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makeOrgPackageFromNCBI用于非模型物种-文件中的>错误

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cagenet34▴20

@cagenet34 - 10910

最后一次出现是12个月前

法国图卢兹，INRA

你好

我正试着做我自己的羊羊套餐。我想用DESeq2或EdgeR包注释一些DEG获取。

但我得到了以下错误:

另外:警告信息:in file(description = tmp, open = "r"): cannot open file 'C:/Users/cagenet/Documents/AMHAROC/3_Analyses_bioinfo/Analyse_Stat/EdgeR/gene2pubmed.gz':没有这样的文件或目录

任何帮助都将不胜感激。提前感谢

Carine

> rm(list=ls()) > workDir <- "C:/Users/cagenet/Documents/AMHAROC/3_Analyses_bioinfo/Analyse_Stat/EdgeR" > setwd(workDir) > makeOrgPackageFromNCBI(version = "0.1"， + author = "Carine GENET  sessionInfo () r版本3.3.1 RC (2016-06-17 r70798)平台:x86_64-w64-mingw32 / x64(64位)下运行:Windows > = 8 x64(9200年建立)语言环境:[1] LC_COLLATE = French_France.1252LC_CTYPE = French_France.1252LC_MONETARY = French_France。1252 [4] LC_NUMERIC=C LC_TIME=法国。1252附加的基础包:[1]parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets方法基础其他附加包:[1]AnnotationHub_2.4.2 edgeR_3.14.0 limma_3.28.14 AnnotationForge_1.14.2 [5] org.Hs.eg.db_3.3.0 AnnotationDbi_1.34.3 IRanges_2.6.1 S4Vectors_0.10.1 [9] Biobase_2.32.0 BiocGenerics_0.18.0 BiocInstaller_1.22.3通过命名空间加载(且未附加):[1] Rcpp_0.12.5 splines_3.3.1 xtablee_0.20 -2 [4] lattice_0.20-33 R6_2.1.2 httr_1.2.1 [7] tools_3.3.1 grid_3.3.1 DBI_0.4-1 [10] htmltools_0.3.5 digest_0.6.9 interactiveDisplayBase_1.10.3 [13] shiny_0.13.2 rsconnect_0.4.3 mime_0.4 [16] RSQLite_1.0.0 XML_3.98-1.4 locfit_1. 1.5-9.1 [19] httpuv_1.3.3

makeorgpackagefromncbi•580个视图

添加评论•链接 8分钟前更新小文森特·j·凯里6.4k•4.9年前由cagenet34▴20

score 2 · Answer 1 · 2016-07-05

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詹姆斯·w·麦克唐纳 57 k

@james - w -麦克唐纳- 5106

最后一次出现是两天前

美国

您还可以考虑使用您可以从中获得的现有OrgDbAnnotationHub：

> hub <- AnnotationHub() snapshotDate(): 2016-06-06 > query(hub, c(“ovis aries”，“orgdb”))AnnotationHub with 1 record # snapshotDate(): 2016-06-06 # names(): AH48021 # $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ # $species: ovis aries # $rdataclass: orgdb # $title: org.Ovis_aries.eg。sqlite # $description: NCBI基因ID的注释关于Ovis_aries # $taxonomyid: 9940 # $genome: NCBI基因组# $sourcetype: NCBI/UniProt # $sourceurl: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/， ftp://ftp.uniprot.org/p…# $sourcelastmodifieddate: NA # $sourcesize: NA # $tags: NCBI, Gene, Annotation #检索记录与'object[["AH48021"]]' > org. oa . exe . Db <- hub[["AH48021"]]] > org. oa . exe . Db OrgDb对象:| DBSCHEMAVERSION: 2.1 | DBSCHEMA: NOSCHEMA_DB | ORGANISM: Ovis aries | SPECIES: Ovis aries | CENTRALID: GID | Taxonomy ID: 9940 | Db类型:OrgDb |支持包:AnnotationDbi请参见:help('select')获取使用信息>

添加评论•链接 4.9年前詹姆斯·w·麦克唐纳57 k

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完美!对我来说很好。谢谢! !

添加回复•链接 4.9年前cagenet34▴20

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2021年:应对措施的细节发生了变化。在安装和定义AnnotationHub之后，考虑以下问题枢纽=注解枢纽::注解枢纽()：

> hub AnnotationHub与59557记录# snapshotDate(): 2021-05-18 # $dataprovider: Ensembl, BroadInstitute, UCSC, ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/g…# $物种:智人，小家鼠，黑腹果蝇，牛牛，……# $rdataclass: GRanges, TwoBitFile, BigWigFile, EnsDb, Rle, OrgDb, ChainFile…# additional mcols(): taxonomyid，基因组，描述，# coordinate_1_based, maintainer, rdatadateadded, preparerclass, tags， # rdatapath, sourceurl, sourcetype #检索记录，例如，'object[["AH5012"]]]'标题AH5012 |染色体带AH5013 | STS标记AH5014 | FISH克隆AH5015 | Recomb Rate AH5016 | ENCODE Pilot ... ...AH95564 | org.Talaromyces_atroroseus.eg.;sqlite AH95565 | CTCF_hg19。RData AH95566 | CTCF_hg38。RData AH95567 | CTCF_mm9。RData AH95568 | CTCF_mm10.使用实例RData >查询(hub, c(“ovis aries”，“orgdb”))带1记录的AnnotationHub # snapshotDate(): 2021-05-18 # names(): AH94094 # $dataprovider: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/ # $species: ovis aries # $rdataclass: orgdb # $ datadateadded: 2021-05-18 # $title: org.Ovis_aries.eg。sqlite # $description: NCBI基因ID的注释关于羊# $taxonomyid: 9940 # $genome: NCBI基因组# $sourcetype: NCBI/UniProt # $sourceurl: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/gene/DATA/， ftp://ftp.uniprot.org/p…# $ # $ sourcesize: NA标签:c(“NCBI”、“基因”,“注释”)#检索记录的对象[[“AH94094”]]' > org.Oa.eg.db =中心从缓存加载[[AH94094“]]>键(org.Oa.eg.db keytype =“空空”)[1]“1”“10”“十一”“12”“13”“14”“15”“16”“17”“18”“19”“2”“20”“21”“22”[16]“23”“24”“25”“26”“3”“4”“5”“6”“7”“8”“9”“太”“联合国”“X”

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score 0 · Answer 2 · 2016-07-05

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瓦莱丽Obenchain★6.7 k

@valerie - obenchain - 4275

最后一次出现是19个月前

美国

尝试rebuildCache = TRUE。当rebuildCache = FALSE时，假设您已经下载了构建Org包所需的文件。

瓦莱丽

添加评论•链接 4.9年前瓦莱丽Obenchain★6.7 k

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啊好吧。我明白了，谢谢。

添加回复•链接 4.9年前cagenet34▴20