我正在尝试在数据分析中使用Deseq2的PCAplot函数。

我收到的大多数文件都是原始计数预定规范化。然后我正在运行deseq2来规范化它们，然后运行pcaplot。

我收到的其中一个文件没有原始计数甚至FASTQ文件，只是DESEQ2已经标准化的数据。

在它已经标准化之后，我如何将此数据（非整数）导入DeseqdataseT对象？

Vignettes和其他评论中的共识似乎是对象只能从整数的矩阵构造。

我主要关注在地块之间获得相同的格式。最终，我刚刚使用了一个解决方法来获取通过ggfortify看起来相同的地块。

如果有人好奇，我才结束了这样做。注意，“名称”文件刚刚组织类似于Coldata的元文件，用于从DeseqDataseT从DeseqDataseTeRFROM矩阵构建Deseq对象，但我将设计列的名称从“条件”更改为“组”，因此它将匹配PCAplot的输出。应该看起来相同。

库（ggfordify）数据<-read.csv（'counts.csv'，sep =“，”，标题= true，row.names = 1）名称<-read.csv（“names.csv”）pca <-prcomp（t（数据））autoplot（pca，data = names，color =“group”，size = 3）