segmentSeq

获取高通量测序数据，并使用它来定义高密度reads对齐的基因组片段。

Bioconductor版本:2.6

高通量测序技术允许生产大量的短序列，这些短序列可以与基因组对齐，以创建一组与基因组匹配的序列。通过寻找基因组中有高密度匹配的区域，我们可以推断出基因组的分割为具有生物学意义的区域。这个包中的方法允许同时分割来自多个样本的数据，考虑到复制数据，以创建一个一致的分割。这在许多类型的测序实验中有明显的应用，特别是在小RNA位点的发现和新的mRNA转录组的发现方面。

作者:Thomas J. Hardcastle

维护者:Thomas J. Hardcastle

要安装这个包，启动R并输入:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”)biocLite(“segmentSeq”)

要在出版物中引用此包，请输入R并输入:

引用(“segmentSeq”)

文档

PDF	R脚本	segmentSeq
PDF		参考手册

细节

biocViews	生物信息学，HighThroughputSequencing，MultipleComparisons
取决于	R(>= 2.3.0)，方法，baySeq(> = 1.1.23),ShortRead
进口	baySeq，图形，grDevices，IRanges，方法，utils
建议	雪
系统需求
许可证	GPL-3
URL
全靠我
进口我
建议我
版本	1.0.1
自	Bioconductor 2.6 (R-2.11)

包下载

包的来源	segmentSeq_1.0.1.tar.gz
Windows二进制	segmentSeq_1.0.1.zip(32位和64位)
MacOS 10.5 (Leopard)二进制文件	segmentSeq_1.0.1.tgz
软件包下载报告	下载数据