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如何使用集群分析器的enreico

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卡罗莱纳州•0

@ Carolina-24585

最后一次见到3个月前

有谁可以使用ClusterProfiler R包帮助我帮助我进行丰富和Barplot？

Orgdb应该是Salmo撒拉，但我没有在参考中找到这一点。

EnRichgo（基因，ORGDB =“org.dr.eg.db”，KeyType =“EntrezID”，ONT =“BP”，Pvaluecutoff = 0.05，Padjustmethod =“BH”，Universe，Qvaluecutoff = 0.2，Mingsize = 10，MaxGssize =500，可读= false，pool = false）

结果：

- >没有基因可以映射....

- >预期输入基因ID：101885477,566367,567006,57254554

- >返回null ...

拜托，我很欣赏一些推荐，因为我在这些分析中开始。

谢谢，卡罗莱纳

丰富 ClusterProfiler.•199次观点

添加评论•关联 3个月前更新jenefarlopeg18•0•3个月前写的卡罗莱纳州•0

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你可以分享什么是产出头（基因）？

添加回复•关联 3个月前lluísrevilla sancho.▴640

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这是真正有用的帖子，感谢分享您的信息查看更多详细信息.... [URL =https://www.latestdatabase.com/]/]/]/]/]/]电子邮件列表[/ url]

添加回复•关联 3个月前jenefarlopeg18•0

score 1 · Answer 1 · 2021-01-18

如果您正在使用Salmo Salar.NBCI基因ID并希望您可以使用OrgdB.包含NCBI基因IDDanio Rerio.，然后我可以向你保证，不起作用。只是因为他们都是鱼并不意味着NCBI给他们相同的基因ID。

有一个OrgdB.为了S酱，您可以从AnnotationHub获取

>库（注释声）>集线器< -  AnnotationHub（）| ====================================================================== |100％Snapshotdate（）：2020-10-27>查询（集线器，C（“Salmo Salar”，“OrgdB”））带有1 reck的AnnotationHub＃SnapshotDate（）：2020-10-27＃names（）：ah85416＃$dataprovider：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/data/＃$ species：salmo salar＃$ rdataclass：orgdb＃$ rdatadateadded：2020-10-27＃$ title：org.salmo_salar.eg。sqlite＃$ description：ncbi基因id基于salmo salar＃$ caxonomyid：8030＃$ genome：ncbi genomes＃$ sourcetype：ncbi / uniprot＃$ sourceurl：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene.nlm.nih.gov/gene/ data /，ftp：//ftp.uniprot.org/p ...＃$ scessize：na＃$标签：c（“ncbi”，“gene”，“注释”）＃用'对象[[[“AH85416“]]'> SSSSAR < - 集线器[[AH85416”]]下载1资源检索1资源| ====================================================================== |100％> Ssalar Orgdb对象：|dbschemaversion：2.1 |dbschema：noschema_db |有机体：Salmo Salar |物种：Salmo Salar |CentralID：GID | Taxonomy ID: 8030 | Db type: OrgDb | Supporting package: AnnotationDbi Please see: help('select') for usage information

现在您将注意到中央ID是GID。这通常与NCBI基因ID不同。但是，在这种情况下，GID和ENTREZGENE ID（现在称为NCBI基因ID）是相同的。想必丰富能够使用'裸'OrgdB.而不是假设它已安装，但如果您有任何进一步的问题，请告诉我们。