### r代码来自Vignette Source'spliceGear.rnw'##########################################################################################################################################）印刷（Spsites）情节（Spsites）######################################################## ###代码块编号3：splicegear.rnw：118-121 #############################################################spliceGear”）xml <-xmltroeparse（文件名，assale = true）####################################################### ###代码块编号4：splicegear.rnw：127-130 ###########################################################1：2]）################################################### ###代码块编号5：剪接R.RNW：150-158 ########################################################spsites < - buildsplicesites（xml，verbose = false）##子集列表中的第二个对象my.spsites <-spsites [[2]] ##########################################################＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ 阴谋（my.spsites）############################################## ### code chunk number 7: splicegear.Rnw:178-183 ################################################### data(spliceset) dataf <- as.data.frame(spliceset) colnames(dataf) ################################################### ### code chunk number 8: splicegear.Rnw:187-197 ################################################### lm.panel <- function(x, y, ...) { points(x,y,...) p.lm <- lm(y~x); abline(p.lm) } ## to plot probe intensity values conditioned by the position of the probes on ## the mRNA: ## (commented out to avoid a warning) ##coplot(log(exprs) ~ Material | begin, data=dataf, panel=lm.panel) ################################################### ### code chunk number 9: splicegear.Rnw:220-231 ################################################### ## a 10 bp window seq.length <- as.integer(10) ## positions of the exons spsiteIpos <- matrix(c(1, 3.5, 5, 9, 3, 4, 8, 10), nc=2) ## known variants variants <- list(a=c(1,2,3,4), b=c(1,2,3), c=c(1,3,4)) ## n.exons <- nrow(spsiteIpos) spvar <- new("SpliceSitesGenomic", spsiteIpos=spsiteIpos, variants=variants, seq.length=seq.length) ################################################### ### code chunk number 10: splicegear.Rnw:237-240 ################################################### par(mfrow = c(3,1), mar = c(3.1, 2.1, 2.1, 1.1)) plot(spvar, split=TRUE, col.exon=rainbow(n.exons))