RiboCrypt

DOI:10.18129 / B9.bioc.RiboCrypt

交互式可视化在基因组学

Bioconductor版本:版本(3.17)

R包交互式可视化和浏览门店数据。它包含一个浏览器记录和基因组协调的观点。除了QC和一般包括metaplots,其中微分翻译区和基因表达。包仍处于开发阶段。

作者:米甲Swirski (cre, aut cph],哈Tjeldnes aut,施莱,Kornel Labun(施)

维护人员:米甲Swirski <米甲。在uw.edu.pl swirski >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“RiboCrypt”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“RiboCrypt”)

HTML	R脚本	RiboCrypt_app_tutorial.html
HTML	R脚本	RiboCrypt_overview.html
PDF		参考手册
文本		许可证

细节

biocViews	RNASeq,RiboSeq,测序,软件
版本	1.6.0
Bioconductor自	BioC 3.14 (r - 4.1)(1.5年)
许可证	麻省理工学院+文件许可证
取决于	R (> = 3.6.0),ORFik(> = 1.13.12)
进口	bslib,BiocGenerics,BiocParallel,Biostrings、数据。表、dplyrGenomeInfoDb,GenomicFeatures,GenomicRanges,htmlwidgets ggplot2 httr,IRangesNGLVieweR jsonlite knitr,减价,阴谋,rlang, RCurl,闪亮,shinycssloaders, shinyhelper, shinyjqui stringr
链接
建议	testthat rmarkdown,BiocStyle,BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/m-swirski/RiboCrypt
BugReports	https://github.com/m-swirski/RiboCrypt/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循2021年欧洲杯比分预测 指示在R会话中使用这个包。

源包	RiboCrypt_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	RiboCrypt_1.6.0.zip(64位)
macOS二进制(x86_64)	RiboCrypt_1.6.0.tgz
macOS二进制(arm64)	RiboCrypt_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RiboCrypt
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ RiboCrypt
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/RiboCrypt/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/RiboCrypt/
包下载报告	下载数据