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这个包适用于Bioconductor 3.2版;有关稳定的最新发布版本，请参见GenomicRanges．

沿基因组定义的基因组间隔和变量的表示和操作

Bioconductor版本:3.2

在分析高通量测序数据(又称NGS数据)时，有效地表示和操作基因组注释和比对的能力发挥着核心作用。GenomicRanges包定义了通用容器，用于存储和操作基因组间隔和基因组定义的变量。更专门的容器分别定义在GenomicAlignments和summarizeexperiment包中，用于表示和操作针对参考基因组的短对齐，或类似矩阵的实验摘要。这两个软件包都建立在GenomicRanges基础设施之上。

作者:P. Aboyoun, H. Pagès, M. Lawrence

维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>

安装

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文档

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browseVignettes(“GenomicRanges”)

PDF		GRanges和GRangesList对象的快速介绍
PDF		介绍基因组范围
PDF		延长GenomicRanges
PDF		GenomicRanges howto
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	注释，报道，遗传学，GenomeAnnotation，基础设施，测序，软件
版本	1.22.4
在Bioconductor	BioC 2.6 (R-2.11)(6年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R(>= 2.10)，方法，BiocGenerics(> = 0.16.1),S4Vectors(> = 0.8.6),IRanges(> = 2.4.6),GenomeInfoDb(> = 1.1.20)
进口	跑龙套,统计数据,XVector
链接	S4Vectors，IRanges
建议	Biobase，AnnotationDbi(> = 1.21.1),注释，Biostrings(> = 2.25.3),Rsamtools(> = 1.13.53),SummarizedExperiment(> = 0.1.5),GenomicAlignments，rtracklayer，BSgenome，GenomicFeatures，Gviz，VariantAnnotation，AnnotationHub，DESeq，DEXSeq，刨边机，KEGGgraph，BiocStyle，消化，RUnit，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer2，KEGG.db，hgu95av2.db，org.Hs.eg.db，org.Mm.eg.db，org.Sc.sgd.db，pasilla，pasillaBamSubset，TxDb.Athaliana.BioMart.plantsmart22，TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene，TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我	AllelicImbalance，annmap，AnnotationHubData，Basic4Cseq，baySeq，biomvRCNS，BiSeq，BSgenome，bsseq，BubbleTree，bumphunter，咖啡馆，卡斯珀，cheung2010，嵌合体，ChIPComp，ChIPpeakAnno，ChIPQC，chipseq，cleanUpdTSeq，cn.mops，CNPBayes，cnvGSA，CNVPanelizer，compEpiTools，CSAR，csaw，DASiR，deepSNV，DESeq2，DEXSeq，DiffBind，diffHic，DMRcaller，DMRcatedata，DMRforPairs，DOQTL，EatonEtAlChIPseq，EnrichedHeatmap，ensembldb，ensemblVEP，epigenomix，exomeCopy，fastseg，FourCSeq，GeneBreak，geneRxCluster，基因组，GenomicAlignments，GenomicFeatures，GenomicFiles，GenomicTuples，genoset，GenoView，geuvStore，ggtut，gmapR，哥特，GreyListChIP，groHMM，吉他，Gviz，hiAnnotator，HilbertCurve，HiTC，htSeqTools，IdeoViz，InPAS，intansv，工商管理硕士，metagene，methyAnalysis，methylPipe，minfi，MMDiff，OmicCircos，PGA，平，podkat，QuasR，r3Cseq，Rariant，Rcade，地区，rfPred，rGREAT，riboSeqR，RIPSeeker，RnBeads，RnBeads.hg19，RnBeads.hg38，RnBeads.mm10，RnBeads.mm9，RnBeads.rn5，Rsamtools，RSVSim，rtracklayer，segmentSeq，seqbias，SGSeq，SigFuge，SNPhood，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SomatiCA，SomaticSignatures，SummarizedExperiment，TarSeqQC，trackViewer，TransView，tra利用，VanillaICE，VariantAnnotation，VariantTools，vtpnet，wavClusteR，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38
进口我	ALDEx2，ArrayExpressHTS，舞会礼服，bamsignals，beadarray，击败，biovizBase，BiSeq，BSgenome，篮球选手，CexoR，cgdv17，冠军，chipenrich，chipenrich.data，ChIPseeker，chipseq，ChIPseqR，chromDraw，cn，彗星，conumee，copynumber，文案，COSMIC.67，CoverageView，customProDB，DChIPRep，derfinder，derfinderPlot，DMRcate，easyRNASeq，EDASeq，埃尔默，ELMER.data，epivizr，erma，啪嗒啪嗒地响，FourCSeq，FunciSNP，genomation，genomeIntervals，GenomicAlignments，GenomicInteractions，genotypeeval，GGBase，ggbio，GGtools，GoogleGenomics，gQTLBase，gQTLstats，GUIDEseq，gwascat，h5vc，hiReadsProcessor，HTSeqGenie，检查，iva，LedPred，leeBamViews，萝拉，光民，M3D，MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123，MafDb.ALL.wgs.phase3.release.v5a.20130502，MafDb.ALL.wgs.phase3.release.v5b.20130502，MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137，MafDb.ExAC.r0.3.sites，餐，MEDIPS，methyAnalysis，MethylSeekR，methylumi，MinimumDistance，MMDiff，motifbreakR，NarrowPeaks，诊断，oligoClasses，OrganismDbi，Pbase，pepDat，pepStat，phastCons100way.UCSC.hg19，phastCons100way.UCSC.hg38，phastCons7way.UCSC.hg38，图片，prebs，proBAMr，Pviz，pwOmics，qpgraph，R3CPET，R453Plus1Toolbox，RareVariantVis，rCGH，地区，regionReport，Repitools，rgsepd，RiboProfiling，RNAprobR，rnaSeqMap，咆哮，seq2pathway，SeqArray，seqPattern，seqplots，SeqVarTools，ShortRead，SICtools，simulatorZ，SNPchip，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20090506，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20100427，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20101109，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20110815，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20111119，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP.20120608，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38，soGGi，SomatiCA，SomaticCancerAlterations，连接工具，SplicingGraphs，SVM2CRM，systemPipeR，TCGAbiolinks，TFBSTools，ToPASeq，tracktables，三层，VariantFiltering，waveTiling，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP141.GRCh38，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37，XtraSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh38
建议我	AnnotationHub，BeadArrayUseCases，biobroom，BiocGenerics，BiocParallel，腰带，GenomeInfoDb，gtrellis，interactiveDisplay，IRanges，metaseqR，海市蜃楼，NarrowPeaks，NGScopy，SeqGSEA，斯坦
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 在R会话中使用此包的说明。

包的来源	GenomicRanges_1.22.4.tar.gz
Windows二进制	GenomicRanges_1.22.4.zip(32位和64位)
Mac OS X 10.6 (Snow Leopard)	GenomicRanges_1.22.1.tgz
Mac OS X 10.9 (Mavericks)	GenomicRanges_1.22.4.tgz
Subversion源	(用户名/密码:只读的)
Git源代码	https://github.com/Bioconductor-mirror/GenomicRanges/tree/release-3.2
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/GenomicRanges/
软件包下载报告	下载数据