——标题:“06:基因集富集分析”作者:-名称:马丁·摩根归属:罗斯威尔公园综合癌症中心日期:“‘r格式(Sys.time(),“% B % d % Y”)的“小插图:> % \ VignetteIndexEntry{06:基因集富集分析}% \ VignetteEngine {knitr:: rmarkdown} % \ VignetteEncoding {utf - 8}输出:BiocStyle: html_document:/ /如果你的名字是'asis'，那么你的名字是'asis'，如果你的名字是'asis'，那么你的名字是'asis'采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。getenv("KNITR_CACHE"， "TRUE"))选项(width = 75)#理论见[幻灯片][]##标杆:最近的一条推文…最近的一条[推文][]提供了一个很好的总结，介绍了使用[GSEABenchmarkR][]包对基因富集分析方法进行基准测试的努力。' ' ' {r、消息= FALSE}图书馆(EnrichmentBrowser)``` #练习```{r, message = FALSE, echo = FALSE}库(DESeq2)库(航路)库(dplyr)库(org.Hs.eg.db)库(GO.db)库(limma)Data input and massage ' ' {r} library(气道)Data(气道)airway$dex <- relevel(气道$dex， "untrt"){r} library(DESeq2) des <- DESeqDataSet(airway, design = ~ cell + dex) des <- DESeq(des) res <- results(des)' ' ' '过渡到整洁数据' ' ' {r}库(dplyr)库(tibble) tbl <- res %>% as.data.frame() %>% rownames_to_column("ENSEMBL") %>% as_tibble() tbl ' ' ##示例:使用[limma][] '::goana() '需要ENTREZ标识符' ' ' {r}库(org.Hs.eg.db) tbl <- tbl %>% mutate(ENTREZID = mapIds(org.Hs.eg.db, ENSEMBL， "ENTREZID"， "ENSEMBL") %>% unname()) tbl ' '宇宙-必须是可测试的DE ' ' ' {r} tbl <- tbl %>% filter(!is.na(padj)，. is.na(ENTREZID)) tbl ' ' [limma][] '::goana() '——Hypergeometric ' ' ' ' {r} library(limma) go <- goana(tbl$ENTREZID[tbl$padj < .05]， tbl$ENTREZID， ' Hs ') %>% as_tibble(){r} library(GO.db) GO <- GO %>% mutate(GOID = mapIds(GO.db， .$Term， "GOID"， " Term ") %>% unname()) %>% dplyr::select(GOID, everything()) %>% arrange(P.DE) ``` Sanity check ```{r} go %>% filter(grepl("glucocorticoid", Term)) ``` What genes in set? ```{r} genesets <- AnnotationDbi::select(org.Hs.eg.db, tbl$ENTREZID, "GO", "ENTREZID") %>% as_tibble() %>% dplyr::select(ENTREZID, GO, ONTOLOGY) %>% distinct() genesets ``` # Provenance ```{r} sessionInfo() ``` [limma]: //www.andersvercelli.com/packages/limma [GSEABenchmarkR]: //www.andersvercelli.com/packages/GSEABenchmarkR [tweet]: https://twitter.com/LeviWaldron1/status/1142092301403115521