CSAMA 2016:基因组尺度生物学统计数据分析

2016年7月10 - 15日
Bressanone-Brixen、意大利
URL:http://www.huber.embl.de/csama2016/

讲师:西蒙·安德斯，赫尔辛基分子医学研究所;Jennifer Bryan，英属哥伦比亚大学，温哥华;Vincent J. Carey，哈佛医学院钱宁实验室;Wolfgang Huber，欧洲分子生物学实验室，海德堡;哈佛大学公共卫生学院Dana Farber癌症研究所的Michael Love;马丁·摩根，罗斯威尔帕克癌症研究所，布法罗，纽约;Charlotte Soneson，苏黎世大学;纽约市立大学亨特学院公共卫生学院的利瓦伊·沃尔德伦说。

教学助理:Simone Bell, EMBL，海德堡;亚历杭德罗·雷耶斯，EMBL，海德堡;Mike L. Smith, EMBL，海德堡。

资源

周一,7月11日

讲座

• R和生物导体简介(MM)pdf
• 02假设检验(WH)pdf
• 03学会热爱数据框架(JB)pdf
• 04线性模型(基本介绍)(LW)pdf

实验室

• 1介绍R和Bioconductor(毫米)超文本标记语言
• 2使用Git和GitHub与R, RStudio, R Markdown (JB)pdf

星期二,7月12日

讲座

• 05序列比对和比对器基础(SAn)pdf
• 06 RNA-Seq数据分析与差异表达(ML)pdf
• RNA-seq (CS)新工作流程pdf
• 序列和基因组间隔计算(MM)pdf

实验室

• 3端到端RNA-Seq工作流(SA, ML和CS)限制型心肌病

星期三,7月13日

讲座

• 09实验设计、批效应与混杂pdf
• 10聚类与分类(VJC)pdf
• 11稳健统计(ML)pdf
• 重采样:交叉验证、引导和排列(LW)pdf

周四,7月14日

讲座

• 13多次测试(WH)pdf
• 注释——基因、基因组特征和变异(MM和VC)pdf
• 15微生物组数据分析(基于标记基因)(CS)pdf
• 16可视化、图形语法和ggplot2 (WH)pdf

实验室

• 可重复的研究和R创作与标记(JB)github
• 5 ChIP-Seq分析基础(AR和MS)限制型心肌病超文本标记语言Rpackage

星期五,7月15日

讲座

• 17基因集合富集分析(MM, ML)pdf;pdf
• 18元分析(LW)pdf
• 19大数据、性能和并行;基因组区间大规模高效计算(MM, VJC)pdf;pdf
• 接下来你应该做什么?(约翰)pdf

实验室

• 6机器学习、并行化与性能(WH、MM、VJC限制型心肌病超文本标记语言;高效、并行超文本标记语言;机器学习超文本标记语言限制型心肌病pdf代码
• 7图形(WH)限制型心肌病