事实上

DOI:10.18129 / B9.bioc.INDEED

交互式的可视化综合微分表达式和差网络分析生物标志物候选人选择方案

Bioconductor版本:版本(3.17)

R包综合微分表达式和差网络分析基于数据使癌症生物标志物的发现。相关和偏相关都可以被用来生成微分网络帮助传统的微分表达式分析来识别生物分子之间的变化在两个表达式和成对协会的水平。详细描述的方法已经发表在期刊(PMID: 27592383)的方法。一个交互式的可视化特性允许生物标志物的探索和选择候选人。

作者:翳明左< yimingzuo gmail.com >, Kian Ghaffari <公斤。ghaffari gmail.com >,李Zhenzhi < zzrickli gmail.com >

维护者:Ressom组< hwr georgetown.edu >、翳明左< yimingzuo gmail.com >

安装

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如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“确实”)

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文档

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browseVignettes(“确实”)

PDF	R脚本	事实上R包对癌症生物标志物的发现
PDF		参考手册

细节

biocViews	BiologicalQuestion,DifferentialExpression,ImmunoOncology,MassSpectrometry,代谢组学,ResearchField,软件,StatisticalMethod
版本	2.14.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	glasso (> = 1.8), R (> = 3.5)
进口	devtools(> = 1.13.0)、图形(> = 3.3.1),数据(> = 3.3.1),跑龙套(> = 3.3.1)igraph (> = 4) visNetwork (> = 2.0.6)
链接
建议	knitr (> = 1.19), rmarkdown (> = 1.8), testthat (> = 2.0.0)
SystemRequirements
增强了
URL	http://github.com/ressomlab/INDEED
BugReports	http://github.com/ressomlab/INDEED/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	INDEED_2.14.0.tar.gz
Windows二进制	INDEED_2.14.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	INDEED_2.14.0.tgz
macOS二进制(arm64)	INDEED_2.14.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/INDEED
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/INDEED/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/INDEED/
包下载报告	下载数据