Question

.hingnamespace（）中的'org.hs.eg.db'中的负载失败

15.

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阿伦▴150.

@a3151529

最后一次出现是7天前

美国

我正在尝试安装和加载PathView（1.31.2）包，但无法使用以下错误加载。我有rqslite 2.2.6和org.hs.eq.db 3.12.0。你能帮我出去吗？

> library(pathview) Error: package or namespace load failed for ‘pathview’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors > sessionInfo( ) R version 4.0.5 (2021-03-31) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 16.04.5 LTS Matrix products: default BLAS: /usr/lib/openblas-base/libblas.so.3 LAPACK: /usr/lib/libopenblasp-r0.2.18.so locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=en_US.UTF-8 [8] LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets methods base other attached packages: [1] AnnotationDbi_1.52.0 IRanges_2.24.1 S4Vectors_0.28.1 Biobase_2.50.0 BiocGenerics_0.36.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] KEGGgraph_1.50.0 Rcpp_1.0.6 tidyr_1.1.3 png_0.1-7 Biostrings_2.58.0 assertthat_0.2.1 digest_0.6.27 utf8_1.2.1 R6_2.5.0 [10] RSQLite_2.2.6 evaluate_0.14 httr_1.4.2 ggplot2_3.3.3 pillar_1.5.1 zlibbioc_1.36.0 rlang_0.4.10 lazyeval_0.2.2 rstudioapi_0.13 [19] data.table_1.14.0 Rgraphviz_2.34.0 blob_1.2.1 rmarkdown_2.7 htmlwidgets_1.5.3 RCurl_1.98-1.3 bit_4.0.4 munsell_0.5.0 tinytex_0.31 [28] compiler_4.0.5 xfun_0.22 pkgconfig_2.0.3 htmltools_0.5.1.1 tidyselect_1.1.0 KEGGREST_1.30.1 tibble_3.1.0 XML_3.99-0.6 fansi_0.4.2 [37] viridisLite_0.3.0 crayon_1.4.1 dplyr_1.0.5 bitops_1.0-6 grid_4.0.5 jsonlite_1.7.2 gtable_0.3.0 lifecycle_1.0.0 DBI_1.1.1 [46] magrittr_2.0.1 scales_1.1.1 graph_1.68.0 cachem_1.0.4 XVector_0.30.0 ellipsis_0.3.1 generics_0.1.0 vctrs_0.3.7 RColorBrewer_1.1-2 [55] tools_4.0.5 Cairo_1.5-12.2 bit64_4.0.5 glue_1.4.2 purrr_0.3.4 fastmap_1.1.0 yaml_2.2.1 colorspace_2.0-0 BiocManager_1.30.12 [64] memoise_2.0.0 plotly_4.9.3 knitr_1.31 > BiocManager::valid() 'getOption("repos")' replaces Bioconductor standard repositories, see '?repositories' for details replacement repositories: CRAN: https://cloud.r-project.org [1] TRUE

谢谢，

阿伦

org.hs.eg.db.Pathview.•2.2K视图

添加评论•链接 4小时前更新konglingmingklm.•0•写在7天前阿伦▴150.

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我在org.Hs.eg.db上也遇到了同样的问题，我有相同的配置和包版本，但是运行在Ubuntu 20.04.2 LTS下

安装通过biocmanager ::安装（“org.hs.eg.db”）很好，但是当加载包时库(“org.Hs.eg.db”)它提供了与您的错误相同的错误。

我将遵循此问题的更新。

添加回复•链接 7天前Laura.Mannarino▴20

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我有相同的问题加载org.Hs.eg.db包。错误如下

Error: package or namespace load failed for 'org.Hs.eg.db': .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db'， details: call: l$contains

添加回复•链接 7天前做它！▴10

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我也有同样的问题。我可以安装org.hs.eg.db，但不加载...与rstudio。如果我在终端运行代码是的，我可以做到。

添加回复•链接 7天前Josep.•0

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对，我也一样!在终端上一切正常，但在RStudio中不是这样

添加回复•链接 6天前Laura.Mannarino▴20

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它不是解决方案，而是能够使用RMD生成报告，我用系统（“script.r”）运行脚本，并加载结果

添加回复•链接 6天前Josep.•0

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我也遇到了同样的问题。直到昨天，我的脚本运行良好，安装包和库都没有问题。今天，我正在使用RMD写一个浓缩分析报告，我卡住了激活org.Hs.eg.db“库。我得到了回信:

"Error: package or namespace load failed for ‘org.Hs.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors"

这似乎是一个目前正在进行的普遍问题，因为我得到了相同的问题，即使我运行命令库(“org.Hs.eg.db”)一个单独的脚本今天!!

添加回复•链接 6天前Federica.Merella.•0

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我也有同样的问题，我的代码是工作的，我去吃午饭，现在它不是。pathview、org.Mm.eg.db和org.Hs.eg.db包不会加载。都给出了错误:

错误：“pathview”包或命名空间负载失败：.hoadnamespace（）中的“org.hs.eg.db”中的失败失败，详细信息：呼叫：l $ container错误：$ operator对原子矢量无效

有解决方案吗?

添加回复•链接 5天前米歇尔•0

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我有一个类似的问题(MacOS 10.15.7)，无论是Hs和Mm eg.db包。我已经重新安装了R和所有库，错误仍然存在。

我以:

> library(org.Mm.eg.db) Error: package or namespace load failed for ‘org.Mm.eg.db’: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Mm.eg.db', details: call: l$contains error: $ operator is invalid for atomic vectors > sessionInfo() R version 4.0.5 (2021-03-31) Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit) Running under: macOS Catalina 10.15.7 Matrix products: default BLAS: /System/Library/Frameworks/Accelerate.framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib locale: [1] en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8/C/en_US.UTF-8/en_US.UTF-8 attached base packages: [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base other attached packages: [1] AnnotationDbi_1.52.0 IRanges_2.24.1 S4Vectors_0.28.1 [4] Biobase_2.50.0 BiocGenerics_0.36.0 loaded via a namespace (and not attached): [1] Rcpp_1.0.6 DBI_1.1.1 RSQLite_2.2.6 [4] cachem_1.0.4 rlang_0.4.10 blob_1.2.1 [7] vctrs_0.3.7 tools_4.0.5 bit64_4.0.5 [10] bit_4.0.4 fastmap_1.1.0 compiler_4.0.5 [13] pkgconfig_2.0.3 BiocManager_1.30.12 memoise_2.0.0

org.Mm.eg.db安装而没有错误。

添加回复•链接 7天前agata.▴20

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面临同样的问题:

ra_processed < - input_processing（输入= ra_input，＃输入：在这种情况下，差异表达结果

p_val_threshold = 0.05，＃p值阈值以过滤有效基因

PIN_NAME_PATH =“BIOGRID”，＃用于活动子网搜索的PIN的名称

Error: .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db'， details: call: l$contains Error: $ operator is invalid for atomic vectors .(如果是原子向量，则是无效的

添加回复•链接 2天前迪帕克时•0

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我遇到了同样的错误。我也下载了源包（来自//www.andersvercelli.com/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html）并安装在Rstudio中，没有错误。加载库时，返回与您的错误相同的错误：

库(“org.Hs.eg.db”)Error: package or namespace load failed for 'org.Hs.eg.db': .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db'， details: call: l$contains

我在周末在周末使用这个图书馆没有任何问题。也许有一个问题的图书馆的问题？

添加回复•链接 6天前帕特▴10

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我无法看到org.hs.eg.db安装，重试biocmanager ::安装（“org.hs.eg.db”）？

添加回复•链接 7天前Basti▴70

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org.Mm.eg.db今天也有这个问题(R 4.0.3)。昨天一切都很顺利。我今天早上更新了几个包，可能是它们导致了这个问题。我也在连接go。db也许有什么冲突?

添加回复•链接 6天前echambers.•0

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有可能，这在最近对我也起了作用。供你参考，我试图安装一个较老版本的R (3.6.1) &org.Mm.eg.db在一个conda在env中运行Rstudio。仍然是相同的包加载错误。

添加回复•链接 6天前agata.▴20

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但是，使用Conda安装的Rstudio帮助（见下文）。

添加回复•链接 6天前agata.▴20

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我也有同样的问题。没有工作…我什么都试过了!!

添加回复•链接 1天前维多利亚•0

score 10. · Answer 1 · 2021-04-13

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凯文乌希亨▴110

@kevin - ushey - 5913

最后一次出现是两天前

美国

这似乎是rsqlite包和rstudio的最新版本之间的通信中的错误。在临时，您可以运行：

选项(connectionsObserver = NULL)

在尝试加载这些包之前的RStudio r会话中（或使用通过rsqlite连接连接的包）。

您还可以使用雷鬼，例如，和：

remotes :: install_version（“rsqlite”，版本=“2.2.5”）

抱歉麻烦 - 我们会尽量尽快解决这个问题。： - /

添加评论•链接 5天前凯文乌希亨▴110

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我很高兴看到这是RStudio的问题，而不是我的问题!我以为我疯了。

添加回复•链接 4天前肖恩卫星▴20

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我也有同样的问题，我以为我疯了。

添加回复•链接 4天前Xulei霍•0

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这对我不起作用，我还是会得到同样的错误。

添加回复•链接 4天前米歇尔•0

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重新启动R.这最终为我工作（特别是RSQLite回滚），但它在任何一种情况下都是临时修复。

添加回复•链接 4天前rogangrant•0

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我试着重新启动，但它还是不起作用。

添加回复•链接 2天前米歇尔•0

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重启对我来说很有效。

添加回复•链接 2天前郝张•0

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谢谢你提出解决这个问题的建议!这个方法很好地解决了我的问题，但代码有拼写错误，应该改为选项(connectionObserver = NULL)。起初，我复制了你的代码，发现它并没有解决问题。原来是代码的拼写错误。我希望我的经验能对别人有用。

添加回复•链接 4小时前konglingmingklm.•0

score 3. · Answer 2 · 2021-04-13

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泉剑▴30.

@4524930d

最后6天前见过

台湾

奇怪的是，当我使用终端R加载org. hseg .db时，它可以很好地加载，如果你急于使用它，这可能会有帮助

添加评论•链接 6天前泉剑▴30.

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这个错误现在在RStudio中也被归档为一个问题:发布注释数据库连接只有在rstudio

添加回复•链接 6天前s▴20

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请尽快解决此问题。

Rstudio在加载org.hs.eg.db包中仍在生成错误

库(“org.Hs.eg.db”)Error: package or namespace load failed for 'org.Hs.eg.db': .onLoad failed in loadNamespace() for 'org.Hs.eg.db'， details: call: l$contains

添加回复•链接 4天前Subhajit.▴10

score 0. · Answer 3 · 2021-04-13

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agata.▴20

@ ef52dc19.

最后一次见到5天前

瑞典

这不是解决方案，但它可能有助于一些需要的人org.nn.eg.db.现在并希望继续在Rstudio工作。

我创造了一个conda环境:

conda env conda install -n base -c conda-forge conda create -n r- orgmm conda activate r- orgmm mamba install -c r-essentials r-base=3.6.1

然后在这个环境中启动conda安装的RStudio:

rstudio

剩下的一切如常。我还没有验证它有多稳定，或者它如何与其他包一起工作。

添加评论•链接 6天前agata.▴20

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供你参考，细节rstudio版本

rstudio 1.1.456 h04f5b5a_1

添加回复•链接 6天前agata.▴20