2012年4月2日

Bioconductors:

我们很高兴宣布Bioconductor 2.10,包含554个软件包和超过600的最新注解包。有45个新的软件包,许多更新和改进现有的包;从这个版本5包已被移除。与R 2.15.0 Bioconductor 2.10兼容,支持在Linux上,32位和64位Windows, Mac OS。这个版本包括一个Bioconductor更新Amazon Machine Image。访问//www.andersvercelli.com对细节和下载。

内容

• 开始使用Bioconductor 2.10
• 新的软件包
• 新闻从新的和现有的包
• 包被释放

开始使用Bioconductor 2.10

安装Bioconductor 2.10:

1. 安装R 2.15.0。Bioconductor 2.10设计明确了这个版本的R。

2. 按照说明在//www.andersvercelli.com/install/。

新的软件包

有45个新的Bioconductor包在这个版本。

• AffyRNADegradation:分析和正确探测位置偏差在微阵列数据由于RNA降解

• ASEB:预测赖氨酸乙酰化的网站

• Bioconductor BiocGenerics:通用函数

• birta:贝叶斯推理的转录活动的监管

• BitSeq:转录表达推理和微分表达式

• 大脑:令人困惑的同位素分布计算的递归算法

• 从BrainStars BrainStars:查询基因表达数据和情节(B *)

• CancerMutationAnalysis:癌症突变分析

• categoryCompare:荟萃分析的高通量实验使用功能注释

• 人口增长cellGrowth:合适的细胞模型

• cnvGSA:基因组(罕见)拷贝数变异的分析

• coGPS:癌症异常基因资料集

• 飞镖:基于相关性去噪算法网络拓扑

• deepSNV:测试subclonal SNVs深测序实验。

• easyRNASeq:计数RNA-Seq数据汇总和规范化。

• EBcoexpress: EBcoexpress微分Co-Expression分析

• ffpe:质量评估和控制ffpe微阵列表达

• GeneGroupAnalysis:基因功能类的分析

• 宽GEWIST:基因环境交互搜索阈值

• gprege:高斯过程的排名和基因表达时间序列的估计

• Gviz:策划沿着基因组坐标数据和注释信息

• NHGRI GWAS gwascat:表示和建模数据目录

• HiTC:高吞吐量染色体构象捕获分析

• HybridMTest:混合多个测试

• iASeq: iASeq:集成多个测序检测allele-specific事件的数据集

• iBBiG:迭代二进制Biclustering Genesets

• IdMappingAnalysis: ID映射分析

• inSilicoMerging:合并技术对基因表达数据的集合

• 外套:微生物组合规范化记录分析

• maskBAD:屏蔽探测器与亲和力的差异

• 为新创CNV MinimumDistance:一个包检测case-parent三人小组

• motifRG:一个包有识别力的主题的发现,为高通量测序数据而设计的

• NarrowPeaks:功能主成分分析来缩小转录因子结合位点的候选人

• pcaGoPromoter: pcaGoPromoter是用于分析DNA微阵列数据

• phyloseq:处理和高通量系统发育序列数据的分析。

• 萍:概率推理与MNase-based核小体定位或用短内容数据

• 限定符:水准控制的封闭的流式细胞仪实验

• RchyOptimyx: Optimyzed细胞流式细胞术的层次结构

• ReactomePA: Reactome途径分析

• rhdf5: R HDF5接口

• sigaR:统计整合基因组学分析R

• 铲铲-流式细胞仪分析和可视化工具

• ternarynet:三元网络估计

• VegaMC: VegaMC:一个包实现变分分段光滑模型识别司机染色体不平衡的癌症

• 从不同的微阵列平台virtualArray:构建虚拟数组

新闻从新的和现有的包

包维护人员可以添加新闻文件描述更改他们的包。以下包消息是可用的:

a4Base

版本4:变化

• 抛出错误,以防“集团”变量包含在spectalMap缺失值

更改版本1.2.3:

• 在某些版本的windows规避建设问题

1.2.2版本的变化:

• 更合适的处理在plot1gene点参数

这次1.2.1版本的变化:

• 修复spectralMap传奇

ADaCGH2

2.1.3版本的变化(2010-10-06):

• Rmpi在“提高”,而不是“建议”,允许R CMD Mac和Windows。

2.1.2版本的变化(2010-10-04):

• rsprng不再依赖;L 'Ecuyer作为默认的随机数字生成器。

• 使用R C例程的注册机制。

• 减少大小的例子来加快R CMD检查。

• 袜子是默认集群,Rmpi不加载。

更改版本2.1.1 (2010-09-30):

• 输出从limma和snapCGH CGHregions和输入。功能的变化,帮助,vignnette。

• 还可以使用rlecuyer。

• 与r - 2.11(适应不同的“继承”)。

版本2.1.0的变化(2010-09-23):

• 第一个完全BioC工作版本。版本变化!

affxparser

版本变化1.28.0 (2012-03-30):

• 版本号是撞Bioconductor 2.10发布版。

版本变化1.27.5 (2012-03-19):

• 健壮性:现在本机代码抛出R错误,而不是打印错误消息stdout和stderr,然后返回null,这是翻译的错误在R级。

版本变化1.27.4 (2012-03-05):

• BUG修复:affxparser不会建立在Windows上使用新的Rtools工具链(Rtools 2.15.0.1915-1919)。

版本变化1.27.3 (2011-11-18):

• 健壮性:健康检查断言内部添加读者确实读一些,而不是返回NULL。这应该不太可能发生,但是仍有一个小的风险后断言一个文件存在,但是在内部融合SDK解析器访问文件,该文件被移除。

版本变化1.27.1 (2011-11-01):

• 在v1.26.1更新一样。

版本变化1.27.0 (2011-10-31):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

版本变化1.26.4 (2012-03-06):

• BUG修复:affxparser不会建立在Windows上使用新的Rtools工具链(Rtools 2.15.0.1915-1919),这是为R(> 2.14.1),也即R v2.14.2(但不是v2.14.1)。这是相同的错误修正,首次在v1.27.4完成。

版本变化1.26.2 (2011-11-16):

• 版本号由Bioconductor撞触发一个构建。

版本变化1.26.1 (2011-11-01):

• 解决办法:固定在readBin警告”(con, =“整数”,大小= 4,n = 1,签署了= FALSE,“签署= FALSE”只适用于整数尺寸1和2”,一些阅读方法将生成。

aroma.light

版本变化1.24.0 (2012-03-30):

• 版本号是Bioconductor撞发布版本。

版本变化1.23.0 (2011-10-31):

• 版本号是撞Bioconductor猛击版本。

ArrayExpressHTS

1.5.2版本的变化:

更新

• 固定跟踪名称、清理

• 代码下载SDRFs重命名seq.srdf更新。txt, .sdrf.txt

• 统一的函数提供的缺省选项

• 暴露在这个过程中使用的选项

• 改变错误的警告,过程仍然可以完成

• 固定不当工具检测外部R云,添加检测使用元素的路径。

• 简化设置的工具选项,删除后需要调用initEnvironmentVariables选项设置,自动

• 帮助页面更新

• 由相关的所有选项页面转化为“包选项”页面和“处理选项”页面。暴露所有选项。

• 删除了initEnvironmentVariables

• 删除过时的引用

1.5.1版本的变化:

更新

• 改善ArrayExpressHTS中的错误处理

• stop.on补充道。警告,允许检测可能的失败。然而如果使用它将狭窄的实验能够成功处理。

• 添加日志。在必要时错误而不是log.info

• 重组管道的选择,让他们看到用户在命令语法。

• 重组R云参数到一个组可见/可用选项

• 使管道自动检测“有机体”SDRF和过滤器使用选定的值。

• 重做阅读SDRF覆盖大部分的“灵活的格式”案件

• R的提高创造云计算集群,扩大使用重试。

• 添加适当的功能与环境变量

• 更新包帮助页面

• 更新注释处理后运用更新。

• 帮助页面更新,描述和引用

• 更新包装饰图案的文档

• 略重组文档的结构

• 重写部分

• 添加了一些新的部分

• 在需要的地方添加示例

• 有问题的搜索和下载.seq.sdrf实现。txt文件

• 固定问题处理“NA”或“失踪”的名义从ENA长度值

• 参考了一些准备任务可以并行运行,相互不影响。

• 固定的“数”方法正确读取字段bam文件

biovizBase

1.1.16版本的变化:

新功能

• addSteping添加额外的arugments组。自私的控制方法

• 添加estimateCoverage快速估计方法覆盖

用户级的重大变化

• addStepings重命名为addStepping

相机

2012-03-19版本的变化:

• 版本1.11.10

• 在groupCorr错误修复,函数将抛出一个错误论点xraw(如果不为空

• 版本1.11.9

• 在findAdducts错误修复,加合物注释过滤是严格的,如果ips分数高于1.5分

2012-02-29版本的变化:

• 版本1.11.8

• 在findAdducts并行模式错误修复,错误的存储在annoGrp psgrp指数

2012-02-17版本的变化:

• 版本1.11.7

• 在findAdducts错误修复,规则集不是保存在一个xsAnnotate对象与用户定义的规则

• 改变了一般groupCorr行为。如果没有以上相关边缘阈值,所有山峰pspecs大小1中分离

2012-02-15版本的变化:

• 版本1.11.6

• 修复错误groupCorr:如果样品被设置为1或NA以外的东西,它导致崩溃

2012-02-10版本的变化:

• 1.11.5版本

• 错误修复在groupCorr参数cor_eic_th并不影响相关样品

• 添加新的参数groupCorr cor_exp_th

2011-29-11版本的变化:

• 1.11.3版本

• combinexsAnnos添加新的功能。它允许检查和reannotation coressponding样本的样本相反的离子模式

2011-28-04版本的变化:

• getpspectra修复bug,同位素峰不正确的标签

2011-24-11版本的变化:

• 版本1.11.2

• annotateDiffreport错误修复:自1.7.7 peaklist从相机和diffreport函数的不匹配导致错误的命令peaktable

2011-24-05版本的变化:

• findIsotopes修复错误,可能导致崩溃,如果maxiso高于3

2011-23-09版本的变化:

• 版本1.9.7

• 在calcIsotopes错误修复,导致groupCorr与calcIso崩溃(rbind误差(resMat…)

• 错误修复与给定xcmsRaw groupCorr

2011-22-08版本的变化:

• 版本1.9.6

• 错误修复plotEICs (pks误差[1]:不正确的尺寸)

2011-20-25版本的变化:

• 版本1.9.9

• 添加了一些“滴= FALSE”修复”错误isomatrix[1]:不正确的数量的维度”的错误

2011-20-10版本的变化:

• 版本1.9.8

• 表extended_adducts_pos正确的规则。csv(质子的质量错误)

2011-12-12版本的变化:

• 版本1.11.4

• 失踪的Rd combinexsAnnos添加页面

2011-12-05版本的变化:

• plotPsSpectrum现在接受额外的参数

2011-10-11版本的变化:

• 1.11.1版本

• 增加的可能性与getIsotopeCluster从不同样本中提取多个同位素强度

2011-04-04版本的变化:

• 在findAdducts修复bug,如果pseudospectrum质量只有NA值列表

2011-02-08版本的变化:

• 版本1.9.5

• 错误修复findIsotopes如果ppm很高可能出现一个峰值是指定为两个或两个以上的同位素峰

• 版本1.9.4

• 添加参数极性xsAnnotate构造函数

• getPeaklist现在getpspectra返回正确的注释负带电离子[M]

• 添加雪作为并行处理的更多的可能

• 添加函数cleanParallel清理了奴隶的过程

2010-29-09版本的变化:

• 添加函数findNeutralLoss和findNeutralLossSpecs

2010-23-11版本的变化:

• 在findAdducts修复bug。函数失败,如果在并行模式下运行。

2010-20-09版本的变化:

• 添加函数getIsotopeCluster同位素集群的检索

2010-11-10版本的变化:

• 重写装饰图案

2010-11-06版本的变化:

• 加快在findAdducts

• 修复单元测试

2010-08-11版本的变化:

• 添加groupFWHM intval中参数和findIsotopes

• 改变getPeaklist S4的方法。

• 添加getPeaklist参数intval中,可以选择强度值

• 附加为findIsotopes错误修复。可能会出现1.7.1上,所有同位素将被删除。

2010-05-03版本的变化:

• findIsotopes修复bug,坠毁在昏暗的错误

2010-04-20版本的变化:

• 修复bug在注释功能

2010-04-19版本的变化:

• 最后改变未来BioC释放

• 重写的装饰图案

2010-03-17版本的变化:

• 休相机使用多个样本的变化

• 添加检查约束groupCorr同位素和主要的加合物

2010-01-11版本的变化:

• 在findIsotopes修复bug。如果第一个同位素峰发生,可以从两个不同的单一同位素的山峰被分配。

• 略有减少的数量发现同位素

2009-11-24版本的变化:

• 添加实验与MPI并行模式

2009-11-20版本的变化:

• 在设定ruletable修复缺陷

2009-08-26版本的变化:

• 添加nSlaves参数findAdducts(与MPI并行注释)

2009-08-24版本的变化:

• 小的修正getPeaklist

• 添加中性规则集的损失

2009-08-12版本的变化:

• 固定plotEICs 1峰组

2009-08-04版本的变化:

• 添加ips annoGrp得分

2009-06-03版本的变化:

• 加合物的标签添加到plotPeaks ()

• 加合物的标签添加到plotEICs ()

2009-05-22版本的变化:

• 添加第一个可视化函数plotEICs()和plotPeaks ()

2009-05-06版本的变化:

• 撞猛击2.5

2009-03-30版本的变化:

• 添加combine_xsanno

• 小的重构

• 得分的变化模式

2009-03-18版本的变化:

• groupCorr每一个峰值后现在是一个组的成员

• 错误修复:删除xM-xH克隆

• 删除依赖Hmisc

2009-03-10版本的变化:

• 加速的findAdducts

2009-02-24版本的变化:

• 重构findAdducts

• 添加方法对pos /否定极性比较

2009-02-20版本的变化:

• 取代na。省略与naOmit

2009-02-18版本的变化:

• 添加中性损失转化为规则集

• 其他的修正

2009-01-19版本的变化:

• 改变同位素提名

• 添加列表片段,离子和中性的损失

2008-10-15版本的变化:

• 很多的修正,加快相关的

2008-10-13版本的变化:

• 0.1.1首次构建版本

2007-10-12版本的变化:

• 初发布和收集的东西

categoryCompare

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 第一次审查Bioconductor

的变化版本0.7.8:

用户可见的明显变化

• 更新了装饰图案。长长的队伍,添加链接数据,修正一些错误

的变化版本0.7.4:

用户可见的明显变化

• 改变类别ccCompare categoryName GENccEnrichResults-class

的变化版本0.7.3:

用户可见的明显变化

• 第一次提交

cellGrowth

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 没有dontrun例子

• 使用执行()而不是installed.packages()例子

• 重命名extdata example_files目录

的变化版本0.4.0:

用户可见的明显变化

• 第一次提交

clusterProfiler

更改版本1.4.0:

• 提高版本为2.10版本1.4.0

• 在描述中添加网址

的变化版本1.3.15:

• 添加支持organsims除了人类,老鼠,和酵母。< 2012-03-22,清华>

• 添加GFFparser。R提供函数Gff2GeneTable解析人造石铺地面文件和构建基因信息表。< 2012-03-22,清华>

• 为建筑去映射文件添加函数buildGOmap unsurported生物,现在可以分析。< 2012-03-22,清华>

• 添加小插图解释如何去分析运行不受支持的有机体。< 2012-03-12,清华>

的变化版本1.3.14:

• 重新实现由进口enrich.internal enrichGO剂量实现S3映射id的方法去分析。< 2012-03-18,太阳>

• 重新实现由进口enrich.internal enrichKEGG剂量KEGG分析实现S3方法id映射。< 2012-03-19,我的>

• 重新实现groupGOResult类由enrichResult扩展和修改groupGO使用S3方法为enrichGO而设计的。< 2012-03-19,我的>

• 缺陷为进口setReadable < -而不是setReadable固定。< 2012-03-20,星期二>

• TERM2NAME.GO的bug修复。< 2012-03-21,结婚>

1.3.13版本的变化:

• 进口从stats4概要,BiocGenerics(版本0.1.10)< 2012-03-03,坐>删除他们

的变化版本1.3.12:

• 固定助理.bib数据库文件。月=,= someMonth必须月,或者完全删除,让它空白将导致texi2dvi失败了。< 2012-03-01,清华>

1.3.11版本的变化:

• 更新装饰图案。< 2012-02-28,星期二>

1.3.10版本的变化:

• 固定的情节泛型警告有关文件。< 2012-02-27,我的>

• 从BiocGenerics代替stats4进口总结通用。< 2012-02-27,我的>

更改版本就开始:

• 固定在bioc回购建立误差< 2012-02-26太阳>

的变化版本1.3.8:

• 在装饰图案中添加可视化部分< 2012-02-16 >星期四

1.3.7版本的变化:

• @exportMethod情节< 2012-02-15 >结婚

• 从情节修复错误时调用总结方法,总结基地S3中定义的方法,而不是从stats4进口总结通用的< 2012-02-15 >结婚

1.3.6版的变化:

• 删除一般显示的定义,总结和情节,添加名称空间导入显示从图形方法和阴谋。摘要不需要进口,是基础包中定义的。< 2012-02-13 >星期一

• 重写插曲< 2012-02-13我>

1.3.5版本的变化:

• 与新版本的更新图码陪ggplot2(> = 0.9.0) < 2012-02-07 >星期二

1.3.4版本的变化:

• 使用应用代替mdp改善速度< 2012-02-03 >星期五

• 添加引用clusterProfiler < 2012-02-03 >星期五

v1.3.3变化:

• 添加showCategory参数图函数< 2011-01-11 >结婚

1.3.2版本的变化:

• 添加qvalueCutoff参数。< 2011-01-05 >星期四

1.3.1版本的变化:

• 添加情节。categoryNet enrichGOResult。< 2011-11-10 >星期四

CNAnorm

的变化版本1.1.8:

用户可见的明显变化

• 固定plotGenome, fixVaxes = TRUE水平线时即使没有分在一个特定区域。

1.1.7版的变化:

用户可见的明显变化

• 删除参数“调整”和“n”从plotPeaks需要检索peakPloidy中使用的相同的值

• 添加选项fixVAxes plotGenome解决垂直轴maxRatio minRatio

• 固定plotGenome所以,重叠的线=“DNACopy”实际上是一条线,而不是一系列的点

• 如果只绘制一个染色体,而不是绘制对应的名字,它情节染色体的位置。

1.1.6版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加方法“亲密”函数peakPloidy“标准”正常化

• 固定模式的方法

• 内部收拾干净

1.1.5版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加方法“中值”和“模式”为“标准”功能peakPloidy正常化

更改版本1.1.4:

用户可见的明显变化

• 固定一个错误在exportTable SegMean提供一个毫无意义的价值

更改版本1.1.3:

用户可见的明显变化

• 改变了提供数据(LS041和CN)来匹配bam2windows什么。pl 0.3.4版本

1.1.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加一个选项来情节更加丰富多彩的基因组的情节

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

• 纠正一个错误在exportTable坠毁如果平滑比不是可用的。

codelink

的变化版本1.23.2:

• 如何改善codPlotScatter()管理标签。重命名通用散点图函数plotma () plotxy(),它更好地反映当前状态。

的变化版本1.23.1:

• CodelinkSet对象实现失踪codPlotScatter()函数(通过codPlot(…, =“散射”))。实现重用plotma()函数使用codPlotMA ()。默认第一个数组是策划针对中值。感谢威廉·米歇尔这个CodelinkSet框架和测试报告。

• 小的改进在CodelinkSet-vignette线性模型部分。现在的代码是评估。

cqn

1.1版本的变化:

• 在1.0.1补丁一样

• 重新保存的数据文件,所以他们占用较少的空间。

• 添加磨边机说明:由于小插图使用它。

版本1.0.1的变化:

• α的功能已经从ggplot2转移到新的包。装饰图案,并建议:字段相应改变。

• sizeFactors = NULL cqn和cq.fixedlength现在应该工作。感谢玛丽亚Chikina报告

腰带

1.1.5版本的变化:

错误修复

• 固定小bug数据库设置,导致不稳定与cuffdiff -no-diff论点。oFixed bug在csDendro CuffData对象的方法。

更改版本1.1.4:

新功能

• 添加MAplot CuffData对象()方法。

错误修复

• 突然迁移到reshape2完成。结果修正了错误的“演员”还需要几个函数,不能被发现。现在适当使用“dcast”或“acast”。

• 固定小虫CuffFeature:: fpkmMatrix

更改版本1.1.3:

新功能

• getSig()已经分成两个函数:getSig现在()返回一个矢量id(不再一列向量),和getSigTable()返回一个“testTable”

• 二进制值指示是否一个基因是重要的在一个特定的比较。

• 添加getSig能力()来限制检索重要基因两个提供条件(参数x和y)。(减少函数调用的时间如果你有一个特定的比较记住先验)

• 当你指定x和y getSig (), q值重新计算从那些选择测试减少多个测试校正的影响。

• 如果你不specificy x和y getSig()将返回一个向量的tracking_ids比较合适(MTC)。

• 现在,您可以指定一个“α”getSig()和getSigTable()[0.05默认匹配cuffdiff违约)的调用滤波器产生的意义。

• 添加csSpecificity()方法:该方法返回一个feature-X-condition矩阵(相同形状fpkmMatrix),它提供了一个“condition-specificity”分数定义为1 - (JSdist (p, q)) p是在哪里的密度表达式(概率向量的日志(FPKM + 1)给定基因的所有条件,和q条件(即是单位向量。完美的表达在那个特定的条件)

• 特异性= 1.0如果特性表示只在状态

• 创建csDendro()方法:这种方法返回一个对象的类的系统树图(使用网格和情节)JS CuffData条件所有基因之间的距离,CuffGeneSet或CuffFeatureSet对象。

• 用于识别的特征子集的条件之间的关系

• 新视觉线索在几个图表类型表明量化状态(“quant_stat”字段):一个特定基因的状况。这些信息是有用的指示是否信任值对于一个给定的基因表达在特定的条件下,和可以提供洞察离群值表达式的值。这个特性可以通过设置禁用showStatus = F。

• csDensity()现在可供CuffFeatureSet和CuffGeneSet对象

错误修复

• 固定错误getGenes可能导致长时间的查询检索子diffData滞后。因此所有调用getGenes应该更快。

• CuffData fpkm论证“特性”现在返回适当data.frame(包括以前un-reported数据字段)。

• 取代“ln_fold_change”的所有实例与实际“log2_fold_change”。值以前log2褶皱改变,但是数据库标题没有更新,以反映这一点。

• 固定错误可能导致readCufflinks()与错误当使用reshape2:死:融化,而不是重塑:融化。

笔记

• 底层数据库的结构改变了在这个版本。因此,你必须重建cuffData。db文件使用新版本。readCufflinks(重建= T)

• 更新后的装饰图案

• 逻辑参数添加fpkmMatrix fullname。如果这是真的,rownames fpkmMatrix将gene_short_name和tracking_id串联起来。这样做的好处就是使行标签在csHeatmap更容易阅读,以及保持其独特性。

• 轻微的速度改进JSdist(明显当使用csCluster大特性集)。

• getSig testTable的参数()已经下降代替新getSigTable()方法。

变化的1.1.1版:

错误修复

• 固定问题,没有优雅的错误处理的失踪的cd或TSS cuffdiff输出数据。

• 固定问题,分布测试数据(启动子、拼接、relCDS)没有适当地添加到对象的创建。oFixed错误,有时会导致csBoxplot()抛出一个错误当log-transforming fpkm数据。还添加了pseudocount论点。

• 固定的错误,会导致diffData()返回一个默认过滤结果的子集。

• 调整索引表来提高性能的大型数据集。

• 固定错误导致diffData方法不注册CuffFeature和CuffGene对象。

• 固定的错误,有时导致csBarplots over-plotting轴标签。

新功能

• 添加getSig CuffSet类方法快速检索所有成对测试的重要特性(IDs)的列表。

• 默认情况下,级别是“基因”,但任何功能可以查询。

• csCluster现在使用默认Jensen-Shannon距离(相对于欧氏)

• 还说“xlimits参数csVolcano约束图尺寸。

• 强制要求在csVolcano x和y参数(如样品名称)。

笔记

• 依赖“重塑”改为“reshape2”

• 改变默认的方向expressionBarplot CuffFeatureSet对象的()。

• 改变csCluster列表格式的输出,包括集群信息。因此,我创建了功能csClusterPlot取代以前的默认图csCluster的行为。这允许稳定的聚类分析。

• 为了一致性,CuffDist对象的“testId”槽改名为“idField”。这让CuffDist类符合CuffData类。

• CuffGene CuffGeneSet现在包括启动子槽,拼接,relCDS分布测试结果。

deepSNV

更改版本1.1.4:

错误修复

• 固定的错误总结没有明显SNVs时()。

• 一些补丁如果只有单个列的对齐被选中

版本1.0.0的变化:

用户可见的明显变化

• 添加引用文件

• 成为新闻R-readable(这个文件)

• 改变了装饰图案

的变化版本0.99.2:

用户可见的明显变化

• 改变了阴谋S3方法(为了避免R-devel警告)

的变化版本0.99.1:

用户可见的明显变化

• 添加小本示例文件测试。bam,控制。bam与100个职位。

• bam2R修改手册页()

• 修改手册页获得坐标()

• 纠正的例子consensusSequence ()

• 压缩.RData文件工具::resaveRdaFiles

• 附加数据改变了装饰图案,而不是远程加载。

• 论证的“区域”deepSNV农庄组织对象。

的变化版本0.99.0:

用户可见的明显变化

• 添加BiocViews字段

• 添加HIVmix数据

• 增加了新的例子

• 注册bam2R R_registerRoutines

• 新访问器功能“测试”,“控制”、“p。val”,和“坐标”

• 更新后的装饰图案

的变化版本0.9.5:

用户可见的明显变化

• “摘要”现在从区域位置报告附加列。

错误修复

• 在构造子集和总结滴= FALSE。

的变化版本0.9.4:

用户可见的明显变化

• 直接链接到静态samtools Rsamtools提供的图书馆

• 通过http负载示例本文件

的变化版本0.9.3:

用户可见的明显变化

• 添加beta-binomial模型

• 扩展的文档

• 使用总结,而不是significantSNV

的变化版本0.9.2:

错误修复

• 一些小错误修正

的变化版本0.9.1:

错误修复

• 一些小错误修正

的变化版本0.9.0:

用户可见的明显变化

• 预发布

DESeq

版本变化1.7.10 (2011-03-26):

• 添加pooled-CR方法。

• 固定的错误消息复制不足。

版本变化1.7.9 (2011-03-16):

• 固定的错误描述。

• 沉默的警告nbinomFitGLM收敛;这个信息给出结果。

版本变化1.7.8 (2011-03-15):

• 威仕特现在大致相当于log2地方分散,。

版本变化1.7.7 (2011-03-15):

• 再次改变了方差稳定转换;希望这次是正确的。公式的推导是vst.pdf现在记录在新的文件。

的变化版本1.7.6:

• 固定在getVarianceStabilizedData回归bug:参数分散适合的公式错了因为我“固定”的因素log2渐近行为。

1.7.1上版本的变化:

• 各种whuber装饰图案的变化

DEXSeq

2011-10-03版本的变化:

• 改变文档和装饰图案。添加新功能和更多的支持exonids基因名称和奇怪。

2011-07-12版本的变化:

• 并行化可能添加到代码中,以其描述的装饰图案和单外显子基因正常忽略。

2011-07-01版本的变化:

• 函数还说‘estimateSizeFactors’和‘estimatedispersions S4方法,没有更多的问题当加载DESeq和DEXSeq R在同一个会话

DiffBind

版本变化1.2.0 (2012-03-30):

• 农庄是peaksets默认类和报告而不是RangedData,由数据类型参数控制。

• 分析方法(磨边机和DESeq)使用广义线性模型(glm)默认双官能团形成鲜明对比。

• 双因素分析阻碍因素()可以灵活地指定,这样可以使用任意的阻碍因素。部分添加到装饰图案显示出使用一份针对阻碍因素。

• 添加新的元数据类型,DBA_TREATMENT。

• 新的DBA_SCORE_选项用于指定计分法,包括TMM规范化,和能力改变dba的动态评分法。plotHeatmap和dba。plotPCA当策划全球约束力的矩阵。

• dba bRemoveDuplicates参数。计数允许重复读取计算计数时被丢弃

• 更有效地使用内存分析(dba.analyze bReduceObjects控制参数)。

• 各种错误固定、手册页更新和警告消息。

剂量

1.1.12版本的变化:

• 实现barplot enrichResult < 2012-03-18,太阳>

• 臭虫固定setReadable方法< 2012-03-19,我的>

• 添加logFC参数对cnet情节,支持节点的颜色基因表达值(< 2012-03-21,结婚>日志褶皱变化)

• 添加映射entrezgene ID为人类以外的生物和基因名称,鼠标和酵母。< 2012-03-22,清华>

• 错误尝试名字logFC固定,当它是空的。< 2012-03-22,清华>

• 优化的可读的方法。< 2012-03-26,我的>

1.1.11版本的变化:

• setReadable方法映射基因ID基因符号enrichResult实例。< 2012-03-12,我的>

• 出口显示方法。< 2012-03-12,我的>

的变化版本1.1.10:

• 进口从stats4概要,BiocGenerics(版本0.1.10)< 2012-03-03,坐>删除他们

• 添加DO2ALLEG和EG2ALLDO映射undirecte注释。< 2012-03-03,坐>

• 更新装饰图案< 2012-03-06,星期二>

1.1.9版本的变化:

• 固定助理.bib数据库文件。月=,= someMonth必须月,或者完全删除,让它空白将导致texi2dvi失败了。< 2012-03-01,清华>

• 更新IC和DO-EG映射数据。< 2012-03-01,清华>

的变化版本1.1.8:

• 更新装饰图案,添加语义相似度算法的细节。< 2012-02-28,星期二>

1.1.7版的变化:

• 固定的情节泛型警告有关文件。< 2012-02-27,我的>

• 从BiocGenerics代替stats4进口总结通用。< 2012-02-27,我的>

1.1.6版本的变化:

• 定义S3通用ALLEXTID, EXTID2NAME EXTID2TERMID, TERM2NAME, TERMID2EXTID。< 2012-02-26,太阳>

• 更新roxygen和再生人文件。< 2012-02-26,太阳>

• 从BiocGenerics进口S4泛型的情节。< 2012-02-26,太阳>

1.1.5版本的变化:

• 添加S4情节的方法,它接受的参数类型=“cnet”,和调用cnetplot。enrichResult方法。< 2012-02-23,清华>

• 添加cnetplot S3方法。enrichResult阴谋enrichResult对象。< 2012-02-23,清华>

• 定义cnetplot函数category-gene网络可视化。< 2012-02-23,清华>

• 删除通用的定义和总结,从方法和总结进口显示从stats4 < 2012-02-23,清华>

• 重新定义函数作为S3映射方法ID基因和术语。这将使enrich.internal调用这些映射函数更健壮的< 2012-02-23,清华>

更改版本1.1.4:

• 添加浓缩在装饰图案分析会议。< 2012-02-22,结婚>

• 优化enrichDO,十次更快。< 2012-02-22,结婚>

• 单独的代码enrichDO enrich.internal,让它更普遍,可以应用到其他的本体。< 2012-02-22,结婚>

• 重命名enrichDOResult类enrichResult并添加槽geneInCategory。< 2012-02-22,结婚>

• 出口infoContentMethod和wangMethod。< 2012-02-22,结婚>

更改版本1.1.3:

• 更新infoContentMethod一致的剂量和GOSemSim之间。< 2011-12-31,坐>

1.1.2版本的变化:

• 改变使用roxygen生成Rd文档

变化的1.1.1版:

• 添加函数rebuildAnnoData

• 更新疾病基因映射数据

easyRNASeq

的变化版本1.1.10:

新功能

• 添加了一个naPositionFilter扩展ShortRead srFilters

错误修复

• 在韦德戴维斯与3组不同的染色体的名字在三种不同的输入(阅读、注释、染色体大小)

• 工作顺利不使用bam文件时错误处理。再通过韦德戴维斯的例子

• 确保染色体的名字转换发生是否提供一个因素或特征向量

• 扩展名称空间

1.1.9版本的变化:

错误修复

• 添加了一个{RNAseq} \别名来缓解类文档访问;一个H。页的建议

• 修改了描述文件,确保最新的ShortRead(1.13.13)和BiocGenerics(0.1.11)包是必需的

的变化版本1.1.8:

错误修复

• 纠正过去发生的弃用matchMatrix电话

• 纠正一个问题在windows上提出的并行方案。感谢韦德戴维斯指出这点。

1.1.7版的变化:

错误修复

• 固定的名称空间和装饰图案的一代

1.1.6版本的变化:

错误修复

• 由于Francesco Lescai,一个错误是固定的。即我不期待染色体名字的bam文件和染色体名称列表和一个共同的两组不同相交。我总是认为一个是另一个的子集。现在,当这种情况发生时只有共同保存和用于计算。

• Herve页面改变了findOverlaps价值。现在热门类的一个对象,不支持matchMatrix访问器了。是适应新的访问器queryHits的代码。

• 纠正包结构添加一个片段子目录。将相关文件

1.1.5版本的变化:

错误修复

• 删除DESeq fitInfo方法扩展包,因为它被实现在这个包中

• 改写plotDispersionEstimates和.normalizationDispatcher函数来处理新的fitInfo函数(信息存储在一个环境,而不是在一个列表)

更改版本1.1.4:

• 包中引入Bioconductor

EDASeq

的变化版本1.2.0:

• 固定一个错误方法plotQuality和plotNtFrequency现在允许链信息缺失的SAM / BAM文件。

• 固定一个bug biasPlot方法。它不需要了的一个列pData称为“条件”。

• biasPlot SeqExpressionSet已经论证“上校”的方法来指定列pData使用颜色编码。

刨边机

的变化版本2.6.0:

• 磨边机现在取决于limma。

• 大量的工作在用户指南。添加新案例研究对病原体接种拟南芥说明两组与批处理效果进行比较。所有其他的案例研究已经更新和精简。新部分解释了为什么调整为GC含量和mappability没有必要在一个微分表达式上下文。

• 新的和更直观的列标题topTags()输出。“logFC”现在是第一列。log浓度现在取而代之的是log-counts-per-million (“logCPM”)。“PValue”取代“P.Value”。这些列标题现在插入表中结果的准确()和glmLRT()而不是修改TopTags生成的TopTags对象的显示方法()。这意味着列名是正确的,即使用户访问安装模型对象引导而不是使用显示方法。

• 现在plotSmear()和plotMeanVar()使用logCPM代替logConc。

• glmQLFTest()的新函数提供quasi-likelihood假设检验使用野生,代替使用chisquare分布似然比检测。

• 新功能normalizeChIPtoInput()和calcNormOffsetsforChIP()正常化ChIP-Seq数量相对于输入控件。

• 新功能正式logFC的收缩。准确()现在包含正式logFC收缩,控制参数“prior.count.total”。predFC()提供了类似的收缩能力的漠视。

• estimateCommonDisp()和estimateGLMCommonDisp()现在设置分散NA当没有复制,而不是设置色散为零。这意味着用户将需要设置一个色散值显式地使用功能进一步分析管道。

• 新estimateTrendedDisp()函数类似于estimateGLMTrendedDisp()但是对于经典的磨边机。

• 中实现的算法estimateTagwiseDisp()现在使用较少的网格点但篡改,类似于estimateGLMTagwiseDisp ()。

• 趋势拟合的力量dispCoxReidPowerTrend()现在包括一个积极的渐近线。这极大地提高了安装在真实数据集。这现在变成默认方法estimateGLMTrendedDisp()当基因的数量小于200。

• 新用户友好plotBCV()函数显示估计的分散体。

• 新观点的目标。大小thinCounts ()。

• 新的效用函数getDispersion()和zscoreNBinom ()。

• dimnames DGEExact()方法,DGELRT和TopTags类。

• pooledVar()函数删除不再需要。

• 小修复各种功能,确保在特殊情况下正确的结果。

ExiMiR

1.3.1版本的变化:

• 新闻:添加新闻文件跟踪变化。

• 本月/ doc / ExiMiR-vignette。Rnw:修复装饰图案生成问题

exomeCopy

版本变化1.2.0 (2012-02-26):

• 支持multisample项目:在工作站分配样本分割,编译结果和情节基因拷贝数异变在样品(见小插图的例子)

• 日志优势比CNV段使用的拟合分布预测和正常状态

• strand-aware读开始,重复读删除计数在基因组范围从BAM文件读取

• 函数用于生成背景阅读深度和计算GC含量

flowCore

的变化版本1.21.5:

用户可见的明显变化

• 添加.readFCSdataRaw包含bit-packed整数数据的日常阅读FCS (odd-bitwidth喜欢9,11个而不是8,16日,32岁,64)

• 目前在R位操作操作完成后,它可以移动到C如果速度问题在未来会成为一个问题。

1.21.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• 添加文本段解析器在FCS3 readFCStext函数内现有关键字值分隔符字符。注意这个解析器要求所有关键字和值非空,这符合FCS3标准

GeneGroupAnalysis

1.1版本的变化:

• 考虑线性模型上有更大的灵活性,可以安装吉布的取样器。

GeneticsPed

2007-09-12版本的变化:

• 添加修剪修剪函数/削减谱系。它没有血统,但假设data.frame定义的结构。适应需要。

• 我们依赖遗传包自gpLong2Wide和hwp假设基因型类的输入。

• 添加了两个实用函数(gpLong2Wide和hwp)工作与谷歌价格指数()。还有一个单独的帮助页面。

• 内部修复gpi -不再需要为Fortran语言调用转置输入——检查没有在gp和hwp NA值

2007-04-25版本的变化:

• 版本撞遵循BioC版本。# 0.1.4

2007-04-19版本的变化:

• 添加内部. get *函数检索位置值和使用它。

2007-04-18版本的变化:

• CMD检查现在应该失败当R错误(通常叫停止())发生在单元测试。

• 添加单元测试,例子帮助页面和澄清帮助页面。

2007-04-06版本的变化:

• 新Falconer5.1小数据集。

• 添加(),性< - (),ascendantSex()和ascendantSex < -()函数。

• 添加了一些更多的测试relationshipAdditive, inverseAdditive和近亲繁殖。# 0.1.2

2007-04-01版本的变化:

• 现在我们更严格的ascendantSex参数值的血统()。它必须协议性列中的值,如果那是当然了。

• 添加到质量取决于由于使用documnetation分数()在许多地方。

• 添加装饰图案定量基因(动物)模型和model.matrix.Pedigree()函数用于教育目的。

• 创建数据目录和添加血统Mrode2.1和Mrode3.1示例。

• 为遗传关系矩阵添加单元测试应该测试所有相关的功能,主要是针对Mrode的书——runit.genRelMatrix.R例子。

• 参数类型和名称添加到inverseAdditive (), relationshipAdditive()和近亲繁殖()。

• 改写为relationshipAdditive核心()成矢量化的形式。

• 添加geneFlowT (), geneFlowTinv (), geneFlowM()和mendelianSamplingD()函数。

更改版本2007 - 04:

• 实现按血统信息排序。# 0.1.3

2007-03-02版本的变化:

• 注册的本地例程- src / register.cc。

• 添加谷歌价格指数()函数。# 0.1.1

• 暂时删除未知函数,由于计划搬到BioC S4和改变。

• 完全取决于现在gdata - >删除ggmisc。

2006-03-29版本的变化:

• codeUnit获得主题和祖先的内部代码如果使用因素。

• nlevels处理未使用的水平。血统和总结。血统现在产生一个简单的总结

• 开始实施检查。血统和朋友

• 适当的因素处理

2006-03-16版本的变化:

• 和NA /未知的代表——很可能我搞砸了一些因素- >主题的变化。# 0.1版本

• 初始版本#新闻到此结束

GenomicFeatures

1.8版本的变化:

新功能

• asb和asGFF TranscriptDb转换为农庄的方法描述记录结构根据床或人造石铺地面格式。这使得TranscriptDb对象传递给rtracklayer:直接出口,当针对人造石铺地面/床。

GenomicRanges

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加GappedAlignmentPairs类(先用访问器(),(),(),(),seqnames()、链(),isProperPair()),和readGappedAlignmentPairs()来处理paired-end读取。大多数GappedAlignments功能(如强迫GRangesList,“findOverlaps”和相关方法,“覆盖”,等等…)GappedAlignmentPairs对象。

• 添加encodeOverlaps、GRangesList GRangesList、失踪和相关公用事业flipQuery (), selectEncodingWithCompatibleStrand (), isCompatibleWithSplicing (), isCompatibleWithSkippedExons()和extractSkippedExonRanks ()。

• 添加“order.as.in。查询的参数grglist()和rglist ()。

• SummarizedExperiment收益直接访问colData列美元,美元< -[[和[[< -方法

• 添加地图、GenomicRanges GRangesList和地图,GenomicRanges GappedAlignments方法。这些允许从基因组空间映射到空间,记录和基因组阅读空间。

• 添加seqinfo方法(和朋友)RangedData, RangesList和其他IRanges数据结构。这些使用元数据(x) seqinfo美元。

• 添加disjointBins GenomicRanges。

• 添加分数,GRangesList和分数,GenomicRanges RangedData(获得分数列像)。

• 添加RangedDataList - > GenomicRangesList胁迫。

• 添加RleViewsList - >农庄组织强迫。

• 添加pintersect、GRangesList GRangesList

• 添加堆栈,GenomicRangesList

• 忽视。链的论点现在更多关于集合操作的一致支持。

• 添加操作,GenomicRanges(从rtracklayer)。

• 添加链,Rle(只支持logical-Rle)。

• 添加比较,GenomicRanges

• 添加“drop.empty。默认范围的参数(假)低级雪茄公用事业cigarToIRanges (), cigarToIRangesListByAlignment(),和cigarToIRangesListByRName ()。

• 添加的减少。范围的arg cigarToIRangesListByAlignment ()。

用户级的重大变化

• grglist GappedAlignments携带了元素的元数据。

• 名字时不再被迫是唯一的unlisting GRangesList use.names = TRUE。

• seqnames()现在是优于rname GappedAlignments对象()。

• 现在cigarToIRangesListByAlignment()返回一个CompressedIRangesList代替CompressedNormalIRangesList。

• 现在低级雪茄公用事业忽略雪茄操作P(而不是相信一个错误)。

• “体重”的参数在GenomicRanges对象的“覆盖”的方法也可以单个字符串命名列在elementMetadata (x)。

• 范围外的序列范围内潜在的序列现在接受(警告)在GenomicRanges / GRangesList GappedAlignments对象。

• 当调用了忽视。链= TRUE”、“范围”和“分离”方法GenomicRanges对象现在像如果他们的链设置输入“*”之前做任何计算。

• 当调用了忽视。链= TRUE”,减少“GenomicRanges对象的方法,和“联盟”,“相交”和“setdiff”方法农庄对象现在设置的参数“*”之前,任何计算。

• 结合农庄对象时不再矫直的名字(“c”方法农庄对象试图返回唯一的名称)。

• 删除isCircularWithKnownLength()通用和方法(没有人知道、使用或需要这个)。

错误修复

• 侧面,GRangesList不再部队“use.names”真“两”假。

• 范围,GenomicRanges对象没有范围时被打破了

• 解决整数溢出问题,可能发生在cigarQNarrow()或cigarQNarrow雪茄向量很长时()。

genoset

的变化版本1.4.19:

用户可见的明显变化

• 小API的变化很少使用(我)方法,orderedChrs,不见了。它只是chrOrder (chrNames (x))。“名字”GenoSet depricated。chrNames给通用办法染色体名称(如姓名,seqlevels) GenoSet RangedData农庄。

1.4.10版本的变化:

用户可见的明显变化

• segTable Rle现在可以有选择地将chrIndices表,启动和停止从locData速度。segTable DataFrame使用这个技巧。快得多。大约95%时间减少一个大型数据集大的筹码。

的变化版本1.4.9:

• * * * * API的变化segTable DataFrame Rle上现在有一个“堆栈”参数rbind data.frames的结果列表的每个样本段划分为巨型data.frame。一个“样本”列将被添加到单独的样品。个人的名单data.frames不再有一个“ID”列。此外,一些该方法重构加速。

ggbio

的变化版本1.1.8:

新功能

• 创建低级别API和重写更高层次的API

• 新的几何学:geom_alignment, geom_chevron、geom_arch geom_arrow geom_arrowrect

• 重新定义了几何学:geom_rect geom_segment

• 新的统计:stat_aggregate, stat_coverage、stat_mismatch stat_gene, stat_table stat_stepping

• 重新定义统计:stat_identity

• 新的布局:layout_circle layout_karyogram

• 跟踪函数更聪明和有更多的访问器。

• 主题提供。

• 更多的支持对象autoplot: VCF ExpressionSet GenomicRangesList。

用户级的重大变化

• qplot改为通用autoplot函数。

• 参数只使用“方面”,别名“facet_gr”或“方面”接受。

• plotMismatchSum将被stat_mismatch取代或autoplot BamFile。

笔记

• ggbio新网站:http://tengfei.github.com/ggbio托管文档、教程和案例研究

• 装饰图案pdf版本将不再支持或只是提供一个简短的形式。

GOSemSim

的变化版本1.13.6:

• 去除生物注释包的依赖关系。< 2012-03-09,星期五>用户不需要安装所有这些注释使用GOSemSim包。用户只需要安装特定的生物注释包他们要计算。

• 1.14版本更新IC数据集。< 2012-03-30,星期五>

的变化版本1.13.5:

• 固定助理.bib数据库文件。月=,= someMonth必须月,让它空白将导致texi2dvi失败了。< 2012-03-01,清华>

的变化版本1.13.4:

• 更新装饰图案。< 2012-02-28,星期二>

的变化版本1.13.3:

• 虫固定多个注释。< 2012-02-01,星期五>

的变化版本1.13.2:

• 更新infoContentMethod一致的剂量和GOSemSim之间。< 2011-12-31,坐>

的变化版本1.13.1:

• 删除的剂量依赖性

• 删除链霉菌属coelicolor支持,全基因组注释包贡献者不再支持它。

gprege

版本变化0.99.1 (2011-07-26):

• 固定误差exhaustivePlot给方差与零配置文件数据。现在简单地忽略了这些配置文件。

版本变化0.99.0 (2011-07-11):

• 在Bioconductor初始版本。

GRENITS

版本变化1.7.1上(2012-03-15):

• 纠正ggplot2(0.9.0)问题

GSVA

1.4版本的变化:

用户可见的变化

• 把系统需求依赖从GNU科学图书馆

• 添加两个额外的基因簇表达总结方法:single-sample GSEA芭比et al。(自然,2009)和z分数相结合使用的方法类似于一个李et al。(PLos Comp医学杂志,2008年)通过一个新的“方法”的观点在“gsva()的函数

• 添加处理GSVA RNA-seq表达数据矩阵的方法用一个新的“rnaseq”参数的“GSVA()的函数

• 添加了一个方法签名(expr =“矩阵”,gset.idx。列表= " GeneSetCollection ",注释=“性格”),并不存在。现在gsva()接受以下对数据结构存储和基因表达数据集:ExpressionSet-GeneSetCollection, ExpressionSet-list, matrix-GeneSetCollection matrix-list

错误修复

• 匹配的基因从ExpressionSet对象id GeneSetCollection对象现在还与Entrez-based基因IDs ExpressionSet对象(例如,当注释(eset) = =“org.Hs.eg.db”)通过使用GSEABase > = 1.17.4

GWASTools

1.1.9版本的变化:

• anomSegStats检查snp在着丝粒缺口。

• anomStatsPlot单独选择情节远程雷达/ BAF(布局)的更大的灵活性。

• 更新参数chromIntensityPlot图标题,anomStatsPlot, pseudoautoIntensityPlot一致性。

• plinkCheck地图。alt参数覆盖缺省GenotypeData - >叮铃声注释转换。

的变化版本1.1.8:

• 更新的位置pseudoautosomal地区。

• 添加plinkToNcdf将叮铃声文件NetCDF GWASTools使用。

1.1.7版的变化:

• 默认chromIntensityPlot和pseudoautoIntensityPlot cex = 0.5。

• 现在chromIntensityPlot颜色匹配anomStatsPlot颜色。

• plinkCheck选项跳过检查父母和性。

• plinkCheck等位基因进行排序字符以避免相位不匹配。

• plinkWrite plinkCheck打印进展消息如果verbose = TRUE。

1.1.6版本的变化:

• duplicateDiscordance和duplicateDiscordanceAcrossDatasets使用一对扫描/默认主题。

• duplicateDiscordanceProbability集小负0。

1.1.5版本的变化:

• duplicateDiscordance有一个选项来计算相关的SNP。

• 添加扫描。排除plinkCheck参数。

更改版本1.1.4:

• 添加ncdfSetMissingGenotypes函数。

• plinkCheck现在写日志文件与所有不匹配。

• duplicateDiscordance排除Y铬snp的女性。

• duplicateDiscordance只有一个选项来考虑对涉及小等位基因。

更改版本1.1.3:

• batchChisqTest batchFisherTest现在返回n n批次即使n = 2的结果。

• batchFisherTest return.by。snp = FALSE作为缺省值。

1.1.2版本的变化:

• 增加assocTestRegression LR测试。

• 错误修复在batchFisherTest意味着优势比的计算。

• 在missingGenotypeByScanChrom Bug修复数据集只有一个女性。

变化的1.1.1版:

• 添加函数plinkWrite和plinkCheck编写和检查叮铃声ped和映射文件。

• 添加pcaSnpFilters数据集确定地区PC-SNP高相关性。

HTqPCR

1.9版本的变化:

用户可见的明显变化

• plotCtCor情节关系而不是改变的相关性。

• 改变qPCRset对象继承分野。这个扩展的范围(元)可以包含的数据。

新功能

• qPCRset现在包含phenoData插槽,featureData、协议实验等继承分野。

• readCtData已经扩大到包括来自多个qPCR检测系统和供应商的文件格式。

错误修复

htSeqTools

1.1.5版本的变化:

• 添加缺失的文档

更改版本1.1.4:

• 固定的错误与空染色体cmds的方法

更改版本1.1.3:

• 固定错误alignPeaks(不再直接访问matchMatrix槽RangesMatchingList对象)

• 添加plotMeanCoverage

• 固定错误基尼没有染色体长度的方法

1.1.2版本的变化:

• 添加类农庄和GRangesList的对象的方法。

• 添加set.seed装饰图案。

• 用pvec代替mclapply tabDuplReads filterDuplReads。

• 正确rpkm形式从enrichedPeaks enrichedRegions和删除它

• 固定giniCoverage范围较低数量的读取

变化的1.1.1版:

• 调整并行计算在enrichedPeaks使它不再跨越控制数量的mc.cores > 1时,子进程

• “标签”和“cex添加参数。文本”cmdsFit对象的绘制方法。

• 添加单调性contraint filterDuplReads和fdrEnrichedCounts确保估计罗斯福与重复的数量减少

• 长时间固定在enrichedChrRegions溢出问题发生基因组(如人类)

• 调整的行为stdPeakLocation PeakLocation是一致的

• 固定的错误在enrichedRegions RPKM计算

• 添加选项来计算cmds的斯皮尔曼相关系数

IRanges

的变化版本1.14.0:

新功能

• 通用地图和RangesMapping类序列之间的映射范围根据一些对齐。在GenomicRanges一些有用的方法实现。

• 点击类实验支持基本的集合操作,包括setdiff、工会和相交。

• 添加了一个数据操作函数和方法,包括mstack multisplit,重命名,无裂口的向量。

• 添加比较()通用的广义range-wise 2基于范围的比较对象。

• 添加OverlapEncodings类和encodeOverlaps()一般处理“重叠编码”。

• subsetByOverlaps()现在应该工作又一个RleViews对象。

• DataFrame现在支持存储数组(矩阵)在一个列中。

• 补充道。矩阵,DataFrame方法。

• 合并,数据表,数据表的方法。

• 添加disjointBins RangesList方法。

• 添加范围、Rle和范围RleList方法。

• 添加的。马克斯,Rle方法。

• 添加下降,AtomicList方法。

• 添加tofactor()包装togroup ()。

• 添加强制从向量到任何AtomicList亚型(压缩和未压缩)。

• 添加AtomicList字符/数字/逻辑/整数/生/ ComplexList胁迫。

• 添加revElements()扭转单个元素的对象列表。

用户可见的明显变化

• RangesMatching已更名为支安打,扩展向量,所以它支持元素的元数据和其他特性。

• HitsList RangesMatchingList已经重命名。

• 返回的2列的矩阵”。矩阵”的方法打击对象现在叫queryHits / subjectHits代替查询主题,一致性的queryHits()和subjectHits()的getter方法。

• queryLength () / subjectLength()推荐替代的。

• breakInChunks()返回一个PartitioningByWidth对象。

• “重量”arg IRanges“报道”方法,视图和MaskCollection对象现在也可以单个字符串命名列elementMetadata (x)。

• “countOverlaps”现在传播的名字查询方法。

弃用,已经

• matchMatrix,弃用。

• 下面的弃用功能转移到废弃状态:-使用as.data.frame()或(,“data.frame”)在一个AtomicList对象;——所有的强制方法从AtomicList原子向量;——构造子集IRanges范围;——构造子集RangesList或RangedData RangesList。

错误修复

• 内,RangedData /列表现在支持更换列

• 总()覆盖不再休息。~ x公式

• “(”、“c”、“rep.int”和“seqselect”Rle方法对象现在安全,会提高如果对象返回一个错误长度> .Machine integer.max美元

• 避免炸毁内存不是‘逻辑’Rle扩张到逻辑向量内部RleList对象的“切片”的方法。

等压线

更改版本1.1.3:

• 更好的匹配的文件模式peaklist和id的报告

• tab2xls改进:

• 修复当冒号前夕,会认为他们有细胞是细胞性质

• 解决65536 -添加新工作表的行限制剩余的线

• 重新添加数据集ibspiked_set2 xz要求允许额外的数据

1.1.2版本的变化:

• 固定的处理不同的识别在一个搜索引擎

• 固定数量的光谱在isobar-analysis报告

• 固定最近推出了错误当阅读mgf文件

• XLS报告中识别标签现在在简洁的格式

• 共享肽在灰色的颜色

• 添加xls报告格式=宽

变化的1.1.1版:

新功能

• 标准化现在可以进行个人渠道(和通道对)

• 半定量添加定量与emPAI dNSAF和光谱计数

• proteinInfo现在可以直接从Uniprot聚集

• 添加记者强度情节shpwing正常化的效果

• 增加了线性回归比率估计量

• 改进的马情节:添加“∞”轴

KEGGgraph

1.11.1版本的变化:

用户可见的明显变化

• colorectalcancerSPIA数据集与R CMD构建-resave-data被压缩

limma

的变化版本3.12.0:

• read.maimages与源()= "安捷伦“现在读前景预估中值,而不是意味着前景。新选项=“安捷伦来源。意味着“保留之前的意义来源= "安捷伦”。

• 安捷伦单通道案例研究添加到用户的指南。

• removeBatchEffect()现在纠正协变量连续以及定性因素。

• 新相机()函数执行竞争基因为inter-gene相关性设置测试而调整。

• interGeneCorrelation()的新函数估计的平均intergene相关的一组基因。

• 列输出烤()已经重新定购商品。

• 参数“选择”和“selected2”更名为“指数”和“index2”功能barcodeplot (), geneSetTest()和wilcoxGST ()。

• 默认标签barcodeplot()现在更明确。

• 新功能rankSumTestWithCorrelation Wilcoxon-Mann-Whitney测试扩展到允许相关性情况下的一个群体。geneSetTest代替威尔科克斯()现在调用这个函数。测试,以改善结果的速度。

• 利物浦(log-fold-change)截止topTable的论点()是现在应用于最小绝对logFC由f统计量排名。之前利物浦排名时才使用t统计量。

• 新方法“快速”和“affy”normalizeCyclicLoess(),与“快速”成为默认的方法。新参数的循环。方法对normalizeBetweenArrays()访问不同的循环黄土方法。

• 使用参数基因有问题。重量在mroast ()。这个观点现在允许长度相同的探针的数量数据集。然后自动为每个基因子集集合。

• mroast()现在使用默认mid-p-values当调整多个测试。

• nec()和normexp.fit.control neqc(),()现在给用户友好的错误消息当不消极控制探针或不定期调查。

庄园

的变化版本2011-03-18 (2011-03-18):

• 更新调用的高兴:::daglad装饰图案来修复一个错误引起的违约率的变化“daglad”。

的变化版本2010-10-01 (2010-10-01):

• 清洗的数据/旗帜。RData”包含的对象从一个老“globalenv”。

• 更新维护人员的电子邮件地址。

的变化版本2010-01-24 (2010-01-24):

• 还说(后)强度。旗帜”到“数据/旗帜。RData”(v 1.12.0以来一直被一个未知的原因)。

的变化版本2009-01-15 (2009-01-15):

• 错误的人/ spatial.Rd对齐选项卡。

的变化版本2009-01-13 (2009-01-13):

• 更新在.Rd文件的引用。

• 固定警告由于不正确使用.Rd \项目的文件。

的变化版本2009-01-06 (2009-01-06):

• “规范”和“排序”现在S3的方法

的变化版本2009-01-04 (2009-01-04):

• (几乎)R /文件/函数之一

• 删除空的部分人/ qscore.Rd \细节

• 添加一个名称空间

• 删除本月/ doc / Makefile(不再需要了,因为不需要html输出)

的变化版本2009-01-02 (2009-01-02):

• 删除另一个非标准的关键字

的变化版本2009-01-01 (2009-01-01):

• 每个\关键词入口只有一个字…

的变化版本2008-12-31 (2008-12-31):

• 现在使用标准的“关键词”

• 改变\链接代码{东西}}{\ \代码{\链接{东西}}

的变化版本2008-11-26 (2008-11-26):

• “关键字”部分填写.Rd文件。

• 删除空的部分从.Rd文件“例子”。

• 初始化一些变量在声明在R C代码,防止警告CMD检查。

的变化版本2008-09-23 (2008-09-23):

• de la函数修改简历倒retourner NA当所有向量杜拉的值是< e0 > NA

• 修改函数de la getChromosomeArm倒,cytoband不所以positionn < e9 > e < e0 > NULL

的变化版本2008-09-04 (2008-09-04):

• 添加了一个更新日志

• 在.bib文件更新过时的引用

• 改变了国旗”的定义代表。国旗”以避免造成的错误现在sd (NA na.rm = TRUE)

minfi

1.1版本的变化:

• 改变了名称空间文件

• 为MethylSet定义构造函数,RGChannelSet RGChannelSetExtended。

• 包含类定义的版本号MethylSet RGChannelSet。旧的对象可以通过调用表单的更新updateObject (Mset)。

• 阅读。清单(而非出口)更新,包括nCpGs。

• preprocessSwan是补充道。仍然工作在进步。

• 改变背景preprocessSwan计算。

• 添加一个部分描述preprocessSwan装饰图案。

• Bug修复:ilogit2现在在基地(e)曾经是基地。由于时间Triche, Jr .tim.triche@gmail.com。

• 添加和dcoumented IlluminaMethylationAnnotation类;仍然工作在进步。

• 把包装饰图案从本月/ doc小品文。

MinimumDistance

1.0版本的变化:

用户可见的变化

• 使用NEWS.Rd

中长期规划

1.3.0版本版本的变化:

• 更新使用新的注释包

• 搬到roxygen2

这次1.2.1版本的变化:

• 也出口addGeneSetDescription

马赛克

1.3.4版本的变化:

用户可见的明显变化

• 提高帮助文档类和函数。

错误修复

• mosaicsPeak():正确的箱尺寸计算当binsize = NA。

1.3.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 简化参数mosaicsRunAll (), constructBind()和出口()。

• 添加平行论点mosaicsFit ()。

• 大量使用并行处理/计算。

• 整体速度的改进方案。

• 更新装饰图案。

• 使用平行包而不是多核包。

1.2.5版本的变化:

• 正确的版本号在描述和包?马赛克。

版本4:变化

用户可见的明显变化

• 添加平行论点readBins ()。

• 添加平行论点mosaicsRunAll ()。

错误修复

• 描述:“多核”包在“提高”而不是“建议”。

更改版本1.2.3:

新功能

• 新模式深入测序ChIP-seq数据。

• 全基因组分析ChIP-seq现在数据是可用的。

• 支持更多的一致读文件格式:eland_result eland_extended, eland_export,领结,山姆,床上,CSEM。

• 一致读文件的预处理可以做R环境中使用constructBins ()。

• 容易使用mosaicsRunAll两个样本模型拟合分析()。

• 预处理和模型拟合变得更快(Rcpp)。

• 现在支持并行处理/计算(多核)。

用户可见的明显变化

• 添加constructBins():预处理读取文件料位文件保持一致。

• 方便添加mosaicsRunAll():两个示例分析。

• 添加bg论点mosaicsFit():选择的背景估计方法。

• 添加nCore论点readBins():并行处理。

• 小插曲现在广泛更新。

• 需要Rcpp包和多核方案建议。

弃用,已经

• 下降chrID论证出口()。

错误修复

• 修复mosaicsPeak()的情况下,没有被称为峰值。

• 解决出口()输出文本文件中删除不必要的空间。

MSnbase

的变化版本1.3.15:

• 新的updateFeatureNames函数< 2012-02-17 >星期五

• 更新的片段来说明垂直/水平结合< 2012-02-17 >星期五

• 在正常输入错误。Rd太阳< 2012-02-19 >

• TODO结合单元测试

的变化版本1.3.14:

• 新的is.na。MSnSet < 2012-02-16 >星期四

• 更新装饰图案与交叉连接和NA相关手册页< 2012-02-16 >星期四

1.3.13版本的变化:

• 新的plotNA方法+ doc < 2012-02-15 >结婚

• 新的filterNA方法+文档+测试< 2012-02-15 >结婚

• 增加了检查' n ' topN < 2012-02-16 >星期四

• 创建了一个.Rinstignore < 2012-02-16 >星期四

• 更新包Rd < 2012-02-16 >星期四

的变化版本1.3.12:

• 新的topN方法+文档+测试< 2012-02-14 >星期二

1.3.11版本的变化:

• 改变了显式关闭(文件)writeMgf方法on.exit(关闭(文件)< 2012-02-12太阳>

• 错误在装饰图案< 2012-02-13我>

1.3.10版本的变化:

• 输入writeMgfData人< 2012-02-07 >星期二

• 更新标题在writeMgfData < 2012-02-08 >结婚

更改版本就开始:

• 更新演示插曲< 2012-02-03 >星期五

• 排序数字“子集”pSet,无序数值索引失败< 2012-02-03 >星期五

• 添加匹配。arg combineFeatures这样一个独特的默认值(第一个)时没有指定有趣的< 2012-02-03 >星期五

的变化版本1.3.8:

• 修改trimMz警告报告收购数量< 2012-02-01 >结婚

• 添加“experimentData(对象、价值)< -的方法签名分野和MIAPE < 2012-02-02 >星期四

• 结合< 2012-02-02 >星期四MIAPE实例方法

• 结合< 2012-02-02 >星期四MSnProcess实例方法

• 改变定性预警消息在combineFeatures下降,相应地更新test_MSnSet < 2012-02-02 >星期四

• 新updateFvarLabels updateSampleNames函数< 2012-02-03 >星期五

• 结合方法MSnSets < 2012-02-03 >星期五

• 更新演示小插图图8 < 2012-02-03 >星期五

1.3.7版本的变化:

• 加快writeMgfData < 2012-01-28 >坐

• 修复了ggplot2 0.9.0

• 增加了进口(网格)和进口(改造)< 2012-01-30我>

• importFrom (plyr…)而不是只有llp) < 2012-01-31 >星期二

• 加载重塑和网格在装饰图案< 2012-01-31 >星期二

• 固定块21(标签= quantitation-plot) < 2012-01-31 >星期二

1.3.6版的变化:

• 更新NoteAboutSpeedAndMemory以来并行处理已被添加。太阳< 2011-12-18 >

• 添加引用< 2012-01-27 >星期五

• 添加头信息输出:收购数量和前体强度< 2012-01-27 >星期五

• 添加一个测试的阴谋。为空Spectrum2 dataframe < 2012-01-27 >星期五

• foreach搬到doMC提高< 2012-01-27 >星期五

1.3.5版本的变化:

• mzR之前添加了一个gc()::与Rcpp密切(msdata)…似乎帮助和ref类问题。< 2011-12-09 >星期五

• 添加了一个显示参数getCacheEnv定义.cache应该返回之前打印出来。< 2011-12-09 >星期五

• 添加缓存单元测试< 2011-12-09 >星期五

• readMzXMLData现在已经从进口和删除xcms < 2011-12-16 >星期五

1.3.4版本的变化:

• 固定错误显示MSnExp MS1实验的方法。当加载MS1光谱、缓存设置为0。Bug报告的杰西·迈耶。< 2011-12-06 >星期二

• 固定的另一个bug /错误readMSData < 2011-12-06 >星期二

• 现在再次运行extractSprectum示例< 2011-12-06 >星期二

• 默认的缓存设置为0,因为缓存= 1介绍unstabel行为…将调查,< 2011-12-06 >星期二

v1.3.3变化:

• 添加了MSnExp并行计算定量用foreach llp (…, .parallel = TRUE) < 2011-12-03 >坐

• 在quantify-methods.Rd TODO文档上面

• 添加foreach和doMC表明< 2011-12-03 >坐

• 添加频谱removePeaks和清洁的readMSData < 2011-12-05我>

1.3.2版本的变化:

• \ dontrun {} extractSpectrum例子,因为这似乎是一个主要的罪犯生产间歇检查的误差函数(x):尝试运用功能的误差< 2011-11-07我>

• 错误在Author@R < 2011-11-14我>

• 修改后的跑龙套。removePeaks跑龙套。清洁叫酸式焦磷酸钠代替IRanges:酸式焦磷酸钠< 2011-12-01 >星期四

1.3.1版本的变化:

• Herve添加BioGenerics作为名称空间依赖和导入语句< 2011-11-29 >星期二

1.3.0版本版本的变化:

• 2.10版本撞Bioc重击

ncdfFlow

1.1.2版本的变化:

用户可见的明显变化

• 使用临时目录,而不是在创建工作目录来存储提供文件从flowSet ncdfFlowSet

• 允许用户指定路径ncdfFlowSet_sync方法保存提供除了原来在不同的位置

• 克隆。ncdfFlowSet功能:参数名称更改为避免混淆:sNewNcFile - > isNew; newNcFile - >文件名——复制整个cdf库当克隆子集ncdfFlowSet修复的bug时不一致的维度(样本* colnames)创建新的提供文件

• 在read.ncdfFlowSet检查源文件是否存在

• .writeSlice:那样flowFrame或矩阵是通过制造样品名称添加到错误消息来帮助解决问题FCS文件特别是装载大型数据集

• 添加isNew = FALSE分裂方法允许分成multipe为了并行计算提供文件

• 设置压缩= FALSE禁用压缩的运作模式

变化的1.1.1版:

用户可见的明显变化

• netCDF支持大型数据集。

• 在三维矩阵集中存储流数据(样本通道事件)

• 快速的数据访问、构造子集和分裂

• 支持所有flowSet相关方法

已知的问题

• 写元数据——ncdfFlow允许用户保存整个ncdf ncdfFlowSet对象文件。

• 目前存储的元数据是首次在R和序列化提供原始矢量。它可以失败当元数据大小超过序列化函数的极限。

netresponse

版本变化1.7.38 (2012-03-28):

用户可见的明显变化

• 添加的选项忽略网络检测。反应(netw = NULL);然后假设完全连接网络的方法。没有加速的性能可能会非常缓慢。

• 添加(可选)最初的基于互信息的滤波网络的边缘也在第一阶段成对相似性计算所有节点对这能与大型网络相当大的加速效果

• netresponse合并。可视化包在netresponse主要包

• 添加模式=努力sample2response函数

• 情节。关联- > plotAssociations

• 情节。pca - > plotPCA

• 得到的。gofz - > getqofz

错误修复

• 改变依赖RBGL RColorBrewer

• 改变依赖多核和doMC平行

• mk.hp修改。后,以容纳的最大数量的反应(c.max)选项。在测试/ vdpmixture验证。R好

• 现在允许max.subnet。在detect.responses大小= 1

• 秩序。回复:固定小错误发生在没有检测到充实

版本变化1.7.34 (2012-03-28):

• 改变依赖RBGL RColorBrewer

版本变化1.7.33 (2012-03-13):

• mk.hp修改。后,以容纳的最大数量的反应(c.max)选项。在测试/ vdpmixture验证。R好

版本变化1.7.32 (2012-02-21):

• 添加的选项忽略网络检测。反应(netw = NULL);然后假设完全连接网络的方法。没有加速的性能可能会非常缓慢。

版本变化1.7.03 (2012-02-02):

• netresponse合并。可视化包在netresponse主要包

版本变化1.7.02 (2012-02-01):

• 转向R-2.14.1

• 现在允许max.subnet。在detect.responses大小= 1

• 秩序。回复:固定小错误发生在没有检测到充实

• 添加模式=努力sample2response函数

• 添加(可选)最初的基于互信息的滤波网络的边缘也在第一阶段成对相似性计算所有节点对这能与大型网络相当大的加速效果

• 情节。关联- > plotAssociations

• 情节。pca - > plotPCA

• 得到的。gofz - > getqofz

益生元

1.20版本的变化:

用户可见的变化

• 新getProbeInfo()函数补充说,为了简化探针选择不使用SQL。

• 新fitProbeLevelModel()函数。它允许probe-level模型(“plm”和“medianpolish”),可用于质量控制。

• fitPLM系数和渣油现在弃用。分别使用fitProbeLevelModel系数和剩余工资。“系数”和“残差”按照标准使用在R。

• 现在使用foreach并行化。

错误修复

• 解决问题的探讨从pmChr没有对应的信息将被删除,导致结果的尺寸不匹配点矩阵(TilingFeatureSet)。

oneChannelGUI

的变化版本1.21.11:

用户可见的明显变化

• 添加接口EDASeq包

pdInfoBuilder

1.20版本的变化:

用户可见的变化

• 为现在Affymetrix花砖数组包含注释包链信息(建议和实施:Kristof单词De Beuf)

phyloseq

0.99版本的变化:

• Bioconductor开发版本更新。

• BIOM格式导入:import_biom()函数

• 并行快速UniFrac

• 为生态距离计算距离()包装器

• 纵坐标()包装器,计算出许多不同的分类方法。

• plot_ordination()强大、灵活使用ggplot2配合策划

• make_sample_network (), plot_sample_network()——微生物网络可视化

• plot_richness_estimates()方便,灵活的物种丰富度的总结

• 支持双主坐标分析(DPCoA)

• 发表的一些例子包括数据集

• 一般进口所有支持的数据格式:进口()

• 大量的文档更新。

• 很多很多的修复和改进。

一品脱的量

版本变化1.7.03 (2012-03-22):

• 固定失踪的文件

版本变化1.7.01 (2012-01-16):

• 添加删除。重复选择pint.match

procoil

1.5.1版本的变化:

• 参数xlab和ylab访问用户

qpgraph

1.12版本的变化:

新功能

• 有条件的独立测试的结果与qpCItest()现在返回使用R标准ht类

• qpCItest()允许一个测试混合交互涉及表型数据变量和表达谱ExpressionSet对象,和表型遗传变量和表达谱smlSet对象

• qpEdgeNrr()估计non-rejection率涉及表型数据变量和表达谱ExpressionSet对象,和表型遗传变量和表达谱smlSet对象

限定符

版本1.0.0的变化:

特性

• 异常值检测不同的人口统计数据(数量、比例、MFI飙升)封闭/闭塞的流数据

• 在不同的维度xyplot和箱线图

• 散点图的人口

• svg支持HTML报告

• 模糊匹配的人口名字选择相同的人口不同的控制路径

已知的问题

• 提取人口统计数据需要进一步优化速度

• 扩展公式解析器允许更多的功能应用的公式

R453Plus1Toolbox

1.5.2版本的变化:

• 增加了新的图形组件,选择和注释plotVariants函数。

RCytoscape

的变化版本1.6.0:

新功能

• setNodeOpacityRule,控制节点填充颜色、边框和/或标签;插入和查找模式都支持

• getNodeSize

• saveImage现在支持pdf png和svg格式

• setDefaultEdgeFontSize

• getAdjacentEdgeNames

用户可见的明显变化

• 改变方法名称:布局- > layoutNetwork版本- > pluginVersion,获得/ setPosition - > / setNodePosition

• 名称空间现在进口四个方法从图形包,有利于包开发者使用RCytoscape: edgemode, addNode, addEdge,要求由罗伯特·飞行。2021欧洲杯体育投注开户

错误修复

• 改变getNodePosition node.name.delimiter消除regex令牌,从“:。:““::”saveLayout现在有可选的第三个参数,“timestamp.in.filename”

• 固定在setNodeLabelDirect bug。现在多个节点,一个标签。

• setCenter现在投x, y CyRPC数字之前发出

ReactomePA

的变化版本0.99.0:

• 包名称改为ReactomePA,已经有一个狙击枪包。< 2012-03-02,星期五>

• 装饰图案的问题:< 2012-03-02,星期五>改变图像格式从.eps pdf格式,使其更容易构建。消除sessionInfo的tolatex标记(),使输出更readble。

• 重新实现geneID2Name使用选择方法。< 2012-03-02,星期五>

• 在手册页中添加示例。< 2012-03-02,星期五>

• 删除内部函数的手册页。< 2012-03-02,星期五>

• 进口从stats4概要,BiocGenerics(版本0.1.10)< 2012-03-03,坐>删除他们

的变化版本0.2.3:

• @exportMethod情节< 2012-02-15 >结婚

• 从情节修复错误时调用总结方法,总结基地S3中定义的方法,而不是从stats4进口总结通用的< 2012-02-15 >结婚

的变化版本0.2.2:

• 删除一般显示的定义,总结和情节,添加名称空间导入显示从图形方法和阴谋。摘要不需要进口,基本包中定义的是< 2012-02-10 >星期五

的变化版本0.2.1:

• 更新装饰图案< 2012-02-09 >星期四

• 添加示例数据(从ProfCom基因列表一个例子:http://webclu.bio.wzw.tum.de/profcom/gene_Lists/example1.txt基因符号转换为entrezgene) < 2012-02-09 >星期四

的变化版本0.2.0:

• 单独的代码路径ID路径名称映射到一个新的函数pathID2Name < 2012-02-09 >星期四

• 实现geneID2Name功能基因ID映射到基因符号< 2012-02-09 >星期四

• 添加参数可读函数enrichPathway < 2012-02-09 >星期四

• 实现策划类别cnetplot净< 2012-02-09 >星期四

• 修改图函数类enrichPathwayResult使用cnetplot < 2012-02-09 >星期四

的变化版本0.1.1:

• 添加装饰图案< 2012-02-08 >结婚

• 臭虫固定多个通路的ID映射到路径名称如通路162906可以映射到1629061和1629061时路径名称,仍然是第一个。< 2012-02-08 >结婚

的变化版本0.1.0:

• 实现显示,总结和情节enrichPathwayResult类方法< 2012-02-08 >结婚

• 定义类enrichPathwayResult来存储结果enrichPathway < 2012-02-08 >结婚

• 实现enrichPathway功能富集分析。使用超几何模型< 2012-02-08 >结婚

• 初始包骨架< 2012-02-08 >结婚

红色的

1.1.16版本的变化:

新功能

• 包装和加载性能、xml序列化数据格式。

• 服务器/客户端连接。

• 控制软件主要特点从R。

• Node-container分配选项。

错误修复

• 校正/动态布局调整函数下的放大/长镜头请求。

• 条边合并功能是固定与节点重新调节大小。

• 传说函数是固定节点/边形状属性。

• 传奇颜色是固定two-palette选项。

• “addGraph”方法是固定的加载/从igraph指示图转换为红色。

ReQON

的变化版本1.2.0:

新功能

• 输出BAM文件保持输入标题和标题行补充道:“@CO质量分数与ReQON调整。”

• 使阈值的选择(nerr和nrf)从训练集删除位置可能包含错误的调用。(例如,小说变异和系统映射错误)

• 现在诊断输出输出标记阅读职位(FlagPos美元)和回归系数($多项式系数)

战

版本变化1.11.13 (2012-02-25):

• 修改,以适应单个探头probesets没有错误

• sigma2。RPA.sigma2方法默认为“健壮”功能。更新和rpa.fit

• 改变了违约set.alpha函数

• 添加缺失的数据在rpa.fit非难

版本变化1.11.12 (2011-12-13):

• 从更新删除cind选项。在RPA.online hyperparameters

版本变化1.11.05 (2011-11-11):

• 在线功能正常工作

rqubic

的变化版本1.8.1 (2011-08-02):

• 修复错误的文件

版本变化1.8.0 (2011-07-11):

• 提交Bioconductor

变化在1.1版本3 (2012-01-05):

• 小bug修复readBiclusterResults: bicluster文件没有任何bicluster是公认的

• 小bug修复readBiclusterResults: bicluster文件只有一个bicluster和一行/列不再报告错误(以前由于矩阵下降)

• 轻微的故障修复readBiclusterResults:功能/条件名称都写在“特性”/“条件”项目信息列表

• 功能改善readBiclusterResults: featureNames和sampleNames都写在参数,以便在eisa强迫使用方法包,迫使Biclust对象到一个ISAModules对象

• 现在有一个方法特点和条件两步策略:第一次尝试信息列表,如果失败了,那么试着矩阵的名字

• 长度。Biclust返回0,如果不包含bicluster Biclust对象

• combineBiclusts支持非空Biclust对象与空Biclust对象,比如那些没有有效biclusters检测到。

变化在1.1版本2 (2012-01-03):

• 添加fcFilter feature-condition过滤

变化在1.1版本1 (2011-12-22):

• 概括S4方法QUBICBiclusterSet Biclust:现在大多数S4的方法可以应用于一个Biclust对象。

• 添加combineBiclusts方法结合多个Biclust / QUBICBiclusterSet对象。

• 添加readBiclusterResults函数来补充biclust writeBiclusterResults功能包。

Rsamtools

版本1.8.0的变化:

新功能

• 添加readBamGappedAlignmentPairs()(+相关公用事业findMateAlignment()和makeGappedAlignmentPairs ()) BAM文件读入GappedAlignmentPairs对象。

用户可见的明显变化

• 更新samtools github提交dc27682f70713a70d4f31bca652cf78e00757da2

• 添加“bitnames”arg bamFlagAsBitMatrix()效用。

• 默认情况下readBamGappedAlignments()和readBamGappedReads()别摔PCR或光学复制了。

错误修复

• readBamGappedAlignments处理空“标签”字段

• scanTabix会省略变量重叠范围结束

• scanFa将对空文件或者空段错误id

Rsubread

的变化版本1.6.0:

新功能

• 显著改善exon-exon结检测(subjunc函数)。

• 要求使用一个简单的等位基因snp分数(callSNPs函数)的方法。

• 删除重复的读取(removeDupReads函数)。

RTCA

2009-07-13版本的变化:

• combineRTCA(列表):附加列重命名成板。列表项的评估vlues名字。名单上没有名字时,使用一个整数索引从1开始。特别关注部分与名单中指出文档。

• parseRTCA(文件,12月= "。”,phenoData skipWell…):示例添加文档中如何导入预配置的phenoData。细节部分重写文档来描述这个过程的解析。

• RTCA-class: ID添加到RTCA类实验

• Makefile:添加Makefile来简化常见任务检查和安装

• plotGridEffect:以“列”而不是“上校”为模式参数,和呈现方式的标题传奇。文档更新。

• plotRTCA:从包中移除和替换的情节功能。

rtracklayer

1.15版本的变化:

新功能

• 与通过Rsamtools tabix集成。现在床上,人造石铺地面出口方法生成一个tabix指数,如果指数= TRUE。大多数进口()方法获得,认为利用tabix,当可用。

• 添加wigToBigWig()函数大佬假发的有效转换。

• 添加SeqinfoForBSGenome()和SeqinfoForUCSCGenome方便检索Seqinfo对象()对于一个给定的基因组。

• 添加支持通过Biostrings FASTA导入/导出。

• 人造石铺地面GTF现在养狐业文件解析。

用户可见的明显变化

• 现在的导入/导出API是基于RTLFile对象,包装文件路径,URL或连接。有一个RTLFile子类为每个文件格式。这使得它更容易扩展rtracklayer (export、import)新文件类型。现有的API还支持(甚至鼓励对于大多数使用)。

• 处理CSV属性在GFF3使用CharacterList列。

• 床列thickStart / thickEnd转化为一个名为“厚”的IRanges列。blockStarts /尺寸/计数列现在映射到一个RangesList“块”列。

错误修复

• 导入/导出许多修复方法,由于实施一个完整的单元测试套件。如果没有为你工作在过去,请再试一次。

• 压缩和连接现在应该工作在文件类型相当一致。(开始日期:3月29日,2012)

ShortRead

1.13版本的变化:

用户可见的明显变化

• FastqSampler相当快

• FastqSampler和FastqStreamer需要显式关闭(),以避免警告关闭未使用的连接

错误修复

• 将溢出alphabetFrequency qa报告非常大的航线

• qa报告尺度adapaterContamination正确

• FastqSampler很少样品少于要求读取

• FastqSampler支持输出> 2 ^ 31 - 1总核苷酸

• readFastq解析记录为0的宽度

TargetSearch

的变化版本1.12.0:

用户可见的明显变化

• peak-list新的二进制文件格式的文件,也称为国际扶轮的文件。这个加速搜索代谢物5 - 10倍。旧的文本格式保存的兼容性。看到“fileFormat”方法。也看到“bin2text”和“text2bin”职能之一。

• 新的剧情峰函数“plotPeak”。旧的功能被重新命名为plotPeakSimple。函数也显示的区域搜索进行提供更好的质量控制。

错误修复

• 改变在‘read.delim check.names = TRUE调用的函数TargetSearchGUI()和ImportLibrary ()。这可以防止空列名可能在下游产生错误的功能。

VariantAnnotation

的变化版本1.2.0:

新功能

• readVcf()基因组的论点,可以在范围或与ScanVcfParam VCF元素子集()

• scanVcfHeader()返回VCFHeader类访问器固定,信息,基因工程等。

• writeVcf()写出一个VCF VCF类文件

• locateVariants(),返回农庄组织而不是DataFrame -输出包括txID, geneID和cdsID——有缓存参数重复调用多个vcf文件

• predictCoding(),返回农庄组织而不是DataFrame -输出包括txID, geneID, cdsID, cDNA-based cds-based和蛋白质坐标

xps

的变化版本2.15.0:

版本xps-1.15.2

• 搬到5.32/01根版本,更新README

版本xps-1.15.1

• 更新zzz.R

的变化版本2.14.0:

版本xps-1.13.10

• 更新xpsQAReport()函数来代替“_”与“_”* .Rnw

版本xps-1.13.9

• 添加质量报告xpsQAReport()函数

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.8

• 添加函数attachProbe (), removeProbe(),等等。

• 添加函数contentGC (), probeSequence ()

• 添加函数inten2GCplot (), plotInten2GC ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.7

• 添加函数unitID2symbol ()

• 添加函数plotProbeset ()

• 更新装饰图案xps.Rnw

版本xps-1.13.6

• 更新indexUnits()函数的外显子probesets

• 添加函数symbol2unitID ()

• 添加函数probesetplot ()

版本xps-1.13.5

• 更新script4schemes。R与注释na32包括方案

• 更新script4xps.Rand script4exon.R

版本xps-1.13.4

• 搬到5.30/00根版本,更新README

• 小插曲xps更新。Rnw和xpsClasses.Rnw

版本xps-1.13.3

• 正确问题unitID2affyID()在Linux上造成sQuote ()

版本xps-1.13.2

• 添加函数plotXXX ()

• 嘘()函数不再需要attachInten ()

• 添加函数indexUnits (), pmindex (), mmindex ()

• 添加函数probesetID2unitID (), unitID2probesetID(),等等

• 添加函数attachUnitNames (), removeUnitNames ()

• 添加函数attachDataXY (), removeDataXY ()

版本xps-1.13.1

• 更新plotImage()函数画背景图像

的变化版本2.13.0:

版本xps-1.11.12

• 更新功能:plotBoxplot (), plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.11

• 更新功能:plotImage (), plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.10

• 添加功能:plotImage (), plotBoxplot ()

• 更新方法图像()

版本xps-1.11.9

• 添加方法:pcaplot ()

• 更新方法plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.8

• 添加方法:corplot (), madplot ()

版本xps-1.11.7

• 更新方法plotAffyRNAdeg ()

版本xps-1.11.6

• 添加方法对RNA降解情节:xpsRNAdeg (), plotAffyRNAdeg ()

• 添加手册页

版本xps-1.11.5

• 在XPSProcessing正确的小虫。cxx: ExportExprTreeInfo ()

• 更新方法图像()

• 添加手册页

版本xps-1.11.4

• 添加新类QualTreeSet添加质量控制功能

• 添加函数符合()和fitQC()和派生功能

• 添加图片()方法溶残块,基因圣,圣和外显子板阵列

• 添加新块coiplot()和borderplot ()

• 更新箱线图(),callplot()、图像()是独立于位置的“数据”

版本xps-1.11.3

• 添加函数trma ()

版本xps-1.11.1

• 更新描述纠正SystemRequirements root_v5.27.04

• 更新READ_WSTRING()函数来处理对PPC大端字节序

的变化版本2.12.0:

版本xps-1.9.9

• 更新方法XExonChip:: ProbesetLevel全基因组注释na31文件()

版本xps-1.9.8

• 恢复更新Makefile.win

版本xps-1.9.7

• 更新Makefile。赢得清洁xpsLinkDef.h

• 更新script4schemes。R为注释na31(updated release)

版本xps-1.9.6

• 为新的根版本更新信息文件(root_v5.27/04) 5.27/04

• 更新script4xps.R, script4schemes.R for annotation na31

版本xps-1.9.5

• 更新导入。数据使用make.names (celnames)来防止特定的字符

版本xps-1.9.4

• 更新root.profile。R, macroDrawProfilePlot。C允许选择的子集树

• 在read.table()设置stringsAsFactors = FALSE

版本xps-1.9.3

• 更新方法XPreFilter::计算()正确处理外显子数组

版本xps-1.9.2

• 更新Makefile和Makefile.arch

版本xps-1.9.1

• 在XPSAnalysis添加支持。cxx出口外显子数组probeset注释(过滤器)

的变化版本2.11.0:

版本xps-1.7.9

• 更新方法validData()来处理槽数据包含不同的列类型

• 更新方法seExprTreeSet (), rleplot (), mvaplot (), nuseplot ()

版本xps-1.7.8

• 添加方法xpsFIRMA ()

• 添加函数firma (), firma.expr (), firma.score ()

版本xps-1.7.7

• 更新bgcorrect。R警告使用tmpdir导致空根文件

• 更新正常化。R警告使用tmpdir导致空根文件

版本xps-1.7.6

• 轻微改变,允许用g++ 4.4.x计算

版本xps-1.7.4

• 添加新闻

版本xps-1.7.3

• 添加ExprTreeSet方法validSE (), nuseplot (), rleplot ()

• 允许出口树木布局不完整的*。CLF文件

• 更新的例子/ updateAnnotation.R

版本xps-1.7.2

• 添加示例/ updateAnnotation.R

• 更新script4xps.R

版本xps-1.7.1

• 允许使用mas5()和mas5.call与板阵列w / o MMs ()

• 更新script4xps.R

的变化版本2.10.0:

版本xps-1.5.19

• 更新script4xps.R

版本xps-1.5.18

• bgcorrect添加参数。选择mas5.call()函数

版本xps-1.5.17

• 更新的自述

版本xps-1.5.16

• 允许处理probesets w / o Citrus.CDF MMs

版本xps-1.5.15

• validBgrd()实现“,”

• 添加装饰图案xpsPreprocess.pdf

• 添加示例/ macro4xpsPreprocess.R

版本xps-1.5.14

• 更新出口()包括read.table (comment.char = " . .)

• 更新methods.DataTreeSet。R允许probe-level洛斯和supsmu正常化

版本xps-1.5.13

• 更新表达()允许设置bufsize树篮子

版本xps-1.5.12

• 允许进口miRNA-1_0.CDF变化

版本xps-1.5.9

• 更新validOption()允许独立:没有的

版本xps-1.5.8

• 更新rma()允许改善关系处理preprocessCore等选项

版本xps-1.5.7

• 更新方法validCall ()

• 添加方法validExpr()和validPVal ()

• 更新装饰图案APTvsXPS.pdf

• 更新script4xps2apt例子。R和script4bestmatch.R

版本xps-1.5.4

• 更新exonLevel()函数使用affx = c (4、8、16、32)

• 更新dataDataTreeSet()函数返回正确的id的面具

• 添加新的内部exonLevelIDs()函数

版本xps-1.5.3

• 更新帮助文件exonLevel.Rd

版本xps-1.5.1

• 更新validData(),以检查重复rownames

• 允许genetitan板数据的阅读

的变化版本2.9.0:

版本xps-1.3.13

• 更不用说根版本更新描述

• 更新的自述

版本xps-1.3.12

• 正确的错误在罗斯福和业务的实现

版本xps-1.3.11

• 公开函数exonLevel并添加exonLevel.Rd

版本xps-1.3.8

• 更新所有初始化方法来防止checkS3forClass警告

• 更新bgcorrect。rma bgcorrect.mas5

• 更新script4xps.R, script4exon.R

版本xps-1.3.6

• 支持使用基因组数组作为外显子数组

版本xps-1.3.5

• 添加代码在import.data()函数来代替点,冒号在celnames下划线

版本xps-1.3.4

• 正确的错误xpsPreprocess add.data = FALSE

• 正确的接头(。根,. txt,子(x)。根,. txt, x)

• 更新root.image()从setname setname ()

版本xps-1.3.3

• 改变强度< -允许使用位置数据进行进一步处理

版本xps-1.3.1

• 添加函数root.merge.data ()

的变化版本2.8.0:

版本xps-1.1.9

• 保护类XRMABackground免受缺陷Affy芯片,例如零分

• 保护root.data对复制celnames或treenames()等

版本xps-1.1.8

• 在课堂上纠正错误XINICall导致缓冲区溢出

版本xps-1.1.7

• 添加调用方法I / NI-call (Talloen等)

版本xps-1.1.6

• 防止进口CEL-files最大强度为零

• 更新函数返回ExprTreeSet导入结果选项

• 更新函数返回CallTreeSet导入结果选项

• 更新root.density等允许储蓄从R函数

• 添加根。配置文件使用根箱线图的图形

• 添加摘要方法农场(Hochreiter等)

• 添加摘要方法DFW(陈等)

• 更新装饰图案xps.pdf

版本xps-1.1.5

• 正确的问题在validData CEL-files从数字开始

版本xps-1.1.4

• 更新装饰图案xps.pdf

• 添加新的装饰图案APTvsXPS.pdf

• 更新script4exon.R例子

• 添加script4xps2apt例子。R和script4bestmatch.R

• 更新的自述

版本xps-1.1.3

• 允许CEL-names从一个数字,更新阅读。表(check.names = FALSE,…)

• 更新ExprTreeSet槽exprtype设置为正确的类型

• 添加函数root.expr()和root.call ()

• 需要改变的setname dabg.call()从CallTreeSet CallSet至于mas5.call ()

版本xps-1.1.2

• 允许不同的exonlevels bgrd正常化,总结

• 更新替换方法exprs、pvalData presCall允许构造子集

• 添加函数计算metacoreList metaProbesets。国会议员为恰当的

版本xps-1.1.1

• 增加最大根文件大小从2 gb 2 tb

• 减少计算时间

• 纠正错误防止出口外显子probeset规范化数据

的变化版本2.7.0:

版本xps-0.99.11

• 正确的错误导致空外显子probeset列

版本xps-0.99.10

• 正确处理tmpdir在WinXP更新源代码

• 更新script4xps例子。R和script4exon.R

版本xps-0.99.9

• 更新方法namePart extenPart、validData validBgrd处理名称与强调

版本xps-0.99.8

• 更新功能的根。xxx WinXP

版本xps-0.99.3

• 包现在可以构建Windows XP

• 还可能将当前日期和/或时间添加到根文件名

• 添加函数existsROOTFile

• 更新后的小插图xps.Snw

版本xps-0.4.3

• 新方法rawCELName()进口CEL-files的名称

版本xps-0.4.2

• 添加导入通用的支持(calvin) CEL-files

• 更新方法volcanoplot

版本xps-0.4.1

• 改变的描述

• 添加方法volcanoplot

• 正确的更新xpsUniFilter中的错误

版本xps-0.4.0

• 导入。数据:进口CEL-files从不同的目录

• 更新描述,名称空间

• 添加应用可能性non-sepcific过滤器和单变量过滤器

• 添加S4类过滤器,初滤器,UniFilter

• 添加S4类FilterTreeSet AnalysisTreeSet

yaqcaffy

1.15.1版本的变化:

• 将url从描述< 2011-12-23 >星期五

包被释放

以下包不再发布:edd, ontoTools,总的来说,RMAGEML RTools4TB