从FeatureCounts开始生成的原始计数文件，我使用了Edger来估计de分析，它进展顺利。现在我使用CPM标准化文件来探索多种途径中的一些特定基因表达。我知道CPM纠正了库大小而不考虑基因长度。是否可以使用此文件进行单个基因分析并生成发布的图表，或者我需要另一个标准化文件吗？请记住，我试图获得RPKM标准化文件。但即使在阅读类似的帖子之后，我不确定如何将输入基因长度达到RPKM（）函数。这讨论说明最新版本的edgeR可以直接从DGEList对象中找到基因长度。我使用edgeR_3.28.1和任何人可以指导我如何得到基因长度，以便我可以出口RPKM?相关信息:我从。下载了水稻基因组MSU和参考组装用Hisat2完成。目前，我只有原始计数文件与我（即，没有.bam文件可用）。

这是我用于生成CPM的代码。正常化，

raw_counts<-read.delim("rawcounts.txt"，row.names="Locus"，check.names = TRUE) targets<-read.table("targets.txt"，header=T,sep="\ T ") group<-factor(paste(targets$ gene,targets$Time,targets$Treatment,sep=".")) cbind(targets, group =group) y<-DGEList(counts = raw_counts，# filter - out low count genes keep <- rowsum (cpm(y)>=2) >=2 y <- y[keep，， keep.lib. keep] # filter - out low count genes keep <- rowsum (cpm(y)>=2) >=2 ysize =FALSE] y<-calcNormFactors(y) CPM<-cpm(y) #如何在rpkm()中合并基因长度?RPKM < -rpkm (y)

featurecounts.返回每个基因的长度。您应该使用返回的基因长度featurecounts.因为它们与用于计数的基因注释完全一致。

我以前关于这个主题的答案（你在问题中链接到的）链接到一个完整的工作示例，显示了如何从FeatureCounts获取基因长度，如何将基因长度存储在Dgelist中以及如何使用它们来计算RPKM

如果由于某种原因您丢失了由FeatureCounts返回的基因长度，您可以从GTF文件中再次计算它们：

SAF < -  RSUBREAD :: FLATTENGTF（“米_ annotation.gtf”）GOOLENGTH < -  Rowsum（SAF $ END-SAF $ Start + 1，SAF $ GeneID）

为了产生计数featurecounts.您必须有一些关于该基因的信息，您可以从中计算基因长度，因为米不是内置注释之一。因此，您可以推测使用这些数据来计算基因长度。使用MSU注释的问题是他们拥有自己的轨迹ID，因此您需要使用他们的数据来执行任何操作。假设他们可能有一个GTF或GFF文件（我现在无法到达他们的下载网站），您可以使用它来生成一个TXDB.包裹。

但不知道您拥有的（和MSU的下载页面似乎无法访问）我可以给出的唯一答案是您需要使用MSU的数据来获得基因长度。