亲爱的生物导体用户，

我目前正在利用利马重新处理一些（不是那么）旧的微阵列数据最初使用以下平台获取：Agilent-026652全人类基因组微阵列4x44K v2比较肿瘤样本和附近的匹配的“健康”区域，在同一活检。

我对常规基因表达的感兴趣，但通常在预处理步骤中得到真正奇怪的Maplots（和非常压缩的欺骗块）。这是一个例子：

看起来典型的大部分高度表达的不变基因完全缺失，而所有的桌子都被“推”朝着情节的两个对角线上......从未见过这样的东西......你觉得这个吗？生物学上可靠吗？也许杂交或扫描的一些问题？

受欢迎的任何帮助/建议/评论比我更经验的人是受欢迎的。

非常感谢！

我认为问题是在生物学或湿实验室步骤中，而不是在编码中。但是，这里是我使用的（非常重要的和几乎标准的）代码：

库（Limma）targets = Readtargets（“targets.txt”，Row.names =“Samplenumber”）RAW = READ.maimages（目标，源='Agilent.Median'，Green.Only = True）＃这里我生成一些QC原始数据rap_bgcorrited = backgroundcorrect（原始，方法=“normexp”，offset = 50）＃这里我生成一些qc-divolted data raw_bgandnormalized = normalizebetweenArrays的一些qc曲线（Raw_bgcorrect，方法=“smalyile”）＃这里我生成一些qc标准化数据的曲线

像阵列杂交失败一样看待我。阵列似乎基本上没有信号，除了每个阵列上的几个异常值之外，所有探针强度都处于相同的低电平。