我使用DESEq2从RNASeq数据集处理基因表达数据。

我已经意识到我的管家基因(这个基因被期望在不同的样本中独立地保持)在我的两个条件组中有显著的不同。因此，我想将我所有的数据规范化到这个基因的表达。

我可以这样接近它吗?

dds<- DESeq(dds) dds<- estimateSizeFactors(dds, controlGenes=OG_90) dds<- nbinomWaldTest(dds)

当运行estimateFactor时，我得到以下错误:

Error in estimateSizeFactorsForMatrix(counts(object)， locfunc = locfunc，: object 'OG_90' not found .

我怎么能在这个功能中引用管家基因呢?

从手册:

controlGenes:可选的，数字的或逻辑的索引向量，指定那些用于大小因子估计的基因(例如管家或尖入基因)

这意味着它必须是一个逻辑(TRUE/FALSE)或数字向量，它告诉函数控制基因在dds对象的哪一行。我将检查标准化本身(使用默认值)是否有意义，例如使用ma图。大量的数据点应该在某种程度上以logFC为零为中心。仅仅因为预期一个基因不会改变，并不意味着这个假设在现实中是正确的。在依赖于单一基因的标准化之前，我会先研究数据。