```{r setup, echo=FALSE} suppressPackageStartupMessages({library(UseBioconductor) library(GenomicRanges)}) stopifnot(BiocInstaller::biocVersion() == "3.1")``` ```{r style, echo =FALSE, result = 'asis'} BiocStyle::markdown() knitr::opts_chunk$set(tidy=FALSE)“‘‘#基因组范围Hervé Pagès，马丁·摩根
##快速介绍GRanges和GRangesList对象参见[slides](GRanges_and_GRangesList_slides.pdf)。[GRangesList.png](our_figures/GRangesList.png)从`CompressedList`继承` ```{r}库(GenomicRanges) showClass("GRangesList")``` -结果:`unlist()`和`relist()`非常便宜。' unlist() ' / ' relist() '模式可用于许多遍历GRangesList效率低下的情况。-示例:' ' ' {r} library(txdb . dmelanogaster . ucsc .dm3. ensgene) txdb <- txdb . dmelanogaster . ucsc .dm3. xml);ensGene tx_by_gn <- transcriptsBy(txdb, by="gene") unlisted <- unlist(tx_by_gn) TSS <- ifelse(strand(not listed) == "+"， start(not listed)， end(not listed)) TSS <- GRanges(seqnames(not listed)， IRanges(TSS, width=1)， strand(not listed)) TSS_by_gn <- relist(TSS, tx_by_gn) mcls (TSS) <- mcls (not listed) TSS_by_gn <- relist(TSS, tx_by_gn)' ' ' ##练习参见' r Biocpkg("GenomicRanges") '包中的HOWTOs vignette -例如，练习2.12(使用' r Biocannopkg("RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14") ')， 2.13, 2.16