我意识到这个问题可能已经被问到了一百万次，但我找不到与我的案例相似的案例。

我有8个条件，但没有参考。这些是相同生物体的不同菌株。我想对所有8组进行成对比较，共有28个独特的比较（没有A vs. A，但A vs. B，A vs. C等。）

这可能吗？

> COLDATA应变A_S15 A A_S23 A A_S7 A B_S12 B B_S20 B B_S4 B b_s4 B C_S16 C C_S16 C C_S24 C C_S8 C C_S8 C D_S1 D_S1 D D_S17 D D_S9 D D_S9 D E_S11 E e_s13 E E_S21 E E_S1 E_S11114 f_s14 f _s14 f _s22 f _s22 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f f _10 f _10h> dds < -  deseqdatasetFromtrix（countdata = counts，coldata = coldata，design =〜strain）> dds <-deseq（dds）> resulteNames（dds）[1] [1]“ intercept”“ strart_b_vs_a”“ strart_b_vs_a”“” strain_e_vs_a“”“ strain_f_vs_a” [7]“ strain_g_vs_a”“ strain_h_vs_a”

因此，要获得我的28个比较，我应该重新引用这样的压力吗？

> DDS $条件<-Relevel（DDS $条件，Ref =“ B”）

并且是“应变bvs一个“和”菌株一个vsb“等效或订单很重要？

谢谢你。

不，您不必重新升级该因素。您可以轻松地进行成对比较，如下所示：

• 问题：DESEQ2比较所有级别
• https://support.bioconductor.org/p/60032/#60055
• 问题：条件之间的DESEQ2成对比较

凯文