CSAMA 2017:基因组尺度生物学的统计数据分析

2017年6月16
Bressanone-Brixen、意大利
URL:http://www.huber.embl.de/csama2017/

讲师:Jennifer Bryan, RStudio和UBC;Vincent J. Carey，哈佛医学院;剑桥大学Laurent Gatto;Wolfgang Huber，欧洲分子生物学实验室，海德堡;马丁·摩根，罗斯威尔帕克癌症研究所，布法罗;Johannes Rainer，欧洲博曾学院(EURAC);Charlotte Soneson，苏黎世大学;纽约市立大学亨特学院公共卫生学院的利瓦伊·沃尔德伦说。

教学助理:Simone Bell, EMBL，海德堡;Vladislav Kim, EMBL，海德堡;Lori Shepherd, RPCI，布法罗;Mike L. Smith, EMBL，海德堡。

资源

来源:Github

周一,6月12日

讲座

• R及生物导体简介(超文本标记语言)。
• 序列和范围计算(超文本标记语言)。
• 表格数据管理(pdf)。
• 注释资源(超文本标记语言);EnsemblDb (pdf)。

实验室

• Bioc概论。介绍(超文本标记语言),R超文本标记语言),Bioconductor(超文本标记语言)、资料陈述(超文本标记语言)、注释(超文本标记语言)(数据:ALLphenoData.tsv,BRFSS-subset.csv,symgo.csv)。
• 使用Git和GitHub与R, RStudio，和R Markdown (超文本标记语言)

星期二,6月13日

讲座

• 序列对齐和对齐器的基础知识(pdf)。
• RNA-Seq数据分析与差异表达(pdf)。
• RNA-seq新工作流程(pdf)。
• 假设检验(pdf)。

实验室

• RNA-Seq端到端工作流程(超文本标记语言)
• 独立假设加权(超文本标记语言)

星期三,6月14日

讲座

• 多个测试(三种)。
• 线性模型(基本介绍))(超文本标记语言)。
• 实验设计、批效应及混杂(pdf)。
• 稳健统计:中位数、MAD、秩检验、Spearman、稳健线性模型(超文本标记语言)。

周四,6月15日

讲座

• 可视化、图形语法和ggplot2 (pdf)。
• 质谱蛋白质组学(超文本标记语言)及代谢组学(pdf)。
• 聚类及分类(超文本标记语言)。
• 重新采样:交叉验证、引导和排列测试(超文本标记语言)。
• 微生物组标记基因数据分析(pdf)。

实验室

• 质谱蛋白质组学与代谢组学超文本标记语言),代谢组学(超文本标记语言)。
• MultiAssayExperiment (超文本标记语言),备忘单(pdf)。

星期五,6月16日

讲座

• 基因集合富集分析(pdf)。
• 与大型(pdf)及遥控(超文本标记语言)数据。
• 开发人员实践，编写函数(超文本标记语言)。
• 开发人员实践，编写包(超文本标记语言)。

实验室

• 图形(pdf)(数据:diabetes.csv)。
• 机器学习(监督)(pdf)。
• 大数据、性能和并行化;基因组区间的大规模高效计算(超文本标记语言)。