---标题：“19.2：基因套装浓缩分析”作者： - 姓名：马丁摩根联盟：Roswell Park综合癌症中心日期：“`r格式（sys.time（），'％​​b％d，％y'）“Vignette：> VignetteIndexentry {19.2：基因集浓缩分析}％\ vignetteengine {knitteencoding}％\ vignetteencoding {utf-8}输出：biocstyle :: html_document：number_sections：是toc：true：true ---```{r style，echo = false，结果='asis'} knitr :: opts_chunk $ set（eval = as.logical（sys.getenv（“knitr_eval”，“true”）），缓存= as.logical（sys.getenv（“knitr_cache”，“true”）））选项（width = 75）```＃理论见[幻灯片] []。[幻灯片]：./Lecture-19-gene-set-enrichment.pdf最新[Tweet] []提供了使用[GSEBENCHMARMMRALLR] []包的基因集基因集体富集分析方法的努力概要。＃练习```{r，message = false，echo = false}库（deseq2）库（Airway）库（Doplyr）库（org.hs.eg.db）库（go.db）库（limma）````数据输入和按摩```{R}图书馆（Airway）数据（Airway）Airway $ Dex < - Formel（Airway $ Dex，“UNTRT”）```差异表达分析```{r，message = false}图书馆（DESQ2）DES < - DESQDATASET（AIRWAY，DESIGN =〜CELL + DEX）DES < - DESQ（DES）RES < - 结果（DES）````````{R}库（DALTR）库的转换（tibble）tbl < - res％>％as.data.frame（）％>％as_tibble（rowname =“ensembl”）tbl``` ##示例：使用[inimma] []``:: goana（）超距离测试`要求Entrez标识符```{r，message = false}库（org.hs.eg.db）tbl < - tbl％>％mutate（entrezid = mapids（org.hs.eg.db，ensembl，“Entrezid”，“ensembl”））％>％dloplr :: select（ensembl，EntrezID，一切（））TBL``` Universe - 必须可用于de`` {r} tbl < - tbl％>％过滤器（！is.na（padj），！is.na（entrezid））tbl``` [limma] []`:: goana（）` - hypergeometric``` {r}图书馆（lImma）Go < - goana（tbl $ EntrezID [TBL $ Padj <.05]，TBL $ EntrezID，“HS”）％>％AS_TIBBLE（ROWNAMES =“goID”）％>％dplyr :: select（goid，ONT，一切（））去'````什么是最差异的表达？（为什么这些基因套装似乎有大尺寸，`n`？）```{r} go％>％安排（p.de）```sanity check？ ```{r} go %>% filter(grepl("glucocorticoid", Term)) %>% arrange(P.DE) ``` What genes in set? ```{r, message=FALSE} genesets <- AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, tbl$ENTREZID, "GOALL", "ENTREZID") %>% as_tibble() %>% dplyr::select(GOID = GOALL, Ont = ONTOLOGYALL, ENTREZID) %>% distinct() %>% arrange(Ont, GOID) genesets ``` # Provenance ```{r} sessionInfo() ``` [limma]: //www.andersvercelli.com/packages/limma [GSEABenchmarkR]: //www.andersvercelli.com/packages/GSEABenchmarkR [tweet]: https://twitter.com/LeviWaldron1/status/1142092301403115521