MassArray

MassArray数据分析工具

Bioconductor版本:2.6

这个包是专为进口,质量控制,分析和可视化的甲基化数据生成使用Sequenom MassArray平台。所包含的工具非常详细扩增子预测最优试验设计。还包括的数据质量控制措施,如引物二聚体和亚硫酸氢转换效率估算。甲基化数据计算使用相同的算法中包含EpiTyper软件包。此外,可以使用自动SNP-detection国旗可能混淆来自特定CG站点的数据。可视化包括barplots甲基化数据以及UCSC基因组浏览器兼容床上的痕迹。多个化验可以定位相结合进行综合分析。

作者:里德·汤普森< rthompso aecom.yu.edu >,约翰•m•Greally < jgreally aecom.yu.edu >

维修工:里德f·汤普森< rthompso aecom.yu.edu >

安装这个包,开始R和输入:

源(“//www.andersvercelli.com/biocLite.R”) biocLite (“MassArray”)

在出版物引用这个包,开始R和输入:

引用(“MassArray”)

文档

PDF	R脚本	1。底漆
PDF		conversion.pdf
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation,单核苷酸多态性,MassSpectrometry,遗传学,DataImport,可视化
取决于	R(> = 2.10.0)方法
进口	图形、grDevices方法、统计跑龙套
建议
系统需求
许可证	GPL (> = 2)
URL
取决于我
进口我
建议我
版本	1.0.0
自	Bioconductor 2.6 (r - 2.11)

包下载

包的来源	MassArray_1.0.0.tar.gz
Windows二进制	MassArray_1.0.0.zip(32位和64位)
MacOS 10.5(豹)二进制	MassArray_1.0.0.tgz
包下载报告	下载数据