西塞罗

DOI:10.18129 / B9.bioc.cicero

预测cis-co-accessibility从单细胞染色质易访问性数据

Bioconductor版本:版本(3.17)

西塞罗计算假定的顺式地图从单细胞染色质易访问性数据。它还扩展了单片眼镜2用于染色质易访问性数据。

作者:汉娜多义线(aut (cre),科尔杰尔(aut)

维护人员:汉娜多义线< hpliner uw.edu >

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细节

biocViews	ATACSeq,CellBasedAssays,聚类,表观遗传学,GeneRegulation,GeneTarget,ImmunoOncology,测序,SingleCell,软件
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.5.0),单片眼镜,Gviz(> = 1.22.3)
进口	为了(> = 0.2.0),Biobase(> = 2.37.2),BiocGenerics(> = 0.23.0)数据。表(> = 1.10.4)dplyr(> = 0.7.4),模糊神经网络(> = 1.1),GenomicRanges(> = 1.30.3)ggplot2 (> = 2.2.1), glasso (> = 1.8), grDevices, igraph (> = 1.1.0),IRanges(> = 2.10.5),矩阵(1.2 > = -12),方法,平行,plyr (> = 1.8.4) reshape2 (> = 3),S4Vectors(> = 0.14.7),统计、stringi stringr(> = 1.2.0),宠物猫(> = 1.4.2)tidyr, VGAM(> = 1.0 5),跑龙套
链接
建议	AnnotationDbi(> = 1.38.2)、knitr减价,rmarkdown,rtracklayer(> = 1.36.6)、testthat vdiffr (> = 0.2.3) covr
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增强了
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包档案

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源包	cicero_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	cicero_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	cicero_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	cicero_1.17.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/cicero
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/西塞罗
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/cicero/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/cicero/
包下载报告	下载数据