2012年10月3日

Bioconductors:

我们很高兴地宣布Bioconductor 2.11，由610个软件包和650多个最新的注释包组成。有58个新的软件包，并对现有软件包进行了许多更新和改进;Bioconductor 2.11兼容R 2.15.1，支持Linux、32位和64位Windows以及Mac OS。此版本包括更新的Bioconductor亚马逊机器图像．访问//www.andersvercelli.com有关详细信息和下载。

内容

• Bioconductor 2.11入门
• 新软件包
• 来自新的和现有软件包的新闻
• 从发行版中删除的包

Bioconductor 2.11入门

安装Bioconductor 2.11:

1. 安装R 2.15.1。Bioconductor 2.11是专门为这个R版本设计的。

2. 按照以下指示操作//www.andersvercelli.com/install/．

3. 如果您已经在使用Bioconductor 2.10(带有R-2.15)，您可以按以下方式升级:

   源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)

   biocLite(“BiocUpgrade”)

新软件包

这个版本的Bioconductor中有58个新包。

• agilp:为基因表达微阵列数据(主要是Agilent数据)的底层分析提供了一个管道

• annmap: annmap提供Affymetrix外显子阵列的注释映射和基于坐标的查询，支持深度测序数据分析。数据库访问隐藏在API后面，API提供了一组函数，如genesInRange()、geneToExon()、exonDetails()等。同时还提供了绘制基因结构和BAM文件数据的功能。基础数据来自Ensembl。

• AnnotationForge:提供用于生成Annotation包及其数据库的代码。生成的包将与AnnotationDbi一起使用。

• bigmemoryExtras:这个包定义了一个" BigMatrix "引用类，它为bigmemory包中的filebacked.big.matrix类添加了安全和方便的特性。BigMatrix通过监视和优雅地恢复到磁盘上数据的连接来防止段错误，它还通过基于文件系统的权限系统防止意外的数据修改。我们提供了在Biobase包的eSet类家族中使用bigmatrix派生类作为assayData矩阵的实用程序。BigMatrix提供了一些与附加和索引带有dimnames的文件支持矩阵相关的优化。此外，该包还提供了一个“BigMatrixFactor”类，这是一个具有因子属性的文件支持矩阵。

• bsseq:分析和可视化亚硫酸氢盐测序数据的工具

• 癌症类:分类协议从特征选择步骤开始，并继续进行最近质心分类。预测器的准确性可以使用训练和测试集验证、省略一个交叉验证或在多个随机验证协议中进行评估。连续预测评分的计算和可视化方法可以平衡敏感性和特异性，并根据临床要求定义临界值。

• ChIPXpress: ChIPXpress将从ChIPx数据中预测的TF结合基因作为输入，并使用从NCBI GEO下载的相应基因表达谱数据库对TF结合靶点按最有可能是功能TF靶点的基因排序。

• chroGPS:我们提供直观的地图来可视化遗传元素之间的联系，重点是表观遗传学。该方法基于多维尺度。我们提供了一些合理的距离指标和调整程序，以消除在合并不同技术或遗传背景下获得的数据时通常观察到的系统偏差。

• CNORdt: CellNOptR包的这个附加组件处理时间过程数据，而不是CellNOptR中的稳态数据。它扩展了模拟步骤，允许对时间过程数据进行比较和模型拟合。未来的版本将优化每个边缘的延迟和强度。

• 这个包是CellNOptR的扩展。它包含了使用约束模糊逻辑(cFL，而不是CellNOptR中的布尔逻辑)模拟和训练先验知识网络到实验数据所需的额外功能。此外，这个包将包含用于编译多个优化结果的函数(Boolean或cFL)。

• CellNOptR的ODE插件

• CorMut: CorMut提供了计算单个位点或特定氨基酸的kaks的函数，并检测它们之间的相关突变。提出了两种检测相关突变的方法，包括条件选择压力和互信息。计算包括两个步骤:首先，检测阳性选择位点;其次，计算阳性选择位点之间的突变相关性。注意，第一步是可选的。同时，CorMut通过相关突变网络方便了两个条件之间相关突变的比较。

• DBChIP: DBChIP在多种条件下检测差异结合的尖锐结合位点，有或没有匹配的对照样本。

• ddgraph:区分基因调控中的直接和间接相互作用，并从高度相关的变量(如转录因子结合谱)推断组合代码。该包实现了邻域一致PC算法(NCPC)，并绘制了直接依赖图来表示围绕目标变量的依赖结构。该包还提供了与其他图形建模(贝叶斯网络)包的统一接口，用于区分直接和间接交互。

• DeconRNASeq: DeconSeq是一个R包，用于基于mRNA-Seq数据对异质组织进行反褶积。它将mRNA-Seq中来自异质细胞群的表达水平建模为来自不同构成细胞类型的表达的加权平均值，并预测单个表达谱的细胞类型比例。

• dirichlet多项:dirichlet多项混合模型可用于描述微生物宏基因组数据的可变性。此包是最初由Holmes, Harris和Quince, 2012, PLoS ONE 7(2): 1-15提供的代码接口，如此包的手册页中进一步讨论的? dirichlet多项式。

• DSS: DSS是一个R库，对RNA-seq计数数据进行差异表达分析。DSS实现了一种新的离散收缩方法来估计基因特异性生物方差。大量仿真结果表明，当生物方差变化较大时，DSS比DESeq和edgeR具有更好的性能。

• EasyqpcR:这个包基于Hellemans等人在2007年发布的qBase算法。EasyqpcR包允许您像插图中描述的那样轻松地导入qPCR数据文件。然后，您可以计算扩增效率，相对数量及其标准误差，基于选择的最佳内参基因(使用SLqPCR包)的归一化因子，然后是归一化相对数量，按比例缩放到对照的nrq及其标准误差。这个包是为低通量qPCR数据分析而创建的。

• flowPeaks:基于从K-means生成的总体密度函数中找到峰值，将细胞分类为亚群的快速自动聚类。

• flowQB: flowQB是一个全自动R Bioconductor包，可自动计算探测器效率(Q)，光学背景(B)和电子噪声。

• fmcsR: fmcsR包引入了一种高效的最大公共子结构(MCS)算法，结合了一种新颖的匹配策略，允许两个小分子共享的子结构中的原子和/或键不匹配。由此产生的柔性MCSs (FMCSs)通常比严格的MCSs更大，从而在其源结构中识别更多的共同特征，以及在寻找结构相似性较弱的化合物时具有更高的灵敏度。fmcsR包提供了几个实用程序来使用FMCS算法进行成对复合比较、结构相似性搜索和聚类。

• FunciSNP: FunciSNP整合了来自GWAS、1000个基因组和染色质特征的信息，以识别编码或非编码区域的功能性SNP。

• gCMAP: gCMAP包提供了一个通过基因集富集分析比较差异基因表达谱的工具包。从标准化的微阵列或RNA-seq基因表达值(存储在ExpressionSet和CountDataSet对象的列表中)开始，包使用limma或DESeq包执行差异表达分析。提供一个简单的基因标识符列表，全局差异表达谱或来自完整实验的数据作为输入，用户可以使用几个知名基因集富集分析方法的统一集来检索基因表达变化相似的实验。为了考虑到基因表达变化的方向性，gCMAPQuery引入了SignedGeneSet类，直接从GSEABase包中扩展GeneSet。为了提高大型查询的性能，多个基因集以稀疏关联矩阵的形式存储在CMAPCollection集中。gCMAP提供了1的实现。费雪精确测试(费雪，J R Stat Soc, 1922)“连通性地图”方法(Lamb et al, Science, 2006)参数和非参数t统计摘要(Jiang & Gentleman，生物信息学，2007)和
  1. Wilcoxon / Mann-Whitney秩和统计(Wilcoxon, biomeics Bulletin, 1945)以及5。6.相机(Wu & Smyth, Nucleic Acid Res, 2012)mroast和romer (Wu等人，生物信息学，2010)的功能来自limma包。所有方法都返回CMAPResult对象，它是一个从AnnotatedDataFrame继承的S4类，包含丰富的统计信息以及注释数据，并提供简单的高级汇总图。

• GeneNetworkBuilder:利用ChIP-chip或ChIP-seq，以及微阵列或RNA-seq基因表达数据发现转录因子的直接或间接靶标的应用。从ChIP-chip或ChIP-seq中输入一个TF的潜在靶点基因列表和基因表达结果，GeneNetworkBuilder生成该TF的调控网络。

• gapr: GSNAP和GMAP是Tom Wu编写的一对对齐短读数据的工具。这个包提供了在r中使用GMAP和GSNAP的方便方法。此外，它还提供了使用bam_tally工具在每个核苷酸的基础上计算比对结果的方法。

• hapFabia:通过FABIA聚类在大测序数据中识别罕见和短单倍型簇的软件包。从同一创始人继承特定DNA片段的个体通过共享标记/标记该片段的单核苷酸变体(SNVs)的小等位基因构成单倍型集群。单倍型聚类的知识与基因分型数据的分期、关联研究和群体遗传学相关，在这些方面它们揭示了人类的进化史。该软件包支持VCF格式，基于稀疏矩阵操作，并以不同格式提供单倍型集群的可视化。

• HMMcopy:在单个全基因组样本的固定长度的非重叠窗口中纠正读计数(即覆盖率)的GC和映射性偏差，产生用于进一步分析的拷贝数的粗略估计。设计用于快速校正高覆盖率全基因组肿瘤和正常样本。

• hpar:人类蛋白质图谱项目的简单接口和数据。

• HTSeqGenie:用于分析高通量测序实验的软件包

• iPAC: iPAC是一种新的工具，可以在考虑蛋白质结构的情况下识别蛋白质内的体细胞氨基酸突变聚类。

• KEGGprofile: KEGGprofile是一个注释和可视化工具，它集成了KEGG路径图中的表达式配置文件和功能注释。多类型、多组的表达数据可以在一个路径图中可视化。KEGGprofile有助于更详细地分析不同基因和样本的特定功能变化内在通路或时间相关性。

• lmdme:基于limma lmFit的多元设计实验线性方差分析实现。特点:i)灵活的公式类型接口，ii)基于快速limma的实现，iii)偏折系数上的p和F值，iv)用于PCA和PLS的绘图功能

• matchBox: matchBox包可以比较特征的排序向量，合并多个数据集，删除冗余特征，使用cat图和维恩图，并计算统计显著性。

• methyAnalysis: methyAnalysis包旨在对DNA甲基化数据进行分析和可视化。定义了一个新的类，将染色体位置信息与数据保存在一起。目前版本的软件包主要专注于分析Illumina Infinium的甲基化阵列数据，但大多数方法都可以推广到其他甲基化阵列或测序数据。

• MiRaGE:该包包含仅基于靶基因表达谱推断miRNA调控靶基因的功能。

• MotifDb:超过2000个注释的位置频率矩阵，来自五个公共来源，用于多种生物

• motifStack: motifStack是一个能够像绘制DNA/RNA序列一样容易绘制氨基酸序列的包。motifStack为用户提供了选择字体类型和符号颜色的灵活性。motifStack是为多个图案的图形表示而设计的。

• networkBMA:贝叶斯模型平均(BMA)的扩展，用于使用时间序列基因表达数据构建网络。包括评估函数和样本测试数据。

• NOISeq:分析RNA-seq表达数据或其他类似类型的数据。用于评估饱和度、计数分布、每个染色体的表达、检测特征的类型、特征长度等的探索性图。没有参数假设的两种实验条件之间的微分表达式。

• OrganismDbi:这个包为几个注释包提供了一个简单的统一接口，每个注释包都有自己的模式，因为每个注释包都实现了一个选择方法。

• OSAT:一个相当大的基因组学研究，如微阵列，由于实际并发症，通常涉及多批(组)实验的使用。为了最大限度地减少批次效应，仔细的实验设计应确保在批次中生物组和混杂因素的均匀分布。开发了OSAT(最佳样品分配工具)，以方便将收集的样品分配到不同批次。通过最少的步骤，它产生的设置优化了生物感兴趣的组中的样品均匀分布到不同的批次，减少了批次和感兴趣的生物变量之间的混淆或相关性。它还可以优化混合因素在批次间的均匀分布。我们的工具可以处理不完整和不平衡的样本收集以及理想平衡的RCBD的挑战性实例。OSAT为一些最常用的基因组平台提供了许多预定义的布局。

• PADOG:这个包实现了一种名为PADOG的通用基因集分析方法，它降低了在要分析的基因集中经常出现的基因的重要性。该软件包还提供了基因集分析方法的敏感性和排名基准，使用KEGGdzPathwaysGEO软件包中的24个公共数据集。

• PWMEnrich:评估DNA序列中已知PWMs(例如来自JASPAR)的富集程度。序列或DNA区域中的Motif命中被一起考虑，并为它们的联合模式推导出p值。该包实现了多种算法，包括固定阈值(Z-score)和无阈值(Lognormal归一化和Clover)方法。主要目标是识别一组转录因子，这些转录因子最有可能与单个序列或一组序列结合，或在两组序列之间显示出显著不同的结合亲和力。

• Rcade: Rcade(代表“基于r的ChIP-seq和差分表达式分析”)是一个通过贝叶斯框架集成ChIP-seq数据和差分表达式汇总数据的工具。一个关键的应用是识别感兴趣的转录因子靶向的基因——也就是说，我们收集与ChIP-seq峰值相关的基因，以及在与该TF相关的一些扰动下的差异表达。

• ReportingTools: ReportingTools软件包使用户能够轻松地显示从微阵列和测序数据等来源生成的分析结果报告。该软件包允许用户创建HTML页面，可以在Safari等web浏览器上查看，也可以在Excel等程序可读的其他格式中查看。用户可以生成具有可排序和可过滤列的表，制作和显示图表，并将表项链接到其他数据源，如NCBI或HTML页面中的更大的图表。使用该包，用户还可以生成一个目录页，将特定项目的各种报告链接在一起，可以在web浏览器中查看。

• RGalaxy:给定一个R函数和它的手册页，让文档化的函数在Galaxy中可用。

• Risa:以制表符分隔的调查/研究/化验(ISA)格式是一种通用框架，用于收集和交流复杂的元数据(即样本特征、使用的技术、所做的测量类型)，这些元数据来自使用从传统方法到高通量技术的技术组合的实验。Risa允许以ISA-Tab格式访问元数据/数据，并构建Bioconductor数据结构。目前，支持来自微阵列、流式细胞仪和代谢组学(即质谱)分析的数据。该软件包是可扩展的，正在努力支持与蛋白质组学分析相关的元数据。

• RMassBank:用于处理串联MS文件和构建MassBank记录的工作流。功能包括串联质谱的自动提取、串联质谱片段的公式分配、用指定片段重新校准串联质谱、谱清理、从互联网数据库中自动检索化合物信息以及导出到MassBank记录。

• rols:这个包允许使用简单对象访问协议(SOAP)查询EBI的本体查找服务(OLS)。

• rSFFreader: rSFFreader从Roche 454和Life Sciences离子激流测序器生成的sff文件中读取序列，质量和剪辑点值。该计划还将写入sff文件，并使用一些utils读取流程图

• 扫描。UPC: SCAN是一种微阵列归一化方法，以促进个性化医疗工作流程。SCAN不是将微阵列样本作为组来处理，这可能会引入偏差并提出逻辑挑战，而是仅使用每个阵列内的数据，通过建模和去除探针和阵列特定的背景噪声，逐个规范化每个样本。(通用表达码概率(UPC)方法是SCAN的扩展，很快就会添加到这个包中。)

• staRank:从数据集中检测所有相关变量是具有挑战性的，特别是当只有少数样本可用且数据有噪声时。稳定性排名提供了使用重采样或子采样增加稳健性的改进变量排名。

• synapter: synapter包提供了重新分析Synapt G2质谱仪上获得的无标签蛋白质组学数据的功能。一次或几次运行，可能与额外的离子迁移分离处理，以提高识别精度，可以结合到其他定量文件，以最大限度地提高识别和定量精度。

• TransView:该包提供了高效的工具来生成、访问和显示基于测序的数据集的读密度，如RNA-Seq和ChIP-Seq。

• triform: triform算法使用无模型统计数据来识别TF ChIP测序reads的类峰分布，利用改进的峰值定义结合已知的剖面特征。

• 用于检测、过滤、调用、比较和绘制变量的工具。

• waveTiling:该包设计用于基于快速小波功能模型对平铺阵列进行转录组分析。

来自新的和现有软件包的新闻

包维护者可以向他们的包添加描述更改的NEWS文件。以下新闻包可用:

a4Base

1.4.1版本的更改:

• Plot1gene现在将“groups”变量强制转换为Plot1gene中的一个因子

ADaCGH2

版本2.1.3(2010-10-06)的变更:

• Rmpi在“增强”，而不是“建议”，以允许在Mac和Windows中的R CMD检查。

版本2.1.2的变更:

• RSPRNG不再在依赖中;L 'Ecuyer作为默认的随机数生成器。

• 为C例程使用R的注册机制。

• 减少大小的例子，以加快R CMD检查。

• SOCK是默认集群，Rmpi没有被我们加载。

2.1.1版本变更(2010-09-30):

• 输出到CGHregions，并从limma和snapCGH输入。功能的变化，帮助，vignnette。

• 也可以用rlecuyer。

• 适用于R-2.11(适应“继承”中的差异)。

2.1.0版本变更(2010-09-23):

• 第一个完整的工作版本的BioC。版本变化!

affxparser

1.29.13版本变更(2012-09-26):

• 添加参数' cdf=FALSE '到createCel()。注意，前面的实现对应于cdf=TRUE。

• 健壮性:现在createCel()根据' cols '和' rows '验证/设置CEL报头字段' total '。

• 鲁棒性:添加了一个系统测试，用于验证包可以读写CEL。测试正在生成另一个R进程，以便测试对核心转储具有健壮性。

• 增加包依赖项。

1.29.12版本变更(2012-09-12):

• 文档:更新了一个Rd链接。

1.29.11版本变更(2012-09-01):

• 为arrangeCelFilesByChipType()增加了参数' aliases '，例如:arrangeCelFilesByChipType(…，aliases=c(" Focus " = " HG-Focus "))。

• 错误修复:arrangeCelFilesByChipType(pathnames)假设' pathnames '是当前目录中的文件。

版本1.29.10(2012-08-29)的变更:

• 更新了一些仅用于维护的内部文件。

版本1.29.9(2012-08-29)变更:

• 错误修复:移动到Fusion SDK 1.1.2导致包无法在Windows上编译。

版本1.29.8(2012-08-14)变更:

• 升级到Fusion SDK 1.1.2。

1.29.7版本变更(2012-08-14):

• 重新安排patchdir。

版本1.29.6(2012-06-26)的变更:

• 与v1.28.1中的更新相同。

版本1.29.5(2012-06-19)的变更:

• 添加了用于将CEL文件移动到根据其芯片类型命名的子目录的arrangeCelFilesByChipType()，这在例如下载GEO数据集时非常有用。

版本1.29.4(2012-06-14)的变更:

• readPgfEnv(…，indexes =NULL)不再给出警告。

• 更新CLF和PGF解析器的错误消息。

版本1.29.3(2012-05-22)的变更:

• 现在系统测试测试/testWriteAndReadEmptyCdf。R生成一个由R CMD检查检测并报告的错误。

版本1.29.2(2012-05-22)的变更:

• 概括:现在系统测试启动另一个R进程时不再假设R在操作系统的搜索路径上。

• 健壮性/CRAN策略:readCel()和readCelUnits()不再调用. internal (qsort(…))。

版本1.29.1(2012-05-18)的变更:

• 用stop()替换了几个throw()，因为前者假设r.d astss3已经加载，但它可能没有加载。

• 鲁棒性:增加了一个系统测试，用于验证包可以读写CDF。测试正在生成另一个R进程，以便测试对核心转储具有健壮性。

版本1.29.0(2012-03-30)变更:

• 版本号被改成了Bioconductor开发版本。

版本1.28.1(2012-06-26)的变更:

• 兼容性:现在包也可以用gcc/g++ 4.7编译。感谢生物导体核心团队的丹·特南鲍姆，弗雷德·哈钦森癌症研究中心，美国。

affyPara

版本1.17.1的更改:

• 修复了cdfname对象在读取时的错误。affypara，见BioC Mailinglist，谢谢Tobias

annmap

0.99.3版本的更改:

• ANNMAP-110 XXXInRange(NULL)用于抛出错误。它现在返回NULL。

• 修复翻译数据不正确导致我们在寻找UTR/Coding范围时脱离翻译外显子的崩溃问题。

0.99.2版本的更改:

• 当传递一个基因id向量时，返回的符号是基因起始位置的顺序，而不是函数被调用的顺序。

0.99.1版本的更改:

• 在没有基因的情况下调用的ngsBridgePlot有一个巨大的边界。

• 空的ngsBridgePlot轨迹应该在0处画线。

• ANNMAP-107 transcriptToCodingRange非常慢。

0.99.0版本的更改:

• Bioconductor的新初始版本

• 调用transcriptToTranslatedprobes获取HPRT1中的转录本导致崩溃

0.9.16版本的变化:

• 当as.vector=TRUE时，ANNMAP-97 geneToExonProbeset抛出错误

0.9.15版本的变化:

• 新增annmapAddConnection方法，用于建立数据库。

0.9.14版本的变化:

• 新增ANNMAP-90增加generateBridgeData方法来帮助BAM文件导入。

• 改进ANNMAP-93重构了一些NCBI->集成seqname映射函数。

• 在烹饪书中增加了ngsBridgePlot的例子。

0.9.13版本的变化:

• 当vignette(package= ' annmap ')被调用时，改进annmap -78 Cookbook现在出现。

0.9.12版本的变化:

• 改进的annmap-74、annmap-75、annmap-76;修正了使用R-2.15时的警告和注意事项

0.9.11版本变更:

• 改进的ANNMAP-73方法generalisedNameToNCBI, generalisedNameToEnsembl, seqnameMapping, seqnamesToNCBI和seqnamesToEnsembl添加到GRanges数据的seqnames列方便重命名。

0.9.10版本的变化:

• 修正了ANNMAP-71在geneToSymbol中的Bug

0.9.9版本的变化:

• 改进的ANNMAP-63我们现在使用的是GenomicRanges而不是IRanges

0.9.8版本的变化:

• 改进ANNMAP-58增加了4个pos翻译文档的烹饪书

• ANNMAP-60 Webservice测试失败

• BUG ANNMAP-54 geneToExonProbeset不支持as.vector

0.9.7版本的变化:

• 错误annmap -48在annmap中的蛋白质坐标和基因组错误

• annmapGenePlot不能显示单个的转录本

• 改进ANNMAP-45增加了一条新闻。Rd文件要安装

0.9.6版本的变化:

• 修复ANNMAP-44;当调用非常小的重叠区域时，genomicPlot崩溃

0.9.5版本的变化:

• 改善ANNMAP-41;所有的InRange方法现在都是S3的方法，用于character, data.frame或RangedData(参见?annmap.range)。

• 改善ANNMAP-42;与所有其他方法一样，基因组图集强调“颜色”列现在是“颜色”。

• BUG ANNMAP-40;如果highlight data.frame有意想不到的列，则基因组图崩溃。

AnnotationForge

1.9.5版本的变化:

新功能

• 添加了一种生物包用于色链霉菌

• 对inparanoid包装的广泛检查意味着inparanoid包装现在与100种不同的生物相匹配

• 扩展了对酵母和苍蝇的整体映射的支持。

本版本与1.3.11之间的显著变化

• 所有芯片包现在都依赖于组织包。这简化了模式，还允许更方便地更新这些包，并为用户提供更小的下载。

• 包含映射到多个目标的探针的芯片包映射现在默认是隐藏的，有能力在需要时暴露。请参阅新的toggleProbes()方法的使用。* * * 1.3.11系列新闻* * *

aroma.light

1.27.1版本变更(2012-09-12):

• 健壮性:将medianPolish()中的. internal (psort(…))调用替换为对matrixStats:::.psort km()的调用。

1.27.0版本变更(2012-08-30):

• 清除:删除了weightedMedian()，它已经移动到matrixStats包。

• 向后兼容性:现在包依赖于matrixStats(>= 0.5.2)包，所以在加载这个包时，weightedMedian()仍然可用。在以后的版本中，matrixStats将降级为仅作为建议包。

版本1.26.1(2012-08-30)的变更:

• BUG修复:robustSmoothSpline()将不能与最新的R devel版本工作。

• 更新包依赖项。

1.26.0版本变更(2012-08-19):

• 改变了香气的许可。从LGPL (>= 2) light到GPL(>= 2)，因为一些实现采用了GPL(>= 2)代码，即robustSmoothSpline()使用stats::smooth.spline()的代码。

• R CMD检查不再警告一些依赖于R.basic包的例子。

1.25.4版本变更(2012-08-19):

• 解决方法:现在robustSmoothSpline()健壮地为平滑样条定位适当的原生R拟合函数，它随R的不同版本而变化。

版本1.25.3(2012-04-16)的变更:

• 包不再依赖于R.methodsS3，只导入。

版本1.25.2(2012-04-16)的变更:

• ' R CMD检查'不再抱怨. internal()调用。

版本1.25.1(2012-04-16)的变更:

• 增加了对fitNaiveGenotypes(…，flavor= " fixed ")的支持。

• 概括:现在fitNaiveGenotypes()也返回' flavor '和' tau '。后者是调用者使用的基因型阈值。

• 清除:删除callNaiveGenotypes()的参数' flavor ';而是通过'…'传递给fitNaiveGenotypes()。

版本1.25.0(2012-03-30)的变更:

• 版本号被改成了Bioconductor开发版本。

arrayQualityMetrics

3.13.2版本的变化:

用户可见更改

• 使用消息。理查德·道金斯

• 在函数aqm中增加了参数maxNumArrays和nrColumns。mapplot和aqm.spatial。

bigmemoryExtras

版本日期类别文本0.1.8 . txt

Biobase

2.17版本的变化:

用户可见更改

• 以前已弃用的L2e()已失效。

• 所有在先前发布周期中失效的对象都已被删除。这包括geneNames, getExpData, eList, reporterNames, getBiocRepos, read。expset, updateOldMiame, df2pD, read。pD,阅读。表型数据、exprData、exprList和表型数据。

BitSeq

版本:1.2.0 (27.9.2012)

• 重要更改:样本文件传递给getDE, estimateHyperPar, estimateDE的方式改变了。>不是为每个条件提供2个文件名向量，文件被作为一个向量列表传递，每个向量包含一个条件的文件名(允许使用超过2个条件)

• 新的内部结构(用户不可见)

• estimateExpression有一个新的收敛准则，它应该会产生更少的样本(更快，并且不再使用MCMC_scaleReduction和MCMC_samplesNmax标志)-> estimateExpressionLegacy使用原始的收敛准则

• 库归一化选项getDE, estimateDE, estimateHyperPar, getMeanVariance(以提供归一化常量的形式，获取常量请使用edgeR或类似的方法)

相机

版本2012-06-12的变更:

• 在findIsotopes的错误修正，清除' vec '必须排序非减少错误

版本2012-06-11的变更:

• 版本1.13.4

• 添加ByteCompile: TRUE

• 修复了findIsotopes的错误，清除下标脱离绑定错误

版本2012-05-25的变更:

• 版本1.13.2

• 第一个改进的同位素检测

版本2012-04-12的变更:

• 版本1.13.1

• 修复了findIsotopes固定不连续的同位素标签，如[M]+，[M+2]+没有[M+1]+

ChemmineR

2.10.0版本的变化:

新功能

• sdf的流媒体功能可以在笔记本电脑上处理数百万个分子

• 快速和内存高效的指纹搜索原子对指纹或PubChem指纹

• 新fmc提供灵活的最大公共子结构(MCS)搜索支持。R附加包

clusterProfiler

1.5.1版本的更改:

• import ggtitle from ggplot2 <2012-09-07, Fri>

• ggplot2 (version 0.9.2) <2012-09-06, Thu>

• 修复了由于biomaRt <2012-07-18, Wed>的空GO注释查询导致的buildomap的错误

1.5.0版本的更改:

• 将BioC 2.11 devel的版本提升到1.5.0

• 在描述中添加URL

• 更新引文，添加bioview GeneSetEnrichment <2012-05-09, Wed>

• 支持斑马鱼<2012-05-18,Mon>

cqn

1.3版的变化:

• 小插图的bug修复;第6页的双面板(颜色)图使用CQN校正数据作为两个面板的蓝点。现在左边的图用蓝色显示标准RPKM。感谢Maria Keays 。

• 修复了edgeR示例中的小插图，由edgeR的更改引起。

• 更新了小插图和引文文件中的引文。

• cqn。fixedlength已被删除，使用cqn(lengthMethod = " fixed ")代替。

• 已向cqn对象添加调用槽。

• Cqn()现在接受1列或1向量的计数矩阵(尽管在这样的数据上使用该函数没有什么意义)。

• 添加问题和答案的小插图和移动小插图到小插图目录。

腰带

v1.99.6注释:- ' annotation '和" annotation<- "泛型被移动到BiocGenerics 0.3.2。现在使用适当的泛型函数，但需要BiocGenerics >= 0.3.2 v1.99.5错误修复:-增加了复制参数到csDistHeat查看个体复制样本之间的距离。-适当区分“注释”(外部属性)和特征(基因级子特征)。- csHeatmap现在有' method '参数来传递你想要的任何不同度量的函数。必须传递一个函数，该函数返回一个应用于矩阵行的dist对象。默认仍然是JS-distance。

v1.99.3新特性:-增加了diffTable()方法，返回一个由两两比较得出的差异结果表。(更易于阅读)-在CuffSet对象中添加sigMatrix()方法，通过在给定FDR上进行成对比较来绘制显示重要基因数量的热图。-对fpkm()的调用现在也会发出计算(模型派生的)标准偏差字段。-现在可以将GTF文件作为参数传递给readCufflinks()，以将转录模型信息集成到数据库后端*增加了rtracklayer和GenomicFeatures包的要求。*您还必须通过使用' genome '参数来读取cufflinks来指出.gtf是针对哪个基因组创建的。-与Gviz集成:* CuffGene对象现在有一个makeGeneRegionTrack()参数，从转录模型信息创建GeneRegionTrack() *也可以使GRanges对象*只有当你READ .gtf FILE IN with readCufflinks() -添加csScatterMatrix()和csVolcanoMatrix()方法到CuffData对象。-增加了fpkmSCVPlot()作为CuffData方法，以可视化每个条件在fpkm范围内的复制级变异系数。-增加了PCAplot()和MDSplot()用于降维可视化(分别是原理组件和多维缩放)-增加了csDistHeat()来创建条件之间的js -距离热图。

修正了diffData ' features '参数，使它现在做它应该做的事情。-在命名空间中增加了带签名(object= " CuffSet ")的DB(

注意:-再一次，底层数据库模式有修改，所以你必须重新运行readCufflinks(rebuild=T)来重新分析现有的数据集。-从plyr导入' defaults '而不是要求整个包(保持命名空间更干净)。-将pseudocount=0.0作为csDensity()和csScatter()方法的默认值(这可以防止FPKM <1和ggplot2处理删除真零值的基因的视觉偏差)。

v1.99.2修复了复制表中没有应用make.db.names来匹配样本表的错误。-修复*中缺失值的bug。count_tracking文件。-现在正确应用make.db.names到*。read_group_tracking文件。-现在正确地允许空*。Count_tracking和*。Read_group_tracking文件v1.99.1

• 这代表了cummeRbund的一组主要改进和功能添加。
• cummeRbund现在包含了cuffdiff 2.0释放的额外信息，包括:
  • 运行参数和信息。
  • 样本水平的信息，如质量和比例因子。
  • 单个复制FPKMS和所有特性的相关统计信息。
  • 原始的和规范化的计数表和相关的统计所有功能。

新功能:-请参阅更新的小插图概述的新功能。-新的色散图()可视化模型拟合(平均计数vs色散)在所有特征级别。-新的runInfo()方法返回cuffdiff运行参数。- New copies()方法返回一个包含复制级参数和信息的data.frame。- getGene()和getGenes()现在可以获取任何tracking_id或gene_short_name(不仅仅是gene_ids)的列表来检索基因或基因集。增加了getFeatures()方法来检索一个独立于基因级属性的CuffFeatureSet这对于在所有其他基因相关信息的背景之外查看特征集是理想的(即促进特征级分析)-复制级fpkm数据现在可用。-条件级原始和标准化计数数据现在可用。—repFpkm()、repFpkmMatrix、count()和countMatrix是CuffData、CuffFeatureSet和CuffFeature对象的新访问方法。-所有相关的地块现在都有一个逻辑“复制”参数(默认= F)，当设置为TRUE时，将以适当的方式暴露复制FPKM值。 - MAPlot() now has ‘useCount’ argument to draw MA plots using count data as opposed to fpkm estimates.

注意:-改变默认的csHeatmap配色方案，更讨人喜欢的“淡黄色”到“深色”通过“橙色”。SQLite日志记录在默认情况下不再被禁用(好处超过了加载时间的适度减少)。

bug修复:大量随机的bug修复，以提高一致性和提高大型数据集的性能。v1.2.1修复了CuffFeatureSet::expressionBarplot中的bug，使之与ggplot2 v0.9兼容。新特性:在findSimilar中增加了“distThresh”参数。这允许您在distThresh指定的给定JS距离内检索所有相似的基因。在findSimilar中增加了returnGeneSet参数[default = T]如果为真值，findSimilar返回基因匹配标准的CuffGeneSet(默认)。如果为false，则返回JS距离值的排序数据帧。- findSimilar现在可以带一个' sampleIdList '参数。这应该是一个样本名称的向量，通过它可以评估基因之间的距离。这应该是样本(基因(袖口))输出的子集。 Notes: - Added requirement for ‘fastcluster’ package. There is very little footprint, and it makes a significant improvement in speed for the clustering analyses. DART —-

版本日期类别文本1.3.1 依赖项从igraph更改为igraph0

ddgraph

1.0.3版本的变化:

• 修正了多次测试修正的错误。在边缘上显示实际的多次校正p值。

1.0.2版的变化:

• 将ddgraph中条件独立性的默认表示形式从箭头改为圆点

1.0.1版的变化:

• 添加toyExample数据集并扩展小插图中的方法介绍

1.0.0版本的变化:

• 包的初始发布

deepSNV

1.3.3版本变更(2012-09-14):

更新

• 改变了引用
• 更新的文档
• 更新biocViews
• 使用roxygen2生成手册页

版本1.3.2(2012-04-10)的变更:

更新

• 新的devel版本，与1.2.3版本相同

版本1.2.3(2012-04-10)变更:

修正

• 固定装饰图案
• 由于自动生物版本编号，跳过了几个数字

DESeq

1.9.12版本变更(2012-09-05):

• 新增函数newCountDataSetFromHTSeqCount

版本1.9.7(2012-05-25)变更:

• 固定处理秩不足的观测现在也在估计分散

1.9.6版本的变化:

• 修复了variancestablilizingtransformation在导出中缺失的问题

1.9.5版本的变化:

• 新增函数plotdispest

版本1.9.4(2012-04-24)变更:

• 固定处理排名不足的观察

版本1.9.2(2012-04-05)变更:

• 修复了合并- cr色散估计的错误

1.9.1版本变更(2012-04-01):

• 增加了一个新的函数variancestablilizingtransformation

DEXSeq

版本2012-06-26的变更:

• 现在任何函数都依赖于因子层次的顺序。

2012-05-21版本变更:

• “estimatelog2FoldChanges”增加了更多的选项和灵活性

2011-10-03版本变更:

• 文档和小插图的更改。增加了新的功能，更多地支持基因名称和奇怪的外显体。

版本2011-07-12变更:

• 在代码中增加了并行化的可能性，在小插图和单外显子基因中适当地忽略了它的描述。

版本2011-07-01变更:

• ' estimateSizeFactors '和' estimatedispersions '函数作为S4方法添加，在同一个R会话中加载DESeq和DEXSeq时不再有问题

DiffBind

1.4.0版本的变化:

• 策划

  • dba.plotMA

  • 平滑图现在默认

  • 除了th(阈值)，增加了折叠参数

  • dba.plotHeatmap

  • 新增侧边色条

  • 增加了对指定样本掩码的支持，以在对比图中包括样本的任何子集，包括原始对比中没有的样本

  • dba.plotVenn

  • 将绘图仪从limma改为T. Girke 's overLapper

  • 增加了对4-way Venns的支持(也在dba/overlap中)

  • dba.plotPCA

  • 增加了对指定样本掩码的支持，以在对比图中包括样本的任何子集，包括原始对比中没有的样本

• Peaksets (dba和dba.peakset)

  • Peakset格式

  • 支持窄峰格式

  • 可以覆盖文件格式，得分列，和得分方向默认支持的高峰呼叫者

  • 共识peaksets

  • 增加了基于元数据属性生成共识峰值集的能力:例如，为每种组织类型和/或条件创建共识峰值集，或通过获取其复制峰值集的共识来为所有独特的样本创建共识峰值集

• 读取计数(dba.count)

  • 计数时计算信噪比

  • 默认增加了bScaleControl到降比例控件读取

  • 在峰值参数中添加指定掩码的选项，以限制用于重叠一致的峰值集。在dba.peakset中使用新的共识峰值设置选项

  • 删除对SAM文件支持的引用

• 分析(dba.analyze)

  • edgeR:更新对数学更改sin edgeR的调用;更新的插图和参考资料

  • DESeq:更新到当前的DESeq;采用合并- cr色散估计方法进行块分析;更新装饰图案

• 各种bug修复;更多信息警告;更新文档，包括手册页中的插图、新示例和交叉引用

1.2.3版本变更(2012-09-01):

• 更多信息警告和小错误修复。

剂量

版本1.3.2的更改:

• ggplot2 (version 0.9.2) <2012-09-06, Thu>

• 更新cnetplot对应的igraph版本0.6 <2012-07-11,Wed>

• 参数showCategory现在支持术语ID向量<2012-07-11,Wed>

• 导入termSim并从GOSemSim中组合分数。< 2012 - 06年,14日星期四>

• 优化setReadable <2012-05-09, Wed>

• 修复了setReadable方法的错误。对于那些未映射的基因，返回原始的基因ID。< 2012-05-15 >星期二

• 在barplot中填充颜色进行本体分类。< 2012-05-22 >星期二

• 更新cnetplot的颜色刻度<2012-06-18,Mon>

1.3.1版本的更改:

• 更新cnetplot <2012-04-10, Tue>的配色方案

• 添加simplot用于绘制语义相似度矩阵<2012-04-20,Fri>

• 修复了包含NA行NA列<2012-04-20,Fri>的DO语义相似矩阵的combineScore函数的错误

• export doSim和geneSim函数<2012-04-20,Fri>

DSS

版本0.99-1的变化:

• 修正了newSeqCountSet在处理输入实验设计时的错误。

• 修正了计算本地FDR的错误。

• 添加选项来建模离散度和平均表达式之间的关系。

0.99版的改动:

新功能

• 最初的版本。

EasyqpcR

1.0.0版本的变化:

• 此包的第一个版本。

easyRNASeq

1.3.14版本的更改:

新功能

• easyRNASeq现在返回一个摘要实验，以努力巩固用于生物导体下一代测序的对象。这是count函数的新默认值。count函数是在即将到来的开发版本(1.5.x)中取代easyRNASeq的一个新函数，用于合并easyRNASeq函数的参数和输出。

错误修复

• 修正了一个允许的有效性检查。

• 改变了打印方法，当处理可变的读取长度时显示读取长度范围，而不是每个单个值。

1.3.13版本的更改:

错误修复

• 与稳定版1.2.5相同的修正，但适用于已在1.3.3版中修正的内容。

1.3.12版本的更改:

• 不再需要提供' outputFormat '参数，它默认为矩阵(即计数表)。

• 放宽gtf文件检查。如果gene_name不存在，则使用gene_id代替。

• 改进了一些报告，并删除了在引用中有许多序列时出现的瓶颈。错误修复

• 确保在读取间隙对齐时只返回匹配的范围。

• 库大小更精确地计算，是对齐的读取数量。

• 修正了有效性检查中的一个错误，该错误阻止了由使用相同引用的不同对齐器创建的bam文件被处理，因为引用序列没有以相同的方式排序。

1.3.11版本的更改:

错误修复

• 修正了Mark Robinson报告的gtf文件处理中的错误。

1.3.10版本的更改:

• 一些小插图的差异已被纠正。感谢理查德·弗里德曼发现了它们。

• 如果要继续的文件在当前目录中，则不再需要提供' filesDirectory '参数。实际上，这个参数现在默认为当前目录，可以使用' getwd() '找到。错误修复

• 修正了由IRanges覆盖函数返回值的变化引起的错误。

版本1.3.9的变化:

• 增加稿件引用。

• 更新包版本依赖项。错误修复

• 改进了对不同长度读取的支持。

• 在处理具有可变读长度的读文件时报告读长度的修饰性更改。

• 修正了一个错误，增强了gtf注释文件的加载。感谢Tomasz Kulinski发现这个问题并提供数据集来重现它。

版本1.3.8的变化:

新功能

• 现在bam文件可以并行处理(来自Wade Davis的长时间请求)。如果easyRNASeq参数' nbCore '大于1(1是默认值)，那么许多核将用于并行处理读取文件。注意不要使用太多的核心，要有足够的可用内存。内存负载随处理的文件数量线性增加。

版本1.3.7的变化:

新功能

• easyRNASeq现在支持不同长度的读取。感谢Mark Robinson提供的玩具数据集。

• 增加了在应用有效性检查时列出现有生物转换的功能。

• 增加了一个bp。fetchCoverage函数的覆盖率，默认为FALSE。为了允许可变长度的读取，它现在默认返回每bp的读覆盖比例。

• 在. checkarguments内部函数中添加了额外的检查。

错误修复

• 不是真正的bug，更像是一种整合。当一个有机体不为人知，没有习惯。提供映射，然后关闭有效性检查并发出警告。

• 提供chr。size as as list已弃用。只支持命名的数字向量。

• 在. readgffgtf函数中删除了一个无用的警告。

• 修改RPKM函数泛型，以避免使用“受保护”的词作为参数:即“唯一”被“简化”取代

版本1.3.6的变化:

新功能

• 现在可以通过这三个点向列表文件传递参数。即设置递归=TRUE现在是可能的。

错误修复

• 修正了. getarguments内部函数中的一个错误。

版本1.3.5的变化:

新功能

• bam现在是easyRNASeq方法的默认格式。

• 染色体大小现在从BAM头中提取，当' chr。Sizes的参数设置为“auto”。感谢Simon Anders将此从我的待办事项列表中删除，并实现了良好的实现。

错误修复

• 适应edgeR包的API更改，用于估计tagwise色散。

版本1.3.4的更改:

新功能

• 增加了额外的有效性检查染色体名称感谢西蒙安德斯产生了一个可重复的用例。与稳定版1.2.3中的更改相同

• 确保具有非Ensembl ID的gtf也被正确解析。

版本1.3.3的变化:

• 将包转换为使用Roxygen2，这是一个类似于Doxygen的源内文档系统，用于生成RD和NAMESPACE。原始手册页是使用Rd2roxygen包进行转换的，生成的源代码内文档是手动编辑的。新功能

• 增加了genome_interval对象的类型访问器

• 添加了从genome_interval对象强制到GRangesList的错误修正

• 适应了edgeR estimateTagwiseDisp函数的新参数

• 移除了色散。方法参数，从plotMeanVar edgeR方法调用，因为这个参数是无效的。

版本1.3.2的更改:

错误修复

• 修正了将GTF文件视为GFF文件的错误。感谢西蒙·安德斯发现了这一点。

1.3.1版本的更改:

新功能

• 增加了一个增强的读取长度检查(与稳定的1.2.1更改相同)

1.3.0版本的变化:

• Bioconductor 2.11的新开发版本

版本1.2.5的变化:

错误修复

• 修正了条件文件名检查中的错误。

• 当使用edgeR时，不可能取消激活质量评估图的绘制。

• 一些edgeR对API的改变已经被移植到稳定的R版本，这是不应该发生的…

• 适应了edgeR estimateTagwiseDisp函数的新参数

• 移除了色散。方法参数，从plotMeanVar edgeR方法调用，因为这个参数是无效的。

版本1.2.4的变化:

• 增加稿件引用。

• 更新包版本依赖项。

版本1.2.3的变化:

新功能

• 增加了额外的有效性检查染色体名称感谢西蒙安德斯产生了一个可重复的用例。

• 确保具有非Ensembl ID的gtf也被正确解析。

版本1.2.2的变化:

错误修复

• 修正了将GTF文件视为GFF文件的错误。感谢西蒙·安德斯发现了这一点。

1.2.1版本的更改:

新功能

• 增加了增强的读长度检查

EBImage

4.0.0版本的变化:

新功能

• '转置'函数，用于通过交换空间维度来转置图像

• 自互补顶帽计算的灰度函数(I. Kats)

• 基于Perreault常数时间中值滤波器的中值滤波器(J. Barry)

用户可见的重大更改

• 删除了对GTK+和ImageMagick的所有依赖

• 取代了以前基于GTK+的“显示”功能，使用JavaScript图像查看器或R内置的光栅图形显示图像

• ' readImage '和' writeImage '现在依赖于' jpeg '， ' png '和' tiff '包，不再依赖于ImageMagick

• 增加了包含alpha通道的图像支持;带有alpha通道的灰度和彩色图像都存储为' colormode = color '图像

• 重构函数，不再使用ImageMagick: ' translate '， ' affine '， ' rotate '， ' resize '

• 已弃用:' blur '， ' equalizer '

• 已弃用:' drawtext '， ' drawfont '

• 已弃用:' getFeatures '， ' hullFeatures '， ' zernikeMoments '， ' edgeProfile '， ' edgeFeatures '

• 已弃用:' haralickFeatures '， ' haralickMatrix '

• 已弃用:' moments '， ' moments '， ' rmoments '， ' cmoments '

• 删除“动画”

• 改进的' getFrame ':仅在需要时重新分配数组维度，从而提高性能

• 修改“as.raster”

• ' inst/images/lena.gif '现在是' inst/images/lena.png '

• 彻底检查了' tests/test '中的测试程序。R '

• 添加的消息。理查德·道金斯的

错误修复

• ' corrosion '和' dilate ':不正确的循环索引范围导致从内核向量外部读取内存

EDASeq

1.3版的变化:

• 修复了相对于lwd, xlab和ylab参数的biasPlot错误。

• 增加了一个color_code选项，改变了col在biasPlot中的行为。

• 更新引文文件。

• 在inlanenormalization和betweenLaneNormalization中增加了一个返回不舍入值的选项。

• 通过添加一个小的正常数来处理零计数的新方法。

刨边机

3.0.0版的变化:

• 用户指南中的新章节，涵盖了一些常见类型的实验设计，包括多组，多因素和添加模型。用户指南和帮助页的许多其他更新。

• 新增函数edgeRUsersGuide()用于在pdf查看器中打开用户指南。

• 许多函数通过用c++重写核心计算而变得更快。这包括adjuststedprofilelik ()， mglmLevenberg()， maximizeInterpolant()和goodTuring()。

• estimateCommonDisp()和estimateGLMCommonDisp()的新参数详细信息。

• 对基于宾入和插值的趋势色散方法进行了改写，使其在基因数量较少的情况下得到更稳定的结果。

• 在estimateTagwiseDisp()、estimateGLMTagwiseDisp()和discoxreidinterpolatetagwise()中，通过指定先验自由度，将tagwise色散估计压缩到全局值的数量。Df代替先验样本数prior。n。

• 加权似然经验贝叶斯码已被简化或发展在许多方面。旧函数weightedcomlikk()和weightedComLikMA()现在被删除，因为不再需要。

• 函数estimateSmoothing()和approximate .expected.info()已被删除，不再推荐使用。

• estimateGLMTagwiseDisp()使用的跨度现在默认选择为数据集中标记数量的递减函数。

• estimateTagwiseDisp趋势参数的新方法“黄土”，“tricube”现在被视为同义词。

• 新函数loessByCol()和locfitByCol()用于通过非鲁棒黄土曲线平滑矩阵列。在加权似然经验贝叶斯过程中使用这些函数来计算局部共同似然。

• glmFit现在将估计的折叠变化缩小到零。默认收缩为exactTest()。

• predFC输出现在是自然对数刻度，而不是log2。

• mglmLevenberg()现在是默认的glm拟合算法，避免了以前使用mglmLS()时偶尔出现的错误。

• glmLRT()和glmQLFTest()的参数已经被简化，因此不再需要参数y，以前是glmLRT的第一个参数。

• glmQLFTest()现在确保没有p值小于将似然比检验统计量视为chisquare所获得的p值。

• glmQLFTest()现在将复制数组中所有计数为零的标记视为剩余df为零。

• Gof()现在可选地生成基因拟合统计优度的qq图。

• 参数为空。假设从equalizeLibSizes()中删除。

• DGEList现在输出一个名为all.zero的组件。

• goodTuring()现在不再生成一个图。取而代之的是一个新的函数goodTuringPlot()，用于绘制对数概率与对数频率。goodTuring()有一个新的参数“conf”，给出线性回归逼近的置信因子。

• 添加情节。它参数的mapplot()。

ExiMiR

版本1.99.1的更改:

• 命名空间:删除依赖的limma和affy的负载

1.99.0版本的更改:

• Inst /doc/fig0.png:新图形

• 人/ bg.correct.miR。Rd:新的帮助文件

• 人/ createAB。理查德·道金斯: new help file

• 人/ NormiR.methods。Rd:新的帮助文件

• R / createAB。R:新功能实现

• R / NormiR。方法:新文件给出可用的方法

• 所有其他文件已根据新的功能实现更新

fabia。

版本2.3.1的变化:

新功能

• 类分解的getter和setter

flowCore

• 添加新类“filters”，“filtersList”，以允许flowViz为一个flowFrame绘制多个过滤器/门
• 添加参数“emptyValue”来读取。FCSAPI so that parser can still work correctly when either cases below occurs :
  1. 关键字值中有双重分隔符(有时像\n\\c:\\path\\…)
  2. 有空关键字值\n(\\keyword1\\value1\\keyword2\\\\keyword3)
• 修复了写入时溢出矩阵畸形的错误。FCS

flowViz

1.21.1版的更改

1.添加修改的点阵主题到flowViz和改变默认的颜色方案，非光滑的xyplot 2。添加stat=TRUE显示xyplot中的population %，添加abs=FALSE和pos=0.5控制门标签3的位置。修改了prepanel.xyplot.flowset，使它返回一个空列表，而不是空面板的NULL值。这导致lattice:::limits.and抛出错误。方面，它为每个面板计算尺度，并期望从prepanel函数4得到非空返回值。删除hexbin的旧src和R代码，并在panel.xyplot.flowframe 5中添加基于六边形plot支持的hexbin包。将binTrans参数添加到xyplot中，并传递给hexin以转换原始计数。sqrt是默认值，NULL值表示不进行转换。6.添加新类“filters”，“filtersList”，以允许flowViz为一个flowFrame绘制多个过滤器/门

fmcsR

0.99.0版本的更改:

• fmcsR提交给Bioconductor

FunciSNP

版本0.99.0(2012-05-25)的变化:

• 更新的包，以解决问题和BioC馆长的意见。

0.2.0版本变更(2012-05-18):

• 初始Bioconductor释放。包括新的引文。

0.1.0版本变更(2012-02-12):

• 创建。FunciSNP的初始构建和发布。

GeneAnswers

版本1.14的变化:

新功能

• 多群概念基因分析html报告支持交互式网络与细胞景观网络支持以及原始固定图像

• xml查询中包含caBIO路径和REACTOME路径，因此需要上网。

• 超几何测试中集合的基因总数可以通过注释库中的基因数量或给定物种中被注释的基因总数来设置。

• 增加基因注释摘要功能。更多细节请查看genefunctionsummary .pdf。

GeneNetworkBuilder

1.0.0版本的变化:

新功能

• buildNetwork()通过绑定列表和交互映射来构建网络

• filterNetwork()通过表达式数据过滤网络

• polishNetwork()来生成用于可视化的graphNEL对象

错误修复

• 没有被归类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

GenomicFeatures

1.10版的变化:

新功能

• 添加makeTranscriptDbFromGFF()。用户现在可以使用GFF文件制作TranscriptDb资源。

• 添加限制" seqinfo<- "方法用于转录db对象。它只支持替换序列名(目前)，也就是说，除了序列名之外，Seqinfo对象' value '(已提供)和' Seqinfo (x) '(当前)必须相同。

• 添加promoters()和getPromoterSeq()。

• 添加的重新分配。ids的arg(默认为FALSE)到makeTranscriptDb()。

用户可见的重大更改

• 更新后的装饰图案。

• 改进makeTranscriptDbFromUCSC()和makeTranscriptDbFromBiomart()分配内部id的方式(详情请参阅commit 65144)。

• 2.5倍加速5个utrsbytranscript()和3个eutrsbytranscript()。

已弃用且已失效

• 现已失效:transcripts_deprecated()、exons_deprecated()和introns_deprecated()。

• 弃用loadFeatures()和saveFeatures()，分别支持loadDb()和saveDb()。

错误修复

• 更好地处理BioMart数据异常。

GenomicRanges

1.10.0版本的变化:

新功能

• 实验获得直接GRanges / GRangesList接口到rowData。

• 为GenomicRanges对象添加“distanceToNearest”方法。

• summarizeexperimental类现在可以在没有“列”时按行子集，而在没有“行”时按列子集。

• 添加“drop.D。range的参数为coverage,GappedAlignments和coverage,GappedAlignmentPairs方法。

• findOverlaps()现在支持' select= " last " '和' select= " arbitrary " '(除了' select= " all " '和' select= " first " ')对GenomicRanges对象。

• summarizeOverlaps(…，mode= " IntersectionStrict ")现在处理环状染色体。发出警告，“reads”中的环状染色体将被忽略。

• 添加disjoin,GRangesList方法。

• 添加findSpliceOverlaps()用于识别与特定转录异构体兼容的范围(读取)(不兼容的范围将被分析是否存在新的拼接事件)。

• 添加ngap,GappedAlignmentPairs方法。

• 为GappedAlignments和GappedAlignmentPairs对象添加内含子()泛型方法。

• 不再在isCompatibleWithSplicing()和isCompatibleWithSkippedExons()中每次读取最多3个空白。

• 添加findCompatibleOverlaps()和countCompatibleOverlaps()。

• 通过as.data.frame(GRanges，…)传递'…'，以便用户可以调整元数据列的stringsAsFactors默认值。

• 添加extractSteppedExonRanks()， extractSpannedExonRanks()和extractQueryStartInTranscript()实用程序(用于单端和成对读取)。

• 添加“flip.query.if.wrong。stringeslist对象的strand ' arg(默认为FALSE)转换为" encodeOverlaps "方法。

• 添加makeSeqnameIds()底层实用程序。

用户级别的重大变化

• summary izeexperimental rowData和assays操作有显著的性能改进。

• mcols()现在是访问GenomicRanges、GRangesList、GappedAlignments、GappedAlignmentPairs、summarizeexperiment对象或任何Vector对象的元数据列的首选方法(优于elementMetadata()或values())。elementMetadata()和values()可能会在(不是很近的)将来的某个时候消失。

• 为GenomicRanges添加" $ "和" $<- "方法只有．作为方便和强烈的大众需求的结果而提供的。请注意，这些方法与IRanges/GenomicRanges基础结构中的其他“$”和“$<-”方法不一致，并且可能使一些用户误以为可以将GenomicRanges对象操作为data.frame类对象，从而使他们感到困惑。因此，建议只在交互中使用它们，不鼓励在脚本或包中使用它们。对于后者，使用' mcols(x)$name '而不是' x$name '。

• 在没有“strand”列的RangedData对象上执行as(x，“GRanges”)时没有更多警告。

• 为GenomicRanges对象重构“[”方法。新的实现始终保留所选元素的名称，而不是尝试返回具有唯一名称的GenomicRanges对象。这种新行为与IRanges/GenomicRanges中定义的普通向量和其他向量对象的子集一致。还要修改GenomicRanges对象的“seqselect”方法，这样它也会保留所选元素的名称(从而与“[”方法的新行为保持一致)。

• 在GappedAlignments对象的" ngap "方法返回的整数向量上没有更多的名称。

• “重叠编码”小插图的许多改进。

• 从summarizeOverlaps()泛型中删除' param '参数。

已弃用且已失效

• Defunct之前弃用的grg()函数。

• 不再使用之前已弃用的countGenomicOverlaps()泛型和方法。

错误修复

• 修复了几个问题与“前”，“跟随”，“最近”，和“距离”方法的基因组范围对象。

• 修复了summarizeOverlaps(…，ignore.strand=TRUE)中的错误。

• 当在大型GRangesList对象上使用encodeOverlaps()时，6倍的加速(和6倍的内存占用减少)或更多。

• 修复了renameSeqlevels()重命名向量的wrt顺序的错误。

• 修复selectEncodingWithCompatibleStrand()中的错误。

genoset

1.9.8到处都是GRanges !GenoSet现在支持locData插槽中的GRanges。所有接受RangedData的函数现在也接受GRanges。我已经统一了GRanges、RangedData和GenoSet的API，以至于包中的GenoSet类和函数不知道range对象的类型。但是，我还没有修复使用GRanges的“$”操作符来访问elementMetadata这个有争议的问题。

1.9.10子位置现在只与GRanges和RangedData。删除RangesList以避免RangedDataOrRangesListOrGRanges类联合的奇怪错误。显然RangedDataOrGRanges类联合是好的。我认为无论如何，rangeslist并不常用。

1.9.11 GenoSet创建和featurename <-不再make.names。

1.9.12 GenoSet创建和sampleNames<-不再make.names。

GGBase

3.20.0版本的更改:

• MAFfilter现在将lower和upper视为左开放区间，即如果lower < x <= upper，则保留x;之前两端封闭

ggbio

1.5.16版本的更改:

新功能

• 添加了Ggplot泛型方法。

• 添加模具通用方法，用于将对象成型到data.frame。

• 支持ggplot(data) + stat_*样式，保留原始数据。

• 轨道功能更新，API增强，实用程序可以控制绘图和轨道的属性。

• 自动绘图现在支持:VCF，总结实验，矩阵，其中，当基因组位置提供，选项可视化热图坐在基因组位置。

• Theme可以定义基于音轨的主题。

• 表意文字:支持+ xlim方法，嵌入音轨后，自动更新放大区域。

• 把。plot添加到SuumarizedExperiemnts和ExpressionSet。

用户级别的重大变化

• 对齐。已弃用，创建alignPlots

笔记

• 更新了ggbio网站:http://tengfei.github.com/ggbio手册和小插图和论文添加

GGtools

4.6版的变化:

• 单种群分析的主要工具是best.cis.eQTLs和transScores。使用meta.best.cis.eQTLs和meta.transScores处理多种群分析。

• 通过包装ExpressionSet和染色体特异性SnpMatrix实例处理了大量基因型数据;表达+基因型数据的请求被定向到通过GGBase::getSS介导的包中。

• 可以在主要工具中联合使用的两种数据过滤参数是exFilter和smFilter，前者在任何分析之前操作表达式组件，后者操作整个smlSet。exFilter可用于在工作流程的早期分离感兴趣的样本，例如，当表达加基因型包包括来自同一个体的不同组织的样本时。

• 2012年6月:在best.cis.eQTLs.mchr中正确处理exFilter功能

• 2012年5月:best.cis.eQTLs有getDFFITS选项

GOSemSim

版本1.15.3的更改:

• 删除所有S4类和方法<2012-09-12,Wed>

• 添加进度条为mgeneSim <2012-09-12, Wed>

• 在Wang的方法中重新实现计算语义值<2012-09-12,Wed>

• 更新IC数据为下一个版本<2012-09-12，星期三>

• 修复了getSV <2012-09-13, Thu>

版本1.15.2的更改:

• re- implementation gene2GO <2012-09-7, Fri>

• 基于信息内容的c++实现方法<2012-09-5,Wed>

版本1.15.1的更改:

• export termSim，可用于其他本体语义相似度测量<2012-06-14,Thu>

• 更新装饰图案。< 2012-06-14 >星期四

GSEABase

版本1.19的变化:

新功能

• 添加了UniprotIdentifier类

Gviz

1.2.0版本的更改:

新功能

• 添加了一个SequenceTrack类，用于在Gviz图上绘制基因组序列信息。轨道可能的输入是DNAStringSet对象或直接来自BSgenome包。

• GeneRegionTracks现在可以通过将feature属性与thinBoxFeature显示参数结合使用来处理编码和非编码区域。

• stackkedtracks现在有一个新的显示参数' reverseStacking '，它恢复了堆叠项目的水平顺序。如果设置为TRUE，最低的项将移动到堆栈的顶部，反之亦然。

用户可见的重大更改

• 更新了大多数曲目的显示方法，以提供关于曲目内容的更有意义和更紧凑的信息。除了目前活跃的染色体之外，现在应该指出其他染色体上的数据可用性。

• IdeogramTracks现在可以通过构造函数中的new bands参数从细胞带表构造。

• AnnotationTrack对象现在默认用浅灰色绘制连接线。这个特性可以通过col.line显示参数来控制。

• 滑动窗口汇总现在可以处理NA值。

• 现在从名称空间导出drawGD，以允许在其他包中对gdobject进行子类化。

• 当从TrasncriptDb对象构建GeneRegionTracks时，现在会保留有关utr和编码区域的信息。

错误修复

• 当放大到两个分组特性之间的空白区域时，连接线现在将为从AnnotationTrack继承的所有类绘制。

• 绘制对齐dreadtracks时计算ylims的错误已被修复。

• 许多其他的小修复主要是为了提高性能。

GWASTools

1.3.16版本的更改:

• 增加了convertVcfGds从VCF文件中提取双等位基因snp。

• 增加ncdfimputeddose转换输出从普通的imputation程序到NetCDF。assocTestRegression有一个额外的参数dose =TRUE用于这些文件。

• 增加了描述GWASTools数据结构的小插图。

1.3.15版本的更改:

• 修复了与使用字符标识符相关的pedigreePairwiseRelatedness的错误。

1.3.14版本的更改:

• assocTestRegression为案例或控件是单形的snp返回NA，在这种情况下添加了assocTestFisherExact。

• 添加snp。exclude参数为pseudoautoIntensityPlot。

• 修复了在创建或检查netCDF文件时报告文件读取时间的消息。

1.3.13版本的更改:

• 增加了VCF转换为NetCDF与注释的小插图。

• 在没有变化的情况下，防止重复不一致通过SNP检查相关性。

1.3.12版本的更改:

• 增加了依赖于gdsfmt的GdsReader和gdsgenotyperreader类。也可以在“data”插槽中使用gdsgenotyperreader对象创建GenotypeData对象。

1.3.11版本的更改:

• 修正了不包括Y染色体时重复不一致的错误。

1.3.10版本的更改:

• 修正了chromIntensityPlot中的错误，使表意文字在排除snp的情况下能够正确缩放。

版本1.3.9的变化:

• 修正assocTestCPH中的错误，如果附加模型失败，而GxE模型没有失败，则可能导致假阳性。

• 在assocTestCPH中允许多个变量进行分层分析。

版本1.3.8的变化:

• 谱系函数接受非数字标识符并提供额外的输出。

版本1.3.7的变化:

• 在batchChisqTest中，Yates修正不能大于它修正的项。更改为匹配缺陷修复到chisq。R 2.15.1中的test。

版本1.3.6的变化:

• 从qqPlot删除自动字幕。

• 允许选择在ibdPlot中绘制的理论边界。

版本1.3.5的变化:

• 添加了函数asSnpMatrix，用于将gengentypedata对象转换为SnpMatrix对象，以便与snpStats一起使用。

版本1.3.4的更改:

• 在chromIntensityPlot和anomStatsPlot中增加了染色体表意符号。anomStatsPlot有一个选项，可以将多个异常放在同一个图上。

版本1.3.3的变化:

• 更新后的装饰图案。

版本1.3.2的更改:

• 使用惰性加载数据。

• manhattanPlot和snpCorrelationPlot接受染色体的特征向量;铬。标签参数不再使用。

1.3.1版本的更改:

• NcdfReader的close方法不可见地返回。

HiTC

版本1.1.3的变化:

新功能

• 添加CITATION文件

已弃用且已失效

• 更新getExpectedCount函数以使用lowess()函数(stats)。统计数据中的“C”调用现在已弃用

版本1.1.2的更改:

新功能

• 新包装小插图

• 添加新的归一化方法- normPerTrans

• 增加importC和exportC函数，用于加载和导入csv文件

用户可见的重大更改

• CQC函数现在返回一个矩阵

• 简化getExpectedCounts帮助页

• 导入更新。my5C函数。简化矩阵数据的导入

已弃用且已失效

• export方法现在被exportC取代。现在导出了标准的csv格式。

• 不再使用normPerZscore方法。请参阅normPerExpected

• 删除Bau等人的5C数据集

错误修复

• isBinned。修复染色体间相互作用的错误

• extracRegion。添加染色体参数，并更改为染色体间数据

• binningC。染色体间图谱的变化

• 在调用HTCexp构造函数时对xgi和ygi对象进行排序

• 强制xgi和ygi对象具有一些id

1.1.1版本的更改:

新功能

• 包括Nora等人(Nature 2012) 5C数据集(GSE35721)。包装中包括两只老鼠样本;男性未分化ES细胞(E14, GSM873935)和男性胚胎成纤维细胞(MEF, GSM873924)。只提供了顺式相互作用映射chrX vs chX。

hpar

0.99.1版本的更改:

• 增加了排序字段<2012-09-14周五>

• 更新至HPA版本10 <2012-09-15 Sat>

• 更新章节中的安装部分，使用biocLite <2012-09-15 Sat>

0.99.0版本的更改:

• 增加小插图<2012-09-06 Thu>

0.1.0版本的变化:

• 初次提交<2012-09-06 Thu>

htSeqTools

1.3.1版本的更改:

• 修复了plotMeanCoverage的错误

iPAC

0.3.0版本的变化:

• iPAC包首次发布。

• ClusterFind方法允许使用MDS和线性映射器。

• COSMIC和PDB数据库之间有两种可用于协调数据的beta方法。

IRanges

1.16.0版本的更改:

新功能

• as(， " SimpleList ")， as(， " CompressedList ")和as(， " List ")现在作用于原子向量，并且向量的每个元素对应于返回的List中的一个元素(这与as. List一致)。

• 添加。列表,Rle方法。

• 添加。矩阵、视图的方法。每个视图对应于返回矩阵中的一行。与比最长视图短的视图对应的行用NAs右填充。

• 为放置在FilterRules中的函数添加FilterClosure闭包类。具有获取参数和显示的方法。

• 支持“na。Rle和RleList对象的" runsum "、" runwtsum "、" runq "和" runmean "方法中的参数。

• 添加splitAsList()和splitaslistreturndclass()。

• 改进摘要、FilterRules以支持序列计算、丢弃计数(而不是传递)和百分比。

• 使重命名工作在普通矢量(除了矢量)。

• 添加强制从RangedData到CompressedIRangesList, IRangesList或RangesList。它将RangedData对象的数据列(又名值)传播到RangesList对象的内部元数据列。

• 在PartitioningByEnd()和PartitioningByWidth()构造函数中添加' NG '参数。

• 使PartitioningByEnd()工作于列表类对象(如PartitioningByWidth())。

• 中等大小的CompressedIRangesList的快速disjoin()。

• 添加countQueryHits()和countSubjectHits()。

• Coverage()现在支持method= " auto "，这是新的默认值。

• 为OverlapEncodings对象添加flippedQuery()、levels()、ngap()、Lngap()、Rngap()、Lencoding()和Rencoding() getter。

• 为GRangesList对象添加“encodeOverlaps”方法。

• 增强IRanges、XVector、XVectorList和MaskCollection对象的“[”方法，以及IRanges对象的“[<-”方法，支持以下下标类型:NULL、Rle、数字、逻辑、字符和因子。(上面列出的所有方法都已经支持其中的一些类型，但没有一种方法支持全部类型)。

• 添加remapHits()，用于重新映射hits对象的查询和主题命中。

• 添加匹配，命中方法。

• 在%中添加%，向量方法。

• 添加" compare "， " == "， " != "， " <= "， " >= "， " < "， " > "， "是。unsorted "， " order "， " rank "， " match "，和" duplicate "方法用于XRawList对象。unique()和sort()也通过Vector对象的" unique "和" sort "方法作用于这些对象。

• 添加expand()用于基于一个或多个指定列的内容展开DataFrame。

• 在被弃用(在BioC 2.9中)和失效(在BioC 2.10中)后，“as。AtomicList对象的vector "方法回来了，但现在它模仿了as.vector()在普通列表上的作用，即它等价于' as.vector(as.list(x)， mode=mode) '。此外，从AtomicList到逻辑/整数/数字/双精度/复杂/字符/原始的强制也回来了，并基于“as”。也就是说，它们只作用于长度<= 1的顶级元素的对象。

• DataFrame构造函数现在支持' check.names '参数。

• 为List和CompressedList对象添加带有方法的revElements()泛型。

用户可见的重大更改

• 拆分/重新列出Hits对象现在返回一个HitsList，而不是普通的列表。

• Ops组中List和原子向量操作数之间的操作现在在执行操作之前将原子向量强制到List (SimpleList或CompressedList)。而且，操作数是循环使用的，返回正确类型的零长度结果会更好。

• 更改sum()在Integer - rle上抛出的' Integer overflow…'警告

• DataFrame现在强制列表/列表值到[<-]中的DataFrame。

• 修复。矩阵，数据帧为零列数据帧。返回一个nrow()x0逻辑矩阵。

• 方法现在首先根据查询命中对返回的命中进行排序，然后根据主题命中对返回的命中进行排序。

• 添加mcols()访问器作为访问Vector对象元数据列的首选方式(优于elementMetadata()和values())。

• 默认情况下，mcols(x)和elementMetadata(x)不再将x的名称传播为返回数据表的行名。然而，用户仍然可以通过执行mcols(x, use.names=TRUE)来获得旧的行为。

• [<-，XVectorList现在保留原来的名称，而不是传播替换值的名称，这与[<-在普通向量/列表上的操作一致。

• coverage()现在在传递数字权重时返回一个数字rle。

• 当在一个使用use.names=TRUE的List对象上调用时，unlist()不再试图模仿base::unlist()所做的那种无意义的名称混乱(例如on List (a=1:3))，毫无意义地返回一个具有唯一名称的向量。

• 从encodeOverlaps()泛型函数的签名中删除' hits '参数。

• Vector现在删除名称，以与base::unique()保持一致。

• 删除colnames<-，DataFrame中的make.names()强制，以与data.frame保持一致。

已弃用且已失效

• 弃用tofactor()。

• 删除RangesMatching, RangesMatchingList和Binning类。

• 从弃用到失效:matchMatrix()， Hits对象的" dim "方法，和RangesMatchingList()。

错误修复

• 修复pintersect,IRanges,IRanges在输入范围为空时的错误(自2010-03-04以来已被打破)。

• 通过在内部将整数-Rle强制为数字-Rle，避免了mean,Rle方法中的整数溢出。

• 将with,List的计算框架更改为parent.frame()，并在eval,List中获得正确的附件。

• 对从RangesList到RangedData的强制转换进行了许多修复和改进(详情请参阅commit 68195)。

• 修复CompressedRleList对象的“runValue”和“ranges”方法(损坏了很长一段时间)。

• shift,Ranges方法现在在整数溢出的情况下失败，而不是返回一个无效的Ranges对象。

• mstack()现在适用于具有NULL元数据列的Vector对象。

• 在整数溢出的情况下，coverage()现在将NAs放入返回的Rle中并发出警告。

• 修复了xvcopy,XRawList对象中防止从BSgenome对象的缓存中删除序列的错误。详细信息请参见commit 67171。

• 修复DataFrame中与重复列名相关的问题(详情请参阅提交67163)。

• 修复了一堆没有对元数据列进行子集化的方法:XVector对象的"["、" subseq "和" seqselect "方法，XVectorList对象的" seqselect "和" window "方法，MaskCollection对象的"["方法。

• 修正用[<-，向量]替换空的问题

• 在操作Hits对象时，在空' table '参数上使%in%鲁棒。

iSeq

1.9.0版本的变化:

• 以前，当只有一个后验概率大于ppcut或fdrcut时，peakreg会失败，尽管这种情况非常罕见。此错误已被修复。

• 使用iSeq和名为iSeq的R脚本进行ChIP-seq数据分析的教程。可以用作命令行程序的R已经发布在https://sites.google.com/site/quincymobio/teaching-materials上

• iSeq的文档已经更新。

等压线

• Rockerbox导入(只需将XXX.dat.peptides.csv定义为标识)
• 在properties.R中为XLS报告定义列的可能性。例如xls.report.columns <- c(" ratio "， " is. c ")重大”、“ratio.minus.sd”、“ratio.plus。sd”、“p.value.ratio”、“p.value。样”、“log2.ratio”、“log2.variance”)

KEGGprofile

2012-09-19 KEGGprofile 0.99.2:仅用一个时间点处理表达式矩阵的改进

2012-06-29 KEGGprofile 0.99.1:添加参数lwd when type= ' lines '

limma

3.14.0版本的更改:

• limma许可证升级到GPL(>=2)而不是LGPL以匹配R本身。

• 用户指南的许多更新。章节已添加读取单通道安捷伦和Illumina数据。实验设计章节分为单通道设计、通用参考设计和双色设计三章。关于技术复制的固定效果方法的材料已被删除。新章节介绍了阶乘设计的嵌套交互和多层次设计。

• 用户指南中Apoa1、Weaver和Bob1数据集的链接已经更新，以帮助用户自己下载数据，如果他们希望重复案例研究分析。

• camera()的帮助页面现在引用了发表的论文Wu and Smyth (NAR, 2012)。鉴于本文的结果，在geneSetTest()的帮助页面上不再声称，当实验单位是基因相同的小鼠时，基因可以被视为独立的。

• 对CITATION文件进行了少量编辑。

• 新函数propTrueNull()用于从p值向量快速估计真零假设的比例。

• 新函数zscore()用于计算偏离任何连续分布的z分数当量。包含旧函数zscoreGamma()和zscoreT()作为特殊情况的功能。

• Roast()现在通过一个新的参数“weights”接受观察级别的权重。

• loessFit()现在默认应用最小和最大边界，以避免零或无穷大的权重。相等的权重现在被视为权重为NULL，甚至都是零权重，因此调用low - less代码而不是黄土代码。

• 当没有权重时，loessFit()现在直接从C代码输出中提取残差，而不是在R中计算。

• fitFDist()现在允许x的缺失值或df1的零值，即使存在协变量。这意味着即使不是所有的数据值都是有信息的，squeezeVar()和eBayes()现在也可以处理趋势。

• convest()的新参数' file '，实现由Marcus Davy贡献的编辑。参数doplot和dereport重命名为' plot '和' report '。

• 对plotMDS()的两个改进。它现在强制标签是字符，现在当文本标签很宽时，在情节上有额外的空间。

• 当请求的顶级基因数量大于数据的总行数时，plotMDS()不再给出错误。

• alias2SymbolTable()的代码加速

• 在多个函数中，any(replicated())被anyreplicated()取代。

• 修正了voom()，使其即使在设计矩阵不是满秩的情况下也能正确地计算权重。

• 修复了当拟合模型只有一个系数时roast()的错误。

lmdme

0.99.1版本的更改:

微小的变化

• getter现在接受字符向量in术语参数，以便在需要时指定一个以上的项。此外,设计而且模型加上，和pvalues就像Fvalues更改为匹配槽位名称。(感谢Valerie Obenchain)

• lmdme现在工作与NA存在的数据矩阵。此错误与lmFit截距系数行为有关，该行为仅在NA存在时使用drop(变为数值而不是保持只有一列的矩阵)破坏数据结构。

• lmdme现在是唯一的构造函数。方法初始化由于不同的原因被删除，如https://stat.ethz.ch/pipermail/biocdevel/2012August/003554.html

• 分解示例部分使用子集参数(并非所有数据都必须在示例中分解)。

• 增强的biplot而且screeplot功能与术语而且mfcol简化图形输出规范。

文档

• 新闻添加文件。

minfi

1.3版的变化:

• 更新preprocessSwan以修复当mSet未设置为默认值NULL时的错误。具体来说，现在使用“计数”表来构造“子集”。

• 将函数manifestNew()更改为IlluminaMethylationManifest()。

• 添加IlluminaMethylationAnnotation()。

• 为基于RUnit的单元测试添加了占位符。

• 介绍了一种新的MethylSet和RGChannelSet的显示方法，该方法源于Biobase中的eSet方法。

• MethylSet/RGChannelSet的注释槽现在用于不是一个标量，但是有长度为2的组件' array '和' annotation '。这预示着将引入用于minfi的注释包。

• R文件的整理;重写了MethylSet, RGChannelSet的手册页。

• getMeth, getUnmeth, getBeta, getM现在都是方法。

• 陶石修复了qcReport的bug。

• 对getBeta / getM的更改，包括方法采用的参数以及如何计算值。

• 舱单结构的改变;它现在有单独的槽用于基因型探针，这些探针不再是MethylSet的一部分(使用例如。preprocessRaw)。它们可以使用类型等于“SnpI”或“SnpII”的getProbeInfo(rgSet, type)访问。

• mapToGenome、getLocations和新类GenomicMethylSet的介绍。手册页已经相当完整，还需要在小插图中添加示例。这将是一个扩展管道的标准部分。

• 介绍IlluminaHumanMethylation450lannotation.ilmn.v1.2，其中包含mapToGenome/getLocations所需的一些新注释。这个包将被分成几个包向前推进，试图协调我们和Tim Triche的努力。getLocations/mapToGenome将保持不变。

• 添加getControlTypes(返回不同类型的控制探测)。

• GenomicMethylSet现在从SummarizedExperiemnt继承了许多方法，包括granges()， start()， end()等。因此，它们已从minfi中删除。

• 修复了getLocations(…，mergeManifest = TRUE)的错误。它现在抛出错误的时间更长了。

• mapToGenome现在返回一个根据染色体名称排序chr1，..，chr22,chrX,chrY，未映射，如果drop=TRUE(默认)，最后一个不存在。

MLInterfaces

版本1.37.1的更改:

• added NEWS file (lgatto) <2012-04-02 Mon> .日志含义

• 重命名' predScores '为' predScore '和新的' predScores '方法，返回完整的预测分数矩阵(lgatto) <2012-04-02 Mon>

• 删除predScore (lgatto) <2012-04-02 Mon>的ununsed t参数

• 在RAB4es中将maxit改为maxiter，在fs中将decr改为递减。absT(局部参数匹配检查时注意)(lgatto) <2012-04-02 Mon>

• 固定predScores <2012-04-03 Tue>

中长期规划

1.5.2版的变化:

• 删除require(mouse4302mmentrezg.db)调用，以防止R CMD检查给出不适当的警告

1.5.0版本的更改:

• 更新exampleGeneSet。在BioC 2.11中使用GO.db

版本1.4.2的变化:

• getGeneSets和addGeneSetDescription的进一步改进

1.4.1版本的更改:

• 在getGeneSets中更好地检查geneSetSource

马赛克

1.5.3版的更改:

错误修复

• mosaicsRunAll(): Bug修复时byChr = TRUE。

1.5.2版的变化:

用户可见的重大更改

• constructins():支持PET数据的对齐读文件格式(eland结果和SAM格式)。

• mosaicsRunAll():支持PET数据的对齐读文件格式。

• 添加generateWig():为PET和SET数据构造wiggle文件。

• generateWig()和constructBins()使用制表符分隔符代替空白。

• 改进小插图(案例研究、输入文件的示例行、generateWig())。

错误修复

• constructins():修复了封顶和excludeChr的错误。修复当byChr = TRUE时错误的总结。

• mosaicsRunAll():修复了excludeChr &处理chipFile和controlFile的完整路径的错误。

1.5.1版本的更改:

用户可见的重大更改

• constructBins():现在可以指定染色体信息。

• mosaicsRunAll():现在可以指定染色体信息。

1.4.1版本的更改:

错误修复

• constructins():修复了" outfileLoc "参数的错误。

• mosaicsFit():双信号分量模型拟合的微小变化。

• mosaicsPeak():更新后的IRanges包没有警告。

motifStack

1.0.0版本的变化:

新功能

• 绘制DNA/RNA序列标识

• 绘制氨基酸序列标志

• 用系统发育树绘制对齐的图案标志堆栈

错误修复

• 没有被归类为“bug修复”的更改(正在积极开发的包)

MSnbase

1.5.25版本的更改:

• 修正了量化长度1的exp时的错误(由Colin Archer报告)，增加了test <2012-09-26 Wed>

• 固定并行默认为FALSE <2012-09-26 Wed>

1.5.24版本的更改:

• 更新clean, removePeaks, combineFeatures, purityCorrect, trimMz, plot, msnset类的例子不使用readMSData <2012-09-25 Tue>

• fixed clean,MSnExp-method <2012-09-25 Tue>

• in extractPrecSpectra <2012-09-25 Tue> . log message in extractPrecSpectra <2012-09-25 Tue> . log message in extractPrecSpectra

1.5.23版本的更改:

• updated quantify documentation <2012-09-24 Mon> .

• 更改所有foo.class函数为foo_class <2012-09-24 Mon>

1.5.22版本的更改:

• 设置parallel default为FALSE <2012-09-22 Sat>

• DESCRIPTION和detectCores()中的增强并行传递给registerDoMC <2012-09-23 Sun>

1.5.21版本的更改:

• remove registerDoMC no visible global function

• 修复关于xvarname是一个bug <2012-09-21周五>

1.5.20版本的更改:

• 如果是quantify中的任何(中心化(对象))，则立即抛出警告。MSnExp <2012-09-15 Sat>

• mzTab文件和加载时间现在记录在processingData <2012-09-15 Sat>中

• 临时dontrun ' ing ' mzTab读写示例，因为OLS是关闭的(并打破滚动)(注意:修改的Rd文件，不是roxygen模板)<2012-09-15 Sat>

1.5.19版本的更改:

• updated all ReporterIons rda data <2012-09-13 Thu> .更新

• 在并行测试中使用&&，require(foreach和doMC) <2012-09-14周五>

1.5.18版本的更改:

• new log method for MSnSet instances <2012-09-13 Thu>

• 新的mapplot方法使用通用和ma.plot/mva。pairs from affy <2012-09-13 Thu>

1.5.17版本的变化:

• 改变TMT7[7]质量从229.26到230.17和ReporterIons描述<2012-09-12星期三>

1.5.16版本的更改:

• parallel quantify现在在Windows上总是设置为FALSE，修复了检查问题<2012-09-11 Tue>

• 修复plotMzDelta man <2012-09-11 Tue>

1.5.15版本的更改:

• 更新代码到ggplot2 v0.9.2 <2012-09-07周五>

1.5.14版本的更改:

• 增加平台测试使用doMC (d.t enbaum) <2012-08-31周五>

1.5.13版本的更改:

• 更新的fillUp函数<2012-08-15 Wed>

• added tikzDevice to suggest <2012-08-16 Thu> . txt

• tikzDevice不再在CRAN -删除建议和使用pdf作为设备在小插图<2012-08-16 Thu>

1.5.12版本的更改:

• 使用knitr代替pgfSweave和misc vignette更新<2012-08-13 Mon>

• spectrum2报告绘图参数更新<2012-08-14 Tue>

• added reporterNames to NAMESPACE <2012-08-14 Tue>

1.5.11版本的更改:

• 输入filterNA日志消息，并舍入pNA <2012-06-07 Thu>

• 在演示小插图的错字- Gb而不是Mb <2012-07-15太阳>

1.5.10版本的更改:

• 修正readMSData instrumentInfo处理(由Gopuraja Dharmalingam上报)<2012-06-05 Tue>

• test_io中的多文件加载测试<2012-06-05 Tue>

版本1.5.9的变化:

• topN现在正确更新processingData <2012-06-01 Fri>

• combineFeatures更新基于groupBy参数的featurename -更新demo vignette和man accordinlgy <2012-06-01 Fri>

• 当使用vsn <2012-06-01 Fri>归一化时，没有传递其他参数

1.5.8版本的变化:

• 在environment data.frame <2012-05-22 Tue> .frame中增加了aa数据

• 当ncol(object) == 1 <2012-05-25 Fri>时，修正MSnbase:::subsetBy (topN使用)

• new nQuants函数<2012-05-31 Thu>

• minor vignettes更新<2012-05-31 Thu>

• nQuants现在返回一个包含col名称的矩阵，取自sampleNames(object) <2012-05-31 Thu>

版本1.5.7的变化:

• 更改title方法为exptitle，以避免与图形的冲突/混淆::title和与expinfo方法的一致性<2012-05-15 Tue>

• change email to expemail <2012-05-15 Tue>

• 增加建议<2012-05-15 Tue>

1.5.6版本的更改:

• 新的ionSource, analyser, detectorType，标题访问方法MIAPE, pSet和MSnSet类<2012-05-06 Sun>

• 更新的量化示例使用数据(itraqdata)而不是读取dummyiTRAQ。mzXML <2012-05-09 Wed>

• initial mzTab write support <2012-05-10 Thu>

• mzTab读取支持<2012-05-10 Thu>

• 更新demo和io vignettes与mzTab信息<2012-05-10 Thu>

1.5.5版的变化:

• 在MIAPE和accessor中增加email插槽<2012-05-04 Fri>

• 增加了pSet和MSnSet <2012-05-04 Fri>的expinfo方法

• updated itraqdata <2012-05-04 Fri>

• misc man错字修正<2012-05-04周五>

• quantify现在正确地传播processingData <2012-05-04星期五>

1.5.4版本的变化:

• 读取数据<2012-04-30 Mon>时自动填充实验数据仪器信息

• msInfo修复并导出<2012-04-30 Mon>

• 更新演示插图与14个分数分析段落<2012-05-01周二>

1.5.3版的更改:

• extractSpectra现在已经失效<2012-04-20 Fri>

• 在第1级缓存完整的头文件;当和MSnExp实例使用时，这是必需的许多光谱(从许多原始文件创建)是量化的-调用头(对象)与实际的报告器量化相比开销太大。< 2012-04-20 >星期五

• header()方法现在使用缓存的数据帧，如果级别>= 1;(unexported) .header函数可以使用assayData槽数据生成数据帧。< 2012-04-20 >星期五

• 在MSnSet初始化中设置processingData。< 2012-04-20 >星期五

• 从标题中删除索引列。< 2012-04-20 >星期五

• 新的谱类v0.2.0有tic插槽。< 2012-04-21 >坐

• 抽搐方法(数据存储为Spectrum插槽)现在返回总离子电流(常用)和离子总数是获得使用ionCount．< 2012-04-21 >坐

• 修正了演示小插图中的规范化箱图标题和其他tic/ionCount变化。< 2012-04-21 >坐

• 删除了MSnSet的"["方法<2012-04-24 Tue>的质量支持

1.5.2版的变化:

• 转置和MSnSet默默地drop the protocolData now <2012-04-03 Tue>

• 固定MSnExp pData创建多个文件，功能名称现在有一个. filenumber扩展名。< 2012-04-19 >星期四

• 测试readMSData <2012-04-19 Thu>中的文件(文件名)的唯一性

• itraqdata更新。RData <2012-04-19 Thu>

• 增加了一个parallel参数来量化，并在vignette中使用parallel = FALSE，以避免命令<2012-04-19 Thu>重复显示

• 定义" reporterNames<- "泛型<2012-04-19 Thu>

• 修正了readMSData中所有不用于长度为> 1 <2012-04-20 Fri>的矢量比较的警告

1.5.1版本的更改:

• readIspyData <2012-03-05 Mon> . updated NA warning message in readIspyData <2012-03-05 Mon> .更新NA warning message

• 固定的combineFeatures/combineMatrixFeatures for 1 sample <2012-03-20 Tue>

• MSnSet实例<2012-03-20 Tue> . image方法

• 修复plotNA (first t was wring) <2012-03-21 Wed>的错误

• import plot from stats4 <2012-03-21 Wed>

• using reshape2 <2012-03-30 Fri>

1.5.0版本的更改:

• 新的devel版本碰撞

ncdfFlow

1.通过将两个例程合并到[[方法中并删除一些不必要的检查或子集来优化[[访问器

netresponse

1.9.17版本变更(2012-06-28):

• 增加了remove.negative.edges函数

• 积极补充道。检测。responses的Edges参数

1.9.15版本变更(2012-05-23):

• Igraph依赖移到igraph0

1.9.14版本变更(2012-05-14):

• DMT添加到依赖项

1.9.13版本变更(2012-05-04):

用户可见的变化

• 增加了PlotMixtureMultivariate函数

版本1.9.12 (2012-05-03):

用户可见的变化

• 增加了update.model.pair步骤的并行化

错误修复

• 删除了可能超过最大大小的子网合并更新

版本1.9.10(2012-04-30)变更:

用户可见的重大更改

• bic补充道。检测响应和下游功能中的阈值选项

• Latent.class.analysis函数替换为mix .model

错误修复

• Rd冲突解决

版本1.9.07(2012-04-25)变更:

用户可见的重大更改

• 把所有文件都改成Roxygen

• 增加了bic.mix .univariate函数

• 增加参数混合。检测中的方法。响应和对连续下游功能的响应

错误修复

• 添加信息。标准选项为edge.delta costind。ab计算

• “c。Max <- Max。c.响应- 1 " - > "Max <- Max。在vdp.mixt中

1.9.05(2012-04-24)版本变更:

• 增加了情节。在plot中Mode = " pca "。响应函数

• 测试/ mclust-mixture补充道。R的例子

版本1.9.04(2012-04-21)的变更:

• 移除冗余网络。节点参数来自独立。模型的输入

益生元

版本1.22的变化:

用户可见更改

• getProbeInfo()改进的结果;

• fitPLM, coefs和住所现在已经失效。分别使用fitProbeLevelModel、coef和residuals。“coef”和“residuals”遵循R中其他地方使用的标准;

错误修复

• 修复了BiocGenerics添加新方法时oligoClasses有自己的annotation()方法造成的问题;

• 对探测选择器进行了几个修复，允许使用“目标”;

• PA Calls不知道目标;

phyloseq

• Plot_ordination()使用ggplot2构建的强大、灵活的排序图
• Plot_heatmap()使用ggplot2构建的简单、灵活的热图
• Plot_tree()使用ggplot2构建的简单、灵活的带注释的树图
• Make_sample_network ()， plot_sample_network() -微生物组网络可视化
• plot_rich()用于简单、灵活地总结物种丰富度
• 并行快速UniFrac
• Distance()包装器用于生态距离计算
• Ordinate()包装器，计算许多不同的排序方法。
• 所有支持的数据格式的通用导入器:import()
• BIOM格式导入:import_biom()函数
• 支持双原理坐标分析(DPCoA)
• 包括几个已发布的示例数据集
• Bioconductor开发版本更新。
• 大量的文档更新。
• 很多很多的修复和改进。

phyloseq 1.1.50

• 修复了几个兼容性问题，以支持最新版本的ggplot2(0.9.2)。
• 还将plot_richness_estimate()更改为plot_richer()。

phyloseq 1.1.45

• import_qiime_sampleData的向后兼容性，现在由import_qiime_sample_data取代
• 添加了一个基于包extdata中包含的GlobalPatterns示例样例映射文件的功能示例。

phyloseq 1.1.44

• 修复了tax_glom函数中的小错误。感谢Katie Shelef的bug报告。当将最右的rank指定为合并位置时，Bug只会影响tax_glom行为。

phyloseq 1.1.43

• 固定距离()问题从物种/taxa替换类型参数。

phyloseq 1.1.42

• 修复了由species/taxa替换type参数导致的make_network/plot_network问题。

phyloseq 1.1.41

• 固定文件prune_taxa而且prune_samples
• 更新prune_samples方法来允许使用逻辑向量。
• 固定prune_taxa因此，如果taxa参数是一个错误长度的逻辑参数，它会正确地失败。在旧的实现中，对于短向量存在一些不可预测的向量回收的可能性(并且没有警告)。

phyloseq 1.1.40

巨大的更新和重命名事件。

• 使所有函数都使用an下划线对于英文单词分隔符，如果他们使用缩写。
• 将所有函数名中的“species”替换为“taxa”。
• 目前，这些更改都是向后兼容的，所以您的旧代码应该可以工作。如果没有，请告诉我，我会迅速做出调整。这在下一个正式版本中仍然是正确的，但之后将不支持对“物种”的功能引用，除非在您实际上指的是分类学物种的场合，例如tax_glom (x,“物种”)．

phyloseq 1.1.33

• 修改taxglom()，使其处理phyloseq和taxonomyTable类，否则抛出警告。它不应该采用手动生成的字符向量，因为这大致相当于其他方法支持的功能，特别是prune_species()/merge_species()。
• 还为taxglom()添加了单元测试和可执行示例。
• 去掉taxglom.internal，直接合并到taxglom()中。taxglom()不再是s4方法，现在也不需要是s4方法，因为省略了字符向量参数选项，s4类的处理委托给了merge_species()。
• 更新“taxTab<-”为S4赋值，更清晰地处理taxonomy表的赋值，特别适用于taxglom。

phyloseq 1.1.29

• 为import_biom(以及import(" biom "，…))添加单元测试和示例文件。

phyloseq 1.1.28

• 增加了rarefy_even_depth()函数，用于对微生物组样本进行相同数量的读取随机子采样。默认值使用数据集中样本的最小总读取值。这是基于核心的“sample”函数，它可以通过set固定其随机数生成器。种子的重现性。

phyloseq 1.1.27

• 修复了plot_ordination中导致错误的错误，而不是在输入中缺少sampleData时产生未注释的图表。

phyloseq 1.1.23-26

• 增加了单元测试和错误修复

phyloseq 1.1.19-22

• 改进import_qiime()导入器以处理大型数据集，例如HMPv35数据集，同时在可能需要10分钟或更长时间才能完成的重要导入过程中提供有用的状态消息。

phyloseq 1.1.18

• 在soilrep数据集中添加复制标签作为“Sample”因子。

phyloseq 1.1.17

• 修复了可能导致最新版本(0.6+)的igraph不向后兼容的错误。CRAN上有一个稳定的igraph0包作为权宜之计，因此所有的igraph0依赖项都被迁移到“igraph0”，直到phyloseq-source可以更新到与最新的igraph匹配为止。

phyloseq 1.1.15

• plot_heatmap:添加默认(但可调)阈值，以省略分类单元/样本标签

phyloseq 1.1.14

• 更新import_qiime()函数导入最新的非biom qiime输出文件。还增加了检查是否存在分类法信息(共识谱系)。

phyloseq 1.1.10

• 添加plot_heatmap()函数，使用ggplot2构建灵活的热图

phyloseq 1.1.8-9

• 修复了一些新BIOM格式变体的错误
• 为新的RDP管道导出格式添加import_RDP_otu()导入函数

phyloseq 1.1.7

• 删除了旧的plot_tree_phyloseq()函数，取而代之的是新的基于ggplot2的plot_tree()
• plot函数文档中未经注释/测试的正式示例
• 更新了plot_taxa_bar()函数的变量名和文档

phyloseq 1.1.6

• 使用plot_tree()示例更新vignette，替换旧的基本图形函数plot_tree_phyloseq()。
• 修复了树的大小映射到丰度的图例中的错误

phyloseq 1.1.5

• 添加使用ggplot2构建的tree_plot()的初始版本
• 添加几个从ggphylo的devel版本借来的内部函数

phyloseq 1.1.4

• 为辅助访问器(例如sample.variables()， rank.names())添加errorIfNULL选项

phyloseq 1.1.1-3

• R版本更新以匹配Bioconductor, R-2.15.0+
• Ape-package版本更新至3.0+
• Ape-package现在导入依赖项
• Ggplot2-package版本更新至0.9.0+
• Ggplot2-package现在导入依赖项

PWMEnrich

1.0.2版的变化:

• 使用并行内核包代替doMC

1.0.1版的变化:

• 修复测试用例中的拼写错误，并将doMC删除为构建依赖项

1.0.0版本的变化:

• 包的初始发布

qpgraph

版本1.14的变化:

新功能

• 新的qpPlotMap()函数显示遗传标记和基因表达谱之间的关联，使用它们在基因组中的位置

• 通过全案例分析和EM算法进行缺失数据的条件独立检验和非拒绝率估计

• 新的qpAllCItests()函数使用固定的条件集执行多个条件独立性测试。

• 新参数修复。Q和限制。Q用于估计非拒绝率的函数，以限制和固定独立检验的条件子集中的变量。

R453Plus1Toolbox

1.7.4版本的变化:

• 增加了从罗氏最新的Amplicon变体分析仪(v2.7)读取数据的能力。

• 新方法ava2vcf写的变种在一个AVA-Set文件中的VCF格式。

• 多个修正。

ReactomePA

1.1.1版本的更改:

• 删除geneID2Name，改为从DOSE导入EXTID2NAME。< 2012-03-12,我的>

• 删除富贵路径中的大部分代码，而是导入富贵内部剂量。实现一些S3的映射方法。pathID2Name被重命名为TERM2NAME，将由enrichment .internal调用。< 2012-03-12 >星期二

红色的

版本日期分类文本2011-03-23 . zip

ReQON

版本1.3.4的更改:

新功能

• ReadPosErrorPlot.R中添加了一个附加选项。“startpos”选项现在允许用户指定要绘制的起始读取位置。默认起始位置为1。

错误修复

• 所需的R版本已增加到2.15。ReQON包在1.2.0版本中进行了重大更改，旧版本的R将下载ReQON v. 1.0.0，这与当前文档不兼容。

• 在输出图中报告的FWSE和从重新校准的BAM文件中计算的FWSE之间有一些小的不一致，现在已经修复了。

版本1.3.2的更改:

新功能

• ReQON不再重新校准' N '碱基。它返回输出BAM文件中这些基数的原始质量分数。

• FWSEplot.R有一些小修改。现在，根据分配该质量分数的基础的相对频率，点被阴影化。详情请参阅参考手册。

Rgraphviz

2.1版的变化:

• Rgraphviz现在需要Graphviz >= 2.16。

• 增加了报告Graphviz功能的graphvizCapabilities()。这需要Graphviz >= 2.28，如果Rgraphviz安装不支持它，则返回NULL。

• Rgraphviz现在与Graphviz 2.28捆绑在一起，极大地简化了安装。

• 对2.x中引入的大量错误进行了修复。x版本。

Risa

这是该包的第一个发布版本。它包含从ISAtab类将ISAtab数据集解析为R对象的功能。它还提供了保存ISA-tab数据集或其每个单独文件的功能。此外，也可以更新分析文件。目前，与蛋白质组学和基于代谢组学的分析(即质谱)相关的元数据可以被处理为xcmsSet对象(来自xcms R包)

的方式

版本0.99.12的变化:

• 更新的自述。md (for github) and .Rbuildignore <2012-09-19 Wed>

0.99.11版本的变化:

• updated biocViews <2012-09-18 Tue> .更新

版本0.99.10的变化:

• 使用knitr代替pgfSweave <2012-08-13 Mon>

0.99.9版本的更改:

• 修正olsQuery在缺失(ontologyNames)时发出警告，不管extract <2012-05-22 Tue>

0.99.8版本的更改:

• really using pdfSweave <2012-05-18 Fri>

版本0.99.7的变化:

• 使用pdfSweave <2012-05-16 Wed>

• changed VignetteIndexEntry <2012-05-16 Wed>

• remove roxygen2 from建议<2012-05-16 Wed>

• add README file descriph Rd generation with roxygen2 <2012-05-16 Wed> . add README file descriph Rd generation with roxygen2 <2012-05-16 Wed>

版本0.99.6的变化:

• 执行Mark Carlson的建议

• (暂时)移除pgf <2012-05-15 Tue>

• added Collate field <2012-05-15 Tue>

• 移动泛型和类定义到AllGenerics。R和AllClasses。R <2012-05-15 Tue>

• 如果回复为空，olsQuery现在重复查询' n '次-参见手册页的简要讨论<2012-05-15 Tue>

• 更新小插图讨论离线/在线数据访问<2012-05-15周二>

0.99.5版本的更改:

• 将SSOAP依赖降级为(>= 0.8.0)，因为以后的SSOAP版本不能通过biocLite使用(由于检查错误)。rolls适用于SSOAP 0.8.0和XMLSchema 0.7.2。< 2012-05-11 >星期五

0.99.4版本的更改:

• added url to DESCRIPTION <2012-05-11 Fri>

• 现在CVParam名称必须匹配term或任何同义词<2012-05-11 Fri>

• new CVParam构造函数<2012-05-11 Fri>

0.99.3版本的更改:

• 小插曲更新<2012-05-04周五>

• 新CVParam类<2012-05-08 Tue>

• 更多详细CVParam有效性错误msg <2012-05-08 Tue>

• 新的' rep '方法用于CVParam <2012-05-09 Wed>

0.99.2版本的更改:

• olsQuery有一个新的' exact '参数<2012-05-04 Fri>

0.99.1版本的更改:

• import(XMLSchema)来删除启动<2012-05-04 Fri>时的警告

0.99.0版本的更改:

• 小插图更新<2012-04-30 Mon>

• 添加GO.db到建议vignette <2012-04-30 Mon>

• 升级版本为0.99,Bioc提交<2012-04-30 Mon>

0.2.2版本的变化:

• 添加了一个小插图<2011-12-18太阳>

• 添加xtable在建议vignette <2011-12-18太阳>

• 添加parents()和childrenRelations()查询函数<2011-12-18 Sun> .

0.2.1版本的变化:

• 增加了特定的SSOAP和XMLSchema版本要求<2011-12-18 Sun>

• 修正了<2011-12-18 Sun>的几个错别字

0.2.0版本的变化:

• 最初版本

战

1.13.06版本变更(2012-09-09):

• 亲和性估计存储选项添加到rpa.online

• 移动sigma2 -> tau2，使符号与发布兼容

1.13.02版本变更(2012-05-27):

新功能

• rpa中增加了参数。联机功能:save.batch。dir, keep.batch。文件,unique.run.identifier

• 更改了保存的默认值。rpa中的批量选项。在线变为TRUE

错误修复

• 固定负载。在summary .batch中出现了批量错误

Rsamtools

1.10.0版本的变化:

新功能

• BamFile和TabixFile接受参数yieldSize;重复调用scanBam和scanTabix返回文件的连续yieldSize块。readBamGappedAlignments, VariantAnnotation::readVcf自动获得通过文件屈服的支持。

• 添加getDumpedAlignments()、countDumpedAlignments()和flushDumpedAlignments()底层实用程序，用于操作由findMateAlignment()转储的对齐。

• 添加quickBamCounts()实用程序，用于根据一组预定义的组(基于标志位)对BAM文件中的记录进行分类，并用于计算每个组中记录的nb。

用户可见的重大更改

• 弃用scanBamFlag isValidVendorRead，改用isNotPassingQualityControls

• 重命名makeGappedAlignmentPairs() arg ' keep。Colnames ' -> ' use.mcols '。

错误修复

• 完成后关闭razip, bgzip文件

• bamReverseComplement<-返回更新后的对象失败

• scanBcfHeader作用于远程文件

• 允许asBam在只有头文件的SAM文件上无警告地工作

• 对findMateAlignment()进行了一些bug修复和较小的性能改进

• 修复readBamGappedAlignmentPairs()中的错误，用户指定的字段和标签没有传播到返回的GappedAlignmentPairs对象

Rsubread

1.8.0版本的变化:

新功能

• 微调读对齐功能(align)和外显子-外显子结检测功能(subjunc)。

• SNP调用算法的重大更新(现在使用Fisher的精确测试来调用SNP)。

• 更有效地实现删除重复读取(例如。支持多线程和使用更少的内存)。

ShortRead

用户可见的重大更改

• as(ShortReadQ， " matrix ")现在接受ShortReadQ实例具有异构宽度，返回一个矩阵x[i, j]与NA值在j > width()[i]。

新功能

• FastqStreamer接受IRanges来选择输入记录

错误修复

• readAligned, type= " BAM "正确添加所需的' what '元素

• FastqSampler只随机化第一次读取;新增1.13.9 2011-12-02，修正1.15.4 2012-04-25

• Report (qa，…)每个周期不再产生明显混乱的基础调用

• FastqFileList将无法从字符向量正确初始化

synapter

版本0.99.15的变化:

• updated ref in package man(2) <2012-09-14周五>

• 更新突触显示方法显示短日志<2012-09-14周五>

版本0.99.14的变化:

• updated ref in package man <2012-09-11 Tue> .更新

版本0.99.13的变化:

• 碰撞版本号，以考虑所有以前的更改<2012-08-29 Wed>

版本0.99.12的变化:

• 修复windows上的构建问题<2012-08-27 Mon>

• 更新了小插图<2012-08-28周二>

0.99.11版本的变化:

• 在小插图中使用dev= ' pdf '并从建议<2012-08-16 Thu>中删除tikzDevice(不再在CRAN上)

版本0.99.10的变化:

• 添加tikzDevice suggestion for vignette <2012-08-15 Wed>

0.99.9版本的更改:

• 使用knitr代替pgfSweave <2012-08-13 Mon>

• loadIdentOnly的详细参数已考虑到estimateMasterFdr和makeMaster <2012-08-13 Mon>

0.99.8版本的更改:

• 小插图更新与汇总表<2012-07-17周二>

• 附加PLGS幻灯片的小插图更新<2012-07-17周二>

版本0.99.7的变化:

• 更新vignette <2012-07-12 Thu>

• remove README.org file <2012-07-12 Thu> . txt

• 在DESCRIPTION <2012-07-12 Thu>中添加github页面

版本0.99.6的变化:

• 主肽有新的fdr和方法槽<2012-07-10 Tue>

• 添加方法arg to makeMaster <2012-07-10 Tue>

• 固定不匹配前驱。当使用master <2012-07-11 Wed>

0.99.5版本的更改:

• 删除的前兆。移动的列从轻合并和匹配的csv输出，因为当MSe master使用<2012-07-09 Mon>时这些是不可用的

0.99.4版本的更改:

• 使用log2的t.test <2012-07-05 Thu>

• 更新小插图<2012-07-06周五>

0.99.3版本的更改:

• git/svn integration一团糟和测试<2012-07-03 Tue> . git/svn integration一团糟和测试

• 深夜测试<2012-07-03周二>

0.99.2版本的更改:

• 在MasterFdrResults plot x标签中更改merged to total FDR，如在manuscript <2012-06-13 Wed>中

• 在小插图中提到multtest <2012-06-13 Wed>

• qvalue refs <2012-06-14 Thu>

• Synapter。理查德·道金斯updates, to match manuscript nomenclature <2012-06-14 Thu>

• 在小插图和包手册页中增加了“获取帮助”部分<2012-06-14 Thu>

• 将plotGrid plot legend中的HDMSe更改为ident <2012-06-25 Mon>

0.99.1版本的更改:

• 小插图中的乳胶打印错误<2012-06-11 Mon>

• Dan对<2012-06-13 Wed>的建议

0.99.0版本的更改:

• bump版本Bioconductor提交<2012-06-08周五>

TargetSearch

版本1.14.0的变化:

新功能

• 新函数fixRI。该功能可用于纠正RI标记，或手动强制其位置到特定的保留时间，例如，RI标记未与生物样品共注射。替换现在已弃用的' fixRIcorrection '。

• 新函数riMatrix。这个函数搜索RI文件中的RI标记，而不是CDF文件。

• CDF导入功能的改进:-自动检测m/z范围。-检测和纠正非整数m/z值的CDF文件。这些值被转换为名义质量。

• ImportLibrary:—新参数' file.opt '。包含要传递给' read.delim '的参数的列表。-它可以采用数据帧而不是文件来创建库对象。

用户可见的重大更改

• 函数“fixRIcorrection”已弃用。使用“fixRI”。

错误修复

• FindPeaks中的. call函数。R会错误地将RI限制强制为整数而不是双精度。

• ImportLibrary: -修复了读取一个代谢库时的错误。-检查输入文件或输入data.frame中是否有意外的引号字符。它们将被移除。

• 剖面:检查至少三个顶部质量以计算光谱相似度分数。

• quantMatrix:使用字符索引而不是数字索引。

tigre

1.12.0版本的更改:

• 小速度优化

• 小型文件的重组和更新

TransView

0.99.3版本的更改:

新功能

• 重命名所有C文件。现在注册在一个单独的文件中进行。

• plotTV现在可以选择gtf中匹配' transcript_id '的id字符向量，而不是GRanges对象。这对于绘制没有区域的RNA-Seq数据匹配非常有用。

错误修复

• 为.call增加了PACKAGE参数

• 参数readthrough_pairs, parseReads声明为experimental。

• 删除匹配的RNA-Seq数据集，并添加pasillabam子集作为RNA-Seq可视化的示例。

0.99.2版本的更改:

新功能

• 为DensityContainer的所有槽添加getter方法，并为个人访问继承类。增加了spliced和ex_name的setter方法

• 删除dc.size()，并添加槽' size '代替。还为DensityContainer类添加了env和data_pointer槽

• 改进了S4方法的使用部分的文档

• Gtf2df和macs2df分别更名为gtf2gr和macs2gr。它们现在返回GRanges对象。

• annotatePeaks只接受并返回GRanges对象。

• id2tss重命名为peak2tss，现在返回一个更新后的GRanges对象

• plotTV接受GRanges对象而不是data.frames的gtf和峰值输入

错误修复

• 移除所有直接插槽的接入

• 在parseReads()中删除了对dyn.load和dyn.unload的不必要调用

0.99.1版本的更改:

新功能

• plotTV返回排序以重现kmeans聚类

错误修复

• sliceNT没有翻转负链上的外显子

• 参数rowv到plotTV没有使用表达式阈值remove_lowx

• 无法在32位Windows上安装

xcms

1.33.16版本的更改

用户可见更改

o diffreport和plotEIC有一个新的参数mzdec，是EIC图标题中m/z值的小数位数

1.33.16版本的更改

更新的特点:

o锁定质量间隙填充器现在与netCDF锁定质量函数文件一起工作，以查找扫描的准确时间，并与更新的Waters MS仪器一起工作。

1.33.15版本的更改

错误修复

o扫描现在在xcmsSet中被尊重，同样是在并行模式下

1.33.14版的更改

错误修复

o扫描现在在xcmsRaw中得到尊重，因此在xcmsSet(matchedFilter)中也得到尊重，之前它被忽略。

1.33.13版本的更改

错误修复

o write.cdf()已被修复为写入AMDIS可以读取的文件

1.33.12版本的更改

错误修复

o写。如果可用，mzData将极性添加到文件中

1.33.11版本的更改

用户可见更改

o centWave使用了一种新的方法来估计局部噪声，提高了对紧密间隔的峰值的检测

新功能

o占位符

错误修复

o组。mzClust失败时，结果有一个峰值

有关2012年5月之前的详细信息和所有更改，请参阅源包(inst/文件夹)中的CHANGELOG(现已停止)。

自版本1.32以来的行为变化:

自版本1.32以来的其他更改:

• 改进的mzData写入，现在包括MSn光谱和更少的冗长。
• 改进了netCDF写入，但对AMDIS还不够好

yaqcaffy

版本1.17.2的更改:

• 修复关于全局变量“latex”没有可见绑定的说明<2012-09-21星期五>

• “警告:发现了要为函数导入的方法”为。List ' but not the generic本身'来自上游。< 2012-09-22 >坐

版本1.17.1的更改:

• 固定箱图对齐<2012-05-30 Wed>

• deleted vignette Makefile <2012-05-30 Wed>

从发行版中删除的包

发行版中没有删除任何包。