## ----设置，回声=假--------------------------------------------图书馆（usebieciond）stopifnot（Biocinstaller :: biocversion（）==“3.1”）## ----样式，回声=假，结果='ASIS'---------------------------------生物陶器:: Markdown（）## ----基准-------------------------------------------------------------------------f0 < - 函数（n）{##效率低下！ANS < - numeric（）for（i在seq_len（n））ANS < - C（ANS，EXP（I））ANS} F1 <函数（n）{ANS < - numeric（n）for（i在seq_len（n））ANS [[i]] < - exp（i）ans} f2 <函数（n）sapply（seq_len（n），exp）f3 <函数（n）exp（seq_len（n））## ----平行睡眠-----------------------------------------------------------------图书馆（Biocparallel）有趣< - 函数（i）{sys.sleep（1）i} ##串行f0 < - 函数（n）lapply（seq_len（n），有趣）＃#parts f1 < - function（n）bppppply（seq_len（n），乐趣）## ---- reameybyyield-setup -------------------------------------------------------- uppressPackageStartArtUpMessages（{库（基因组）库（基因组）库（RSAMTools）库（TXDB.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene）}）产量< - ＃如何输入数据函数的下一个块（x，...）{readgalignments（x）} map < - ＃到每个块函数（值，...，roi）{OLAPS < - sopeproveLaps（值，ROI，Type =“内部”，Ignore.strand = True）Count < - Tabulate（主题（OLAP），主管长度（OLAP））符合名称（计数，名称（ROI））}减少< - ＃如何组合映射的块`+`## ----肥沃--------------------------------------------------------------------＃ - ＃返回包含本地态函数的函数（）{n_records < - 0l函数（x，..。）{ALN < - readgalignments（x）n_records << - n_records +长度（ALN）消息（n_records）aln}} ## ---- count-roportaps-roi，eval = false ------------------------------------ exbytx < - Exonsby（txdb.hsapiens.ucsc.hg19.knowngene，“tx”） # # map0 <- read.delim("~/igv/genomes/hg19_alias.tab", header=FALSE, # stringsAsFactors=FALSE) # seqlevels(exByTx, force=TRUE) <- setNames(map0$V1, map0$V2) ## ----count-overlaps, eval=FALSE------------------------------------------ # count1 <- function(filename, roi) { # message(filename) # ## Create and open BAM file # bf <- BamFile(filename, yieldSize=1000000) # reduceByYield(bf, yieldFactory(), map, reduce, roi=roi) # } ## ----count-overlaps-doit, eval=FALSE------------------------------------- # filename <- "~/bam/SRR1039508_sorted.bam" # count <- count1(filename, exByTx) ## ----count-overlaps-parallel, eval=FALSE--------------------------------- # library(BiocParallel) # # ## all bam files # filenames <- dir("~/bam", pattern="bam$", full=TRUE) # names(filenames) <- sub("_sorted.bam", "", basename(filenames)) # # ## iterate # counts <- bplapply(filenames, count1, exByTx) # counts <- simplify2array(counts) # head(counts)