mvGST

DOI:10.18129 / B9.bioc.mvGST

多元定向基因集检测

生物导体版本:发布(3.6)

mvGST提供了独立于平台的工具来识别GO术语(基因集)，这些术语(基因集)在不同的对比中具有不同的活性(向上或向下)。给定矩阵的片面的假定值(行基因,列对比),mvGST使用整合方法结合假定值对所有基因注释每个基因集,然后每个基因集划分为(1)更活跃,不活跃(1),或不显著差异活动(0)在每个感兴趣的对比。通过多个对比，每个基因集被分配到一个差异活性的剖面(交叉对比)。还提供了用于可视化(在GO图中)分类到给定剖面图的基因集的工具。

作者:John R. Stevens和Dennis S. Mecham

维护者:John R. Stevens < John . R. Stevens >史蒂文斯在usu.edu >

安装

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PDF	R脚本	mvGST教程装饰图案
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression，去，GeneSetEnrichment，GraphAndNetwork，微阵列，OneChannel，通路，RNASeq，软件
版本	1.12.2
Bioconductor自	BioC 3.0 (R-3.1)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 2.10.0),GO.db，Rgraphviz
进口	gProfileR，stringr，topGO，GOstats，注释，AnnotationDbi，图
链接
建议	hgu133plus2.db，org.Hs.eg.db
SystemRequirements
增强了
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取决于我
进口我
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构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	mvGST_1.12.2.tar.gz
Windows二进制	mvGST_1.12.2.zip
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	mvGST_1.12.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/mvGST
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/mvGST/
包下载报告	下载数据
BioC 3.6的旧源包	源存档