芝麻

DOI:10.18129 / B9.bioc.sesame

明智的DNA甲基化BeadChips的步进式分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

工具分析Illumina公司英飞纳姆DNA甲基化数组。芝麻提供实用工具来支持分析多个代英飞纳姆DNA甲基化BeadChips,包括预处理、质量控制、可视化和推理。芝麻特性准确检测要求,智能推理种族、性别和先进的质量控制程序。

作者:周扫读(aut (cre),Wubin丁(施),大卫·戈德堡(施),伊桑•梅奥(施),布雷特·巴恩斯(施),盖Triche[所有],回族沈(aut)

维护人员:扫读周< zhouwanding gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“芝麻”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“芝麻”)

HTML	R脚本	0。基本用法
HTML	R脚本	1。质量控制
HTML	R脚本	2。非人类的数组
HTML	R脚本	3所示。建模
HTML	R脚本	4所示。数据推理
HTML	R脚本	5。knowYourCG
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	DNAMethylation,MethylationArray,预处理,质量控制,软件
版本	1.18.3
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 4.2.0),sesameData
进口	图形,BiocParallel跑龙套,方法、stringr readr,宠物猫,illuminaio、质量、wheatmap (> = 0.2.0),GenomicRanges,IRanges、网格preprocessCore,S4Vectorsggplot2,BiocFileCache,GenomeInfoDb统计数据,SummarizedExperiment、dplyr reshape2
链接
建议	knitr尺度,DNAcopy,randomForest e1071 RPMM、rmarkdown testthat, tidyr,BiocStyle,grDevices ggrepel KernSmooth,朋友
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/zwdzwd/sesame
BugReports	https://github.com/zwdzwd/sesame/issues
取决于我
进口我	MethReg
建议我	RnBeads,sesameData,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	sesame_1.18.3.tar.gz
Windows二进制	sesame_1.18.3.zip
macOS二进制(x86_64)	sesame_1.18.3.tgz
macOS二进制(arm64)	sesame_1.17.7.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sesame
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/芝麻
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/sesame/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/sesame/
包下载报告	下载数据
老BioC 3.17源码包	源存档