.hingnamespace（）中的'org.hs.eg.db'中的负载失败
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亚伦▴140
@ A3151529
最后3天前见过
美国

我正在尝试安装和加载PathView（1.31.2）包，但无法使用以下错误加载。我有rqslite 2.2.6和org.hs.eq.db 3.12.0。你能帮我出去吗？

> library(pathview) Error: package or namespace load failed for ‘pathview’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors > sessionInfo( ) R version 4.0.5 (2021-03-31) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 16.04.5 LTS Matrix products: default BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3 LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 [8] LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] AnnotationDbi_1.52.0 IRanges_2.24.1 S4Vectors_0.28.1 Biobase_2.50.0 BiocGenerics_0.36.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] KEGGgraph_1.50.0 Rcpp_1.0.6 tidyr_1.1.3 png_0.1-7 Biostrings_2.58.0 assertthat_0.2.1 digest_0.6.27 utf8_1.2.1 R6_2.5.0 [10] RSQLite_2.2.6 evaluate_0.14 httr_1.4.2 ggplot2_3.3.3 pillar_1.5.1 zlibbioc_1.36.0 rlang_0.4.10 lazyeval_0.2.2 rstudioapi_0.13 [19] data.table_1.14.0 Rgraphviz_2.34.0 blob_1.2.1 rmarkdown_2.7 htmlwidgets_1.5.3 RCurl_1.98-1.3 bit_4.0.4 munsell_0.5.0 tinytex_0.31 [28] compiler_4.0.5 xfun_0.22 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.1.1 tidyselect_1.1.0 KEGGREST_1.30.1 tibble_3.1.0 XML_3.99-0.6 fansi_0.4.2 [37] viridisLite_0.3.0 crayon_1.4.1 dplyr_1.0.5 bitops_1.0-6 grid_4.0.5 jsonlite_1.7.2 gtable_0.3.0 lifecycle_1.0.0 DBI_1.1.1 [46] magrittr_2.0.1 scales_1.1.1 graph_1.68.0 cachem_1.0.4 XVector_0.30.0 ellipsis_0.3.1 generics_0.1.0 vctrs_0.3.7 RColorBrewer_1.1-2 [55] tools_4.0.5 Cairo_1.5-12.2 bit64_4.0.5 glue_1.4.2 purrr_0.3.4 fastmap_1.1.0 yaml_2.2.1 colorspace_2.0-0 BiocManager_1.30.12 [64] memoise_2.0.0 plotly_4.9.3 knitr_1.31 > BiocManager::valid() 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details replacement repositories: CRAN: https://cloud.r-project.org [1] TRUE

谢谢，

亚伦
org.hs.eg.db.Pathview.•1.0千克视图
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我遇到了与org.hs.eg.db的相同问题我是相同的配置和版本的包，但是在Ubuntu 20.04.2 LTS下运行

安装Viabiocmanager ::安装（“org.hs.eg.db”）加载包装时变得正常库（“org.hs.eg.db”）它提供了与您的错误相同的错误。

我将遵循此问题的更新。

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我对加载org.hs.eg.db包具有相同的问题。错误如下

Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors

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我也有同样的问题。我可以安装org.hs.eg.db，但不加载...与rstudio。如果我在终端运行代码是的，我可以做到。

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是的，对我来说也一样！终端介乎很好，而不是rstudio

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它不是解决方案，而是能够使用RMD生成报告，我用系统（“script.r”）运行脚本，并加载结果

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我遇到了同样的问题。我的脚本在昨天跑得很好，没有问题安装包和库。今天，我正在使用RMD来编写一个浓缩分析的报告，我陷入了激活的org.hs.eg.db“库。我换了邮件：

"Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors"

即使我运行命令库（“org.hs.eg.db”），它似乎是一个正在进行的目前的概括问题，即使我运行命令库（“org.hs.eg.db”）今天一个单独的脚本！

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我有同样的问题，我的代码正在工作，我去吃午饭，现在不是。pathview，org.mm.eg.db和org.hs.eg.db包不会加载。所有给出错误：

错误：“pathview”包或命名空间负载失败：.hoadnamespace（）中的“org.hs.eg.db”中的失败失败，详细信息：呼叫：l $ container错误：$ operator对原子矢量无效

任何解决方案？

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我有一个类似的问题（MacOS 10.15.7），用于HS和MM EG.DB包。我重新安装了R和所有库，错误仍然存​​在。

我的我的东西：

> library(org.Mm.eg.db) Error: package or namespace load failed for ‘org.Mm.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Mm.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors > sessionInfo() R version 4.0.5 (2021-03-31) Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit) Running under: macOS Catalina 10.15.7 Matrix products: default BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib locale: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 attached base packages: [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base other attached packages: [1] AnnotationDbi_1.52.0 IRanges_2.24.1 S4Vectors_0.28.1 [4] Biobase_2.50.0 BiocGenerics_0.36.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] Rcpp_1.0.6 DBI_1.1.1 RSQLite_2.2.6 [4] cachem_1.0.4 rlang_0.4.10 blob_1.2.1 [7] vctrs_0.3.7 tools_4.0.5 bit64_4.0.5 [10] bit_4.0.4 fastmap_1.1.0 compiler_4.0.5 [13] pkgconfig_2.0.3 BiocManager_1.30.12 memoise_2.0.0

org.mm.eg.db.安装而没有错误。

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我无法看到org.hs.eg.db安装，重试biocmanager ::安装（“org.hs.eg.db”）？

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我遇到了同样的错误。我也下载了源包（来自https://biocumon.org/packages/release/data/annotation/html/org.hs.eg.db.html.）并安装在Rstudio中，没有错误。加载库时，返回与您的错误相同的错误：

库（“org.hs.eg.db”）Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors

我在周末在周末使用这个图书馆没有任何问题。也许有一个问题的图书馆的问题？

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同样有这个问题（r 4.0.3）与今天的org.mm.eg.db。昨天都在罚款。今天早上我已经更新了几个包，可能导致了这个问题。我也一直在连接到go.db也许有某种冲突？

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可能是，它也在最近的过去为我工作。FYI，我试图安装旧版R（3.6.1）＆org.mm.eg.db.在一个condenv和rstudio从env。仍然是相同的包装错误。

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但是，使用Conda安装的Rstudio帮助（见下文）。

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@ kevin-ushey-5913
最后在15小时前看到
美国

这似乎是rsqlite包和rstudio的最新版本之间的通信中的错误。在临时，您可以运行：

选项（connectionsobserver = null）

在尝试加载这些包之前的RStudio r会话中（或使用通过rsqlite连接连接的包）。

您还可以安装先前版本的RSQLite使用雷鬼，例如，和：

remotes :: install_version（“rsqlite”，版本=“2.2.5”）

抱歉麻烦 - 我们会尽量尽快解决这个问题。： - /
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这对我不起作用，我仍然得到相同的错误。

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重新启动R.这最终为我工作（特别是RSQLite回滚），但它在任何一种情况下都是临时修复。

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我很高兴看到这是一个rstudio问题而不是我的问题！我以为我疯了。

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泉剑▴20
@ 4524930d.
最后2天前见过
台湾

奇怪的是，当我使用终端r来加载org.hs.eg.db时，如果您急于使用它，这可能是一个帮助
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此错误现在也将作为Rstudio提交为问题：发布注释数据库连接只要在rstudio

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请尽快解决此问题。

Rstudio在加载org.hs.eg.db包中仍在生成错误

库（“org.hs.eg.db”）Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors

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agata.▴20
@ ef52dc19.
最后1天前见过
瑞典

这不是解决方案，但它可能有助于一些需要的人org.nn.eg.db.现在并希望继续在Rstudio工作。

我创建了一个公共环境：

# install mamba, a faster env solver than conda in your base conda env conda install mamba -n base -c conda-forge conda create -n R-orgMm conda activate R-orgMm mamba install -c r r-essentials r-base=3.6.1 mamba install -c bioconda bioconductor-org.Mm.eg.db mamba install -c r rstudio

然后从该环境中启动Conda安装的Rstudio：

rstudio.

其余的是常用的业务。我没有验证这是多么稳定或如何与其他软件包配合使用。
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FYI，DEET的rstudio.版本

Rstudio 1.1.456 H04F5B5A_1 R / OSX-64
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