1.1生物体：高吞吐量分析和理解

基因组数据

• 统计分析：大数据，技术伪影，设计实验;严格的
• 理解：生物学背景，可视化，可重复性
• 高吞吐量
  • 测序：RNASEQ，CHIPSEQ，VARIANTS，副本编号，...
  • 微阵列：表达，SNP，......
  • 流式细胞术，蛋白质组学，图像，...

1.2包装，羽毛，工作流动

• 1296软件包;还…

  • “注释”软件包 - 标识符映射，基因模型，路径等静态数据基础;例如。，txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene.
  • '实验包 - 用于说明软件功能的数据集，例如，呼吸道
• 通过浏览和导航Biocviews.

• 包裹'着陆页'

  • 标题，作者/维护者，简短描述，引用，安装说明，...，下载统计
• 所有用户可见函数都有帮助页面，大多数具有可运行的示例
• 'Vignettes'是一个重要的功能生物体- 说明如何使用包装的叙述文档，其中包含集成代码
• '释放'（每六个月）和'devel'分支机构

• 支持网站;视频那最近的课程

1.3包装安装和使用

• 使用包登陆页面上的说明需要安装一次包（例如，deseq2.）。

  源（“https://biocumon.org/bioclite.r”）Bioclite（C（“deseq2”，“org.hs.eg.db”）））

• Bioclite（）安装生物体那cr，和github包。

• 安装后，包可以加载到r会话中

  图书馆（基因组）

  和帮助系统交互式查询，如上所述：

  帮助（包=“genomicranges”）小插图（包=“Genomicranges”）小插图（包=“Genomicranges”，“Genomicrangeshowtos”）？咯咯

2.1目标

• 再现性
• 互操作性
• 用

2.2什么是几行R.必须说

x < -  rnorm（1000）y < -  x + rnorm（1000）df < -  data.frame（x = x，y = y）图（y〜x，df）fit < -  lm（y〜x，df）ANOVA（适合）

##方差表的分析## ##响应：Y ## DF SUM SQ平均SQ F值Pr（> F）## x 1 967.46 967.46 971.31 <2.2E-16 *** ##残差998 994.04 1.00 ##--- ## signif。代码：0'***'0.001'**'0.01'*'0.05'。'0.1''1

abline（适合）

2.3课程和方法 - “S3”

• data.frame（）

  • 定义班级协调数据
  • 创造一个实例或者目的

• 阴谋（）那lm（）那Anova（）那abline（）：方法定义了仿制改变实例

• 发现和帮助

  类（拟合）方法（class = class（fit））方法（plot）？“plot”？“plot.formula”

• 标签完成！

2.4生物体类和方法 - “S4”

• 示例：使用DNA序列

  图书馆（Biostrings）DNA < -  dnastringset（C（“AACAT”，“GGCGCCT”））逆转录（DNA）

  ##长度2 ##宽度SEQ ## [1] 5 ATGTT ## [2] 7 AGGCGCC

  数据（phix174phage）phix174phage

  长度为6的##甲DNAStringSet实例##宽度SEQ名称## [1] 5386 GAGTTTTATCGCTTCCATGACG ... GATTGGCGTATCCAACCTGCA Genbank登录## [2] 5386个GAGTTTTATCGCTTCCATGACG ... GATTGGCGTATCCAACCTGCA RF70s ## [3] 5386 GAGTTTTATCGCTTCCATGACG ... GATTGGCGTATCCAACCTGCA SS78＃＃[4] 5386 gagttttatcgcttccatgacg ... gattggcgtatccaacctgca bull ## [5] 5386 gagttttatcgcttccatgacg ... gattggcgtatccaacctgca g97 ## [6] 5386 gagttttatcgcttccatgacg ... gattggcgtatccaacctgca neb03

  Letterfrequency（phix174phage，“gc”，as.prob = true）

  ## g | c ## [1，] 0.4476420 ## [2，] 0.4472707 ## [3，] 0.4472707 ## [4，] 0.4470850 ## [5，] 0.4472707 ## [6，] 0.4470850

• 发现和帮助

  课程（DNA）？“Dnastringset-class”？“逆转，dnastringset-方法”