在Web浏览器中显示的交互式图形。很容易创造。我们的任务 - 创建一个交互式的火山图，用于查看差异表达分析的输出。
为项目创建一个文件夹;叫它火山。现在添加两个纯文本文件UI.R.和server.r.。
|—火山|—ui。R |——服务器。R添加以下代码UI.R.。这将指定具有侧栏的页面的“用户界面”。页面将在顶部，侧栏面板和主面板上具有标题。
图书馆（闪亮）ShinyUI（PageWithsidebar（标题栏（“Volcano！”），Sidebarpanel（），MainPanel（）））现在添加以下代码server.r.。这没有任何事情！
库（闪亮）ShinyServer（功能（输入，输出）{}）好的，现在，启动R并运行以下命令。确保这个论证runApp是您创建的文件夹的路径。
图书馆（闪亮）RunApp（“火山”）就是这样！不是很兴奋。
保持你的会话和web浏览器运行。
一种。让我们询问用户通过编辑来识别自己UI.R.......
库（闪亮）ShinyUI（PageWithsidebar（标题栏（“Volcano！”），SidebarPanel（TextInput（“名称”，“您的姓名：”）），mainpanel（））））返回浏览器，重新加载页面，并查看您可以执行的操作！看到错误？可能你在一条线结束时忘记了逗号或犯了另一个错误。阅读错误，正确UI.R.，并重新加载页面。
湾好的，这server.r.将要获取输入并返回一些输出。它使用参数来实现这一点输入和输出。这些都是列表，其中元素以字段命名（如“名称”或返回值。下面的代码接受用户输入的名称，创建问候语，并以如下方式呈现结果闪亮的可以与之合作。
图书馆（闪亮）ShinyServer（功能（输入，输出）{输出$问候语< - rendertext（粘贴（“问候语”，输入$名称，“you？yhour？）））}）您应该能够在浏览器中重新加载页面。可能是屏幕变灰色的情况，在这种情况下，您的服务器代码中存在错误。检查您开始r才能查看出现问题的地方，解决问题，并重新加载页面。
C。注意闪亮的输入名称时似乎没有任何事情。实际上，它在等待有要做点什么 - 到目前为止，对用户没有反馈，所以无需制定问候语。所以…
在里面UI.R.文件，安排通过更新来显示欢迎语mainPanel：
library(闪亮)shinyUI(pageWithSidebar(headerPanel(“火山!”))，sidebarPanel(textInput(“名字”，“你的名字:”))，mainPanel(textOutput('greeting'))))重新加载浏览器中的页面，然后尝试输入或更改您的姓名。尝试编辑服务器代码，以便仅响应用户输入名称。
function(function(input, output) {output$greeting <- renderText({if (nchar(input$name) == 0) character() else paste("greeting "， input$name， "how R you?")})})});凉爽的！
我们将经过相同的例程，修改用户界面以接受不同的输入，然后服务器响应新输入，最后将触发服务器的用户界面。说明较短，因为更改非常不言自明。
一种。添加A.fileInput（）小部件到您的用户界面。这'datafile'字符串是包含有关信息的变量的名称如何上传文件。
图书馆（闪亮）ShinyUI（PageWithsidebar（标题栏（“Volcano！”），SidebarPanel（FileInput（“DataFile”，“选择TopTable CSV文件”）），MainPanel（）））返回浏览器，重新加载页面，并查看您可以执行的操作！
b.按照服务器上的实际数据输入。这使用渲染函数要将表返回到用户界面。这“数据文件”如果用户未选择文件，则变量为null，并且如果用户选择了文件，则具有多个元素。
库（闪亮）ShinyServer（函数（输入，输出）{OUTPUT $ TOPTABLE < - RODELDATATABLE（{if（ins.null（输入$ datafile））return（null）read.csv（输入$ datafile $ datapath）}，选项=列表（pageLength = 5））}）您应该能够在浏览器中重新加载页面，但没有任何新功能可见。
c。最后,修改UI.R.显示表格的头部
shinyUI(pageWithSidebar(headerPanel(“火山”))，sidebarPanel(fileInput(“数据文件”，“选择topTable CSV文件”))，mainPanel(dataTableOutput(“topTable”))))查看您现在创建的内容。
现在让我们创建一个火山图。
一种。我们不需要更改用户输入，因此直接跳转到（b）。
湾首先，我们将实现这一点以阅读数据，但我们会改变它......我会使用我的情节晶格但是使用ggplot2.或任何您想要的环境;请记住加载服务器中的任何其他必需库。
$toptable <- renderDataTable({if (is.null(input$datafile)) return(NULL) read.csv(input$datafile$datapath)}，if (is.null(input$datafile)) return(NULL) csv <- read.csv(input$datafile$datapath) print(xyplot(-log10(pvalue) ~ log2FoldChange, csv)})})C。并且用于显示绘图（首先，表格上方）
shinyUI(pageWithSidebar(headerPanel("火山!"))，sidebarPanel(fileInput('datafile'， '选择topTable CSV文件'))，mainPanel(dataTableOutput(' topTable ')， plotOutput('火山'，宽度="400px"))))看看你的手工！（我怎么知道该怎么办？我正在读书闪亮的教程看看帮助页面，例如，？PlotOutput.）。
清理服务器代码，以便在数据中只读取一个函数。使用反应功能表示数据输入取决于用户输入。调整顶部表和Volcano绘图功能以使用此单个数据输入功能。
更新服务器代码以从最大到最大到最小的绝对值日志折叠更改，并仅返回顶部20值以进行可视化。
练习1和2我的server.r.好像
库（闪亮）库（格子）ShinyServer（函数（输入，输出）{datainput < - active（{if（ins.null（输入$ datafile））return（null）read.csv（输入$ datafile $ datapath）}）输出$ toptable < - raysdatatable（如果（是null（csv））返回（null）o < - 订单（abs（csv $ log2foldchange），decleasing = true）csv [head（o，20），]，选项= list（pageLength = 5））输出$ Volcano < - renderplot（{CSV < - DataInput（）（IS.Null（CSV））返回（NULL）打印（XYPLOT（-LOG10（Pvalue））〜log2foldchange，csv））}）}）添加一些输入部件UI.R.例如，允许用户指定不同的参数read.csv.，并实施这些server.r.。
看看ReportingTools.和分析服务器用于预构建交互式报告的包。