练习2：所有表型数据
该数据来自（旧的）急性淋巴式白血病微阵列数据集。
使用rstudio.“导入数据集”（使用标题，使用行名称，逗号分隔的第一列）或选择包含所有（急性淋巴细胞白血病）患者信息的文件并使用使用read.csv（）;为了read.csv（）， 使用Row.names = 1将第一列用作行名称。
path < - file.choose（）＃查找All-Penodata.csv
stopifnot（file.exists（path））pdata < - read.csv（path，tow.names = 1）
查看帮助页面？read.delim输入选项。运动使用？read.csv.;你能猜到为什么吗？探索您创建的对象的基本属性，例如...
类（PDATA）
## [1]“data.frame”
Colnames（pdata）
## [1]“COD”“诊断”“性别”“年龄”“BT”## [6]“缓解”“CR”“DATE.CR”“T.4.11”。“t.9.22。”## [11] "cyto.normal" "citog" "mol.biol" "fusion.protein" "mdr" ## [16] "kinet" "ccr" "relapse" "transplant" "f.u" ## [21] "date.last.seen"
昏暗（pdata）
## [1] 128 21
头（PDATA）
## COD诊断性别时代BT REFISSE CR DATE.CR T.4.11。T.9.22。CYTO.NORMAL CITOG ## 01005 1005 5/21/1997 M 53 B2 CR CR 8/6 / 1997 FALSE TRUE FALSE T（9; 22）## 01010 1010 3/29/2000 M 19 B2 CR CR 6/27 /2000错误假误报简单。## 03002 3002 6/24/1998 F 52 B4 CR CR 8/17/1998 NA NA ## 04006 4006 7 / 17/1997 M 38 B1 CR CR 9/8/1997真假假T（4;11）## 04007 4007 7/22/1997 M 57 B2 CR CR 9/17/1997 FALSE FALSE FALSE del(6q) ## 04008 4008 7/30/1997 M 17 B1 CR CR 9/27/1997 FALSE FALSE FALSE complex alt. ## mol.biol fusion.protein mdr kinet ccr relapse transplant f.u date.last.seen ## 01005 BCR/ABL p210 NEG dyploid FALSE FALSE TRUE BMT / DEATH IN CR ## 01010 NEG POS dyploid FALSE TRUE FALSE REL 8/28/2000 ## 03002 BCR/ABL p190 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 10/15/1999 ## 04006 ALL1/AF4 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 1/23/1998 ## 04007 NEG NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 11/4/1997 ## 04008 NEG NEG hyperd. FALSE TRUE FALSE REL 12/15/1997
摘要（PDATA $性）
## f m na's ## 42 83 3
摘要（pdata $ cy.normal）
##模式False True Na's ##逻辑69 24 35
提醒自己关于各种方式到数据和访问数据的列.Frame
pdata [1：5,3：4]
##性爱时代## 01005 M 53 ## 01010 M 19 ## 03002 F 52 ## 04006 M 38 ## 04007 M 57
pdata [1：5，]
## COD诊断性别时代BT REFISSE CR DATE.CR T.4.11。T.9.22。CYTO.NORMAL CITOG ## 01005 1005 5/21/1997 M 53 B2 CR CR 8/6 / 1997 FALSE TRUE FALSE T（9; 22）## 01010 1010 3/29/2000 M 19 B2 CR CR 6/27 /2000错误假误报简单。## 03002 3002 6/24/1998 F 52 B4 CR CR 8/17/1998 NA NA ## 04006 4006 7 / 17/1997 M 38 B1 CR CR 9/8/1997真假假T（4;11）## 04007 4007 7/22/1997 M 57 B2 CR CR 9/17/1997 FALSE FALSE FALSE del(6q) ## mol.biol fusion.protein mdr kinet ccr relapse transplant f.u date.last.seen ## 01005 BCR/ABL p210 NEG dyploid FALSE FALSE TRUE BMT / DEATH IN CR ## 01010 NEG POS dyploid FALSE TRUE FALSE REL 8/28/2000 ## 03002 BCR/ABL p190 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 10/15/1999 ## 04006 ALL1/AF4 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 1/23/1998 ## 04007 NEG NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 11/4/1997
头部（PDATA [，3：5]）
##性别时代BT ## 01005 M 53 B2 ## 01010 M 19 B2 ## 04002 F 52 B2 ## 04007 M 3 3 B2 ## 04008 M 17 B1
尾部（PDATA [，3：5]，3）
##性爱时代BT ## 65003 M 30 T3 ## 83001 M 29 T2 ## LAL4 NA T.
头（PDATA $ AGE）
## [1] 53 19 52 38 57 17
头（pdata $性）
## [1] m m m m m m ##级别：f m
头（PDATA [PDATA $ AGE> 21，]）
## COD诊断性别时代BT REFISSE CR DATE.CR T.4.11。T.9.22。CYTO.NORMAL CITOG ## 01005 1005 5/21/1997 M 53 B2 CR CR 8/6 / 1997 FALSE TRUE FALSE T（9; 22）## 03002 3002 6/24/1998 F 52 B4 CR CR 8/17 /1998年NA NA ## 04006 4006 7 / 17/1997 M 38 B1 CR CR 9/8/1997真假假T（4; 11）## 04007 4007 7/22/1997 M 57 B2 CR CR 9/ 17/197 False False False（6Q）## 08001 8001 1/15/1997 M 40 B2 CR CR 3/26 / 26/1997 FESH FERESS FEREST DEL（P15）## 08011 8011 8/21/1998 M 33 B3 CRCR 10/8/1998 FALSE FALSE FALSE del(p15/p16) ## mol.biol fusion.protein mdr kinet ccr relapse transplant f.u date.last.seen ## 01005 BCR/ABL p210 NEG dyploid FALSE FALSE TRUE BMT / DEATH IN CR ## 03002 BCR/ABL p190 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 10/15/1999 ## 04006 ALL1/AF4 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 1/23/1998 ## 04007 NEG NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL 11/4/1997 ## 08001 BCR/ABL p190 NEG FALSE TRUE FALSE REL 7/11/1997 ## 08011 BCR/ABL p190/p210 NEG dyploid FALSE FALSE TRUE BMT / DEATH IN CR
从下面似乎有17名女性在数据集中有17名女性。但是，有些人有NA.对于年龄和/或性别，和这些NA.值通过一些计算传播。用桌子（）总结40多个雌性的数量，并且不能确定该分类的样本数量。什么时候R.遇到An.NA.下标索引中的值，它介绍了一个NA.结果。遵守这一点（行NA.在使用时引入结果的值[与使用它子集（）功能。
IDX < - PDATA $ SEX ==“F”＆PDATA $ AGE> 40表（IDX，USENA =“ifany”）
## idx ## false ## 108 17 3
Dim（pdata [idx，]）＃警告：'na'行介绍
## [1] 20 21
尾巴（PDATA [IDX，]）
## COD诊断性别时代BT REFISSE CR DATE.CR T.4.11。T.9.22。## 49006 49006 8/12/1998 F 43 B2 CR CR 11/19/1998 NA NA ## 57001 57001 1/29/1997 F 53 B3 在感应中的死亡虚假假## 62001 62001 11 /11/1997 F 50 b4 ref ref false ## na.1 na na na ## 02020 2020 3/23 /2000 F 48 T2 DEATH IN INDUCTION FALSE FALSE ## NA.2 NA NA NA ## cyto.normal citog mol.biol fusion.protein mdr kinet ccr relapse transplant f.u ## 49006 NA BCR/ABL p210 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL ## 57001 TRUE normal NEG NEG hyperd. NA NA NA ## 62001 FALSE t(9;22)+other BCR/ABL NEG hyperd. NA NA NA ## NA.1 NA NA NA NA ## 02020 FALSE complex alt. NEG NEG dyploid NA NA NA ## NA.2 NA NA NA NA ## date.last.seen ## 49006 4/26/1999 ## 57001 ## 62001 ## NA.1 ## 02020 ## NA.2
Dim（子集（PDATA，IDX））＃更好：没有na行
## [1] 17 21
尾部（子集（PDATA，IDX））
## COD诊断性别时代BT REFISSE CR DATE.CR T.4.11。T.9.22。## 28032 28032 9/26/1998 F 52 B1 CR CR 10/30/1998 True False ## 30001 30001 1/16/1997 F 54 B3 在感应中的死亡 FALSE ## 49006 49006 8 /12/1998 F 43 B2 CR CR 11 / 19/1998 NA NA ## 57001 57001 1/29/1997 F 53 B3 在感应中死亡假假## 62001 62001 11/11/1997 F 50 B4R.EF REF FALSE TRUE ## 02020 2020 3/23/2000 F 48 T2 DEATH IN INDUCTION FALSE FALSE ## cyto.normal citog mol.biol fusion.protein mdr kinet ccr relapse transplant f.u ## 28032 FALSE t(4;11) ALL1/AF4 NEG dyploid TRUE FALSE FALSE CCR ## 30001 FALSE t(9;22)+other BCR/ABL p190 NEG hyperd. NA NA NA ## 49006 NA BCR/ABL p210 NEG dyploid FALSE TRUE FALSE REL ## 57001 TRUE normal NEG NEG hyperd. NA NA NA ## 62001 FALSE t(9;22)+other BCR/ABL NEG hyperd. NA NA NA ## 02020 FALSE complex alt. NEG NEG dyploid NA NA NA ## date.last.seen ## 28032 5/16/2002 ## 30001 ## 49006 4/26/1999 ## 57001 ## 62001 ## 02020
##为`[`：将Na值设置为false idx [is.na（idx）] < - false dim（pdata [idx]）
## [1] 17 21
使用Mol.biol.列将数据子集中用于包含“BCR / ABL”或“NEG”的个人，例如，
BCRABL < - PDATA [PDATA $ MOL.BIOL％IN％C（“BCR / ABL”，“NEG”），]
这Mol.biol.列是一个因素，即使在子集之后也保留所有级别。有时候保持因子水平有时便于，但在我们使用的情况下Droplevels（）删除未使用的级别
bcrable $ mol.biol < - droplevels（bcrable $ mol.biol）
这BT.柱是描述B-和T细胞亚型的因素
水平（BCRABL $ BT）
## [1]“B”“B1”“B2”“B3”“B4”“T”“T”“T1”“T2”“T2”“T3”“T3”“T4”
如何折叠B1，B2，......单个B型B，同样对于T1，T2，......，所以只有两个亚型，B和T？一种策略是取代两个字母的级别（例如，B1.）单字母级别（例如，B.）。使用substring（）选择第一个级别字母，并使用新值使用新值更新以前的级别水平< -。
表（BCRABL $ BT）
## ## B B1 B2 B3 B4 T T1 T2 T3 T4 ## 4 9 35 22 9 5 1 15 9 2
级别（bcrabl $ bt）< - substring（级别（bcrabl $ bt），1,1）表（bcrabl $ bt）
## ## B T ## 79 32
用总计的（）在每个BCR / ABL和NEG组中计算具有B和T细胞类型的样本数量
聚合（rowname（bcrabl）〜bt + mol.biol，bcrabl，长度）
## bt mol.biol rownames（bcrabl）## 1 b bcr / abl 37 ## 2 b neg 42 ## 3 t neg 32
用总计的（）计算BCR / ABL和Neg治疗组中的男性和女性的平均年龄。
汇总（年龄〜mol.biol +性别，bcrabl，平均值）
## mol.biol性爱时代## 1 BCR / ABL F 39.93750 ## 2 Neg F 30.42105 ## 3 BCR / ABL M 40.50000 ## 4 Neg M 27.21154
用t.test（）比较BCR / ABL与Neg群体中个体的年龄;使用效果可视化结果箱形图（）。在这两种情况下，使用公式界面。咨询帮助页面？T.Test.假设两组中的年龄的变化是相同的，并且重新进行测试。测试输出的哪些部分变化？
T.Test（年龄〜mol.biol，bcrabl）
## ## welch两个样本t-test ## ##数据：通过Mol.biol ## t = 4.8172，df = 68.529，p值= 8.401e-06 ##替代假设：意味着的真实差异不是等于0 ## 95％的置信区间：## 7.13507 17.22408 ##样本估计：##在BCR / ABL中的均值在Group Neg ## 40.25000 28.07042
Boxplot（年龄〜mol.biol，bcrabl）
