雷玛:如何获得相同的输出作为顶部,但是对于所有基因?
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达伦谭▴160.
@ Daren-Tan-3105
最后见到6.6年前

道歉这个问题是非常一般的,没有代码来说明。如何模拟顶部才能输出所有基因,因为顶部不适合输出所有基因。

林马顶点•8.8K观
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希望这有助于他人

在我发出早期的电子邮件后,意识到有write.fit。我的解决方案是修改它

fit2tablefunction(拟合,结果= null,文件,数字= 3,调整=“none”,sep =“\ t”,...){if(!是(fit,“marraylm”))停止(“适合应该是一个Marraylm对象“)如果(!是.NULL(结果)&&!是(结果,”测试结果“))停止(”结果应该是测试结果对象“)(是null(fit $ t)||。null(fit $ p.value))fit < -  ebayes(fit)p.value <--asmatrix(fit $ p.value)for(j在1:ncol(p.value))p.value [,j] < -  p.adjust(p.value [,j],方法=调整)rn <函数(x,数字=数字)(是null(x))null els {if(is.matrix(x)&& ncol(x)== 1)x < -  x [,1] round(x,digits = digits)}选项卡< -  list()选项卡$ a < -  rn(fit $ amean,digits = digits  -  1)选项卡$ cof < -  rn(fit $ coof,digits =数字)选项卡$ t <--rn(fit $ t,数字=数字 -  1)选项卡$ p.value < -  rn(p.value,数字=数字+ 2)tab$F <- rn(fit$F, digits = digits - 1) tab$F.p.value <- rn(fit$F.p.value, digits = digits + 2) tab$Res <- unclass(results) tab$Genes <- fit$genes return(data.frame(tab, check.names = FALSE))}
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珍妮德尼奇★2.0克
@ jenny-drnevich-2812
最后一次见到15天前
美国

拜仁,

实际上,在来自我们许多人的要求之后,我们确实想要在R(而不只是使用Write.fit写入文件),Gordon请与R的最新版本的最新版本进行了一些更改2.8.0(目前Limma_2.16.3)。以下是来自帮助文件的代码段:

通过顶部(FIT,SORT =“NONE”,N = INF)可以获得原始(未蚀刻)订单的所有探针的驱动输出。但是,如果意图是将结果写入文件,则可能是优选的。相关方法是as.data.frame(拟合),其将Marraylm对象强制到Data.frame。

然而,如果给出了多于一个系数,则这将仅给出一个对比度的调整后的p值,或者如果给出了一个以上的系数,则在over f-stat和调整后的p值。如果您希望在一个对象中一起使用所有系数的结果,则可以更好地代码。

干杯,
珍妮


珍妮德尼奇,博士。

功能基因组学生物信息学专家
下Keck Cente对比较和功能基因组学
Roy J. Carver Biotechnology Center
伊利诺伊大学,Urbana-Champaign

330 ERML.
1201 W. Gregory博士
Urbana,IL 61801
美国

pH:217-244-7355
传真:217-265-5066
电子邮件:drnevich@illinois.edu

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as.data.frame(fit)帮助文件片段中提到的呼叫确实在一个数据帧中的所有系数都进行了整理结果。

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@ gordon-smyth
最后看见6分钟前
威奇,墨尔本,澳大利亚

实际上,如果需要,TopTable()始终能够输出所有基因的结果。正如珍妮,指出,你可以简单地使用:

选项卡< -  toptable(fit,n = inf,cof = 2)

为系数2的所有基因获得结果。

如果您想创建一个数据,则可以使用带有所有系数的结果,您可以使用:

选项卡< -  as.data.frame(适合)

您的Fit2table功能与此基本相同。无需编写您自己的代码来执行此事。正如珍妮的报价所示,在顶部帮助页面上有关于此内容的提示。

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@ lindsaynhayes-13285
最后9天前见过
美国

这是超级有用的。我不知道你可以将每个变量调用出inimma fit输出。感谢分享。

Lindsay.

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