DESeq

DOI:10.18129 / B9.bioc.DESeq

基于负二项分布的差异基因表达分析

Bioconductor版本:Release (3.6)

估计高通量测序计数数据的方差-均值相关性，并基于使用负二项分布的模型检验差异表达

作者:Simon Anders，海德堡EMBL < fs.tum.de>的sanders

维护者:Simon Anders

安装

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##尝试http://如果https:// url不支持source("//www.andersvercelli.com/biocLite.R") biocLite("DESeq")

文档

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browseVignettes(“DESeq”)

PDF	R脚本	用“DESeq”包分析RNA-Seq数据
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ChIPSeq，DifferentialExpression，RNASeq，圣人，测序，软件
版本	1.30.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (R-2.11)(8年)
许可证	GPL (> = 3)
取决于	BiocGenerics(> = 0.7.5),Biobase(> = 2.21.7),locfit，晶格
进口	genefilter，geneplotter、方法、质量，RColorBrewer
链接
建议	pasilla(> = 0.2.10),vsn，gplots
SystemRequirements
增强了
URL	http://www-huber.embl.de/users/anders/DESeq
取决于我	DBChIP，埃达，metaseqR，Polyfit，SeqGSEA，移行细胞癌，tRanslatome
进口我	ampliQueso，ArrayExpressHTS，DEsubs，easyRNASeq，EDASeq，埃达，gCMAP，HTSFilter，rnaSeqMap，ToPASeq，火神
建议我	BitSeq，compcodeR，dexus，DiffBind，肘，计，genefilter，IHWpaper，oneChannelGUI，适当的，regionReport，SSPA，XBSeq
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用这个包的说明。

源包	DESeq_1.30.0.tar.gz
Windows二进制	DESeq_1.30.0.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.11 (El Capitan)	DESeq_1.30.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/DESeq
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/DESeq/
包下载报告	下载数据