# #——风格,回声= FALSE,结果= '飞机 '-------------------------------------------------------- 选项(宽度= 100)knitr: opts_chunk设置(eval = as.logical (Sys美元。采用“KNITR_EVAL”,“真正的”)),缓存= as.logical (Sys。getenv("KNITR_CACHE"， "TRUE")) ## ----文件。选择,eval = FALSE ---------------------------------------------------------------------- # 路径< - file.choose () ## ---- 系统。文件,回声= FALSE ---------------------------------------------------------------------- 路径< -系统。文件(包=“BiocIntroRPCI”、“extdata”、“BRFSS-subset.csv ") ## ---- read.csv ------------------------------------------------------------------------------------- brfss < - read.csv(路径)# #——brfss-sex ------------------------------------------------------------------------------------ 表(brfss性美元)# #——brfss-xtabs ---------------------------------------------------------------------------------- xtabs(~年+性,brfss) # #——brfss-aggregate ------------------------------------------------------------------------------ 总(体重~年+性别、brfss意味着)# #——t -测试- 1990 ---------------------------------------------------------------------------------- brfss_1990 = brfss (brfss = = 1990美元)t.test(体重~性,brfss_1990) # #——brfss-boxplot fig.width = 5, fig.height = 5 ----------------------------------------------------- 箱线图(体重~年,brfss,子集=(性= = "男"),主要= "男性 ") ## ---- brfss-hist fig.width = 5, fig.height = 5 -------------------------------------------------------- 嘘(brfss_1990 [brfss_1990美元性= =“女性”、“重量”),主要=“女性,1990”,xlab = "重量 " ) ## ---- 回声= FALSE ----------------------------------------------------------------------------------- 路径< -系统。file(package="BiocIntroRPCI"， "extdata"， " all -表型数据。csv")eval = FALSE ----------------------------------------------------------------------- # 路径< - file.choose() #寻找ALL-phenoData.csv # #——所有输入 ------------------------------------------------------------------------------------ stopifnot (file.exists(路径))pdata < - read.csv(路径)# #——所有属性 ------------------------------------------------------------------------------- 类(pdata) colnames (pdata)暗(pdata)头(pdata)总结(pdata性美元)总结(pdata cyto.normal美元)# #——ALL-subset ----------------------------------------------------------------------------------- pdata [1:5, 3:4) pdata[1:5]头(pdata[3:5])尾(pdata[3:5], 3)头(pdata时代美元)头(pdata性美元)头(pdata [pdata年龄> 21美元 ,]) ## ---- ALL-subset-NA -------------------------------------------------------------------------------- idx < - pdata性= = " F " & pdata美元年龄> 40表(idx useNA =“ifany”)的(pdata [idx,]) #警告:“NA”行了尾巴(pdata [idx,])暗(子集(pdata idx)) #更好:没有NA行尾(子集(pdata idx)) # #方法进行“[”:设置NA值为FALSE idx [is.na (idx)] < -假暗(pdata [idx ,]) ## ---- ALL-BCR / ABL-subset --------------------------------------------------------------------------- bcrabl < - pdata [pdata $摩尔。% % c(杂志“BCR / ABL”、“底片 "),] ## ---- ALL-BCR / ABL-drop-unused ---------------------------------------------------------------------- bcrabl美元摩尔。杂志< - droplevels (bcrabl mol.biol美元)# #——ALL-BT --------------------------------------------------------------------------------------- 水平(bcrabl BT美元)# #——ALL-BT-recode -------------------------------------------------------------------------------- 表(bcrabl BT)美元水平(bcrabl BT美元)< -子串(水平(bcrabl BT美元),1,1)表(bcrabl BT美元)# #——ALL-BCR / ABL-BT ------------------------------------------------------------------------------- BT + mol.biol xtabs (~,bcrabl) # #——ALL-aggregate -------------------------------------------------------------------------------- 总(年龄~ mol.biol +性别、bcrabl意味着)# #——全龄 -------------------------------------------------------------------------------------- 箱线图t.test(年龄~ mol.biol bcrabl)(年龄~ mol.biol bcrabl)