Question

如何获得对应于Granges的序列？

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@cei-abreu-Goodger-4433

最后一次见到6.3年前

墨西哥

大家好，我想知道是否有一种简单的方法来获取与存储在Granges对象中的范围相对应的序列。如果您在BSGENOME对象中具有原始序列，则可以使用'getSeq'。但是，如果您只有作为DNASTRINGSET对象导入的FastA文件，该怎么办？我想避免每次都必须制定一个新的BSGENOME对象，因为我正在处理未完成的组件，数千个序列我不想分为单个FastA文件等。非常感谢，CEI- CEI-博士 - 博士。CEI ABREU-Goodger Profesor Revecitionor Langebio Cinvestav电话：（52）462 166 3006 langebio.cinvestav.mx的CEI-通过MailScanner扫描了此消息的病毒和危险内容，并被认为清洁。

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score 2 · Answer 1 · 2012-10-28

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马丁·摩根 25k

@Martin-Morgan-1513

最后一次见到6天前

美国

在10/28/2012 11:28 PM，CEI Abreu-Goodger写道：>大家好，>>>我想知道是否有一种简单的方法可以使序列与>对应于Granges对象中的范围相对应。如果您在> bsgenome对象中具有原始序列，则可以使用'getSeq'。但是，如果您只有fasta文件，>导入为dnastringset对象，该怎么办？>>我想避免每次都必须制定一个新的BSGENOME对象，因为我正在处理未完成的组件，数千个我不想分为单个FastA文件等。fafilelist代表（通过indexfa）fasta文件，以及一个fafile和granges（或类似）对象的getSeq方法。这是在Scanfa顶部建造的。请参阅图书馆（rsamtools）方法？“ getSeq，fafile” Martin>>非常感谢，>> CEI> - 计算生物学 / Fred Hutchinson癌症研究中心1100 Fairview Ave.N. PO Box 19024 Seattle，西雅图，西雅图，华盛顿州98109 98109位置：Arnold Builduest M1建筑M1B861电话：（206）667-2793

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感谢马丁，这正是我想要的！（错过了ShowMethods（“ GetSeq”），对不起）Martin Morgan写道：> 2012年10月28日11:28 PM，CEI ABREU-GOODGER写道：>>大家好，>> >>我想知道是否有一种简单的方法来获取序列>>对应于>>存储在Granges对象中的范围。如果您在>> BSGENOME对象中具有原始>>序列，则可以使用'getSeq'。但是，如果您只有>> fasta文件，>>被导入为dnastringset对象怎么办？>> >>我想避免每次都必须制造一个新的BSCHOME对象，因为>>我要处理未完成的组件，具有数千个序列i >> >>不想分为单个fasta文件等。这是在Scanfa顶部建造的。请参阅>>库（rsamtools）>方法？“ getSeq，fafile” >> martin >> >> >>非常感谢，>> >> >> CEI >>> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >> >>52）462 166 3006 langebio.cinvestav.mx的CEI- MailScanner已扫描此消息的病毒和危险内容，据信很干净。

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