GIGSEA

DOI:10.18129 / B9.bioc.GIGSEA

基因型估算基因集富集分析

Bioconductor版本:版本(3.17)

我们提出Genotype-imputed基因集富集分析(GIGSEA),一个新颖的方法,使用GWAS-and-eQTL-imputed trait-associated审问基因差异表达基因集富集trait-associated snp。通过合并eQTL从大型基因表达研究,例如GTEx, GIGSEA适当地址等挑战SNP浓缩基因大小、基因边界,SNP远端管理,多种标记物的监管。加权线性回归模型,以模型权重归责的准确性和完整性,是用来执行浓缩试验,正确调整偏差由于不同的基因集的冗余。排列测试,此外,用于评估的意义浓缩,可以很大程度上提高表达效率的计算密集型大型矩阵运算方面的一部分。我们展示了适当的类型我错误率GIGSEA(< 5%),初步结果也显示其良好的性能,发现真正的信号。

作者:家朱

维护人员:家朱<家。朱:mssm.edu >

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PDF	R脚本	GIGSEA:基因型估算基因集富集分析
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细节

biocViews	DifferentialExpression,GeneExpression,GeneRegulation,GeneSetEnrichment,回归,单核苷酸多态性,软件,VariantAnnotation
版本	1.18.0
Bioconductor自	BioC 3.8 (r - 3.5)(4.5年)
许可证	LGPL-3
取决于	R(> = 3.5),矩阵,质量,locfdr,统计,跑龙套
进口
链接
建议	knitr, rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我	GIGSEAdata
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	GIGSEA_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	GIGSEA_1.18.0.zip
macOS二进制(x86_64)	GIGSEA_1.18.0.tgz
macOS二进制(arm64)	GIGSEA_1.17.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/GIGSEA
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ GIGSEA
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/GIGSEA/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GIGSEA/
包下载报告	下载数据