topGO出现意外错误，无法构建topGOdata对象
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沛富▴30
@abf - 14661
最后一次出现是在八周前

当我尝试创建topGOdata对象时，我得到一个关于零长度向量的错误警告。我最近换了一台Mac电脑(见会话信息)。以前我在linux盒子上使用topGO没有问题，在R-3.6.3下(使用最新的bioconductor)。我希望有人可能会得到类似的错误，可以帮助我排除故障?我不知道从哪里开始找。

小插图中的例子:

> library(topGO) > library(ALL) > data(ALL) > data(geneList) > > affyLib <- paste(annotation(ALL)， "db"， sep = ".") > library(package = affyLib, character. ")> > sampleGOdata <- new("topGOdata"， + description = "Simple session"， ontology = "BP"， + allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10， + annot = annfuns .db, affyLib = affyLib)构建最具体的GOs .....(1647年GO术语被发现。)构建GO DAG拓扑..........if (node == GENE.ONTO.ROOT)返回(2)中的错误:参数长度为零

还有一条警告信息:

> warnings()警告信息:在result_fetch(res@ptr, n = n): SQL语句必须发出dbExecute()或dbSendStatement()，而不是dbGetQuery()或dbSendQuery()。

会议信息:

> sessionInfo() R version 4.0.0(2020-04-24)平台:x86_64-apple-darwin17.0(64位)在macOS Catalina 10.15.4下运行矩阵产品:default BLAS: /System/Library/Frameworks/ accelerator .framework/Versions/A/Frameworks/vecLib.framework/Versions/A/libBLAS.dylib LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib locale: [1] en_US. utf -8/en_US. utf -8/C/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/en_US. utf -8/UTF-8附加的基础包:[1]stats4并行统计图形grDevices [6] utils datasets方法基础其他附加包:[1]hgu95av2.db_3.2.3 org.Hs.eg.db_3.11.0 [3] ALL_1.29.0 org.Mm.eg.db_3.11.0 [5] topGO_2.40.0 SparseM_1.78 [7] GO.db_3.11.0 AnnotationDbi_1.50.0 [9] IRanges_2.22.1 S4Vectors_0.26.0 [11] Biobase_2.48.0 graph_1.66.0 [13] BiocGenerics_0.34.0通过命名空间加载(且未附加):[1] Rcpp_1.0.4.6 bit_1. 1.1-15.2 lattice_0.20-41 [4] rlang_0.4.6 blob_1.2.1 tools_4.0.0 [7] grid_4.0.0 DBI_1.1.0 matrixstats_0.0.6.0 [10] bit64_0.9-7 digest_0.6.25 vctrs_0.2.4 [13] memoise_1.1.0 RSQLite_2.2.0 compiler_4.0.0 [16] pkgconfig_2.0.3
topGO•188次浏览
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我认为问题可能与新的GO.db包有关，如下所述:

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这可能有一个问题，但我只是使用R-4.0.0和Bioc11运行代码，它在Windows上为我工作。所以我有点怀疑这个问题是GO.db的问题(尽管可能有其他无声的问题)。

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如。

> sampleGOdata <- new("topGOdata"， + description = "Simple session"， ontology = "BP"， + allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10， + annot = annfuns .db, affyLib = affyLib)构建最具体的GOs .....(1647年GO术语被发现。)构建GO DAG拓扑..........(4545 GO术语和10466关系。)注释节点...............(在GO术语中注释了310个基因。)警告信息:在result_fetch(res@ptr, n = n): SQL语句必须发出dbExecute()或dbSendStatement()，而不是dbGetQuery()或dbSendQuery()。> sampleGOdata ------------------------- topGOdata对象-------------------------描述:-简单会话本体:- BP 323可用基因(所有基因来自数组):- symbol: 1095_s_at 1130_at 1196_at 1329_s_at 1340_s_at…- score: 1 1 0.62238 0.541224 1…- 50个显著基因。 310 feasible genes (genes that can be used in the analysis): - symbol: 1095_s_at 1130_at 1196_at 1329_s_at 1340_s_at ... - score : 1 1 0.62238 0.541224 1 ... - 46 significant genes. GO graph (nodes with at least 10 genes): - a graph with directed edges - number of nodes = 1110 - number of edges = 2400 ------------------------- topGOdata object ------------------------- > sessionInfo() R version 4.0.0 RC (2020-04-20 r78265) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 18362) Matrix products: default locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 [2] LC_CTYPE=English_United States.1252 [3] LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=English_United States.1252 attached base packages: [1] stats4 parallel stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base other attached packages: [1] hgu95av2.db_3.2.3 org.Hs.eg.db_3.10.0 ALL_1.29.0 [4] topGO_2.39.1 SparseM_1.78 GO.db_3.10.0 [7] AnnotationDbi_1.49.1 IRanges_2.21.8 S4Vectors_0.25.15 [10] Biobase_2.47.3 graph_1.65.3 BiocGenerics_0.33.3 loaded via a namespace (and not attached): [1] Rcpp_1.0.4.6 bit_1.1-15.2 lattice_0.20-41 rlang_0.4.5 [5] blob_1.2.1 tools_4.0.0 grid_4.0.0 DBI_1.1.0 [9] matrixStats_0.56.0 bit64_0.9-7 digest_0.6.25 vctrs_0.2.4 [13] memoise_1.1.0 RSQLite_2.2.0 compiler_4.0.0 pkgconfig_2.0.3
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Urp。可能是当前GO.db包的问题。topGO包使用了旧的BiMap接口，并在底层实现了以下功能:

GOParents <- get(paste("GO"， which honto， "PARENTS"， sep = "")) GENE.ONTO.ROOT <- as.character(revmap(GOParents)$all)

哪个是等价的

as.character (revmap (GOBPPARENTS)所有美元)

在以前的版本给出了什么

> as.character(revmap(GOBPPARENTS)$all) [1] "GO:0008150" ##但现在与当前版本的GO.db它做> as.character(revmap(GOBPPARENTS)$all) character(0)

这个看起来也不一样

##旧GO.db > head(toTable(GOBPPARENTS)) go_id go_id RelationshipType 1 GO:0000001 GO:0048308 is_a 2 GO:0000001 GO:0048311 is_a 3 GO:0000002 GO:0007005 is_a 4 GO:0000003 GO:0022613 is_a 5 GO:0042254 GO:0022613 is_a 6 GO:0000011 GO:0007033 is_a 3 GO:0000003 GO:0019953 is_a 4 GO:0000003 GO:0022414 part of 6 GO:0000003 GO:0032504 is_a . 1 GO:0000002 GO:0032042 part of 2 GO:0000002 GO:0033955 is_a 3 GO:0000003 GO:0019954 is_a 5 GO:0000003 GO: 0022504 is_a

因此，让我们等待Kayla更新GO.db，这应该会使所有这些重新工作。

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也许你现在可以重新尝试:https://support.bioconductor.org/p/130753/

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等好了

> library(topGO) > library(ALL) > data(ALL) > data(geneList) > > affyLib <- paste(annotation(ALL)， "db"， sep = ".") > library(package = affyLib, character. ")only = TRUE)加载所需的包:org.Hs.eg.db > > sampleGOdata <- new("topGOdata"， + description = "Simple session"， ontology = "BP"， + allGenes = geneList, geneSel = topDiffGenes, nodeSize = 10， + annot = annfunction .db, affyLib = affyLib)构建最具体的GOs .....(1647年GO术语被发现。)构建GO DAG拓扑..........(4545 GO术语和10466关系。)注释节点...............(在GO术语中注释了310个基因。)警告信息:在result_fetch(res@ptr, n = n): SQL语句必须发出dbExecute()或dbSendStatement()，而不是dbGetQuery()或dbSendQuery()。> sampleGOdata ------------------------- topGOdata对象-------------------------描述:-简单会话本体:- BP 323可用基因(所有基因来自数组):- symbol: 1095_s_at 1130_at 1196_at 1329_s_at 1340_s_at…- score: 1 1 0.62238 0.541224 1… - 50 significant genes. 310 feasible genes (genes that can be used in the analysis): - symbol: 1095_s_at 1130_at 1196_at 1329_s_at 1340_s_at ... - score : 1 1 0.62238 0.541224 1 ... - 46 significant genes. GO graph (nodes with at least 10 genes): - a graph with directed edges - number of nodes = 1110 - number of edges = 2400 ------------------------- topGOdata object ------------------------- > sessionInfo() R version 4.0.0 (2020-04-24) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 18362) Matrix products: default locale: [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 [2] LC_CTYPE=English_United States.1252 [3] LC_MONETARY=English_United States.1252 [4] LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=English_United States.1252 attached base packages: [1] parallel stats4 stats graphics grDevices utils datasets [8] methods base other attached packages: [1] hgu95av2.db_3.2.3 org.Hs.eg.db_3.11.1 ALL_1.30.0 [4] topGO_2.40.0 SparseM_1.78 graph_1.66.0 [7] GO.db_3.11.1 AnnotationDbi_1.50.0 IRanges_2.22.1 [10] S4Vectors_0.26.0 Biobase_2.48.0 BiocGenerics_0.34.0 [13] BiocManager_1.30.10 loaded via a namespace (and not attached): [1] Rcpp_1.0.4.6 bit_1.1-15.2 lattice_0.20-41 rlang_0.4.6 [5] blob_1.2.1 tools_4.0.0 grid_4.0.0 DBI_1.1.0 [9] matrixStats_0.56.0 bit64_0.9-7 digest_0.6.25 vctrs_0.2.4 [13] memoise_1.1.0 RSQLite_2.2.0 compiler_4.0.0 pkgconfig_2.0.3
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我更新GO.db使用

BiocManager::安装(“GO.db”)

topGO现在为我正常工作。感谢Kayla的更新，感谢Kevin和James找出原因。
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