我正在尝试进行kegg分析，但我找不到gage套件中恶性疟原虫的途径数据

数据（kegg.sets.hs）

数据（go.sets.hs）

数据（carta.hs）

数据（kegg.sets.mm）

数据（go.sets.mm）

数据（kegg.sets.rn）

数据（go.sets.rn）

数据（kegg.sets.sc）

数据（go.sets.sc）

是否有任何软件包为我提供有关疟原虫的相关数据

在GAGE软件包中，您需要使用函数kegg.gsets（）生成基因集数据：

库（gage）kg.pfa = kegg.gsets（“ pfa”）kegg.gs = kg.pfa $ kg.sets [kg.pfa $ sigmet.idx]

注意该物种是PFA。PFD不是kegg.gsets（）当前支持的6833种。这可能是最近对Kegg的补充。您需要使用类似内容手动将其添加到Korg数据中：

pfd.info = c（“ T01051”，“ 57267”，“ PFD”，“ plasmodium falciparum dd2”，“”，“ 0”，“ pfdg_03934”，pfdg_03934“，na，na，na，na，na）data（korg）data（korg）korg = rbind（korg = rbind（korg），pfd.info）kg.pfd = kegg.gsets（“ pfd”）kegg.gs = kg.pfd $ kg.sets [kg.pfd $ sigmet.idx] head（kegg.gs，3）

请注意，基因ID看起来像：“ PFDG_00033”“ PFDG_00121”等。请确保您在表达式数据中使用了相同类型的基因ID。

您也可以尝试我们的新软件包SBGNVIEW，以了解KEGG之外的更多途径：
github
https://github.com/datapplab/sbgnview
Bioc
//www.andersvercelli.com/packages/sbgnview/

Hths。

你尝试过吗keggrest包裹？似乎有一些所需生物的信息

库（keggrest）> org <-kegglist（“有机体”）> org [grep（org [org [topt'']，pattern =“ falciparum”），] t.number生物体[1，]“ T00095”“ pfa”“ pfa”“恶性疟原虫3D7” [2，]“ T01051”“ pfd”“” plasmodium falciparum dd2“ [3，]“ T01052”“ pfh”“ pfh”“ pfh”“ pfh”疟原虫恶性疟原虫hb3“ hb3” hb3“ hb3”系统发育[1，]2，]“真核生物;生物;肺泡; apicomplexans''[3，]”真核生物；生物学家；肺泡; apicomplexans''

StringDB软件包具有可用于的GO-TIMM，KEGG和其他富集分析恶性疟原虫

//www.andersvercelli.com/packages/release/bioc/html/stringdb.html

您也可以尝试基于Web的G：Profiler

https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/gost

恶性疟原虫可作为Go，Kegg，...富集的生物。