supraHex

DOI:10.18129 / B9.bioc.supraHex

这是发展supraHex版本;稳定的发布版本,请参阅supraHex。

supraHex: supra-hexagonal地图分析表格组学数据

Bioconductor版本:发展(3.18)

supra-hexagonal地图是一个巨大的六边形无缝地在一个二维网格组成的较小的六边形。它应该是火车,高维输入数据组学分析和想象。supraHex能够进行基因聚类/ meta-clustering和样本相关性,加上直观可视化促进探索性分析。更重要的是,它允许覆盖额外的数据到训练地图探索输入和额外的数据之间的关系。supraHex,还可以进行多层组学数据的比较。新添加的实用程序先进的热图可视化和基于树的分析样本的关系。独特的这个包,用户可以超快理解任何表格组学数据,科学和艺术,特别是在sample-specific时尚但没有大的基因信息的损失。

作者:海方和朱利安•高夫

维护人员:海方< hfang在well.ox.ac.uk >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.3”)并输入:

如果(!要求(“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (BiocManager) #以下初始化使用Bioc猛击BiocManager::安装(version =“重击”)BiocManager::安装(“supraHex”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

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PDF	R脚本	supraHex用户手册
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	聚类,GeneExpression,软件,可视化
版本	1.39.0
Bioconductor自	BioC 2.13 (r - 3.0)(9.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (> = 3.6), hexbin
进口	猿,质量,grDevices、图形、属性、readr,宠物猫,tidyr, dplyr, stringr, purrr, magrittr igraph,方法
链接
建议
SystemRequirements
增强了
URL	http://suprahex.r-forge.r-project.org
取决于我	dnet
进口我	π
建议我	OmnipathR,TCGAbiolinks
我的链接
构建报告

包档案

遵循安装指示在R会话中使用这个包。

源包	supraHex_1.39.0.tar.gz
Windows二进制	supraHex_1.39.0.zip
macOS二进制(x86_64)	supraHex_1.39.0.tgz
macOS二进制(arm64)	supraHex_1.39.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/supraHex
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ supraHex
Bioc包浏览器	https://code.bioconductor.org/browse/supraHex/
包短Url	//www.andersvercelli.com/packages/supraHex/
包下载报告	下载数据