你好,
如果我没理解错的话，你可以把最后一行改为:
rownames(cancerAssays[['microRNA']]) = gsub('*'， '*'， problematicNames, fixed = TRUE)
控件中提供的示例中，这种方法对我有效MultiAssayExperiment参考手册(在“MultiAssayExperiment”选项卡下)生成一个基本对象，然后尝试更改一个分析的行名。如果您有兴趣或不能重现我提供的解决方案，我已经在这条消息的底部提供了我的确切代码。
最好的
尼克
附注:我正在学习帮助别人
库(MultiAssayExperiment)库(sessioninfo)例子(ExperimentList) exprmap < - data.frame(主= c(“杰克”,“吉尔”,“芭芭拉”,“鲍勃”),colname = c(“array1”、“array2”,“array3”、“array4”),stringsAsFactors = FALSE) methylmap < data.frame(主= c(“杰克”,“杰克”,“吉尔”,“芭芭拉”,“鲍勃”),colname = c(“methyl1”、“methyl2”,“methyl3”,rnamap <- data.frame(primary = c("Jack"， "Jill"， "Bob"， "Barbara")，colname = c("samparray1"， "samparray2"， "samparray3"， "samparray4")，stringsAsFactors = FALSE) gistmap <- data.frame(primary = c("Jack"， "Bob"， "Jill")，colname = c("samp0"， "samp1")，“samp2”),stringsAsFactors = FALSE) # #合并成一个命名列表并转换为DataFrame maplist < -列表(Affy = exprmap Methyl450k = methylmap RNASeqGene = rnamap GISTIC = gistmap) # #创建一个sampleMap sampMap < - listToMap (maplist) # #创建一个示例表型数据colDat < data.frame(性= c(“M”、“F”、“M”,“F”),年龄= 38:41 row.names = c(“杰克”,“吉尔”、“Bob”,“芭芭拉”))# #创建MultiAssayExperiment实例美< - MultiAssayExperiment(实验= ExpList colData = colDat sampleMap = sampMap) # #给这个对象是什么样子现在美# MultiAssayExperiment对象列出的4 #实验用用户定义的名称和相应的类。#包含ExperimentList类对象的长度4:# [1]Affy: SummarizedExperiment 5行4列# [2]Methyl450k:矩阵与5行5列# [3]RNASeqGene:矩阵与5行4列# [4]GISTIC: RangedSummarizedExperiment 5行3列#特点:# # colData实验()——获得ExperimentList实例()——主/表型DFrame # sampleMap DFrame()——样本可用性 # `$`, `[`, `[[` - 提取colData列,子集,或实验# *格式(),转换成一个长或宽DFrame #化验()——ExperimentList转换为一个矩阵的SimpleList # #作为一个测试,= as.character(1:5) ##检查rownames是否被实际改变Affy) # array1 array2 array3 array4 # 101 # 117 # 102 107 112 106 111 116 103 108 113 118 # 4 105 110 115 104 109 114 119 # 120 # #再现性信息session_info() #会话信息────────────────────────────────────────────────────────────────#设定值#版本R版本4.0.2修补(2020-06-24 r78746) # os Linux CentOS 7 #(核心)system x86_64, linux-gnu # ui X11 # language (EN) # collate en_US.UTF-8 # ctype en_US.UTF-8 # tz US/Eastern # date 2020-10-28 # #─ Packages ─────────────────────────────────────────────────────────────────── # package * version date lib source # assertthat 0.2.1 2019-03-21 [2] CRAN (R 4.0.0) # Biobase * 2.48.0 2020-04-27 [2] Bioconductor # BiocGenerics * 0.34.0 2020-04-27 [2] Bioconductor # bitops 1.0-6 2013-08-17 [2] CRAN (R 4.0.0) # cli 2.1.0 2020-10-12 [2] CRAN (R 4.0.2) # crayon 1.3.4 2017-09-16 [2] CRAN (R 4.0.0) # DelayedArray * 0.14.1 2020-07-14 [2] Bioconductor # fansi 0.4.1 2020-01-08 [2] CRAN (R 4.0.0) # GenomeInfoDb * 1.24.2 2020-06-15 [2] Bioconductor # GenomeInfoDbData 1.2.3 2020-05-18 [2] Bioconductor # GenomicRanges * 1.40.0 2020-04-27 [2] Bioconductor # glue 1.4.2 2020-08-27 [1] CRAN (R 4.0.2) # IRanges * 2.22.2 2020-05-21 [2] Bioconductor # lattice 0.20-41 2020-04-02 [3] CRAN (R 4.0.2) # Matrix 1.2-18 2019-11-27 [3] CRAN (R 4.0.2) # matrixStats * 0.57.0 2020-09-25 [2] CRAN (R 4.0.2) # MultiAssayExperiment * 1.14.0 2020-04-27 [1] Bioconductor # RCurl 1.98-1.2 2020-04-18 [2] CRAN (R 4.0.0) # S4Vectors * 0.26.1 2020-05-16 [2] Bioconductor # sessioninfo * 1.1.1 2018-11-05 [2] CRAN (R 4.0.0) # SummarizedExperiment * 1.18.2 2020-07-09 [2] Bioconductor # withr 2.3.0 2020-09-22 [2] CRAN (R 4.0.2) # XVector 0.28.0 2020-04-27 [2] Bioconductor # zlibbioc 1.34.0 2020-04-27 [2] Bioconductor # #[1] /users/neagles/R/4.0 #[2] /jhpce/shared/jhpce/core/conda/miniconda3-4.6.14/envs/svnR-4.0/R/4.0/lib64/R/site-library #[3] /jhpce/shared/jhpce/core/conda/miniconda3-4.6.14/envs/svnR-4.0/R/4.0/lib64/R/library
