由主持人索纳利·阿罗拉提供的《生物生物学2017》讨论笔记

BioC2017_TCGA_GTEx_BOF

这个资源库包含了一个“Birds-of-Feather”(BOF)会议的简要大纲，该会议将讨论分析来自TCGA和GTEx的公开的癌症数据

, TCGA数据

1. 39个项目

2. 29个主要网站

3. 14551例

4. 274724个文件

5. 22144个基因

6. 3115606个突变

GTEx数据

1. 53个组织

2. 544年捐助者

3. 8555个样本

获取TCGA数据的来源

1. NCI基因组数据共享(GDC)网站

2. 很好的交互式方式选择示例，创建一个清单文件，然后使用gdc数据传输工具下载。

3. NCI癌症基因组云(CGC)试点

4. 远大研究所- FireCloud

5. 系统生物学研究所

6. 七桥基因组公司CGC

7. NCI CGC工作室/教程由团队CGC

8. NCI CGC简介PPT

9. TCGAbiolinks

10. Recount2

+数据可用作为生物导体rangedsummarizedexperexperiment对象。

+数据从选择的出版物也可用

+基因水平和外显子水平的数据。

1. RTCGAToolbox

2. UCSC齐娜服务器

3. 包含来自其他来源的数据，如ICGC, TARGET, GTEx, TOIL

4. RNASeq数据呈现为log2(RPKM+1)，没有原始的读取计数用于edgeR或DESeq2的输入

5. 突变数据，拷贝数数据，蛋白表达rpa, DNA甲基化，miRNA亚型表达数据。

6. ExperimentHub()包含TCGA中原始的RNASeq基因计数。GSE62944

“‘{r eval = FALSE}

库(ExperimentHub)

嗯= ExperimentHub ()

查询(呃,“TCGA”)

tumor_samples =呃[[" EH164 "]]

normal_sample =呃[[" EH165 "]]

' ' '

1. 可以找到使用kallisto重新规范化TCGA中的RNASeq数据在这里

获取GTEx数据的来源

1. GTEx网站

2. Recount2

3. 快到了! !将被添加到ExperimentHub()

你通常对TCGA/GTEx数据做什么样的分析?正在使用的软件包?

1. 聚类样本/基因- PCA图。

2. 两组之间的差异表达分析?0使用RNASeq数据

3. 突变分析

其他公共可用的数据库癌症/酷资源研究癌症

确认

1. 马丁·摩根和核心生物导体团队

2. GTEx项目——基因型-组织表达(GTEx)项目由美国国家卫生研究院主任办公室共同基金、NCI、NHGRI、NHLBI、NIDA、NIMH和nnds支持。本手稿中描述的分析所用的数据来自:[在适当的地方插入]MM/DD/YY和/或dbGaP登录号phs000424.vN的GTEx Portal。在MM / DD / YYYY pN。

3. 本文讨论的TCGA数据由TCGA研究网络生成:http://cancergenome.nih.gov/。