在可以情节表达谱包括内含子pre_mRNA引发的新选项

错误修复

• 固定一个错误发生如果只有两种颜色是通过通过colr plotTV

1.5.3:更正版本的变化

新功能

• meltPeak可以返回黄土平滑的分数。

1.5.2版本的变化:

错误修复

• 固定一个问题与基因名称从gtf2gr回来。

1.5.1版本的变化:

错误修复

• 核反应能量切断macs2gr没有像预期的那样工作。

三层

的变化版本1.2.0:

新功能

• 现在可以设置自定义评分和isogroup表通过三层。搜索界面。

新功能

• 新的triplex.score。表和triplex.group。表函数的默认得分和isogroup表定制过程几乎毫不费力。优化

新功能

• 减少动态算法优化技术实现为一个计算基于最小得分的选择。

新功能

• 优化使用的处理器数据缓存——计算分为小块来防止缓存错过。

VariantAnnotation

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加“上游”和“下游”参数IntergenicVariants()构造函数。

• 添加“样本”参数ScanVcfParam ()。

• 添加readGT (), readGeno()和readInfo ()。

• 添加VRanges、VRangesList SimpleVRangesList, CompressedVRangesList类。

• 添加强制VRanges - > VCF VCF - > VRanges。

• VRanges家庭添加方法:altDepth (), refDepth (), totalDepth (), altFraction()称为(),hardFilters (), sampleNames (), softFilterMatrix () isIndel (), resetFilter ()。

• 添加stackedSamples VRangesList方法。

修改

• VCF有效性方法现在需要的行数信息构成了rowData()()来匹配的长度。

• PRECEDEID和FOLLOWID locateVariants()现在CharacterLists所有基因“上游”和“下游”范围。

• 构成了rowData()修改rownames农庄CHRAM: POS_REF / ALT变异没有ID。

• readVcf()和()返回信息基因族群()ScanVcfParam中指定的顺序。

• 工作scanVcf():——免费解析记忆最初的机会——在c而不是定义it_next . h -解析ALT”。“在C -哈希传入的字符串解析只有param-requested“固定”,“信息”、“基因工程”领域

• 添加dimnames < -, VCF方法防止“固定”字段复制到构成了rowData”“当新rownames或colnames被分配。

• 支持一个emtpy VCF读/写。

• readVcf(文件=性格,…)方法尝试TabixFile胁迫。

• 支持读/写一个emtpy VCF。

• 添加性能部分装饰图案;BiocStyle转换。

• 扩大,CompressedVcf方法扩展基因族群()领域“广告”ALT +长度
  1. 扩展字段是一个(n x y 2)数组。
• “基因组”参数readVcf()可以是一个字符(1)或Seqinfo对象。

弃用,已经

• 已经dbSNPFilter (), regionFilter()和MatrixToSnpMatrix ()。

• 反对readVcfLongForm ()。

错误修复

• 修复bug的兼容性读/ writeVcf()当不列信息。

• 修复bug在locateVariants()当没有txid, cdsid“特性”。

• 修复bug在asVCF()在编写标题行。

• 修复bug VCF“扩大”方法来处理多个“A”列信息()。

VariantTools

1.4版本的变化:

新功能

• tallyVariants现在将保持ref行如果variant_strand = 0;这是用于获取信息时没有alt(例如,野生型调用)。最好有一个大集群在整个基因组。

• 添加一个keep_extra_stats TallyVariantsParam参数;设置为FALSE将加快速度时,不需要额外的数据。

• idVerify现在支持GATK VCF输入,输出。

• 现在支持GRangesList和TranscriptDb callableFraction ()。

用户可见的变化

• 现在的API是基于VRanges,正式代表GRanges-derived类变异;使用所谓的“记录”或“变种”农庄是弃用。

• 默认禁用接近过滤器;我们建议这个现在只有全基因组。

• QA过滤不再是一个正式的一部分调用管道;我们建议通过qaVariants“轻轻地”应用QA过滤器()和使用结果进行诊断。

• 使用BiocParallel tallyVariants (BPPARAM论点)

• VariantTallyParam弃用;使用TallyVariantsParam

错误修复

• idVerify现在正确地计算小团体而不是连接组件

• 使用总数,而不是裁判数在计算alt的频率

xcms

的变化版本1.37.6:

新功能

• 引入write.mzQuantML (xcmsSet)出口高峰列表和组合矩阵PSI格式mzQuantML(参见http://www.psidev.info/mzquantml)

用户可见的变化

• 添加杨百翰大学许可申请版权的目的。

• 添加版权信息显示在运行findPeaks.massifquant xcmsRaw.R内()

• 为findPeaks.massifquant-methods.Rd清洁和更新文档

错误修复

• 删除未使用的参数findKalmanROIs xcmsRaw.R内()

的变化版本1.37.5:

错误修复

• 固定在retcor bug。obiwarp scanrange的第一个示例将检查而不是中心的样本

的变化版本1.37.4:

错误修复

• 跳过界在diffreport()如果一个类有小于2样本。

的变化版本1.37.3:

错误修复

• 固定错误patternVsRowScore (group.nearest)在65169年牧师提出的修改,导致功能保持一致,远远超出给定的m / z和保留时间窗口。

的变化版本1.37.1:

错误修复

• 固定fillPeaks, 1)下降标准列和2)失败如果无关,基于由托尼•拉森补丁。

新功能

• 介绍msn2xcmsRaw,允许findPeaks()一份数据和MSn

xps

3.00版本的变化:

版本xps-1.21.5

• 添加QualTreeSet方法NUSE()和RLE()属性和值

• 更新人export.Rd

版本xps-1.21.4

• 更新xpsQAReport。R, R - 3. x

版本xps-1.21.3

• 更新XPSSchemes。cxx取代错误警告失踪注释头' % netaffx-annotation - '

版本xps-1.21.2

• 更新XPSNormalizer。cxx纠正未初始化变量

版本xps-1.21.1

• 更新的自述

• 更新Makefile设置包括路径(~ / r / Makevars)

• 更新XPSUtils。cxx消除警告叮当声

版本xps-1.19.10

• 更新XPSSchemes。cxx纠正可能的内存错误在测试器数组的名字(我)

版本xps-1.19.9

• 更新的自述

版本xps-1.19.8

• 与path.package取代.path.package () ()

版本xps-1.19.7

• 更新XPSSchemes。cxx取代错误警告失踪注释头“% genome-species”

版本xps-1.19.2 - 6

• 更新配置。赢得和Makefile。胜利与MinGW根编译;xps的作品现在在Windows 7

版本xps-1.19.1

• 更新进口. . XPSchemes注释()方法。cxx防止标签在Affymetrix注释文件

• 更新script4schemes。R与注释na33包括方案

2.15版本的变化:

版本xps-1.17.2

• 更新script4schemes。R包括方案HuGene-2_x-st数组

• 更新script4xps.Rwith example 4a for HuGene-2_1-st arrays

• 更新的自述

版本xps-1.17.1

• 删除警告:部分参数匹配

• 打鼾声。接待员:使用.onAttach ()

版本xps-1.15.2

• 搬到5.32/01根版本,更新README

版本xps-1.15.1

• 更新zzz.R

的变化版本2.14.0:

版本xps-1.13.10

• 更新xpsQAReport()函数来代替“_”与“_”* .Rnw

版本xps-1.13.9

• 添加质量报告xpsQAReport()函数

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.8

• 添加函数attachProbe (), removeProbe(),等等。

• 添加函数contentGC (), probeSequence ()

• 添加函数inten2GCplot (), plotInten2GC ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.7

• 添加函数unitID2symbol ()

• 添加函数plotProbeset ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.6

• 更新indexUnits()函数的外显子probesets

• 添加函数symbol2unitID ()

• 添加函数probesetplot ()

版本xps-1.13.5

• 更新script4schemes。R与注释na32包括方案

• 更新script4xps.R和script4exon.R

版本xps-1.13.4

• 搬到5.30/00根版本,更新README

• 小插曲xps更新。Rnw和xpsClasses.Rnw

版本xps-1.13.3

• 正确问题unitID2affyID()在Linux上造成sQuote ()

版本xps-1.13.2

• 添加函数plotXXX ()

• 嘘()函数不再需要attachInten ()

• 添加函数indexUnits (), pmindex (), mmindex ()

• 添加函数probesetID2unitID (), unitID2probesetID(),等等

• 添加函数attachUnitNames (), removeUnitNames ()

• 添加函数attachDataXY (), removeDataXY ()

版本xps-1.13.1

• 更新plotImage()函数画背景图像

的变化版本2.13.0:

版本xps-1.11.12

• 更新功能:plotBoxplot (), plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.11

• 更新功能:plotImage (), plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.10

• 添加功能:plotImage (), plotBoxplot ()

• 更新方法图像()

版本xps-1.11.9

• 添加方法:pcaplot ()

• 更新方法plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.8

• 添加方法:corplot (), madplot ()

版本xps-1.11.7

• 更新方法plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.6

• 添加方法对RNA降解情节:xpsRNAdeg (), plotAffyRNAdeg ()

• 添加手册页

版本xps-1.11.5

• 在XPSProcessing正确的小虫。cxx: ExportExprTreeInfo ()

• 更新方法图像()

• 添加手册页

版本xps-1.11.4

• 添加新类QualTreeSet添加质量控制功能

• 添加函数符合()和fitQC()和派生功能

• 添加图片()方法溶残块,基因圣,圣和外显子板阵列

• 添加新块coiplot()和borderplot ()

• 更新箱线图(),callplot()、图像()是独立于位置的“数据”

版本xps-1.11.3

• 添加函数trma ()

版本xps-1.11.1

• 更新描述纠正SystemRequirements root_v5.27.04

• 更新READ_WSTRING()函数来处理对PPC大端字节序

的变化版本2.12.0:

版本xps-1.9.9

• 更新方法XExonChip:: ProbesetLevel全基因组注释na31文件()

版本xps-1.9.8

• 恢复更新Makefile.win

版本xps-1.9.7

• 更新Makefile。赢得清洁xpsLinkDef.h

• 更新script4schemes。R为注释na31(updated release)

版本xps-1.9.6

• 为新的根版本更新信息文件(root_v5.27/04) 5.27/04

• 更新script4xps.R,script4schemes.R for annotation na31

版本xps-1.9.5

• 更新导入。数据使用make.names (celnames)来防止特定的字符

版本xps-1.9.4

• 更新root.profile。R, macroDrawProfilePlot。C允许选择的子集树

• 在read.table()设置stringsAsFactors = FALSE

版本xps-1.9.3

• 更新方法XPreFilter::计算()正确处理外显子数组

版本xps-1.9.2

• 更新Makefile和Makefile.arch

版本xps-1.9.1

• 在XPSAnalysis添加支持。cxx出口外显子数组probeset注释(过滤器)

的变化版本2.11.0:

版本xps-1.7.9

• 更新方法validData()来处理槽数据包含不同的列类型

• 更新方法seExprTreeSet (), rleplot (), mvaplot (), nuseplot ()

版本xps-1.7.8

• 添加方法xpsFIRMA ()

• 添加函数firma (), firma.expr (), firma.score ()

版本xps-1.7.7

• 更新bgcorrect。R警告使用tmpdir导致空根文件

• 更新正常化。R警告使用tmpdir导致空根文件

版本xps-1.7.6

• 轻微改变,允许用g++ 4.4.x计算

版本xps-1.7.4

• 添加新闻

版本xps-1.7.3

• 添加ExprTreeSet方法validSE (), nuseplot (), rleplot ()

• 允许出口树木布局不完整的*。CLF文件

• 更新的例子/ updateAnnotation.R

版本xps-1.7.2

• 添加示例/ updateAnnotation.R

• 更新script4xps.R

版本xps-1.7.1

• 允许使用mas5()和mas5.call与板阵列w / o MMs ()

• 更新script4xps.R

的变化版本2.10.0:

版本xps-1.5.19

• 更新script4xps.R

版本xps-1.5.18

• bgcorrect添加参数。选择mas5.call()函数

版本xps-1.5.17

• 更新的自述

版本xps-1.5.16

• 允许处理probesets w / o Citrus.CDF MMs

版本xps-1.5.15

• validBgrd()实现“,”

• 添加装饰图案xpsPreprocess.pdf

• 添加示例/ macro4xpsPreprocess.R

版本xps-1.5.14

• 更新出口()包括read.table (comment.char = " . .)

• 更新methods.DataTreeSet。R允许probe-level洛斯和supsmu正常化

版本xps-1.5.13

• 更新表达()允许设置bufsize树篮子

版本xps-1.5.12

• 允许进口miRNA-1_0.CDF变化

版本xps-1.5.9

• 更新validOption()允许独立:没有的

版本xps-1.5.8

• 更新rma()允许改善关系处理preprocessCore等选项

版本xps-1.5.7

• 更新方法validCall ()

• 添加方法validExpr()和validPVal ()

• 更新装饰图案APTvsXPS.pdf

• 更新script4xps2apt例子。R和script4bestmatch.R

版本xps-1.5.4

• 更新exonLevel()函数使用affx = c (4、8、16、32)

• 更新dataDataTreeSet()函数返回正确的id的面具

• 添加新的内部exonLevelIDs()函数

版本xps-1.5.3

• 更新帮助文件exonLevel.Rd

版本xps-1.5.1

• 更新validData(),以检查重复rownames

• 允许genetitan板数据的阅读

的变化版本2.9.0:

版本xps-1.3.13

• 更不用说根版本更新描述

• 更新的自述

版本xps-1.3.12

• 正确的错误在罗斯福和业务的实现

版本xps-1.3.11

• 公开函数exonLevel并添加exonLevel.Rd

版本xps-1.3.8

• 更新所有初始化方法来防止checkS3forClass警告

• 更新bgcorrect。rma bgcorrect.mas5

• 更新script4xps.R,script4exon.R

版本xps-1.3.6

• 支持使用基因组数组作为外显子数组

版本xps-1.3.5

• 添加代码在import.data()函数来代替点,冒号在celnames下划线

版本xps-1.3.4

• 正确的错误xpsPreprocess add.data = FALSE

• 正确的接头(。根,. txt,子(x)。根,. txt, x)

• 更新root.image()从setname setname ()

版本xps-1.3.3

• 改变强度< -允许使用位置数据进行进一步处理

版本xps-1.3.1

• 添加函数root.merge.data ()

的变化版本2.8.0:

版本xps-1.1.9

• 保护类XRMABackground免受缺陷Affy芯片,例如零分

• 保护root.data对复制celnames或treenames()等

版本xps-1.1.8

• 在课堂上纠正错误XINICall导致缓冲区溢出

版本xps-1.1.7

• 添加调用方法I / NI-call (Talloen等)

版本xps-1.1.6

• 防止进口CEL-files最大强度为零

• 更新函数返回ExprTreeSet导入结果选项

• 更新函数返回CallTreeSet导入结果选项

• 更新root.density等允许储蓄从R函数

• 添加根。配置文件使用根箱线图的图形

• 添加摘要方法农场(Hochreiter等)

• 添加摘要方法DFW(陈等)

• 更新装饰图案xps.pdf

版本xps-1.1.5

• 正确的问题在validData CEL-files从数字开始

版本xps-1.1.4

• 更新装饰图案xps.pdf

• 添加新的装饰图案APTvsXPS.pdf

• 更新script4exon.R例子

• 添加script4xps2apt例子。R和script4bestmatch.R

• 更新的自述

版本xps-1.1.3

• 允许CEL-names从一个数字,更新阅读。表(check.names = FALSE,…)

• 更新ExprTreeSet槽exprtype设置为正确的类型

• 添加函数root.expr()和root.call ()

• 需要改变的setname dabg.call()从CallTreeSet CallSet至于mas5.call ()

版本xps-1.1.2

• 允许不同的exonlevels bgrd正常化,总结

• 更新替换方法exprs、pvalData presCall允许构造子集

• 添加函数计算metacoreList metaProbesets。国会议员为恰当的

版本xps-1.1.1

• 增加最大根文件大小从2 gb 2 tb

• 减少计算时间

• 纠正错误防止出口外显子probeset规范化数据

的变化版本2.7.0:

版本xps-0.99.11

• 正确的错误导致空外显子probeset列

版本xps-0.99.10

• 正确处理tmpdir在WinXP更新源代码

• 更新script4xps例子。R和script4exon.R

版本xps-0.99.9

• 更新方法namePart extenPart、validData validBgrd处理名称与强调

版本xps-0.99.8

• 更新功能的根。xxx WinXP

版本xps-0.99.3

• 包现在可以构建Windows XP

• 还可能将当前日期和/或时间添加到根文件名

• 添加函数existsROOTFile

• 更新后的小插图xps.Snw

版本xps-0.4.3

• 新方法rawCELName()进口CEL-files的名称

版本xps-0.4.2

• 添加导入通用的支持(calvin) CEL-files

• 更新方法volcanoplot

版本xps-0.4.1

• 改变的描述

• 添加方法volcanoplot

• 正确的更新xpsUniFilter中的错误

版本xps-0.4.0

• 导入。数据:进口CEL-files从不同的目录

• 更新描述,名称空间

• 添加应用可能性non-sepcific过滤器和单变量过滤器

• 添加S4类过滤器,初滤器,UniFilter

• 添加S4类FilterTreeSet AnalysisTreeSet

包被释放

以下包不再发布:

dualKS、externalVector GeneGroupAnalysis、iFlow KEGGSOAP xmapcore