基因组范围

HervéPagès，马丁摩根
2015年2月4日

快速介绍古玩和格兰切斯列表对象

看幻灯片。

召回：基因组范围

• 隆重

  

• 格兰德莱斯列表

  

压缩列表

• 格兰德莱斯列表继承自压缩列表

  图书馆（Genomicranges）ShowClass（“GrangesList”）

  ##类“GrangesList”[包“Genomicranges”] ## ##插槽：## ##名称：NumistData ElementMetadata分区##类：Granges DataFrame Partitioningingyend ## ##名称：ElementType元数据##类：字符列表####扩展：##类“CompressList”，直接##类“GenomicRangesList”，直接##类“GenomicRangesorgrangesList”，直接##类“列表”，按类别“CompressList”，距离2 ##类“Vector”，按类别“Compresslist”，距离3 ##类“注释”，按类别“Compressplist”，距离4

• 结果：解释（）和Relist（）非常便宜。这解释（）/Relist（）模式可以在许多情况下使用，其中循环在格兰切斯列表上效率低下。

• 例子：

  库（Txdb.dmelanogaster.Cuc.dm3.ensgene）

  ##加载所需包：GenomicFeatures ##加载所需包装：AnnotationDBI ##加载所需包：BioBase ##欢迎来到Biocumons ## ## Vignettes包含介绍性材料;与##'Browsevignettes（）'查看。为了引用生物导体，请参阅##'引文（“Biobase”）'，以及包装的引文（“PKGNAME”）'。## ## ##附加包：'AnnotationDBI'## ##以下对象被屏蔽'包：genomeinfodb'：## ##种

  txdb < -  txdb.dmelanogaster.ucsc.dm3.ensgene tx_by_gn < -  transcriptsby（txdb，by =“gene”）未列出< - 解释（tx_by_gn）tss < -  ifelse（strand（未列出）===“+”，开始（未列出），结束（未列出））TSS < -  GRANGES（SEQNAMES（未列出），讽刺（TSS，宽度= 1），股线（未列出））TSS_BY_GN < -  RELIST（TSS，TX_BY_GN）MCORS（TSS）< -  MCOL（未列出）TSS_BY_GN < -  RELIST（TSS，TX_BY_GN）

练习

看看Howtos Vignette在里面Genomicranges.包裹

• 例如，练习2.12（使用rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14.），2.13,2.16