1注释

• Bioconductor提供广泛的访问资源(见“注释”AnnotationDatabiocViews层次结构);一些有趣的探索在这个实验室的例子包括:
• biomaRt,PSICQUIC,KEGGREST和其他包查询在线资源;每一个信息片段。
• AnnotationDbi的基石吗注释数据包由Bioconductor提供。
  • org包(例如,org.Hs.eg.db)包含不同基因之间的映射标识符,例如,可以和象征。这些包的基本接口描述帮助页面选择吗?
  • TxDb包(例如,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene)包含基因模型(坐标外显子,外显子/记录关系等)来自常见来源如hg19 knownGene跟踪UCSC基因组浏览器。这些包可以查询,例如,按照上面的exonsBy ?页面检索所有外显子分组由基因或转录。
  • BSgenome包(例如,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19)包含整个基因组的生物模型。
• VariantAnnotation和ensemblVEP提供序列注释设施,例如,确定编码变异;看到介绍VariantAnnotation装饰图案进行简要介绍。
• 快速浏览一下注释工作流程Bioconductor网站。

静态包

• org . *:标识符映射

  • select (),列(),键()
  • mapIds ()

  库(org.Hs.eg.db) org < - org.Hs.eg。db选择(org, BRCA1, c(“运用”、“GENENAME”),“象征”)

  # #的选择()返回1:1键和列之间的映射

  # # 1 # #符号运用GENENAME BRCA1 ENSG00000012048 BRCA1, DNA修复相关

• TxDb。*:基因模型

  • 外显子(),成绩单(),基因(),发起人(),…
  • exonsBy (),transcriptsBy ()
  • select ()等。

  库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGenepromoters(txdb)

  与82960范围和2 # #农庄对象元数据列:# # seqnames范围链| tx_id tx_name # # < Rle > < IRanges > < Rle > | <整数> <人物> # # [1]chr1 (9874、12073) + | 1 uc001aaa。3 # # [2]chr1 (9874、12073) + | 2 uc010nxq。1 # # [3]chr1 (9874、12073) + | 3 uc010nxr。1## [4] chr1 [ 67091, 69290] + | 4 uc001aal.1 ## [5] chr1 [319084, 321283] + | 5 uc001aaq.2 ## ... ... ... ... . ... ... ## [82956] chrUn_gl000237 [ 2487, 4686] - | 82956 uc011mgu.1 ## [82957] chrUn_gl000241 [36676, 38875] - | 82957 uc011mgv.2 ## [82958] chrUn_gl000243 [ 9501, 11700] + | 82958 uc011mgw.1 ## [82959] chrUn_gl000243 [11608, 13807] + | 82959 uc022brq.1 ## [82960] chrUn_gl000247 [ 5617, 7816] - | 82960 uc022brr.1 ## ------- ## seqinfo: 93 sequences (1 circular) from hg19 genome

基于网络的资源,例如,biomaRt,PSICQUIC,GEOquery,…

公司通过资源AnnotationHub

库(AnnotationHub)中心= AnnotationHub ()

# # snapshotDate (): 2016-11-15

中心

与43905条记录# # # # # AnnotationHub snapshotDate (): 2016-11-15 # # # $ dataprovider: BroadInstitute, UCSC的,运用,EncodeDCC, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/..。# # # $物种:智人,亩,牛,黑猩猩,鲐鱼类、鼠属norvegi……# # # $ rdataclass:农庄,BigWigFile FaFile, TwoBitFile, ChainFile, OrgDb, Inparanoid8Db data.fr…# # #额外mcols (): taxonomyid,基因组,描述,coordinate_1_based,维护者,# # # rdatadateadded, preparerclass,标签,sourceurl, sourcetype # # #检索记录,例如,对象[[“AH2”]]的# # # # # #标题AH2 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.69.dna.toplevel。fa # # AH3 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.69.dna_rm.toplevel。fa # # AH4 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.69.dna_sm.toplevel。fa # # AH5 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.69.ncrna。fa # # AH6 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.69.pep.all。fa # #……# # # # AH51083 | Pteropus_vampyrus.pteVam1.85.gtf AH51084 | Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.85.abinitio。gtf # # AH51085 | Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.85.chr。gtf # # AH51086 | Rattus_norvegicus.Rnor_6.0.85。gtf # # AH51087 | Saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.85.abinitio.gtf

查询(中心,c(“运用”、“81. gtf”))

与69条记录# # # # # AnnotationHub snapshotDate (): 2016-11-15 # # # $ dataprovider:运用# # # $物种:Ailuropoda melanoleuca, Anas platyrhynchos,安乐有害无益,阿斯蒂阿纳克斯mexicanus,…# # # # # # $ rdataclass:农庄额外mcols (): taxonomyid,基因组,描述,coordinate_1_based,维护者,# # # rdatadateadded, preparerclass,标签,sourceurl, sourcetype # # #检索记录,例如,对象[[“AH47937”]]的# # # # # #标题AH47937 | Ailuropoda_melanoleuca.ailMel1.81。gtf # # AH47938 | Anas_platyrhynchos.BGI_duck_1.0.81。gtf # # AH47939 | Anolis_carolinensis.AnoCar2.0.81。gtf # # AH47940 | Astyanax_mexicanus.AstMex102.81。gtf # # AH47941 | Bos_taurus.UMD3.1.81。gtf # #……# # AH48001 | Tupaia_belangeri.TREESHREW.81。gtf # # AH48002 | Tursiops_truncatus.turTru1.81。gtf # # AH48003 | Vicugna_pacos.vicPac1.81。gtf # # AH48004 | Xenopus_tropicalis.JGI_4.2.81。gtf # # AH48005 | Xiphophorus_maculatus.Xipmac4.4.2.81.gtf

中心[[" AH48004 "]]

# #从缓存加载“/ home / mtmorgan / / .AnnotationHub / 54310

# #使用填充seqinfo猜测工作

与581787年# #农庄对象范围和19元数据列:# # seqnames范围链|源类型分阶段# # < Rle > < IRanges > < Rle > | <因素> <因素> <数字> <整数> # # [1]GL172637.1[148] - |运用基因< NA > < NA > # # [2] GL172637.1[148] - |运用记录< NA > < NA > # # [3] GL172637.1[148] - |运用外显子< NA > < NA > # # [4] GL172637.1(606、720) - - - - - - |运用基因< NA > < NA > # # [5] GL172637.1(606、720) - - - - - - |运用记录< NA > < NA > # #………………………# # [581783]GL180121.1(865、867) + |运用start_codon < NA > 0 # # [581784] GL180121.1(992、1334) + |运用外显子< NA > < NA > # # [581785] GL180121.1(992、1334) + |运用cd < NA > 2 # # [581786] GL180121.1(1817、1835) + |运用外显子< NA > < NA > # # [581787] GL180121.1(1817、1835) + |运用cd < NA > 1 # # gene_id gene_version gene_name gene_source gene_biotype # # <人物> <数字> <人物> <人物> <人物> # # [1]ENSXETG00000030486 1 U5运用核内小rna # # [2] ENSXETG00000030486 1 U5运用核内小rna # # [3] ENSXETG00000030486 1 U5运用核内小rna # # [4] ENSXETG00000031766 1 U5运用核内小rna # # [5] ENSXETG00000031766 1 U5运用核内小rna # #………………# # [581783]ENSXETG00000033193 1 < NA >运用protein_coding # # [581784] ENSXETG00000033193 1 < NA >运用protein_coding # # [581785] ENSXETG00000033193 1 < NA >运用protein_coding # # [581786] ENSXETG00000033193 1 < NA >运用protein_coding # # [581787] ENSXETG00000033193 1 < NA >运用protein_coding # # transcript_id transcript_version transcript_name transcript_source # # <人物> <数字> <人物> <人物> # # [1]< NA > < NA > < NA > < NA > # # [2] ENSXETT00000065882 1 u5 - 201运用# # [3]ENSXETT00000065882 1 u5 - 201运用# # [4]< NA > < NA > < NA > < NA > # # [5] ENSXETT00000061796 1 u5 - 201运用# #……………# # [581783]ENSXETT00000053735 2 < NA >运用# # [581784]ENSXETT00000053735 2 < NA >运用# # [581785]ENSXETT00000053735 2 < NA >运用# # [581786]ENSXETT00000053735 2 < NA >运用# # [581787]ENSXETT00000053735 2 < NA >运用# # transcript_biotype exon_number exon_id exon_version protein_id # # <人物> <数字> <人物> <数字> <人物> # # [1]< NA > < NA > < NA > < NA > < NA > # #[2]核内小rna < NA > < NA > < NA > < NA > # #[3]核内小rna ENSXETE00000393193 1 < NA > # # [4] < NA > < NA > < NA > < NA > < NA > # #[5]核内小rna < NA > < NA > < NA > < NA > # #………………# # [581783]protein_coding 1 < NA > < NA > < NA > # # [581784] protein_coding ENSXETE00000303775 2 < NA > # # [581785] protein_coding 2 < NA > < NA > ENSXETP00000053735 # # [581786] protein_coding 3 ENSXETE00000416553 1 < NA > # # [581787] protein_coding 3 < NA > < NA > ENSXETP00000053735 # # protein_version # # <数字> # # [1]< NA > # # [2] < NA > # # [3] < NA > # # [4] < NA > # # [5] < NA > # #……# # # # [581783]< NA > [581784] < NA > # # # # [581786] [581785] 2 < NA > # # [581787] 2 # # - - - - - - - # # seqinfo: 2375年从JGI_4基因组序列;没有seqlengths

加载机构方案智人。

库(org.Hs.eg.db)

使用select ()标注HNRNPC基因符号Entrez标识符和不那么正式的名字。创建一个地图符号和ENTREZID之间使用mapIds ()。

选择(org.Hs.eg。db,“HNRNPC”, c (“ENTREZID”、“GENENAME”),“象征”)

# #的选择()返回1:1键和列之间的映射

# # 1 # #符号ENTREZID GENENAME HNRNPC 3183异构核核糖核蛋白C (C1、C2)

sym2eg < - mapIds (org.Hs.eg。db:“HNRNPC”、“ENTREZID”,“象征”)

# #的选择()返回1:1键和列之间的映射

负载的TxDb包UCSC hg19 knownGene轨道

库(TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene) txdb < - TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene

提取坐标的基因和基因的外显子分组HNRNPC基因。

gns < -基因(txdb) exonsBy (txdb,“基因”)[sym2eg]

# # GRangesList对象长度1:# # # # 3183美元农庄对象2 19范围和元数据列:# # seqnames范围链| exon_id exon_name # # < Rle > < IRanges > < Rle > | <整数> <人物> # # [1]chr14 (21677296、21677296) - | 184100 < NA > # # [2] chr14 (21678927、21678927) - | 184101 < NA > # # [3] chr14 (21679565、21679565) - | 184102 < NA > # # [4] chr14 (21679565、21679565) - | 184103 < NA > # # [5] chr14 (21679969、21679969) - | 184104 < NA > # #…………………# # [15]chr14 (21702237、21702237) - | 184114 < NA > # # [16] chr14 (21730760、21730760) - | 184115 < NA > # # [17] chr14 (21731470、21731470) - | 184116 < NA > # # [18] chr14 (21731826、21731826) - | 184117 < NA > # # [19] chr14 (21737457、21737457) - | 184118 < NA > # # # # - - - - - - - # # seqinfo: 93年从hg19基因组序列(1循环)

的RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14包是一个实验数据的一个例子的包。它包含的一个子集BAM文件用于基因可拆卸的实验中,所述RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 ?。加载包和BAM文件的路径。

库(RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14) fls的= RNAseqData.HNRNPC.bam。chr14_BAMFILES basename (fls的)

# # ERR127306_chr14 [1]”。砰”“ERR127307_chr14。砰”“ERR127308_chr14。砰”“ERR127309_chr14。bam ERR127302_chr14 # # [5]。砰”“ERR127303_chr14。砰”“ERR127304_chr14。bam ERR127305_chr14.bam”

创建BamFileList (),基本上告诉R BAM文件的路径,而不是,说,从电子表格文本文件。

图书馆(GenomicAlignments) bfl = BamFileList (fls) bfl = bfl [[1]]

使用基因坐标查询特定基因组区域的BAM文件;看到? ScanBamParam ()其他方面的限制数据输入。

库(Rsamtools)参数< - ScanBamParam (= gns [sym2eg]) readGAlignments (bfl、参数=参数)

与5422年# # GAlignments对象对齐和0元数据列:# # seqnames链雪茄qwidth开始结束宽度njunc # # < Rle > < Rle > <人物> <整数> <整数> <整数> <整数> <整数> # # [1]chr14 + 72 72 21677347 21677418 72 0 # # [2] chr14 + 72 72 21677352 21677423 72 0 # # [3] chr14 + 72 72 21677354 21677425 72 0 # # [4] chr14 + 72 72 21677355 21677426 72 0 # # [5] chr14 + 72 72 21677373 21677444 72 0 # #………………………# # [5418]chr14 - 72 72 21737512 21737583 72 0 # # [5419] chr14 - 72 72 21737520 21737591 72 0 # # [5420] chr14 - 72 72 21737520 21737591 72 0 # # [5421] chr14 - 72 72 21737521 21737592 72 0 # # [5422] chr14 - 72 72 21737534 21737605 72 0 # # - - - - - - - # # seqinfo: 93年从一个未指明的基因组序列

加载气道实验数据的包

库(气管)数据(气管)气道

# #类:RangedSummarizedExperiment # #暗淡:64102 8 # #元数据(1):“# # # #化验(1):计数rownames (64102): ENSG00000000003 ENSG00000000005……LRG_98 LRG_99构成了rowData名称(0):# # # # colnames (8): SRR1039508 SRR1039509……SRR1039520 SRR1039521 # # colData名称(9):SampleName细胞……样本BioSample

行名称运用基因标识符。使用mapIds ()从这些基因符号映射。

symid < - mapIds (org.Hs.eg。db, rownames(气管),“象征”、“运用”)

# #的选择()返回1:许多钥匙和列之间的映射

基因符号添加到总结实验对象。

mcols (rowRanges(气管)symid < - symid美元

< - AnnotationHub库(AnnotationHub)中心()

# # snapshotDate (): 2016-11-15

查询(中心,c(“表观基因组”、“元数据”))

# # # # # AnnotationHub 1记录snapshotDate(): 2016-11-15 # # #名称():AH41830 # # # $ dataprovider: BroadInstitute # # # $物种:智人# # # $ rdataclass: data.frame # # # $标题:EID_metadata。标签# # # $描述:元数据EpigenomeRoadMap项目# # # $ taxonomyid: # # # 9606基因组:hg19 # # # $ sourcetype:标签# # # $ sourceurl: http://egg2.wustl.edu/roadmap/data/byFileType/metadata/EID_metadata.tab # # # $ sourcelastmodifieddate: 2015-02-15 # # # $ sourcesize: 18035 # # #标签:c (“EpigenomeRoadMap”、“元数据”)# # #检索记录的对象[[“AH41830”]] '

元< -中心[[“AH41830”]]

# #从缓存加载“/ home / mtmorgan / / .AnnotationHub / 47270

表(元美元解剖学)

# # # #肾上腺血液骨大脑乳房# # 1 27 1 13 3 # #子宫颈ESC ESC_DERIVED脂肪GI_COLON # # 1 8 9 3 3 # # GI_DUODENUM GI_ESOPHAGUS GI_INTESTINE GI_RECTUM GI_STOMACH # # 2 1 3 3 4 # #心IPSC肾肝肺# # 4 5 1 2 5 # #肌肉MUSCLE_LEG卵巢胰腺胎盘# # 7 1 1 2 2 # #皮脾STROMAL_CONNECTIVE胸腺血管# # 8 1 2 2 2

元(元美元解剖学= =“肝”,)

# #开斋节组颜色记忆STD_NAME # # 64 E066其他# 999999押尾学。ADLT肝脏# # 116 E118 ENCODE2012 LIV.HEPG2 # 000000。CNCR HepG2肝癌细胞株# # EDACC_NAME解剖类型年龄性别SOLID_LIQUID种族# # 64 Adult_Liver肝脏PrimaryTissue未知混合固体未知# # 116 HepG2_Hepatocellular_Carcinoma肝脏CellLine男# # SINGLEDONOR_COMPOSITE # # 64 C # # 116 SD

查询(中心,c (“E118”、“记忆”))

# # # # # AnnotationHub 1记录snapshotDate(): 2016-11-15 # # #名称():AH46971 # # # $ dataprovider: BroadInstitute # # # $物种:智人# # # $ rdataclass:农庄# # # $标题:E118_15_coreMarks_mnemonics.bed。广州# # # $描述:15染色质状态分割从EpigenomeRoadMap项目# # # $ taxonomyid: # # # 9606基因组:hg19 # # # $ sourcetype:床# # # $ sourceurl: http://egg2.wustl.edu/roadmap/data/byFileType/chromhmmSegmentations/ChmmModels/cor..。# # # $ sourcelastmodifieddate: 2013-10-11 # # # $ sourcesize: 3231313 # # # $标签:c (“EpigenomeRoadMap”、“chromhmmSegmentations”,“ChmmModels”、“coreMarks”, # # #“E118”、“ENCODE2012”、“LIV.HEPG2。CNCR”、“HepG2肝癌细胞株”)# # #检索记录的对象[[“AH46971”]] '

E118 < -中心[[“AH46971”]]

# #从缓存加载“/ home / mtmorgan / / .AnnotationHub / 52411

E118

与561497范围和4 # #农庄对象元数据列:# # seqnames范围链|简写的名称# # < Rle > < IRanges > < Rle > | <人物> <人物> # # [1]chr10 [113200] * | 15 _quies静止/低# # [2]chr10 (113201、119600) * | 14 _reprpcwk弱压抑PolyComb # # [3] chr10 (119601、120000) * | 10 _tssbiv二价/准备TSS # # [4] chr10 (120001、120200) * | 1 _tssa活跃TSS # # [5] chr10 (120201、120400) * | 2 _tssaflnk侧翼活跃TSS # #…………………# # [561493]chrY (58907201、58907201) * | # # 15 _quies静止/低[561494]chrY (58967401、58967401) * | 9 _het异染色质# # [561495]chrY (58972001、58972001) * | 8 _znf / rpt ZNF基因& # #重复[561496]chrY (58997401、58997401) * | 9 _het异染色质# # [561497]chrY (59033601、59033601) * | 15 _quies静止/低# # color_name color_code # # <人物> <人物> # #[1]白色# FFFFFF # # [2] Gainsboro # C0C0C0 # # [3] IndianRed # CD5C5C # #红# FF0000 # #[4][5]橙红色# FF4500 # #………# #[561493]白色# FFFFFF # #[561494]苍白的宝石绿# 8 a91d0 # #[561495]中浅绿色# 66 cdaa # #[561496]苍白的宝石绿# 8 a91d0 # #[561497]白色# FFFFFF # # - - - - - - - # # seqinfo: 93年从hg19基因组序列(1循环)

表(E118美元名称)

# # # #活跃TSS二价增强剂二价/准备TSS # # 20010 23155 13214 # #增强剂侧翼活跃TSS侧翼二价TSS /掺# # 110260 45115 15844 # #基因的增强子异染色质静止/低# # 14995 31193 61759 # #压抑PolyComb转录Transcr强劲。在基因5’和3’# # 44013 32522 2515 # #弱压抑PolyComb弱ZNF基因转录和重复# # 60867 83738 2297

E118 [E118 $名称% %“异染色质”)

与31193范围和4 # #农庄对象元数据列:# # seqnames范围链|简写的名称color_name # # < Rle > < IRanges > < Rle > | <人物> <人物> <人物> # # [1]chr10 (140201、143800) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [2]chr10 (806201、807800) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [3]chr10 (842001、843800) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [4]chr10 (1024601、1024601) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [5]chr10 (1191601、1191601) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# #……………………# # [31189]chrY (58883001、58883001) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [31190]chrY (58890001、58890001) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [31191]chrY (58906401、58906401) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [31192]chrY (58967401、58967401) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # [31193]chrY (58997401、58997401) * | 9 _het异染色质苍白的宝石绿# # color_code # # <人物> # 8 a91d0 # # # # [1] [2] # 8 a91d0 # 8 a91d0 # # # # [3] [4] # 8 8 a91d0 a91d0 # # [5] # # #……# 8 a91d0 # # # # [31189] [31190] # 8 a91d0 # 8 a91d0 # # # # [31191] [31192] # 8 a91d0 # # [31193] # 8 a91d0 # # - - - - - - - # # seqinfo: 93年从hg19基因组序列(1循环)

库(biomaRt)头(listMarts(), 3) # #集市列表头(listDatasets (useMart(“运用”)),3)运用< - # # # #集市数据集完全指定的集市useMart(“运用”,数据集=“hsapiens_gene_ensembl”)负责人(listFilters(运用),3)# #过滤器myFilter < -“chromosome_name substr (filterOptions (myFilter运用),1,50)# #返回值myvalue < - c(“21”、“22”)头(listAttributes(运用),3)# #属性myAttributes < - c (“ensembl_gene_id”、“chromosome_name”) # #组装和查询集市res < - getBM(属性= myAttributes过滤器= myFilter值= myvalue集市=运用)

2沟通的结果

3性能和大数据

f0 < -函数(n = 2) {# # stopifnot (is.integer (n) & &(长度(n) = = 1) & & # # ! is.na (n) & & (n > 0))结果< -数字()(我在seq_len (n))结果[[我]]< - *日志(i)结果}

system.time (f0 (10000))

用户系统运行# # # # 0.116 0.000 0.114

n < - 1000 * seq(2) 1, 20日t < -酸式焦磷酸钠(n,函数(i) system.time (f0(我)[[3]])情节(t ~ n、类型=“b”)

n < - 10000系统。预计时间(< - f0 (n))

用户系统运行# # # # 0.112 0.000 0.112

(预计)

# # [1]0.000000 1.386294 2.197225 2.772589 3.218876 3.583519

f1 < -函数(n = 2){结果< -数字()(我在seq_len (n))结果[[我]]< -日志(i)} *结果相同的(预期,f1 (n))

# # [1]

库(微基准测试)微基准测试(f0 (n), f1 (n),时间= 5)

# # # #单位:毫秒expr最小lq意味着平均uq最大neval cld # # f0 (n) 101.6763 141.9907 134.4311 142.1036 142.8454 143.5394 5 # # f1 (n) 102.2081 141.9909 134.3802 142.3994 142.5739 142.7289 - 5

f2 < -函数(n = 2){结果< -数字(n)(我在seq_len (n))结果[[我]]< -日志(i)} *结果相同的(预期,f2 (n))

# # [1]

微基准测试(f0 (n), f2 (n),时间= 5)

# # # #单位:毫秒expr最小lq意味着平均uq最大neval cld # # f0 (n) 104.145114 142.395721 135.414263 142.434957 143.815981 144.279540 5 b # # f2 (n) 6.604505 6.707636 6.862423 6.908245 6.950165 7.141563 - 5

f3 < -函数(n = 2) *酸式焦磷酸钠(seq_len (n),日志)相同(预期,f3 (n))

# # [1]

微基准测试(f0 (n), f2 (n), f3 (n),时间= 10)

# # # #单位:毫秒expr最小lq意味着平均uq最大neval cld # # f0 (n) 101.765217 141.698686 181.256096 142.881494 145.519752 565.655864 10 b # # f2 (n) 6.476120 6.575258 7.189349 6.704238 7.097990 9.449406 10 # # f3 (n) 2.975692 3.113096 3.342878 3.305314 3.562432 3.828177 10

f4 < -函数(n = 2) *日志(seq_len (n))相同(预期,f4 (n))

# # [1]

微基准测试(f0 (n), f3 (n), f4 (n),时间= 10)

# # # #单元:微秒expr最小lq意味着平均uq最大neval cld # # f0 (n) 99705.017 102091.968 129560.0144 141659.351 142267.701 142727.076 10 b # # f3 (n) 3000.622 3148.994 7250.2057 3218.886 3305.377 43790.584 10 # # f4 (n) 205.374 209.281 228.5647 229.648 246.669 259.864 10

n < - 10 ^ (8) # 100 x大于f0 t < -酸式焦磷酸钠(n,函数(i) system.time (f4 (i))[[3]])情节(t ~ n, log =“xy”类型=“b”)

图书馆(BiocParallel)有趣的< -函数(i) {Sys.sleep(1)我}# #系列f0 < -函数(n)拉普兰人(seq_len (n),有趣)# #平行f1 < -函数(n) bplapply (seq_len (n),有趣)