新的和相关包

马丁摩根
2015年2月3日

生物体包

基因组夫妇

• GenomicFiles（）与IntereseT区域协调磁盘文件
• recendby *（）迭代地区或文件
• DreambyByield（）迭代文件，例如，Bamfile（...，egitysize = 1000000）

Genomeinfodb.

• 操纵Seqlevels（），例如，只保留标准的Chromsomes（PrecalstandardChromosomes（）），以标准顺序排名（sortseqlevels（））， 改名 （renameseqlevels（））

生物焦

• 标准化格式化
• HTML Vignettes.很多比PDF更具可用
• 支持RAMAMAMDOW.

（rhtslib.）

生物体功能

Genomicalign :: ReadgalignmentPairs（）/readgalignmentsList（）

RSAMTOOLS :: PILUP（）

VariantAnnotation :: Vranges（）

findoverlaps（）：显着的性能改进

AnnotationDBI :: mapids（）

贡献包

CSAW.

• 芯片结合的定量变化;治疗组之间的差异结合更相关的结合本身。
• 看看生物体通讯，特别是统计理由和高级实施的最终问题（非常有趣的阅读）。

稀有

• 来自非共识基础呼叫频率的比较转变的SNV。

SGSEQ.

• 替代转录事件的预测，量化和可视化（而不是对整个转录性丰度的评估）。

舞会礼服

• 组装转录om的差异表达，

德内捷德

• 基级差异表达

分析服务器

• 互动报告（！）

GGTree.

• 令人印象深刻的系统发育树的可视化

等等。

• 新包装摘要（也发布到Twitter）