-标题:“tcgabiolink和ELMER - analysis GUI集成分析工作坊”作者:“Tiago Chedraoui Silva, Simon Coetzee, Dennis Hazelett, Ben Berman, Houtan Noushmehr”date:“' r Sys.Date() '”输出:html_document: self_contained: true number_sections: no theme: flatly highlight: tango mathjax: null toc: true toc_float: true toc_depth:2 .css: style.cssbib vignette: > %\VignetteIndexEntry{集成分析workshop with tcgabiolink and ELMER - analysis GUI} %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown} %\VignetteEncoding{UTF-8}——' ' ' {r, echo =FALSE, hide=TRUE, message=FALSE,warning =FALSE} devtools::load_all(".")在本节中，我们将执行与使用ELMER所执行的相同的分析，但是我们将使用TCGAbiolinksGUI [@Silva147496]来代替以编程方式进行分析。首先，我们将启动TCGAbiolinksGUI。{r gui, eval=FALSE, message=FALSE,warning=F}库(TCGAbiolinksGUI)' ' ' #下载数据*(基因表达实验总结)(https://github.com/BioinformaticsFMRP/Bioc2017.TCGAbiolinks.ELMER/raw/master/data/lusc.exp.rda) * (DNA甲基化实验总结)(https://github.com/BioinformaticsFMRP/Bioc2017.TCGAbiolinks.ELMER/raw/master/data/lusc.met.rda) # # #创建MultiAssayExperiment对象分析
要创建MultiAssayExperiment对象，请转到' Integrative analysis/ELMER/ create input data '。
![](数据/ elmer_data_menu.png)
选择先前下载的DNA甲基化对象。
[](数据/ elmer_data_dnamet_select.png) ![](数据/ elmer_data_dnamet.png)
选择先前下载的基因表达对象。
[](数据/ elmer_data_exp_select.png) ![](数据/ elmer_data_exp.png)
填写字段'另存为:'，并单击创建MAE对象。
![](数据/ elmer_data_final.png)
对象将被创建。
![](数据/ elmer_data_saved.png)
# #执行分析
要执行ELMER分析，请转到“综合分析/ELMER/分析”。
![](数据/ elmer_analysis_menu.png)
选择上一节中创建的MAE数据。
![](数据/ elmer_analysis_data.png)
选择将被分析的组:原发性实体肿瘤和正常实体组织。
![](数据/ elmer_analysis_groups.png)
我们将鉴别在原发性实体肿瘤和正常实体组织中低甲基化的探针。
![](数据/ elmer_analysis_diffmeth.png)
对于之前确定的显著不同的甲基化探针，我们将与20个最近的基因相关。将字段“排列数”的值更改为“100”，“原始P值截断”更改为“0.05”，“经验P值截断”更改为“0.01”。
![](数据/ elmer_analysis_pair.png)
第3步不会有任何变化。
![](数据/ elmer_analysis_motif.png)
第4步不会有任何变化。
![](数据/ elmer_analysis_TF.png)
点击“运行分析”。
![](数据/ elmer_analysis_final.png)
如果分析确定了重要的调节TF，结果将保存到一个R对象。
![](数据/ elmer_analysis_message.png)
# #可视化的结果
要将结果可视化，请访问“综合分析/ELMER/可视化结果”。
![](数据/ elmer_visualize_results.png)
单击“Select results”并选择在上一节中创建的对象。
[](数据/ elmer_visualize_select1.png) ![](数据/ elmer_visualize_select2.png)
你将能够可视化DNA甲基化水平和基因表达选择一对基因和探针之间的相关性。
![](数据/ elmer_visualize_plot_scatter_byPair.png)
一个探针和它附近的基因。
![](数据/ elmer_visualize_plot_scatter_byProbe.png)
或Motif探针的平均DNA甲基化水平与TF的表达。
![](数据/ elmer_visualize_plot_scatter_byTF.png)
对于每个丰富的motif，您可以验证与该motif显著配对探针的DNA甲基化水平与TF表达(对于所有人类TF)之间的相关性的显著性排序。
![](数据/ elmer_visualize_tfraningplot.png)
每个主题的丰富都可以可视化。
![](数据/ elemer_visualize_motif_enrichment.png)
你可以找一个与探针相连的基因。
![](数据/ elemer_visualize_schematic_gene.png)
你可以看到这个图和它的邻近基因。
![](数据/ elemer_visualize_schematic_probe.png)
可以用显著不同甲基化的探针可视化表。
![](数据/ elmer_visualize_table_sigprobes.png)
这是有可能可视化的表与对基因探针有负相关的DNA甲基化水平和基因表达。
![](数据/ elmer_visualize_table_pair.png)
这是可能的设想与丰富的图案的桌子。
![](数据/ elmer_visualize_table_enriched_motif.png)
可以将候选调节TF表可视化。
![](figures/elmer_visualize_table_tf.png) # Session Info ' ' ' {r sessioninfo, eval=TRUE} sessioninfo ()' ' ' #参考书目