贪婪
这是我第一次使用生物信息学数据并在r中操纵s4对象，如此小学，但我似乎沿着教程Cbioportal提供的问题
https://cbioportal.github.io/2020-cbioportal-r-workshop/example2.pdf.
（请注意，在我的西班牙语会议中，你的''是“对我来说）
当我到达时
upsetsamples（luad_mae）在第6页，我收到以下错误
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : duplicate 'row.names' are not allowed Además: Warning message: non-unique values when setting 'row.names': ‘TCGA-50-5066’, ‘TCGA-50-5946’
现在做了luad_mae @ coldata @ rownames ==“tcga-50-5066”
luad_mae @ coldata @ rownames ==“tcga-50-5946”
我确认我的真实两次，一行只有一个陆续。因此，这里似乎有一个重复的主题，可以在上载教程后添加到数据之后。我想，没有大量的交易，我将在未来小心重叠的数据，但这只是为了获得所提供的功能的感觉，我会将它们重命名为组成的东西，其余的对象和列应该是好的，刚分配给与原始不同的名称
但是，尝试
“TCGA-50-5166”< - luad_mae @ coldata @ rownames ==“tcga-50-5066”
和
“TCGA-50-5266”< - Luad_mae @ Coldata @ Rownames ==“TCGA-50-5946”
用Gownames覆盖它们似乎没有工作。在尝试运行上升符号时返回相同的错误返回，并且使用luad_mae @ coldata @ rownames ==“tcga-50-5166”相同的检查带来了一个完全错误的输出，表示我甚至没有正确覆盖它。猜猜在这里我发现编辑S4对象并不像具有正常数据帧那样微不足道。
在在这里寻求帮助之前，我试图搜索，如果我刚刚将rownames更改为输入到Luad_mae的字符串，但是如果我刚刚将更改为ruad_mae的字符串，那么它就会做我想做的事，但不幸的是https://stat.ethz.ch/r-manual/r-devel/library/base/html/slotop.html.在'see base有关更多详细信息'，Wayback机器没有归档，最简单的链接SloTop（Luad_mae @ Coldata @ Rownames <-Luad_MaErownamescorptrited）不起作用也不起作用，我可以使用易于使用的使用示例。
请告知为什么源数据似乎与教程的时间不同，并且如果这只是处理S4对象并编辑具有明显解决方案的错误，则阐明我缺少的错误。
Traceback（）输出是
7：停止（“重复'Row.names'不允许”）6：`.rownamesdf <-`（x，value = value）5：`row.names < - 。data.frame`（`* tmp *`，value = value）4：`row.names <-`（`* tmp *`，value = value = value）3：`rownames <-`（`* tmp *`，value = rownames（coldata（mae）））2：“Rownames <-`（`* tmp *`，value = Rownames（Coldata（Mae）））1：Upsetsamples（Luad_mae）
至于我的会话信息
```sessioninfo（）r版本4.0.5（2021-03-31）平台：x86_64-w64-mingw32 / x64（64位）运行下：Windows 10 x64（Build 19041）
矩阵产品：默认
locale：[1] lc_collate =西班牙语_spain.1252 lc_ctype = spanish_spain.1252
[3] lc_monetary =西班牙语_spain.1252 lc_numeric = c
[5] lc_time = spanish_spain.1252
附加基础包：[1]并行stats4 stats图形grdevices实用数据集方法库
其他附加包：[1] freapr_1.4.0 ggplot2_3.3.3 stringr_1.4.0
[4] httr_1.4.2 cbioportaldata_2.2.8 multiadsayexperiment_1.16.0 [7]概述_1.20.0 biobase_2.50.0 GenomicRanges_1.42.0
[10] Genomeinfodb_1.26.7绞油_2.24.1 S4Vectors_0.28.1
[13] Biocgenerics_0.36.0 MatrixGenerics_1.2.1 MatrixStats_0.58.0
[16] anvil_1.2.0 dplyr_1.0.5
通过命名空间（且未附加）加载：[1] Bitops_1.0-6 Bit64_4.0.5 Progress_1.2.2
[4] rprojroot_2.0.2 GenomicDataCommons_1.14.0 Tools_4.0.5
[7] UTF8_1.2.1 R6_2.5.0 ColorSpace_2.0-0
[10] dbi_1.1.1用r_2.4.1 processx_3.5.1
[13] GRIDEXTRA_2.3 TIDYSECT_1.1.0 prettyunits_1.1
[16] tcgautils_1.10.0 bit_4.0.4 curl_4.3
[19] compiler_4.0.5 cli_2.4.0 rvest_1.0.0
[22] formatr_1.9 xml2_1.2 delayedarray_0.16.3
[25] rtracklayer_1.49.5 scales_1.1.1 READR_1.4.0
[28] callr_3.6.0 askpass_1.1 rappdirs_0.3.3
[31] Rogiclient_0.1.3 Rcircos_1.2.1 Digest_0.6.27
[34] rsamtools_2.6.0 xvector_0.30.0 pkgconfig_2.0.3
[37] dbplyr_2.1.1 fastmap_1.1.0 limma_3.46.0
[40] rlang_0.4.10 rstudioapi_0.13 rsqlite_2.2.5
[43] generics_0.1.0 jsonlite_1.7.2 biocparallel_1.24.1
[46] rcurl_1.98-1.3 magrittr_2.0.1 genomeinfodbdata_1.2.4
[49] futile.logger_1.4.3 Matrix_1.3-2 Munsell_0.5.0
[52] rcpp_1.0.6 fansi_0.4.2 Lifecycle_1.0.0
[55] Stringi_1.5.3 Yaml_2.2.1 Raggedexperiment_1.14.1
[58] rjsonio_1.3-1.4 zlibbioc_1.36.0 pkgbuild_1.2.0
[61] Plyr_1.8.6 BiocfileCache_1.14.0 Grid_4.0.5
[64] Blob_1.2.1蜡笔_1.4.1 lattice_0.20-41
BioStrings_2.58.0 valline_4.0.5基因组Features_1.42.3
[70] HMS_1.0.0 PS_1.6.0 Pillar_1.6.0
[73] BioMart_2.46.3 Futile.Options_1.0.1 XML_3.99-0.6
[76] glue_1.4.2 remotes_2.3.0 lambda.r_1.2.4
[79] data.table_1.14.0 biocmanager_1.30.12 vctrs_0.3.7
gtable_0.3.0 tidyr_1.1.3 openssl_1.4.3
purrr_0.3.4 assertthat_0.2.1 cachem_1.0.4
[88] xfun_0.22 survival_3.2-10 tibble_3.1.0
[91] RTCGatoolbox_2.20.0 Genomicaligning_1.26.0 Tinytex_0.31
[94] AnnotationDBI_1.52.0 Memoise_2.0.0省略号_0.3.1
```
最后，已经出现的其他问题，但我怀疑是不相关的（以防万一）是我似乎缺乏“removeCache”，它应该是适用于上一个教程中的导入数据。cran的常规install.packages（“删除缓存”）不起作用，也不是biocmanager ::安装（“removecache”），而Googling给了我一个名为cacheflow的包，似乎是一个可能的源，但remotes :: install_github（“Alekrutkowski / cacheflow”）也不会改变我被通知的事实没有找到这样的图书馆。在我做的路上，我也发现了我的避风港是2.3.1而不是2.4.0那个Biocmanager似乎期待的2.4.0，而我的rtracklayer 1.49.5而不是1.50.0，但是安装它们（和沿途rsqlite）似乎工作了。如果它确实不相关，我不介意这个部分。
提前致谢
嗨，这个问题与任何生物导体包没有特别相关。本网上论坛用于与生物孔包装的技术问题有关的问题。我认为你应该将问题引导到Cbioportal：https://www.cbioportal.org/
请注意，TCGA数据被多个实体处理并重新处理。您应该将基因组数据分组视为主要数据来源，然后由第三方进行并重新处理，包括MSKCC / CBIOPortal，UCSC / Xena浏览器，广泛的Institute / Gdac / Wirehrowse / Firehose等然后采取第三方的数据并进一步重新处理其其他腋窝。
底层数据不断变化，因此，预期随着时间的推移，数据将会改变，并且必须更新教程。
嗨凯文，
由于可用的CBIOPortal标签，我误认为是它在本网站中是一个相关的问题。我已经将问题转发给Cbioportal用户组。对于被关闭/删除的话题，我会很好，因此它不会带走其他人的时间。道歉
谢谢，哈维尔
Hola javier！没有专注/没有担忧。这是橡木。