你好，我尝试使用plotPCA函数来制作PCA图。

提前感谢您的大力帮助!

最好的

悦

> dds class: DESeqDataSet dim: 17964 40 metadata(1): version assays(1): counts rownames(17964): WASH7P LOC729737…KDM5D EIF1AY rowData names(1): gene colnames(40): Series1_NHBE_Mock_1 Series1_NHBE_Mock_2…Series16_A549.ACE2_SARS.CoV。2 _2 Series16_A549.ACE2_SARS.CoV。2_3 colData names(2):条件sizeFactor > rld<-rlog(dds) rlog()可能需要几分钟，有30个或更多的样本，vst()是一个更快的转换> plotPCA(rld, intgroup=c("name"，"condition"))> DESeq2::plotPCA(rld,intgroup=c("name"， "condition"))) Error in .local(object，…):colData的论点“intgroup”应该指定列(dds) > colData (dds) DataFrame 40行2列条件sizeFactor <因素> <数字> Series1_NHBE_Mock_1模拟1.28920481368314 Series1_NHBE_Mock_2模拟1.20694826376487 Series1_NHBE_Mock_3模拟2.00265996272934 Series2_A549_Mock_1模拟2.47465031893654 Series2_A549_Mock_2模拟1.36377412954114 ... ... ...系列15_covid19lung_2 CoV 0.0725192102712004系列15_covid19lung_1 CoV 0.00616544119097793系列16_a549 . ace2_sars .CoV。2_1 CoV 0.377593986284931 Series16_A549.ACE2_SARS.CoV.2_2 CoV 0.401579135274168系列16_a549 . ace2_sars .CoV.2_3 CoV 0.390889568999062 > head(rld)[，1:5] class: DESeqTransform dim: 6 5 metadata(1): version assays(1): " rownames(6): WASH7P LOC729737… LINC00115 SAMD11 rowData names(8): gene baseMean ... dispFit rlogIntercept colnames(5): Series1_NHBE_Mock_1 Series1_NHBE_Mock_2 Series1_NHBE_Mock_3 Series2_A549_Mock_1 Series2_A549_Mock_2 colData names(2): condition sizeFactor > DESeq2::plotPCA(rld,intgroup=c("name", "condition")) Error in .local(object, ...) : the argument 'intgroup' should specify columns of colData(dds)

的名字不属于colData (dds)。应该是?-请检查您的代码和管道。

这应该工作:

plotPCA(行,intgroup = c(“条件”))

凯文