| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 孙永明 | 应用生物系统基因组调查微阵列(AB1700)基因表达数据的微阵列质量保证和统计数据分析。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | 卡斯珀丹尼尔汉森 | Affymetrix文件解析SDK |
| affy | Rafael A. Irizarry | Affymetrix寡核苷酸阵列方法 |
| affycomp | Rafael A. Irizarry | 图形工具箱评估Affymetrix表达措施 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 功能有用的那些做重复分析与Affymetrix基因芯片。 |
| affydata | 劳伦特 | 用于演示目的的Affymetrix数据 |
| affyio | 本杰明·米洛·博尔斯塔德 | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | 图形用户界面的affy分析使用limma包 |
| affypdnn | 劳伦特 | 探测依赖最近邻(PDNN)的affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 拟合探针级模型的方法 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 生成affyBatch对象的QC报告 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | 注释工具Affymetrix生物元数据 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包生成器 |
| 注释 | Biocore团队 | 微阵列注释 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 使用AP-MS蛋白数据估计蛋白复合体成员 |
| applera | 弗朗西斯卡Cordero | applera |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 仅使用基本R数据类型的微阵列数据规范化和可视化的轻量级方法 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA阵列质量控制及预处理 |
| arrayQCplot | Eun-kyung李 | 探索微阵列数据并检查质量和可重复性。 |
| arrayQuality | 答:Paquet | 点阵阵列质量评估 |
| beadarray | 马克·邓宁 | 头阵列的质量控制和低级分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | Illumina SNP头阵列归一化和报告 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | Illumina BeadChip数据的QC、规范化、注释和探索 |
| 荡妇 | 布莱恩·s·杨德尔 | 贝叶斯间隔映射诊断 |
| Biobase | Biocore团队 | 生物基:生物导体的基础功能 |
| biocViews | 赛斯猎鹰 | R包存储库的分类视图 |
| bioDist | Biocore团队 | 不同的距离测量 |
| biomaRt | 史蒂芬Durinck | 与BioMart数据库的接口(例如Ensembl, Wormbase, Gramene和Uniprot) |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类使用Biobase |
| Biostrings | h .页面 | 表示生物序列的字符串对象，以及匹配算法 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 差异基因表达的贝叶斯鲁棒推断 |
| BSgenome | h .页面 | 基于biostrings的基因组数据包的基础设施 |
| 类别 | 美国猎鹰 | 类别分析 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 基于细胞的筛选分析 |
| cghMCR | j .张 | 找到显示共同增益/损失的染色体区域 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 基因表达数据的多模式可视化 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算微阵列数据的集群稳定性分数 |
| CoCiteStats | r .绅士 | 基于共引的不同检验统计量。 |
| codelink | 迭戈Diez | Codelink生物阵列数据的操作。 |
| 转换 | 杨尔华(Jean) | 转换微阵列数据对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 执行癌症异常值分析的功能。 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树的转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 析因双色微阵列数据的有效设计与分析 |
| DEDS | 肖渊源 | 微阵列数据的距离汇总差分表达 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 进行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | e·s·文卡特拉曼 | DNA拷贝数数据分析 |
| DynDoc | Biocore团队 | 动态文档工具 |
| EBarrays | Deepayan Sarkar | 微阵列的经验贝叶斯 |
| EBImage | 奥列格Sklyar | 图像处理和分析工具包的R |
| ecolitk | 劳伦特 | 大肠杆菌的元数据和工具 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 析因设计微阵列实验分析 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 微阵列实验的FDR调整(FDR- ame) |
| 群 | 保罗·香农 | 在R和Java生物信息学程序之间广播数据 |
| gcrma | z吴 | 使用序列信息进行背景调整 |
| genArise | 国际金融公司开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore团队 | 基因过滤器:从微阵列实验中过滤基因的方法 |
| GeneMeta | Biocore团队 | 高通量实验荟萃分析 |
| geneplotter | Biocore团队 | Bioconductor的图形相关功能 |
| 总的来说 | y d 'Aubenton-Carafa | R表示基因和序列分析 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一种基因推荐算法，用于识别与基因查询集共表达的基因 |
| GeneSpring | 桑·德·波尔 | genesspring R集成函数 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| 麝猫 | Korbinian Strimmer | 微阵列时间序列和网络分析 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI Gene Expression Omnibus (GEO)获取数据 |
| gff3Plotter | 奥列格Sklyar | 基因组布局实验数据绘制 |
| GGtools | stvjc | 基因基因组学的软件和数据(c) 2006 VJ Carey |
| 很高兴 | 菲利普·玫瑰� | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算组间差异基因表达的全局测试 |
| globaltest | Jelle Goeman | 检测基因群与临床变量的关联 |
| GOstats | 美国猎鹰 | 操作氧化石墨烯和微阵列的工具。 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 基因本体数据库的功能 |
| gpl | Biocore团队 | 用广义偏最小二乘进行分类 |
| 图 | 赛斯猎鹰 | 一个处理图形数据结构的包 |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图论关联测验 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“校正补片”程序 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 显示协变量和着色簇的热图 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 多条件下鉴别差异表达基因的异质误差模型 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六边形装箱例程 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层有序分区和压缩混合(HOPACH) |
| 超图 | 赛斯猎鹰 | 一个提供超图数据结构的包 |
| Icens | Biocore团队 | 删减和截断数据的NPMLE |
| 染色体组型 | 卡尔·j·戴科马 | 染色体组型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | impute:微阵列数据的输入 |
| iSNetwork | 伊丽莎白·惠伦 | 交互式网络图 |
| iSPlot | 伊丽莎白·惠伦 | 连接图 |
| KEGGSOAP | j .张 | 客户端SOAP访问KEGG |
| lapmix | Yann Ruffieux | 芯片实验中的拉普拉斯混合模型 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | limma包的GUI |
| LMGene | 李根哲 | LMGene软件用于基因表达阵列中差异表达基因的数据转换和鉴定 |
| logicFS | Holger Schwender | SNP相互作用的鉴定 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 局部池误差(LPE)方法分析微阵列数据的方法 |
| maanova | Lei吴 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 可视化微阵列数据中的人工关联 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 微阵列数据库和微阵列数据分析的实用函数。 |
| made4 | Aedin Culhane | 使用ADE4对微阵列数据进行多变量分析 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | CDF环境制作器 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | CGH微阵列标准化 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 计算Mantel集群相关性 |
| marray | 杨尔华(Jean) | 双色斑点微阵列数据的探索性分析 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 基因表达谱在时序芯片数据中的显著差异 |
| matchprobes | Biocore团队 | 用于阵列探针序列匹配的工具 |
| MCRestimate | 马库斯Ruschhaupt | 交叉验证的误分类误差估计 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 相关系数的测量误差模型估计 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 整合微阵列数据进行荟萃分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 时间序列基因表达数据的软聚类 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 统一接口到R机器学习程序的数据在Bioconductor容器 |
| mmgmos | Xuejun刘 | 多芯片改进的寡核苷酸信号伽玛模型 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | 基于重采样的多重假设检验 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套效应模型重建表型层次 |
| nnNorm | Tarca Laurentiu | 基于鲁棒神经网络的cDNA微阵列数据空间和强度归一化 |
| 推动 | n .院长 | 正常均匀差异基因表达检测 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 微阵列实验的工作特性加上样本大小和局部fdr |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化双色微阵列的局部强度依赖归一化 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 图形用户界面的OLIN |
| ontoTools | 文斯凯里 | 处理本体的图和稀疏矩阵;用于具有出处管理的命名法的形式化对象 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 有序基因表的相似性 |
| pairseqsim | 维特尔Wolski | 两两序列比对相似性简单。 |
| pamr | Rob TIbshirani | 微阵列预测分析 |
| panp | 华伦 | 负链匹配问题集的存在-缺失调用 |
| pathRender | 李长 | 呈现分子通路 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | 一个PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的t平方法 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 基于惩罚判别方法的微阵列样本分类 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | PostgreSQL数据库的实用函数 |
| pickgene | 布莱恩·s·杨德尔 | 微阵列表达数据分析的自适应基因选择 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 软件包依赖工具 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 实现Affymetrix PLIER算法 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质-蛋白质相互作用统计包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 基于细胞功能分析的数据分析 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和阵列数据的基因组可视化 |
| qvalue | 约翰·d·斯托里 | 错误发现率控制的q值估计 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 微阵列鲁棒性分析 |
| RankProd | Fangxin香港 | 秩积法鉴别差异表达基因及其在meta分析中的应用 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持施普林格生物导体专著 |
| RBGL | 李长 | 接口增强c++图形库 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·戴科马 | 地域表达偏见 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 从TIGR Resourcerer读取注释数据或将注释数据转换为Bioconductor数据包。 |
| rflowcyt | 勒穆尔 | 分析流式细胞术的统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | 杰夫绅士 | 为R图形对象提供绘图功能 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| rmap | VJ凯里 | 接口到mapper.chip.org |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 用于ROC的实用程序，以数组为重点 |
| Rredland | VJ凯里 | redland RDF实用程序的接口 |
| RSNPper | VJ凯里 | 接口到chip.org::SNPper获取snp相关数据 |
| Ruuid | Biocore团队 | Ruuid:提供通用唯一的ID值 |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 功能与表达的意义分析 |
| SAGElyzer | Jianhua张 | 一个处理SAGE库的包 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 用于读取和比较SAGE库的函数集合 |
| SAGx | 每Broberg | 基因芯片的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在silicon Interactome |
| siggenes | Holger Schwender | SAM和Efron的经验贝叶斯方法 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的高层次分析Affymetrix数据 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 计算模拟AP-MS技术。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 微阵列研究中的样本大小和功率计算 |
| snapCGH | 迈克•史密斯 | aCGH数据的分割、归一化和处理。 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix Spike-in Langmuir等温线数据分析工具 |
| splicegear | 劳伦特 | splicegear |
| splots | 奥列格Sklyar | 用于高吞吐量屏幕的可视化例程 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列斑点块分割与网格划分 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | Affymetrix寡核苷酸微阵列的S-Score算法 |
| ssize | 格雷戈里·r·沃恩斯 | 估计微阵列样本量 |
| 斯塔姆 | 克劳迪奥·Lottaz | 微阵列数据的结构化分析 |
| stepNorm | 肖渊源 | cDNA微阵列的逐步归一化函数 |
| tilingArray | w·休伯 | 高密度寡核苷酸平铺阵列分析 |
| timecourse | 玉川台 | 发育微阵列时间过程数据的统计分析 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R的tk小部件 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 局部错误发现率的估计 |
| TypeInfo | 邓肯·邓波儿·朗 | 可选型号规格 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定和校准 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 用于处理Sweave文档的工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | 生物导体网络接口 |
| widgetInvoke | 杰夫绅士 | 函数的评估小部件 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC/MS和GC/MS数据分析 |