| 包 | 维护人员 | 标题 |
|---|---|---|
| ABarray | 永明安德鲁太阳 | 微阵列QA和统计数据分析应用生物系统公司基因组调查Micorarray (AB1700)基因表达数据。 |
| aCGH | 简Fridlyand | 阵列比较基因组杂交数据的类和函数。 |
| ACME | 肖恩·戴维斯 | 算法计算微阵列浓缩(ACME) |
| adSplit | 克劳迪奥·Lottaz | 注解驱动的集群 |
| affxparser | Kasper丹尼尔·汉森 | Affymetrix SDK文件解析 |
| affy | 拉斐尔·a·伊 | 方法Affymetrix寡核苷酸阵列 |
| affycomp | 拉斐尔·a·伊 | 图形工具箱Affymetrix表达的评估措施 |
| affycoretools | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数用于那些做重复性分析与Affymetrix GeneChips。 |
| AffyExpress | Xuejun阿瑟·李 | Affymetrix质量评估和分析工具 |
| affyio | 本杰明·米洛Bolstad | 解析Affymetrix数据文件的工具 |
| affylmGUI | 基斯Satterley | GUI使用limma affy分析包 |
| affypdnn | Laurent Gautier | 最近的邻居(PDNN)调查依赖affy包 |
| affyPLM | 本Bolstad | 方法拟合probe-level模型 |
| affyQCReport | 克雷格Parman | 为affyBatch对象QC报告生成 |
| altcdfenvs | Laurent Gautier | 替代cdfenvs |
| annaffy | 科林·a·史密斯 | Affymetrix生物元数据注释工具 |
| AnnBuilder | j .张 | Bioconductor注释数据包生成器 |
| 注释 | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 注释的微阵列 |
| AnnotationDbi | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 注释数据库接口 |
| annotationTools | 亚历山大·库恩 | 注释微阵列和执行跨物种基因表达分析使用平面文件数据库。 |
| apComplex | 丹尼斯Scholtens | 估计蛋白质复杂的会员使用AP-MS数据 |
| aroma.light | 亨利克·本特松 | 轻量级的微阵列数据的归一化和可视化方法只使用基本的R数据类型 |
| arrayMagic | Andreas Buness | 双色cDNA数组质量控制和预处理 |
| arrayQuality | 艾格尼丝Paquet | 数组质量评估发现数组 |
| arrayQualityMetrics | 奥黛丽考夫曼 | 质量指标ExpressionSets |
| beadarray | 马克·邓宁 | 质量控制和低级BeadArrays分析 |
| beadarraySNP | 1月东 | 标准化和报告的Illumina公司SNP珠阵列 |
| BeadExplorer | 加雷斯·维奇 | QC、正常化、注释和探索Illumina公司BeadChip数据 |
| bgafun | 伊恩•华莱士 | BGAfun方法识别specifity确定残留的蛋白质家族 |
| bgx | 欧内斯特Turro | 贝叶斯基因表达 |
| Biobase | Biocore团队c / o BioC用户列表 | Bioconductor Biobase:基函数 |
| biocGraph | 李长 | 在生物信息学和用例图示例 |
| biocViews | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 分类视图的R包存储库 |
| bioDist | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 不同距离的措施 |
| biomaRt | 史蒂芬Durinck | 接口BioMart数据库(例如运用,Wormbase, Gramene和Uniprot) |
| BioMVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)使用Biobase的类 |
| Biostrings | h .页面 | 字符串对象代表生物序列,和匹配算法 |
| 桥 | 拉斐尔Gottardo | 贝叶斯强劲的推理微分基因表达 |
| BSgenome | h .页面 | 基础设施Biostrings-based基因组数据的包 |
| BufferedMatrix | 本杰明·米洛Bolstad | 一个矩阵数据存储对象保存在临时文件 |
| BufferedMatrixMethods | b . m . Bolstad | 微阵列数据相关的方法,形式美而言BufferedMatrix对象 |
| CALIB | 回族赵 | 校准模型估计绝对从微阵列数据表达水平 |
| 类别 | 罗伯特先生 | 类别分析 |
| cellHTS | Ligia胸罩 | 分析基于单元的屏幕 |
| cellHTS2 | Ligia胸罩 | 分析细胞屏幕- cellHTS的修订版本 |
| CGHcall | 会发生Vosse | 畸变呼吁全息阵列肿瘤概要文件。 |
| cghMCR | j .张 | 发现染色体区域显示共同收益/损失 |
| ChromoViz | Jihoon金 | 多通道基因表达数据的可视化 |
| clusterStab | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 计算集群稳定微阵列数据的分数 |
| CoCiteStats | r .绅士 | 基于co-citation不同的测试数据。 |
| codelink | 迭戈Diez | 操纵Codelink Bioarrays数据。 |
| 转换 | 绮华(Jean) | 微阵列数据转换对象 |
| 国王杯 | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 函数来执行癌症离群值剖面分析。 |
| CORREP | Dongxiao朱 | 多变量相关性估计和统计推断过程。 |
| 科兹摩 | 奥利弗Bembom | 监督检测DNA序列的守恒的图案 |
| cosmoGUI | 奥利弗Bembom | 所使用的GUI构建约束集cosmo包 |
| ctc | 安东尼·卢卡斯 | 集群和树转换。 |
| daMA | Jobst Landgrebe | 高效的阶乘双色设计和分析微阵列数据 |
| DEDS | 肖渊源 | 微分表达式通过距离微阵列数据的总结 |
| diffGeneAnalysis | Choudary Jagarlamudi | 执行差异基因表达分析 |
| DNAcopy | 万卡特拉曼·莱马克里斯·e·珊 | DNA拷贝数的数据分析 |
| DynDoc | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 动态文档工具 |
| EBarrays | 明元 | 统一的方法同时基因集群和微分表达式识别 |
| EBImage | 奥列格Sklyar | 图像处理和图像分析的工具包R |
| ecolitk | 劳伦特 | 元数据和工具为大肠杆菌 |
| edd | 文斯凯里 | 表达密度诊断 |
| exonmap | Crispin米勒 | 高水平的分析Affymetrix外显子数组的数据 |
| explorase | 迈克尔•劳伦斯 | 探索性数据分析的GUI系统生物学数据 |
| factDesign | 丹尼斯Scholtens | 的阶乘设计微阵列实验分析 |
| fbat | Weiliang邱 | 基于家庭协会测试基因数据。 |
| fdrame | 有效率切尼克斯贝格 | 罗斯福调整微阵列实验(FDR-AME) |
| flowCore | Nolwenn Le Meur | flowCore:流式细胞仪的基本结构数据 |
| flowUtils | Florian Hahne | 公用事业的流式细胞术 |
| flowViz | Florian Hahne | 可视化的流式细胞术 |
| 群 | 保罗·香农 | R和Java之间广播数据生物信息学计划 |
| gcrma | z吴 | 背景调整使用序列信息 |
| genArise | 国际金融公司的开发团队 | 微阵列分析工具 |
| genefilter | Biocore团队c / o BioC用户列表 | genefilter:筛选基因微阵列实验的方法 |
| GeneMeta | Biocore团队c / o BioC用户列表 | MetaAnalysis为高通量实验 |
| geneplotter | Biocore团队c / o BioC用户列表 | Grapics Bioconductor相关功能 |
| 总的来说 | y d 'Aubenton-Carafa | R基因和序列分析 |
| geneRecommender | 格雷格已经 | 一个基因推荐算法来识别基因coexpressed与查询的一组基因 |
| GeneSpring | 索恩de Boer | GeneSpring R集成功能 |
| GeneticsBase | 格雷戈里警告 | 类和函数来处理基因数据 |
| GeneticsDesign | Weiliang邱 | 功能设计遗传学研究 |
| GeneTraffic | 丹尼尔Iordan | GeneTraffic R集成功能 |
| 麝猫 | Korbinian Strimmer | 微阵列时间序列和网络分析 |
| GEOquery | 肖恩·戴维斯 | 从NCBI基因表达综合(GEO)获得数据 |
| GGtools | 文斯凯里 | 软件和数据起源的基因组学(c) 2006 VJ凯莉 |
| 很高兴 | 菲利普Hupe | DNA的得失分析 |
| GlobalAncova | r·迈斯特 | 计算全球测试组间差异基因表达 |
| globaltest | Jelle Goeman | 测试协会组织的基因与临床变量 |
| GOstats | 罗伯特先生 | 去微阵列的操作工具。 |
| goTools | 艾格尼丝Paquet | 功能基因本体数据库 |
| gpl | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 使用广义偏最小二乘回归分类 |
| 图 | 罗伯特先生 | 图:一个包来处理图形数据结构 |
| GraphAT | 托马斯LaFramboise | 图理论协会测试 |
| GSEABase | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 基因集富集的数据结构和方法 |
| Harshlight | 莫里吉奥Pellegrino | 微阵列芯片的“纠正化妆”计划 |
| Heatplus | 亚历山大plone ( | 一个热图显示协变量和着色集群 |
| 哼哼 | HyungJun曹 | 非均匀误差模型在多种条件下的差异表达基因的识别 |
| hexbin | 尼古拉斯Lewin-Koh | 六角面元的例程 |
| hopach | 凯瑟琳·s·波拉德 | 分层要求分区和混合(HOPACH)崩溃 |
| 超图 | 罗伯特先生 | 一个包提供超图数据结构 |
| Icens | Biocore团队c / o BioC用户列表 | NPMLE审查和截断数据 |
| 染色体组型 | 卡尔·j·Dykema | 染色体组型 |
| 嫁祸于 | Balasubramanian纳史木汗 | 转嫁:微阵列数据的归责 |
| iSNetwork | 伊丽莎白·惠伦 | 交互式网络图 |
| iSPlot | 伊丽莎白·惠伦 | 连接图 |
| keggorth | VJ凯里 | 图支持KO, KEGG Orthology |
| KEGGSOAP | 罗伯特先生 | 客户端SOAP访问KEGG |
| lapmix | Yann Ruffieux | 拉普拉斯混合模型在微阵列实验 |
| LBE | 西里尔Dalmasso | 错误发现率的估计。 |
| limma | 戈登•史密斯 | 微阵列数据的线性模型 |
| limmaGUI | 基斯Satterley | GUI对limma包 |
| LMGene | 约翰·蒂 | LMGene日期转换软件和识别差异表达基因的基因表达的数组 |
| logicFS | Holger Schwender | 识别SNP的交互 |
| 简述 | Nitin耆那教徒的 | 方法分析微阵列数据使用本地集中错误(简述)方法 |
| 光民 | 杜潘 | BeadArray Illumina公司芯片的具体方法 |
| maanova | Hyuna杨 | 分析微阵列实验的工具 |
| macat | Joern Toedling | 微阵列染色体分析工具 |
| maCorrPlot | 亚历山大plone ( | 在微阵列数据可视化人工相关性 |
| 时间的 | 约翰内斯Rainer | 芯片微阵列数据分析的数据库和效用函数。 |
| made4 | Aedin Culhane | 使用ADE4微阵列数据的多变量分析 |
| maigesPack | 古斯塔沃·h·斯特维斯 | 函数来处理互补脱氧核糖核酸微阵列数据,包括一些数据分析的方法 |
| makecdfenv | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 提供环境制造商 |
| makePlatformDesign | Benilton卡瓦略 | 平台设计方案 |
| 庄园 | 皮埃尔Neuvial | 全息微阵列正常化 |
| MantelCorr | 布莱恩Steinmeyer | 曼特尔计算集群的相关性 |
| marray | 绮华(Jean) | 探索性分析可以发现微阵列数据 |
| maSigPro | 安娜Conesa | 显著的基因表达谱在时间进程Differeneces微阵列数据 |
| MassSpecWavelet | 杜潘 | 质谱处理小波算法 |
| matchprobes | Biocore团队c / o BioC用户列表 | 工具的探针序列匹配的数组 |
| MCRestimate | 马库斯Ruschhaupt | 用交叉验证错误分类误差估计 |
| MeasurementError.cor | 坞城叮 | 测量误差模型相关系数的估计 |
| MergeMaid | 于宁波钟 | 合并女仆 |
| metaArray | 遭受崔 | 集成微阵列数据的荟萃分析 |
| Mfuzz | 马提亚Futschik | 软聚类时间序列基因表达数据 |
| MiPP | Sukwoo金 | 误分类处罚后分类 |
| MLInterfaces | 诉凯利 | 统一的接口在Bioconductor R机器学习程序数据容器 |
| 乘 | 凯瑟琳·s·波拉德 | Resampling-based多重假设检验 |
| MVCClass | 伊丽莎白·惠伦 | 模型-视图-控制器(MVC)类 |
| nem | Florian Markowetz | 嵌套的效应模型重建表型层次结构 |
| nnNorm | Adi Laurentiu Tarca | 基于空间和强度的正常化互补脱氧核糖核酸微阵列数据基于鲁棒神经网络 |
| OCplus | 亚历山大plone ( | 操作特征以及样本容量和本地罗斯福微阵列实验 |
| 益生元 | Benilton卡瓦略 | 寡核苷酸阵列 |
| oligoClasses | Benilton卡瓦略 | 类高通量SNP数组 |
| 奥林 | 马提亚Futschik | 优化的本地intensity-dependent正常化双色微阵列 |
| OLINgui | 马提亚Futschik | 奥林的图形用户界面 |
| oneChannelGUI | 拉斐尔一Calogero | 这个包扩展affylmGUI图形界面的功能。 |
| ontoTools | 文斯凯里 | 图和稀疏矩阵处理本体;正式对象的术语来源管理 |
| OrderedList | 克劳迪奥·Lottaz | 相似基因的有序列表 |
| OutlierD | Sukwoo金 | 异常值检测利用分位数回归在—高通量数据的散点图 |
| pamr | Rob Tibshirani | 帕姆:预测分析微阵列 |
| panp | 华伦 | 从负链匹配Probesets Presence-Absence调用 |
| pathRender | 李长 | 使分子途径 |
| pcaMethods | Wolfram Stacklies | PCA方法的集合。 |
| pcot2 | 莎拉的歌 | 主坐标和霍特林的丁字尺方法 |
| pdInfoBuilder | 文斯凯里 | 平台设计信息包生成器 |
| pdmclass | 詹姆斯·w·麦克唐纳 | 微阵列分类样本使用惩罚判别方法 |
| PGSEA | 卡尔Dykema | 参数基因集富集分析 |
| pgUtils | 约翰内斯Rainer | 效用函数为PostgreSQL数据库 |
| pickgene | 布莱恩·扬德尔 | 适应性基因芯片表达数据分析 |
| pkgDepTools | 赛斯猎鹰 | 包依赖工具 |
| plgem | 马狄亚 | 幂律全局误差模型 |
| 钳子 | Crispin米勒 | 算法实现了Affymetrix钳子 |
| ppiStats | 托尼蒋介石 | 蛋白质相互作用的统计软件包 |
| 普拉达 | Florian Hahne | 数据分析对细胞功能检测 |
| preprocessCore | 本杰明·米洛Bolstad | 预处理功能的集合 |
| 过程 | 小春就李 | Ciphergen SELDI-TOF处理 |
| 彪马 | 理查德·皮尔森 | 传播微阵列分析的不确定性 |
| quantsmooth | 1月东 | 分位数平滑和基因组数组数据的可视化 |
| qvalue | 约翰·d·层 | 错误发现率控制核反应能量估计 |
| 罗摩 | 拉斐尔Gottardo | 强大的微阵列分析 |
| RankProd | Fangxin香港 | 产品排名的方法识别差异表达基因在荟萃分析中的应用 |
| RbcBook1 | 文斯凯里 | 支持Springer Bioconductor专著 |
| RBGL | 李长 | 接口来提高c++图形自由 |
| rbsurv | Sukwoo金 | 强大的基于可能性生存与微阵列数据建模 |
| Rdbi | Jianhua张 | 通用数据库方法 |
| RdbiPgSQL | Jianhua张 | PostgreSQL访问 |
| 犹太人的尊称 | 卡尔·j·Dykema | 区域表达偏见 |
| RefPlus | Kai-Ming常 | 一组函数外推的策略(RMA +)和外推平均(RMA + +)方法。 |
| Resourcerer | Jianhua张 | 读取注释数据从TIGR Resourcerer或注释数据转换成pacakge Bioconductor数据。 |
| rflowcyt | n LeMeur | 流式细胞术分析统计工具和数据结构 |
| Rgraphviz | 李长 | 为R图对象提供绘图功能 |
| rHVDM | 马蒂诺Barenco | 隐藏变量的动态建模 |
| 林格 | j . Toedling | 罗氏Oligoarrays R调查 |
| Rintact | 托尼蒋介石 | 接口EBI完整的蛋白质相互作用数据基础 |
| RLMM | Nusrat Rabbee | 一个基因型算法呼吁Affymetrix SNP数组 |
| RMAGEML | 史蒂芬Durinck | 处理MAGEML文档 |
| rmap | VJ凯里 | 接口到mapper.chip.org |
| 中华民国 | 文斯凯里 | 中华民国的公用事业,uarray焦点 |
| rsbml | 迈克尔•劳伦斯 | 使用libsbml R支持用 |
| RSNPper | VJ凯里 | SNP-related数据接口chip.org: snp |
| Ruuid | Biocore团队c / o BioC用户列表 | Ruuid:提供统一的惟一ID值 |
| RWebServices | Biocore团队c / o BioC用户列表 | R功能公开为web服务通过Java /轴/ Apache |
| 安全 | 威廉·t·巴里 | 意义的分析功能和表达 |
| SAGElyzer | Jianhua张 | 一个包,用于处理圣人库 |
| sagenhaft | 蒂姆Beissbarth | 为阅读和比较圣人库函数的集合 |
| SAGx | 每Broberg | GeneChip的统计分析 |
| SBMLR | 托马斯Radivoyevitch | SBML-R接口和分析工具 |
| ScISI | 托尼蒋介石 | 在硅片Interactome |
| SemSim | 湘郭 | 基因的基于本体的语义相似度的措施 |
| seqLogo | 奥利弗Bembom | DNA序列比对的序列标识 |
| siggenes | Holger Schwender | 多个测试使用萨姆和埃夫隆的经验贝叶斯方法 |
| sigPathway | Weil赖 | 路径分析 |
| simpleaffy | Crispin米勒 | 非常简单的Affymetrix数据的高级分析 |
| simulatorAPMS | 托尼蒋介石 | 计算模拟了AP-MS技术。 |
| sizepower | Weiliang邱 | 在Micorarray研究中样本容量和功率计算 |
| SLqPCR | 马蒂亚斯•科尔 | 函数在SIRS-Lab GmbH实时定量PCR分析数据 |
| SMAP | 罗宾·安德森 | 一个节段最大后验全息阵列拷贝数分析方法 |
| snapCGH | 约翰Marioni | aCGH数据的分割,正常化和处理。 |
| SNPchip | 罗伯特Scharpf | 类和方法对高吞吐量SNP芯片数据 |
| spikeLI | 恩里科Carlon | Affymetrix激增朗缪尔等温线数据分析工具 |
| splicegear | 劳伦特 | splicegear |
| splots | 奥列格Sklyar | 可视化程序的高吞吐量的屏幕 |
| spotSegmentation | 克里斯Fraley | 微阵列点分割和网格块微阵列斑点 |
| sscore | 理查德•肯尼迪 | S-Score算法Affymetrix寡核苷酸微阵列 |
| ssize | 格雷戈里·r·警告 | 估计Microarry样本大小 |
| stepNorm | 肖渊源 | 逐步正常化互补脱氧核糖核酸微阵列的功能 |
| tilingArray | w·休伯 | 分析高密度寡核苷酸花砖数组 |
| timecourse | 玉川泰 | 统计分析发育微阵列时间进程的数据 |
| tkWidgets | j .张 | 基于R tk小部件 |
| topGO | Adrian Alexa | topGO:浓缩分析基因本体 |
| 《暮光之城》 | 斯蒂芬妮Scheid | 估计当地的错误发现率 |
| TypeInfo | 邓肯寺郎 | 可选的类型规范原型 |
| VanillaICE | 罗伯特Scharpf | 方法拟合SNP芯片数据的隐马尔可夫模型 |
| vbmp | 尼古拉喇嘛 | 变分贝叶斯多项概率单位回归 |
| vsn | 沃尔夫冈•休伯 | 微阵列数据的方差稳定化和校准 |
| 韦弗 | 赛斯猎鹰 | 为处理Sweave文档工具和扩展 |
| webbioc | 科林·a·史密斯 | Bioconductor Web界面 |
| widgetInvoke | 杰夫绅士 | 评价函数的小部件 |
| widgetTools | Jianhua张 | 创建一个交互式tcltk小部件 |
| xcms | 科林·a·史密斯 | LC / MS与GC / MS数据分析 |