CSAMA的19
基因组规模生物学中的统计和计算

周五(Day5)

演讲的幻灯片

• 使用混合CRISPR筛选来评估基因的重要性——凯瑟琳Imkeller
• 机器学习分类——罗伯特先生
• 基因集富集——马丁•摩根
  -工作的例子
• 处理大数据——马丁•摩根
• 转录调控网络的大数据策略——文斯凯里

单细胞的演讲

• SMART-seq 2
• Drop-seq和10X Genomics铬3 '测序
• 10x Genomics铬5 '测序
• SPLit-Seq

实验材料

• 与iSEE交互可视化总结的实验对象
• 高效并行R
• 机器学习(Rscript)diabetes.csv
• 单细胞的工作流。我们建议看看简单的单单元工作流程。这本书有很多章节，所以你可以直接跳到你最感兴趣的任务。你可能没有在这些章节中使用的确切数据集，但应该有pbmc3k和pbmc4k数据中发现TENxPBMCData。

周四(第4天)

演讲的幻灯片

• 可视化和图形——沃尔夫冈•休伯
• 质谱和蛋白质组学——劳伦特与
• 代谢组学——约翰Rainer
• 接近掌握距离，降维，聚类和分类在基因组应用——文斯凯里
• 用于缓存文件管理的Bioconductor包——Lori Sheperd

实验材料

• 蛋白质组学的生物导体工具
• 非靶向代谢组学数据的预处理
  • Zip文件带有标记的文件、数据等。
• BiocFileCache和注释资源
  • 答案
• 单细胞集团项目

周三(把)

演讲的幻灯片

• 实验设计——夏洛特Sonneson
• eQTLs和sQTLs——罗伯特先生
• 单细胞数据分析(第1部分)- - - - - -大卫。Risso
• 行人的单细胞转录组学分析——西蒙·安德斯
  -这个降价需要大量的工具和包，你没有被要求安装，所以如果你不能运行这个也不用担心。
-你可以看到一个渲染的版本https://www.zmbh.uni-heidelberg.de/anders/div/sc_pedestrian.html

周二(Day2)

演讲的幻灯片

• RNA-seq量化——夏洛特Sonneson
• 归一化与微分表达式——西蒙·安德斯(R减价)(脚本)
• 单细胞测序简介——凯瑟琳Imkeller
• 注释资源-第1部分——Lori Sheperd
• 注释资源-第2部分——约翰Rainer

实验材料

• RNA-seq工作流
  (R减价文档)

晚上会议

• 创建和维护R包- - - - - -大卫。Risso
  -R文件示例
• 高效的R编程——马丁•摩根

第1天(周一)

演讲的幻灯片

• 介绍R——马丁•摩根(Rmarkdown文档)
• 线性模型——罗伯特先生
  
• 介绍Bioconductor——Lori Sheperd(Rmarkdown文档)
• 假设检验基础——沃尔夫冈•休伯

实验材料

• 介绍R和生物导体
• 假设检验(Rscript)