——标题:“TCGAbiolinks和ELMER的综合分析研讨会-获取数据GUI”作者:“Tiago Chedraoui Silva, Simon Coetzee, Dennis Hazelett, Ben Berman, Houtan Noushmehr”日期:“' r Sys.Date() '”输出:html_document: self_contained: true number_sections:无主题:flatly highlight: tango mathjax: null toc: true toc_float: true toc_depth: 2 css: style.css参考文献:参考文献。bib vignette: > %\VignetteIndexEntry{整合分析车间与TCGAbiolinks和ELMER - Get DATA GUI} %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} %\VignetteEncoding{UTF-8}——' ' ' {r, echo =FALSE, hide=TRUE, message=FALSE,warning=FALSE} devtools::load_all(".")在本节中，我们将使用tcgabiolinkks下载相同的数据，但我们将使用TCGAbiolinksGUI [@Silva147496]而不是通过编程来完成。首先，我们将启动TCGAbiolinksGUI。' ' ' {r gui, eval=FALSE, message=FALSE,warning=F} library(TCGAbiolinksGUI) TCGAbiolinksGUI()#下载数据#基因表达
启动GUI后，选择“GDC Data/Get GDC Data/ Molecular Data”。
![](数据/ gui_menu.png)
用下面相同的信息填写搜索字段，然后点击“可视化数据”。如果您在临床过滤器下选择“使用临床数据过滤”，我们也将绘制临床信息。
![](数据/ gui_exp_query.png)
将显示一个带有数据摘要的图表。
![](数据/ gui_exp_plots.png)
此外，如果你想了解更多细节，你还可以打开“GDC搜索结果:结果”部分。
![](数据/ gui_exp_query_results.png)
查询完成后，您将能够下载数据并在“下载和准备”部分中将其转换为R对象。
![](数据/ gui_exp_prepare.png)
如果成功，它会告诉你数据保存的位置。
[](figures/gui_exp_prepare_completed.png
为了可视化summarizeexperiment对象，选择“GDC Data/Manage summarizeexperiment”:
![](数据/ gui_visualize_se.png)
点击“选择总结实验文件”。
![](数据/ gui_se_select.png)
选择从GDC下载的文件。
![](数据/ gui_se_selection.png)
您可以访问示例元数据
![](数据/ gui_se_sampleinfo.png)
分析数据
[从summarizeexperiment获取分析信息](figures/gui_exp_se_assay.png)
或者特征元数据
[从summary实验获取特征信息](figures/gui_exp_se_features.png) ## DNA甲基化
同样，用下面相同的信息填充搜索字段，然后点击“可视化数据”。如果您在临床过滤器下选择“使用临床数据过滤”，我们也将绘制临床信息。
![](数据/ gui_dnamet_query.png)
将显示一个带有数据摘要的图表。
![](数据/ gui_dnamet_plots.png)
查询完成后，您将能够下载数据并在“下载和准备”部分中将其转换为R对象。
![](数据/ gui_dnamet_prepare.png)
如果成功，它会告诉你数据保存的位置。
[](figures/gui_dnamet_prepare_completed.png) # Session Info ' ' ' {r sessioninfo, eval=TRUE} sessioninfo ()参考书目